[2]云南回民起义先后持续十八载，使清廷用兵百万，耗资无算，前后多位云贵总督受命解决云南军务，其中总督恒春自杀、潘铎被栽、吴振棫病故、张亮基以病退隐、刘源灏称病不前，受命担任云南巡抚等职者，不是深知云南军务之紧要而托故不往，就是因“滇省军务，处处棘手”而“忧急丛生、致患呕血”。其他被革职、处决或亡于兵乱的官员，不计其数。道光二十六年（1847年），云贵总督贺长龄因未能处理好永昌事件，皇帝以玩寇受降，又以袒护属下杨朝勋、潘惠扬而被搋职，罗天池以搜杀永昌城内回民过当下吏部议，常天运畏罪自杀；道光二十七年（1848年）云贵总督林则徐奉命到云南处理永昌事件，用兵万人，耗饷四十万两银，使地方暂时安定。咸丰七年（1857年），马德新、马如龙带领云南东南回民围攻省城，总督恒春与妻子情急自杀；同年巡抚舒兴阿请假，将巡抚篆物交与布政使司桑春荣；同年调四川总督吴振棫充云贵总督，湖南巡抚徐之铭任云南巡抚；咸丰八年（1858年）调张亮基为云南总督，九年（1859年）张亮基因与吴振棫不和，以病告去；十年（1860年），命刘源灏为云贵总督，刘告病。贾洪诏受命云南巡抚，托病留滞四川一年多未赴，咸丰十一年（1861年）调湖南布政使司潘铎任云贵总督，潘铎赴任未久，同治二年（1863年）被回军马荣戕杀，岑毓英等带领省城年迈居民，跪请马德新护理云贵总督，二十日后，马如龙摘总督之头交与徐之铭，同年皇帝调两广总督劳崇光为云贵总督，崇光六年（1867年）卒。云南巡抚徐之铭给皇帝的奏折中写道：“滇省军务……苦于饷需支绌，时有兵练溃散之虞……忧患丛生，致患呕血……滇省军务，处处棘手，臣日则回署办事，夜则登城守陴，实难兼顾，惟有肯恩，饬下督臣……”徐之铭于同治二年（1863年）病卒。
[3]马如龙的转变，有其复杂的社会原因和背景。统治者的拉拢分化，官场的黑暗及错综复杂的关系，起义队伍之间的不团结甚至相互间的矛盾，对各种关系、利益的权衡，最终使马如龙选择了清廷。但是我们不否认马如龙在早期有功于东南回民，他领导东南回民抗暴，曾经援助过杜文秀，多次资助马德新刊刻学术著作，曾经保护过杜文秀的女儿、女婿蔡杜氏、蔡廷栋等起义将领。
[4]同治二年，云贵总督潘铎派马如龙率兵前往建水攻打团首梁士美，暗地密令梁士美与前往援助梁士美的昭通总兵杨盛宗夹击马如龙，企图消灭马如龙势力，从而解除东南回民武装、消灭省城回民势力，东南回民再次面临危机，马德新由巡抚徐之铭（二次议和后徐已彻底转向回民）处得知消息后，果断调令武定参将马荣速入省城，挫败了主剿派官员的阴谋，总督潘铎被杀，省城岌岌可危，马德新应百姓请求，护理云贵总督，使局势得到控制。《云南回民起义史料》（荆德新编，云南民族出版社，1986年版）第11页写道：“一八六三年的马荣事变，马德新站在云南巡抚徐之铭一边，对抗云贵总督潘铎企图夹击南下建水讨伐临元镇参将梁士美的马如龙，并在省城清除马如龙势力的计划，调集武定营参将马荣等来昆，潘铎被杀，马德新被拥为护理云贵总督（此次事件被视为内争）”。笔者以为这仅是一种推测，缺乏证据。马德新与马如龙的关系较为复杂，既有合作的一面，也有矛盾对立的一面，但此处结论显然有误。
[5]例如在杜文秀的得力主将——女儿蔡杜氏和女婿蔡廷栋被捕后，马德新说服效力于清廷的马如龙，将二人释放；他劝说马如龙念及回民一家之情谊，善待西部回民；当剿西主将杨玉科大兵攻剿西部革命据点时，他写信给被围困的回民守将务必坚持到马如龙兵至时再投降，以减少回民的牺牲。他为此多次受到云南地方官府和清朝廷的严密注视和高度警戒：同治二年十一月辛酉……滇省大概情景，不特大理逆回杜文秀等恃险负隅坚不受抚，即省回马复初及岑毓英、杨振鹏等俱心怀叵测（《清实录》卷58，第54～56页）；同治三年七月癸亥骆秉章奏……云南回患变诈百出，杜逆窃据大理，马德新近在省城，已成固结莫解之势；马如龙、岑毓英日以剿除杜逆为词……（卷110，第26～30页）；同治四年七月壬午（据候选知府龙瑞图称马复初、杨振鹏为叛逆首犯）马复初、杨振鹏据称实为叛逆首犯，如果属实，即著劳崇光、林鸿年设法严拿，讯明正法以寒贼胆（卷148，第30～33页）。