副殿的南侧为综合楼，建成于2010年，与副殿以连廊相接。综合楼房东西长50多米，外部为仿古建筑，青砖砌起，卷檐歇山顶，青瓦金脊，气势宏伟。一层卷轩、二层回廊，皆由绿柱撑起，柱间拱板枋也为绿色，雕刻着各种丰富多彩的图案。楼中间为一仿四角亭装饰建筑，实为连接一、二两侧的楼梯。整个建筑古香古色，和清真寺大殿、副殿风格一致，融为一体，远看似一只展翅的凤凰。楼内则为现代建筑、装修，瓷砖铺地，刷白墙，不锈钢玻璃窗。一层为水房（沐浴堂）、锅炉房、卫生间。二楼有七个房间，从东到西依次为女学教室、穆斯林文化书屋、阿訇办公室、满拉教室、厨房、满拉宿舍、卫生间。
四、清真寺管理的历史演变
中国回族清真寺自古以来就形成了内部自我管理机制，经历了最初的蕃坊中的“蕃坊长”，元朝以来的卡迪制，以及后来的三掌教制和学董乡老制，现为寺管会管理制度。一般而言，清真寺及其社区管理主要有教务和俗务两部分，中国清真寺及其社区管理发展演变历史，就是一个教务和俗务由合一逐渐走向分离，形成分门别类，分工明确，责任到人的管理机制的形成过程。纳家户清真寺的管理，自建寺以来，也经历了由三掌教制向学董乡老制，或寺管会制过渡的历史。
（一）从三掌教到阿訇掌教制
根据现有的口碑传述，纳家户在清朝同治年间，清真寺的管理主要还是三掌教制，即是由掌教(伊玛目)、督教(海推布)和副教穆安津三种宗教人员构成的清真寺组织制度。伊玛目是教坊的宗教领袖，率领教众礼拜，主持公共性的宗教仪式与活动，管理瓦克夫土地和公共墓地；海推布讲经宣教，司掌劝谏；穆安津是宣礼员，负责召唤教众前来礼拜。伊玛目由本村有势力的穆斯林担任，而且可以世袭。有一种传说是，清同治年间的伊玛目由“老五门”的纳清泰担任，他归真后由其侄儿纳玉寿担任。这一制度在民国后失去群众基础，改为阿訇掌教制。阿訇是对伊斯兰宗教职业者的通称。作为一种泛称，其中包括教长，率众礼拜的“伊玛目”，“瓦尔兹”的宣讲人，为学员讲授经典的教师，以及承担或主持某些宗教礼仪具有宗教专业知识的人。一般须在清真寺经文大学完成规定的经典学习，具有较高的宗教学识，通过考核后，进行穿衣挂幛的毕业典礼仪式，才能取得阿訇的资格。因回族教众大多不通阿拉伯文，了解经文需要靠阿訇引导或讲解，对教法礼仪，也要通过阿訇代为执行，所以其主要职责是“替圣传道”，领导穆斯林从事宗教活动。一般担任清真寺阿訇的条件是，必须受过经学教育，懂得基本教义和教法，能诵读通晓《古兰经》，能为经学生授课。担任大清真寺阿訇的条件是，通晓13本伊斯兰大学经典，熟悉教法、教义，能胜任教授经文大学学生，品学兼优。纳家户村的阿訇分开学阿訇和散班阿訇两类。
在纳家户近500年历史中，经堂教育历史大约有400年，期间，作为经学人才的阿訇在经堂教育的创办，以及伊斯兰文化的传衍中发挥着关键性的作用。阿訇，波斯语音译，伊斯兰教教职人员的称谓，意为“教师”“学者”，亦译为“阿衡”“阿洪”“阿宏”等。作为宗教教职人员的阿訇在其承担的多重社会功能中，最为关键的就是举办经堂教育，培养宗教人才。纳家户清真寺从建寺初期到2009年，根据后人的回忆，共有21名开学阿訇。事实上，根据时间来推算，纳家户执教阿訇的数量肯定不止21位，因为从嘉靖初年的第一位阿訇呵比部到清同治年间的白达乌德，在近200年的历史中，纳家户肯定有过几十位开学阿訇。这一阶段其实就是纳家户经堂教育的产生与发展阶段，正是有了这些阿訇的艰苦创业，才有了纳家户经堂教育的根植与开启。可惜的是，这些曾经在纳家户经堂教育作过实质性贡献的经学人才，因缺少文字记载，他们开展经堂教育培养宗教人才的历史事迹，包括他们的名字，都在大江东去浪涛尽的历史长河中，消逝在纳家户人的记忆中。
