1687年冬，马注到达四川阆中，并一直在那里待到第二年初春时节。他之所以来到阆中，是因为这里有不少回族，更有一位圣裔。这位圣裔是中国的伊斯兰教尕德忍耶教派的传播者，是穆罕默德二十九世后裔，阿拉伯麦地那人舍赫·穆乎印迪尼·布尼外法，道号华哲阿布董拉希，1684年（康熙二十三年），随川北镇台左都督马子云达阆中传教，1689年（康熙二十八年）在阆中去世。一般认为这位圣裔传播的思想渊源于波斯人阿布杜·卡迪尔·吉拉尼创立的苏非派卡迪里教团。从马注作品中反映的苏非主义思想来看，他与这位圣裔有过接触。在阆中他还结识了蔡鹤鸣和保天佐，蔡有诗赠，保有叙留。时有保天佐为其所作《叙》中说：“丁卯冬，适圣裔仲翁马老师自燕旋滇，经阆中，课拜之暇，出《清真指南》以示予。”其作序时间为“康熙二十七年戊辰仲春”，文中又说“先生距予嘉陵五千余里，脂车在即，使子心有恋恋焉。幸得朝夕聆诲，示书抄录，使予阆中后人穷经而问难者，亦如子之与先生，是又先生之甘棠造爱，去思而不忘也”。这里说明马注在阆中期间也可能进行了短暂的教学活动。一般有序就会有刻版，又从保天佐作序，及其后马大恩、保安吉等人的再版序言内容来分析，可能是在保天佐的努力之下康熙年间在四川留下了一种《清真指南》刻版。
（四）归滇纪事
马注离开阆中后，途经丰都[53]返回云南，具体过程亦无考。估计马注回到云南之后，应该首先回乡省亲祭祖。之后马注又组织本族修谱，对此《赛典赤家谱》《马氏家乘》均有记载，《赛典赤家谱》载：“清康熙二十六年丁卯岁，永昌老前辈马注由京请假回籍修谱，各属同宗，及者及之，不及者缺之。”[54]（马氏家乘》亦有“清康熙二十六年丁卯岁，永昌老前辈马注由京请假回滇，齐族修谱，各属同宗，已到者，赠送一本；未到者，赠寄一本”。这里记载的康熙二十六年不是修谱的时间，而是人们误以为马注自京返乡的时间。按常理推算自京返乡约需一年，故应该在康熙二十七年发生修谱这件事，这也就和《清真指南》中的时间相对应了。
马注回滇后，并未在家乡留居，而是往来于云南回族聚居区域，在这往来之间马注把自己的《清真指南》送给云南各地的穆斯林，《清真指南》开始在云南流传，特别是在清真寺中，有可能已经被采用为教授汉文的教材了。他仍然不断对这本书进行修订。1690年（康熙二十九年）出于讲习的便利，他修订了《圣赞》一篇，详细添加了注释[55]。
马注回乡后的职业仍然是开学收授弟子，他主要在清真寺开学讲习，他以圣裔身份及其丰富的伊斯兰教知识，阿文、波斯文知识，得到各地穆斯林的认同，从他后来仍然往来各地的情况分析，各地穆斯林邀请他开学的很多。《清真指南》中很多注解，当是从事经堂教育时所加。
1691年（康熙三十年）六月，康熙帝颁布上谕称：“朕评回汉古今之大典，自始之鸿道也。七十二门修仙成佛，诱真归邪，不法之异端种种生焉。已往不咎，再犯者斩。汉官诸臣时享俸禄，按日朝参，而回教五时拜主赞圣，并无食朕俸，亦知报本，而汉不及回也。通晓各省，如汉官因小不忿，借端虚报回教谋反者，职司官先斩后奏。天下回民各守清真，不可违命，勿负朕有爱道之意也。钦此。”[56]马注对康熙此举相当兴奋，故抄录下来，一直有意将其编入《清真指南》，后来这条上谕收入第七卷《教条八款》，但文字略有出入。
