旱育秧出现烂秧、烂芽和死苗的原因是多种多样的，归纳起来主要有以下几个方面：
（1）苗床地选择不合理或土壤板结，土质过黏，通透性差，或土壤阴湿，肥力低下，或pH过高又未能进行有效调节，特别是在一些石灰性土壤上。
（2）做床质量差，苗床高低不平，土块过大，土壤悬空度大，土体水分运作不良。
（3）春季气温低且寒潮频繁，播种过早或播后管理不善而造成低温冷害等。
（4）肥料种类搭配不合理或施肥过量，化学肥料施用后未同土壤充分混匀而招致局部肥害，以及有机肥料未充分腐熟，施入土壤后分解发酵产生有毒物质毒害秧苗，或苗床前作蔬菜等残茬未清除干净也会产生毒害。
（5）高温烧苗，特别是暴冷暴热后极易出现烂秧死苗。
（6）立枯病、青枯病及地下害虫、鼠害等。