天祝佛教寺院，除个别建于唐、宋、元年间外，大多建于明清两代。据《平番县志》记载：报恩寺（达隆寺）、祝恩寺（祝贡寺）、华藏寺由庄浪茶马同知管理；红恩卜寺、答报寺（石门寺）、绰尔大堂寺（天堂寺）由平番县管理；东耳阁隆寺（东大寺）、西耳阁隆寺（西大寺）、报恩寺（线山寺）由鲁土司管理；镇羌堡门外尚有石佛寺（已毁）。《武威县志》记载的寺院有大水寺、卯藏寺（毛藏寺）。《古浪县志》记载的寺院有南崇寺（南冲寺）、极乐寺。
清代，天祝藏传佛教寺院曾多次毁于兵燹。如雍正二年（1724年），因罗卜藏丹津反清事件牵连，先明、石门等寺均被清兵烧毁；同治五年（1866年）反清起事的回族首领马占鳌攻占天祝，烧毁夏玛、达隆、石门等寺；光绪二十一年（1895年）河湟事件时，夏玛等寺再遭劫难。
民国初，大多数寺院逐步恢复。据1937年成书的《甘肃通志稿》记载：“庄浪厅番僧寺共十四处，皆系黄教，以囟僧为寺主，共喇嘛360余人。领衣单口粮者惟报恩、祝贡、华藏、南冲、上大水、下大水、卯藏等七寺；余若天堂、石门、延禧、极乐、脑皮沟、朵什、白土坡七寺皆赖牲畜、地亩、布施为香火糊口之资”。
中华人民共和国成立后，党和人民政府宣传和贯彻党的民族宗教政策，尊重各民族人民的宗教信仰自由，宗教场所和宗教活动得到保护。部分宗教上层人士直接参与了自治区的创建和人民政府工作，发挥了他们独特的作用。1955年，天祝管辖的14寺院为天堂寺、祝贡寺、达隆寺、南冲寺、朵什寺、极乐寺、白土坡寺、上大水寺、下大水寺、上延禧寺、下延禧寺、毛藏寺、石门寺、华藏寺。1956年，将永登管辖的东大寺、古城寺、石尕石达寺、妙因寺、显教寺、塔尔寺、宣化寺等8座寺院划归天祝。受极“左”路线的影响，1958年的反封建斗争扩大化，除保留极乐寺外，其余寺院大部拆毁，佛像、经卷等珍贵文物遗失殆尽。1962年，落实民族宗教政策时，批准开放12座藏传佛教寺院，实际开放了天堂寺、石门寺、达隆寺、南冲寺、极乐寺、祝贡寺。“文化大革命”中，恢复的寺院被重新关闭和毁坏，一批宗教界上层人士被管制、关押、批斗。
1978年，中共十一届三中全会以来，随着党在指导思想上的拨乱反正，在宗教工作中清除了“左”的影响，认真落实宗教政策。1982年6月起，平反了1958年“天祝反革命阴谋叛乱案”，复查纠正了反封建斗争、反宗教特权的民主改革扩大化问题，给错捕、错判、错管制劳改的13名宗教界上层人士和898名僧人落实政策，发放落实政策款51.69万元。落实了宗教房产。先后恢复开放了天堂寺、祝贡寺、达隆寺、石门寺、东大寺、西大寺、古城寺、夏玛寺、毛藏寺、大水上寺、华藏寺、极乐寺、红沟寺及藏民村嘛呢康等。加新建的柔旦噶擦寺和南冲寺，天祝境内共有藏传佛教寺院15处，活佛13名，僧人99名。期间，先后批准转世了第九世鲁迦堪布佛、第十世达隆佛、第五世莫科佛、第五世华藏佛。
（二）藏传佛教寺院简介
天堂寺藏语名“却典堂扎西达吉琅”（汉意为宝塔滩吉祥兴旺洲），寺址在天堂乡天堂村。是天祝最大的寺院。始建于唐代，为苯教寺院；无代改为藏传佛教噶举派寺院，明代中期改宗格鲁派。民国时有13座佛殿，17座活佛府邸（囊谦），有僧人庄员200余座，僧人470余人。1958年，除大经堂和赛义囊外，其它建筑均被拆毁；1966年的“文化大革命”中又拆毁了大经堂，烧毁了残存的几乎全部经卷和典籍。1980年3月1日重新开放。1983年重建释迦牟尼佛殿；1990～1992年，建起了时轮学院。该建筑为三层的藏式佛殿，占地面积1382.25平方米，建筑面积1628.56平方米；龙王殿于1991年修建；讲经院于1998年6月建成；多识囊于1998建成，为三层楼庭院式建筑；空行宫（密宗院）于2000年底竣工，为两层框架式结构。