马注回乡后，一直非常关心昆明褒奖赛典赤功绩的几处建筑。马注出滇时，昆明城南“斡耳朵”咸阳王陵、王庙俱在，但经历了“三藩之乱”战火之后，咸阳王陵、王庙也未能幸免。康熙二十一年的时候，昆明各界人士复建王庙。马注回滇后，看到“庙宇虽建，奸顽杂处，借修庙之名，卖戏肥己，扰乱教规”（《咸阳王抚滇纪》）。心中非常不安，他极力反对这种扰乱教规、败坏王陵清静的行径。康熙三十一年（1692年），“云南总督范承勋、巡抚王继文……永昌道毕、太守张、捕府蒋、方牧张文武当路捐资，迁建今重关之内，与王陵切近，较昔之稠杂喧哗、规模隘小至此则观旷神怡，雄丽无加矣”（《咸阳王抚滇纪》）。这里可以看出出资者中有云南总督府官员，又多永昌府官员，可见马注应当在这件事上作了一些努力即他利用其在昆明、永昌的知名度动员地方官员，重建咸阳王庙于王陵附近。对此后来他在《原道跋》中也记下了“葺陵寝”一事，将其列为与自己著作同等重要的大事，引以为傲。
1699年（康熙三十八年）马注60岁，有感于花甲迟暮，常忆往事，不禁动情而作《自惜》两首。表达了他对自己京师生活的无限眷恋之情，这时他依然对康熙帝的诏选经师的事情记忆犹新，仍然渴望帝王能够赏识自己的作品。《自惜》中有“愧我六旬天未老，梦魂犹自忆燕山”可证其年龄。
他在后来所作的《原道跋》中有一段自述中提到他“驾芒履之轻舟，渔樵于黔、蜀、滇、楚、吴、越、晋、秦、齐、鲁、粤、闽之会”，其中“粤、闽”两省在他来去北京的过程中都未曾经过，他游历这两省大概是在1692～1703年之间的事情。他到粤、闽两地主要是走访穆斯林知名人士，确知的地点只有雷州一处。马注在与北京、山东、南京、西安各界人士、诸位经师的交流中，得到广西、广东、福建一带的信息，也有可能得到了他们的推荐。特别马注在归途中结识的这些经师，他们的弟子遍布全国，与闽粤之间有很紧密的联系。马注到了这些地方，也将自己的书示之于众，同样会有书赠送当地人士。1702年（康熙四十一年）他写下了《授书说》，里面表达了一种希望，希望读到《清真指南》的人能够“家录一部，置之座右慎思审问，明辨笃行，自悟自度；或有力之家刊刻布行，以广教化”。这时马注已经希望有人能够刊印他的书。从广州濠畔街清真寺同治年间重镌印行《清真指南》来分析，广州一带更早时候有人得到了该书原稿[57]，故而我推断《授书说》可能作于广州，并题赠与广州的教内人士。《授书说》中也有一处可以证其大致年龄，其中赋诗数韵，其中一句：“一叶轻舟一片蓑，茫茫烟水六旬过。”从《清真指南》中我们还可以看到马注在这一年修改第五卷的记录[58]。
马注因其身份和自己的作品在广大穆斯林中赢得了很高的威望，他往来各地为各界认同，为自己获得了更多的发言权。在修完咸阳王庙之后，马注经常拜谒，当他看到咸阳王陵“倾圮，瓦砾无存，牧马长嘶”的状况，心中很是忧虑，“俯仰之间，悲咽长叹，恸心酸鼻”，于是他思欲募修王陵，于1703年（康熙四十二年）[59]写下了《咸阳王抚滇绩》，其文末有“是仰赖于今日覆载者”，大概是呈给当时总督。
马注晚年仍教授不辍，1707年（康熙四十六年）受聘到四川会川（今会理），会川在“清嘉、道间，回人栖居名西北隅，约数百家，合乡间散居者，约数千人”[14]。康熙年间回族人口也不会太多，时年他作《原道跋》，这时马注已年近古稀，本应颐养天年，而他却仍在为宏传教义而奔走。反思自己的一生，马注几多感慨，他主张汉文解经，主张实行“宗教改革”的思想，但因此也会遭到教内保守力量的反对，虽然我们没有看到马注对此有明确的记录，但从他“忙忙然如丧家之犬，为时人笑”（《原道跋》）的自述中，可以想见他的主张不会有太多人拥护，因而他的生活状况也没有太大的保障。然而聊以自慰的是，毕竟自己的功业尚能得到一部分人的认可，他在文章中借他人之口把这种情绪表达出来。“木枯则荣，月亏则盈。兰生幽谷，其香弥馨。子虽贫，文章经世之业，先尔而生者，非子不能明；后尔而生者，非子不能成。年寿荣乐，孰与于斯主之恩于尔至矣。子之功又何亚于昔人？”（《原道跋》）