1.开学阿訇
纳家户村穆斯林称“教长”，即向外地寺坊聘请的担任经文大学授经教师的高级讲学阿訇，其讲学期间称之为“开学”。地位较高，颇受尊敬。纳家户穆斯林教众通常称其为“阿訇老人家”，一般从村外选聘。开学阿訇的地位有一个演变的过程，在伊玛目制度下，开学阿訇多指经堂学校的教师，主要以讲经授徒为业。随着三掌教的衰落，阿訇掌教的兴起，开学阿訇代替伊玛目的地位，拥有行教权，全面主持教务、掌管各项重大宗教事务，集教学、教务于一身，兼有多项职权和职能，在教坊中拥有较高的地位。开学阿訇行使的职权包括负责经堂教学的课程安排，招收满拉，讲授经典，培养经学人才，担任集体礼拜的伊玛目，特别是聚礼和会礼必须由其主持、领拜，并负责讲“瓦尔兹”或念“虎图白”，宣讲教义教法，劝人行善止恶，遵纪守法，为穆斯林证婚，为亡者举行殡葬仪式，负责解释经文教律。随着时代的发展，阿訇作为传统权威也在遭受着世俗化的冲击，其权威已趋于象征性，在清真寺中，阿訇只是日常教务的负责者。
2.散班阿訇
指开学阿訇在教学中的助手。在纳家户清真寺里，因开学阿訇教务繁忙，往往要找一个经学水平好的阿訇或满拉，协助其教学和讲经，这类阿訇或满拉称散班阿訇。散班阿訇日常也从事本村的穆斯林举办婚丧、尔曼里场合的诵经等宗教活动，也称“二阿訇”，是开学阿訇的教学助理。可以在阿訇不在时代行开学阿訇的职责，领导坊民集体礼拜、辅导满拉的学习等。但必须学完经堂大学课程，“穿衣”毕业，经考核取得阿訇资格。专管宰牲，协助掌教阿訇负责召唤礼拜，念“虎图白”，有的还对儿童进行宗教启蒙教育(即担任经文小学教师)，往往一身兼任数职，故有时也被纳家户回族穆斯林群众称作“小学阿訇”。纳家户清真寺散班阿訇最多时达到30~40人，在马国仁阿訇开学时，由于当时清真寺办群众经学教育，来寺中学习的人数多，多聘散班阿訇主要用于日常教学，1998年有9人。他们一般在清真寺没有专职，从事义务职务，平时从事家庭经营、纳家户村牛羊的屠宰多由他们持刀。如今，纳家户除了开学阿訇之外，再无散班阿訇，过去散班阿訇的职责现多由住学满拉承担，如清真寺中妇女经学班等的教学，还有日常村民的开经、宰牲等。
（二）学董乡老与寺管会
学董乡老是三掌教制终结后形成的清真寺俗务管理形式。这一管理组织形式和名称，在不同时期有所不同。
除特殊历史时期，纳家户清真寺的管理机构历年延续。清同治年间的战乱和“文化大革命”时期一度无人管理。1979年恢复清真寺的宗教活动，重新组建了寺管会。寺管会一般由5人组成，设正副学董2人，会计、出纳、保管各1人。纳家户清真寺自建成时，就有内部自我管理机制，建寺初期，根据后人的回忆，当时清真寺管理者为纳优素夫，其是否是卡迪，这就不得而知了。其后近100多年中，纳家户清真寺及其社区管理者，由于历史久远被人们所遗忘。以后随着三掌教制的兴起，纳家户清真寺及其社区管理被三个掌教掌管。清同治年间的伊玛目由本村“老五门”的纳清泰担任，他归真后由其侄儿纳玉寿担任。到了清末民初，世袭的三掌教制中落，阿訇掌教和学董乡老制的兴起，尤其是新时期以来，具有民主化管理的寺管会代替了传统的学董乡老制。纳家户清真寺自我管理进入了一个新的历史阶段。至此，历任学董或管委会主任的是：纳东三（清光绪年间）、纳长武（民国时期）、纳玉贤（1949~1964年）、纳栋臣（1979~1986年）、纳志邦（1986~1994年）、纳长寿（1995~1996年）、纳志明（1996~1998年）、纳珍（1998~2003年）、纳志忠（2003~2005年）、纳洪发（2005~2007年）、吕忠明（2007年至今）。如今寺管会成员由4人组成，寺管会主任吕忠明，会计纳信，出纳纳成，实物保管纳建华。