该寺最具规模的建筑宗喀巴大殿（千佛殿）是在多识佛的引荐下，由甘肃省远东集团公司总经理窦俊金和甘肃省工商联副会长丁学诚共同捐资300多万元，于1998年4月动工，2001年建成，并举行了开光仪式。大殿为6层建筑，高23米，宽、深18.7米，融传统风格与现代意识于一体，造型新颖、气势庄严、彩绘精美，为安多藏区寺院中所仅见。殿内安放着一座高18米的宗喀巴大师木雕像及4000余尊小铜佛像。此木雕像是由北京大威德文化发展中心孙彬、陈远明夫妇助资20万元、内地各界知名人士和信教群众捐资雕刻，是目前世界最大的宗喀巴木雕像。2001～2005年，陆续修建了文殊殿、土祗殿、尊胜塔。该寺由天堂乡、炭山岭镇、石门镇、打柴沟镇及青海互助县加定乡的信教群众供施。有僧人62名。
祝贡寺藏语名“噶丹勒谢琅”，意为具喜善言洲，建在东大滩乡西岔垴。经1958年和“文革”两次破坏，全部被毁。1982年2月8日，重新开放。1988年，扩建为两层16间。经堂顶层供宗喀巴师徒塑像，底层供莲花生塑像。
达隆寺藏语名“达隆噶丹旦曲琅”，意为达隆具喜圣法洲，位于松山镇达隆村。第二世达隆佛达纳·罗桑丹巴曲吉尼玛于明崇祯十七年（1644年）修建。清康熙时被封为护国寺，御赐名“报恩寺”。1958年后，寺院陆续被毁，文物法器几乎全被毁和散失。1982年11月5日，重新开放。1987年，新修大经堂1座、僧舍1栋。
石门寺藏语名“雅隆图尔钦噶丹贤巴琅”，意为具喜弥勒洲，寺址在石门乡寺沟村。清代毁于兵燹后，六世达赖仓央嘉措迁址重建了寺院，并担任该寺法台达25年。50年代初，有大经堂、弥勒殿和僧舍近百间。1958年至“文革”期间，寺院建筑全被拆毁。1981年2月19日重新开放。新修小经堂1座、僧舍9间。石门寺原有很多文物古迹，保存下来的主要文物有：明永乐年间的光明女佛石浮雕像，华锐铙布萨在青海祁连阿柔大寺举行时轮灌顶仪式的赠品-五世达赖亲手雕刻的象牙十一面观音佛像，六世达赖的斗篷和画像，一世贡唐仓和五世东科佛的帽子，华锐饶布萨的骨灰塔、坎肩及墨迹，西藏热振寺所印大威德画像，阿拉善堪布一世拉宗阿旺隆智达吉所著《六世达赖仓央嘉措密传》草书手抄本，四世阿拉善堪布在1880年撰写的《高僧法座规程》，四世达布贡卓尔佛在1893年所撰写的《大僧规》，前一世祝贡化身画的骏马驮宝图，十三世达赖为自己的经师罗桑热赛大师写的《祈祷颂》经文等。
东大寺藏语名“大通贡钦贴桑达吉琅”，意为大通大寺闻思振兴洲，寺址在赛什斯镇东大寺村。明万历四十七年（1619年）由当地鲁嘉喇嘛喜饶尼玛修建。六世达赖仓央嘉措曾担任过该寺法台。1956年，由永登县划归天祝县管理，1958年后，寺院被陆续拆毁，仅剩鲁家囊，是天祝县保存最完整的古建筑。内有藏汉合璧的壁画。存有六世达赖仓央嘉措用过的大钹、法器及直径15厘米的大草果等。1980年7月15日重新恢复开放。有佛殿、僧舍及其它房屋共109间。
西大寺藏语名“赛拉隆噶丹旦曲琅”，意为冰雹沟具喜圣教洲，因寺院建在连城妙因寺之西而得名。建于明崇祯五年（1632年），原为萨迦派的一座小寺院，明末清初改为格鲁派寺院。1956年划归天祝。1958年被拆毁。1981年10月19日重新开放，修有经堂3间、僧舍12间。
古城寺藏语名“噶丹达尔吉琅”，意为具喜兴旺洲，乾隆二年（1737年）在今永登大有乡旧寺沟建寺，后迁至今赛什斯镇古城村。1958年被毁。1982年11月7日重新开放，新修小经堂3间、嘛呢康1处、僧舍数间。
夏玛寺藏语名“夏玛扎西曲琅”，意为夏玛吉祥圣法洲；或“噶丹钦科琅”意为具喜法轮洲。原址在今朵什乡南冲村，因此又称南冲寺。修建于明末清初。曾于清同治五年（1866年）、光绪二十一年（1895年）和民国十七年（1928年）先后三次被战火毁坏，三次修复。1958年至1961年，寺院全部被毁。1982年10月1日重新开放时迁至西大滩乡三道岭，1994年，扩建砖木结构2层18间的大经堂，内供泥塑佛像和唐卡等。原小经堂改为千佛殿。在朵什乡南冲村原寺旧址，信教群众于2002年在原小经堂遗址上建起经堂1座。
毛藏寺藏语名“霍尔秀恰贡”，位于今毛藏乡境内，据传是霍尔一位大成就者转世居住的地方。寺院建于清初，同治年间被毁，民国二十四年（1935年）修复。1958年寺院关闭，损坏严重。1982年5月8日重新开放。陆续维修了原保存下来的5间楼房和40多间房屋，在寺院附近建有1座菩提塔和1座殊胜塔。