同治十二年（1873年）六月丙戌皇帝下令刘岳昭、岑毓英将云南回民起义残部“悉数剿灭，务绝根株”（卷354，第6～11页），“其有著名贼党漏网伏匿者，仍当严密搜捕以绝根株”。内阁学士马恩溥上奏“大理攻克，逆首就擒，恐事平之后蔓引株连，不分良莠率行诛戮”，请求暂住大理数日，处理善后事宜。然而皇帝却令“岑毓英体察情形妥筹办理”，岑毓英、杨玉科等心领神会，极尽杀戮之能事，不仅将领导或参与起义的将士斩尽杀绝，即使无辜的回族百姓，也未能幸免于难，除了极个别放弃信仰或逃匿他乡的回民外，几乎全部被杀，而投附大理政权的汉族官民，毫无损失。马德新老人也被作为漏网伏匿的著名贼党而被杀戮（《清实录》，卷349，第4～5页）。
[6]同治十三年五月岑毓英奏言：“滇省军兴十八载，沦陷五十余城。贼中著名凶酋，有杜文秀诸逆，而主谋倡乱则马德新也。该逆又名马复初，大理府下关人。幼赴甘肃及关外回疆学经，回滇传教，到处信徒，呼为汉室老爸爸。咸丰六年，因汉回互斗，遂首倡谋逆。袭踞徽江、昆阳、新兴、寻甸、呈贡各府州县城池。七年围攻省垣。前督臣恒春忧愤自尽。附省死者，不下数十万人。八年，前督臣昊振械、抚臣张亮基人滇招抚，奏请赏给马德新四品伯克职衔，委充正掌教，并以徐元吉即徐阿訇为副掌教。原冀开导众回，遵听约束。乃竟包藏祸心，复谴党陷武定，破九甲，屠戮居民。前署提督褚克昌带兵西征，连克沙桥、云南驿一带地方，杜逆告急于马德新，该逆首即谴其伪率赴援。十四年四月屠楚雄，褚克昌腹背受敌，全军覆没。十月袭省城，徐元吉中枪死，始退归徽江。十一年，又率众围省。前抚臣徐之铭、林自清，力不能支，于同治元年春间，与贼议抚，奏请给马德新二品伯克职衔，其余皆优保官职。二年正月，马德新复主使马荣等，刺死前署督臣潘铎，妄拟借称王号。杜逆本马德新传教门徒，割据迤西，受其指使，书信往来不绝。六年，前督臣劳崇光兵卒，臣远征猪拱箐。省城空虚，该逆密通杜逆，大举窜扰，连陷二十余城，围省二年，大局垂危。罪魁祸首，万死不足以蔽辜。现在群逆削平，而该逆假息新兴，且新兴寻甸投诚回众尚未遣散，偿被煽惑，恐滋事端。本年三月臣商令前鹤丽镇总兵马忠，驰往查办……生擒逆首马德新。臣饬云南府知府毛庆麟等驰往迎提。行至呈贡县之安江村，该逆绝粒垂毙。遂讯明，就地正法……臣查逆首马德新，扰乱全滇，实系元恶太凶。”（《钦定平定云南回匪方略》卷50）
[7]白寿彝《回民起义》册二，《滇南回回总掌教马公墓志》1951年10月所加的前言中指出，“在咸丰六年滇东南回民起义的时候，他（指马复初）起了一定的号召作用，但在马如龙叛变的时候，他可能是一个有力的主谋者。云南境内义军全部失败后，刽子手岑毓英对于德新在一部分回民中的照旧拥有声望，是不放心的，虽说德新实际上已是回族人民的叛徒……必须指出，他（马德新）是回族人民的叛徒，他是不可原谅的”。这是当时整个中国以阶级斗争为纲的思想体现，事实上，白寿彝先生作于20世纪30年代的《滇南丛话》五（刊于中国回教救国协会会刊1940年，第6、7期），指出：“复初之译著，出入阿拉伯文、波斯文、汉文之间，论述范围涉及宗教哲学、教法学、文字学、文法学、算历学、地理学，吾人欲于教中，求一完全理解复初在此各方面造诣之人，已属难乎其选。至于咸丰同治年间，我教之厄难亘十八年，复初以我教之硕望，当汉官之借重，身处危疑之地，其对宗教及对当时政府之是非功过有难明者。在汉满官吏方面，一方面为复初以书撰序，备极赞扬；另一方面则奏疏表章中极论复初之大逆不道。在同教方面，则迤东南及迤西之论述亦偶有不同者。大体言之，复初对于宗教及对于当时政府，固皆不为无功之人。然如何分析此错综矛盾之资料，以求得至当之归，此更为一大工作，非史学素养深厚并作长期之研究，不能胜任也……复初对于后来云南伊斯兰文化影响甚大。近年云南回教在宗教知识方面水准之高，与复初不无关系。”这篇文章具有独立的学术价值，由于发表时间较早，加之处于日本侵华期间，族人受其影响者很少。今公之于众，以引起学界重视。
[8]张承志：《心灵史》，花城出版社，1991年。