马注后作《天宫赋》，其中有“屈指岁月，隙驹易逝，倏忽间七旬古稀。展镜自照，容枯须白，对影惨然”。由此可知，该文当在康熙四十八年（1709年）之后，从文中可以看出此时他仍然坚持五时拜功，可见其信仰的虔诚[61]。
伊斯兰教自唐传入我国之后，一直以逊尼派居于主导地位，从马注结交的经师及其著述来看马注是一位严遵祖训的逊尼派穆斯林。康熙四十九年（1710年），苏非派的一支卡兰达里苏非派[62]（马注译“革烂得”“格兰岱”，后世也译为“革兰袋”）自印度传入武定地区，这一派的名称是从波斯语kalandar演变而来的，意思是“丑恶，厌弃的人”，或“置于门后用来闩门的木棒”，在突厥语中，它的意思演变为“厌弃俗世而像漂泊者一样四处流浪的托钵僧；一个谴责尘世所有的一切，并找到真理的人，一个哲学家”。至于格兰岱的其他意思，根据瑞典突厥学家古纳·雅林引用的维吾尔文资料而定义为“放弃财产的人”[63]。他们属于苏非主义的非遵法派。最初这一派别仅在武定一带活动，但不久即扩大到富民、广通、楚雄、大理、保山、姚安一带，继而又由滇西蔓延至东南的嵩明、寻甸、曲靖等地，甚至省城昆明。造成“回汉男妇，被其妖术，从者不可胜纪。亲识不敢举，旁人不便举，掌教头人混俗和光，养痈护毒”（《左道通晓》）的局面，大有席卷全滇之势。刚开始正统派穆斯林对此忧心忡忡，但又对此无可奈何。这种情况积蓄日久，必然为世风所不容，以致群情激奋，穆斯林群众便动员本教知名人士与之作斗争。
马注对于这一教派早有观察，可能早在几年前途经武阳时便发现有种种不良迹象，故在清真寺留下《除异谆晓》[64]这样的告贴，以此警示教众。值此革烂得兴风作浪之际，与之斗争，马注作为圣后，自然是公选的领军人物，马注对此事义愤填膺，自觉义不容辞。在这场斗争中他老当益壮，奔波周旋于官衙府吏之间，充当了急先锋，最终取得胜利，惩处了首要分子，并通过官府将此事告知全省。
痛定思痛，事件解决之后，马注进行了认真的反思，异端之所以在云南泛滥，几近成灾，究其根本原因在于广大穆斯林群众愚昧无知，他同意他人对乡里的评价，即“贤少愚多。既不通儒，又不遵统，异端左道，混杂于其间，灭人伦之大典，坏朝廷之国法，将清真正道渐入邪途”（《左道通晓》）。显然解决这一问题的关键还是要依靠教育，于是他将这件事情的全过程记录下来，成《左道通晓》，以此警示后人。马注后人遵其嘱收录了这篇文章[65]，后同编入《清真指南》。《左道通晓》明示此文颁行于康熙四十九年十月十五日，马注此年71岁。
此后马注的事迹无从查考，故学界一般认为马注卒于1711年，享年72岁。
关于马注归滇后的身份需要说明的一点，我们没有足够资料可以认定马注是一位现代意义上的阿訇，但我们可以从马注的生平事迹分析判断他的身份。《清真指南》的翻译内容取自《古兰经》等传统经堂教育教材，马注自己作《进经疏》，其意已经很明确，认为自己的《清真指南》意同于伊斯兰诸经典，堪同于经。我们没有看到他正式挂幛穿衣的记载，但他自己以圣后及宗王府教习的身份完全可以赢得清真寺讲授的资格，而他的这种身份使他更容易被各地穆斯林认同。而在保安吉所作《再次重刻〈清真指南〉》中说“仲修老先生曾历掌黔、蜀等省大学”，也可以说明这一点。他在清真寺内讲学当是以自己的《清真指南》为蓝本，汉语和阿语、波斯语结合授课，以汉语教授为主。白寿彝先生将其归入经师之列，可能正是基于这样的考虑。