大水上寺藏语名“纳样贡岗玛”，意为霍尔广林寺吉祥圆满洲，寺址在旦马乡上寺村。1958年被拆毁。1984年7月20日重新开放。修建有小经堂1座，僧舍6间。寺内藏有明宣德年间大铜钹1付，御赐乌金印1枚后（遗失），只存印盒，造型精美。
华藏寺藏语名“扎底绕卜吉贡”，佛法极盛寺之意，寺址在县城西北角。初建于明末，属石门寺管理，后由扎提囊索华藏重建，始称华藏寺。清康熙时被列为给皇帝颂经祝寿和请领香火钱粮的护国寺之一。1958年后，寺院大部拆毁。原有明、清两朝所赐御印、文书、朝服、匾额、金玉佛像、经典、法器等文物全部遗失或毁坏。1981年重新开放，时有僧人2名，破旧房屋10多间。1988年，耗资近20万元，建成2层18间的大经堂1座，内供神像、唐卡等。
后续建了僧舍等公用房屋35间，铺面7间。
极乐寺又名达万寺（系蒙古语），藏语名“嘉尔多贡钦科达吉琅”，意为嘉尔多寺法轮兴旺洲。寺址在安远镇极乐村北。由萨班·贡噶坚赞于宋淳六年（1246年）创建。50年代初，有3层30多间的大经堂1座，弥勒殿1座，活佛囊谦2处，僧人18名，寺属土地800多亩，牛羊数百头（只）。1958年后寺院被关闭，1966年“文革”时被拆毁。1987年7月17日恢复开放。修建有1座小经堂，僧舍6间，有僧人2名。
红沟寺因建在大红沟乡红沟得名，又称延禧寺。藏语名嘉雅寺，意为广善寺。建寺年代不详。清代遭战乱毁坏后，在三世土观的关怀下建于今址。1959年被毁。1994年6月30日恢复开放，1995年建佛堂3间。
柔旦噶擦寺寺址在抓喜秀龙乡。1984年9月，十世班禅额尔德尼·确吉坚赞在抓喜秀龙乡草原上举行佛事活动，信教群众于1985年集资在他颂经、摸顶的地方修建寺院，称班禅嘛呢康。1987年3月1日，班禅大师赐名“柔旦噶擦”，意为法胤乐园。
此外，于2002年修建了石门沟药王殿，2004年修建了乌鞘岭白塔，2005年10月修建了县城白塔。
（三）活佛转世
1.第九世鲁迦堪布
1990年9月1日，东大寺寺管会和部分信教群众代表联名申请寻访第八世鲁迦堪布的转世灵童。1992年8月，经省活佛转世工作指导小组批准寻访。8月25日，成立了由县委、人大、政府、政协分管领导参加的活佛转世工作指导小组。此后，东大寺寺管会人员去兰州拜见省佛协会长嘉木样，请示活佛转世工作的事项。嘉木样按照藏传佛教活佛转世仪轨卜算，确定第八世鲁迦堪布的转世灵童在肃南裕固族自治县皇城区域内10岁至11岁藏族或裕固族男童中。嘉木样在佛像前用银盆旋丸的形式，确认肃南县皇城区泱翔乡河东村祁兆明、代旦拉毛夫妇之子，10岁男童德格加为第八世鲁迦堪布的转世灵童，取法名为罗藏春来坚措。10月17日，在东大寺举行了第九世鲁家堪布的坐床仪式。省、地、县和肃南县政协、统战部的领导出席了坐床典礼。青海乐都和甘肃天祝、永登等地的4000多信教群众参加了典礼。
2.第十世达隆佛
1993年5月16日，达隆寺寺管会和信教群众代表申请寻访第九世达隆佛转世灵童。天祝县委、县政府报经地区主管部门批准，成立了由县委、县政府分管领导参加的达隆佛转世灵童寻访工作指导小组。县委、县政府有关单位人员和达隆寺寺管会组成了灵童寻访工作组。嘉木样对灵童的寻访给予指示。1994年5月13日，嘉木样主持了在拉卜楞寺曼巴札仓佛殿中举行的转世灵童的认定仪式。经过银盆旋丸的方式，认定甘南夏河县九甲乡俄华村久谢嘉、德吉卓玛之子，自幼在拉卜楞寺出家的7岁童僧嘉央扎西为第九世达隆活佛的转世灵童，并赐法名达隆·罗桑嘉央嘉措，赐十世达隆活佛《祈愿颂词》，指定甘肃省佛学院一级教授嘉央嘉措大格西为活佛的经师。在拉卜楞寺学习的八世土观活佛参加了认定仪式。1994年8月18日，第十世达隆佛坐床典礼在达隆寺举行。武威地区有关领导、县上四大班子领导、县内大部分寺院的代表、拉卜楞寺的代表前往祝贺，出席了典礼，万余信教群众参加了典礼。