（三）医学迈入实验医学体系的新时代
实验科学的兴起对医学在研究方法上产生了重大的影响，医学家开始用当时的物理、化学、数学等科学知识作为医学研究的工具，采用自然科学技术的新成就与实验的方法研究人体和医学问题。维萨里对人体的研究应用解剖观察描述与数据测量法；哈维创立血液循环理论采用的是动物实验与生物统计等方法；桑克陶瑞斯研究人体的新陈代谢使用了天平、温度计、脉搏计等新仪器；列文虎克等用显微镜打开了人类认识微观世界之门。实验方法大大地开拓了医学认识的领域，促进了医学的深入发展。不能完全解释人体各种生理、病理变化的医学学说受到人们的质疑，包括盖伦的“灵气学说”和“血液循环潮汐说”。同时，不同的医学学派如物理医学派、化学医学派纷纷产生。16、17世纪实验医学体系的兴起作为一个里程碑，标志着世界医学的发展迈入了一个新的阶段。
二、机械论哲学思想对医学的影响
（一）机械认识论
从亚里士多德时代开始，医学始终受到机械论和活力论哲学思想的影响。机械论者认为，所有的生命现象，都可以用物理的、化学的规律来解释。活力论者主张，生命的真正实体是灵魂或“活力”。机械论和活力论之争到17世纪开始逐渐平息。机械论思想开始占统治地位并深刻地影响着医学。
17世纪法国哲学家笛卡儿认为，宇宙是一个巨大的机械系统，在其中，上帝是所有运动的“最初起因”。物质的基本特性是广延性、可分性和运动性。笛卡儿说，给我运动和广延我就能构造出世界。按照笛卡儿的解释，人体本身也是另外一种“尘世间的机器”。人的灵魂控制着人体这部同样遵循着物理定律的机器。笛卡儿用机械术语描述人的生理功能，如把胃说成是磨，把心脏说成是“热机”等等。笛卡儿是医学机械论的奠基者。
1687年《自然哲学的数学原理》一书的问世，标志着牛顿经典力学理论体系的形成。它所取得的巨大成功，震撼了整个知识界。包括医学在内的各门自然科学都力图以力学的观点和规律，来解释和概括自己所研究的对象。正是如此，牛顿的经典力学思想甚至成为一种哲学意义上的认识论和方法论，在很长一段时间内，影响着医学家和其他科学家的思维方式。这种认识方法就是从机械力学的角度，以分门别类的、纵向的、静态的研究方式为特征的形而上学的认识方法。形而上学的认识方法对医学的影响可分为两个方面来看：一个是积极方面，另一个是消极方面。
16、17世纪包括医学在内的各门自然科学，以分门别类的方式，独立地、深入地、静态地进行研究。在科学发展处于需要向纵深拓展的早期，这种研究模式和思维方法的相对稳定与沿袭，是特定的历史条件下各门自然科学进一步发展的必要条件。同时，这种认识方法还同反对宗教神学、坚持唯物主义相联系，具有历史进步意义。如18世纪法国医生拉·美特里充分运用18世纪医学所取得的成就，从生理学、医学的角度阐述一系列唯物主义和无神论观点，详尽地论述了心灵对肉体、精神对物质的依赖关系，对宗教神学唯心主义展开批判，在当时的水平上唯物主义地解决了思维和存在这一哲学基本问题。机械论认识方法的局限性之一，就是它的机械性和片面性，它用力学定律来解释一切自然现象，用孤立、静止和片面的观点去看世界。近代医学受这种哲学的影响很深。
（二）拉·美特里的医学观
拉·美特里的名着《人是机器》是近代医学和机械唯物主义哲学相结合的产物，其中形而上学的思维方式表现得很充分。拉·美特里提到，胃脏、心脏、动脉和肌肉都是机械的伸缩，肺就像鼓风机一样机械地操作，膀胱、直肠等的括约肌也是机械地发生作用。他甚至认为，人的理性的存在，是由于人比最完善的动物多了“几个齿轮”、“几个弹簧”，大脑和心脏的距离更为合适，脑部供血更为充足。总之，“人是一架会自己发动自己的机器，一架永动机的活生生的模型。体温推动它，食料支持它”。
那一时期人体的各种生理活动普遍被解释为机械运动。例如口腔和牙齿被解释为钳子，胃被看成曲颈瓶和碾子，心脏被视为发条，动、静脉是水压管，肌肉和骨骼则是由绳索和滑轮构成的力学系统等等。
（三）爱因斯坦的物理学机械论
爱因斯坦是一代科学巨匠，他冲决了牛顿物理学思想的束缚，他的思想是人类宝贵的精神财富。但是，爱因斯坦主张物理学机械论和还原论，并将之扩展到生命领域。他认为生命现象可以归结为物理过程，物理学的定律也适用于生命领域：“作为理论物理学结构基础的普遍定律，应当对任何自然现象都有效。有了它们，就有可能借助于单纯的演绎得出一切自然过程（包括生命）的描述……”。他甚至说：“相信心理现象以及它们之间的关系，最终也可以归结为神经系统中进行的物理过程和化学过程。”
爱因斯坦的这些具有代表性的观点中包含的机械论和还原论思想，一直对医学产生着极其重要的影响，而且这种影响还将持续下去。
三、黑格尔、马克思、恩格斯对生命本质的揭示
黑格尔、马克思和恩格斯的哲学思想对当代医学的发展产生了极其重要的影响。这里简要介绍三位哲学家对生命本质的论述。
黑格尔的辩证法思想不仅是哲学史上的丰碑，而且对生命科学的产生和医学的发展也具有重要意义。黑格尔认为，生命现象是自然界发展过程中的高级阶段，具有同机械、物理、化学现象相区别的本质特征。黑格尔用辩证法的语言揭示生命的实质：生命是“对立面的再生过程”。恩格斯发挥了黑格尔的这一思想：“生命首先是在于：生物在每一瞬间是它自身，同时又是别的东西。所以，生命也是存在于物体和过程本身中的不断地自行产生并解决的矛盾；矛盾一停止，生命也就停止，死亡就到来。”恩格斯在黑格尔的基础上，对生命的本质特征做了进一步的阐扬：“有机生命不可能没有机械的、分子的、化学的、热的、电的等等变化”，“但这些次要形式的在场并没有把历次的主要形式的本质包括无遗”。19世纪中叶，人类对生命的认识有了很大的进步，如人工合成尿素已经成功，生理学和生物化学的研究也取得了许多进展。恩格斯概括和总结了当时自然科学的这些研究成果，深刻地提出了“生命是蛋白体的存在方式”的哲学思想。一百多年过去了，生命科学成为当代科学的前沿。2OO3年岁末，科学家们在成功完成了人类基因组计划之后，宣布要进一步探索生命的本质，必须开展人类蛋白质组学的研究。科学的发展，以令人信服的方式，证实了恩格斯对生命本质的论述，是科学的远见卓识。
马克思和恩格斯创立的唯物辩证法是科学的认识论，对医学发展的影响巨大。
如因果联系的认识方法、整体的认识方法、具体问题具体分析的认识方法、矛盾分析的认识方法、动态分析的认识方法等等，都是医学认识活动中的基本认识方法，也是本书的主要内容，在下面的各章节中将有详细的阐述。