提高自主创新能力，建设完善区域创新系统促进区域经济一体化，率先实现可持续发展、科学发展提升区域整体竞争优势和国际竞争力服务长江流域，服务全国，为国家区域经济协调发展总体战略目标的实现做出贡献，这几项理应成为极其重要的评估指标。它们直接关系到长三角区域经济社会发展的进程和方向。
2、高等院校和科研院所要充分利用智力资源优势，同企业联合攻关
长三角聚集着大量科技实力雄厚的高等院校和科研院所，其核心城市上海年的综合科技进步能力排名已首次超过北京，位居全国第一位。但在长三角现有的五路科研大军（中科院系统科研机构、国家各部委所属科研机构、高等院校、地方科研机构和企业研发机构）中，企业尤其是本土企业的科研力量最弱。企业是科技成果商品化产业化的前沿，是科技成果转化为现实生产力的集中地，企业理应是自主技术创新的主体，然而，现实是企业距离这一目标还很遥远。
在长三角区域创新系统建设的进程中，高等院校和科研院所应在平等友好、互利互惠、风险共担、成果共享的原则指导下，充分利用自身的智力资源优势，大力支持企业的科技研发事业，同企业联合攻关，以市场为导向，确定研发的方向和重点，并把联合研发作为发展战略的重要组成部分，不仅帮助研究解决企业面临的紧迫课题，而且同企业研发机构一道开展技术储备性的研发工作，通过若干年的不懈努力最终使企业真正成为自主技术创新的主体，进而为长三角地区的经济社会发展做出巨大的贡献。
产学研的合作模式也将使高等院校和科研院所生机勃勃、充满活力，彻底融入长三角区域创新系统建设的进程中，为长三角的经济社会发展贡献自己的知识和智慧。
建议采取以下几方面的措施
第一，高等院校及科研院所与企业依托园区共生组合，联合设立研发中心，政府制定并落实相关优惠政策（例如苏州的企业与全国多所高校和科研院所建立了多个产学研联合体，在昆山创办了清华高科技产业园）；
第二，企业在高等院校及科研院所的支持和帮助下设立研究院、博士后流动站和研究生院，强化研发力量，增大研发投入（例如清华大学、中科大在苏州工业园区设立了研究生院，清华长三角研究院、中科院宁波材料技术与工程研究所在浙江落户）；
第三，设立技术转移中心，建设孵化基地，培育广大中小企业，迅速走向成熟、壮大（例如浙江常山县碳酸钙生产企业从上海大中华橡胶集团公司、上海金炼化工科技有限公司引进先进技术，打造“中国钙都”）；
第四，科研院所实施体制改革，企业化管理，市场化运作，把研究方向与企业的发展需求密切地结合起来（上海电器科学研究所原为国家机械部所属科研机构，近两年来改制成为股份制科技型企业，大大激发了活力，成为年上海市十大科技新闻之一）。
3、大力发展科技中介服务体系，促进科技成果的商品化和产业化
长三角的科技中介行业正在走向整合，资源将为整个区域共享。搭建长三角科技中介服务平台的时机已经成熟。大力发展长三角科技中介服务体系，旨在促进科技成果商品化产业化，推动区域经济与科技联动协调发展。
为了实现这一目标，当务之急是规范科技中介行业。要遵守行业法律法规，拓展行业发展空间，提高行业服务质量，加强市场化运作，提高从业人员的业务水平，规范市场秩序。
完善和发展长三角科技中介服务体系，一是要共享各类数据库；相互开放国家级和省级科技资源；联合共建科技教育信息网、大型公共仪器设备服务网、高技术信息库、国家技术标准库和专家库。二是相互开放科技中介市场，降低进入门槛，逐步形成长三角科技统一大市场。三是资质互认。两省一市共同认定高新技术企业、高科技成果和产品、技术经纪资格、科技查新报告、科技评估机构资格及无形资产评估机构资格。
充分发挥各类科技中介机构的作用，提高技术转移的效率，特别应完善风险投资机制，大力促进高新科技成果的商品化产业化，最终提升长三角区域科技的整体竞争力。联合发展高新技术风险投资业，建立两省一市风险投资创业协作网，鼓励跨地区技术与资本的融合。
4、充分吸纳跨国公司的技术滋出，与外资研发中心开展广泛合作
作为世界先进技术的主要发明者和主要供应源，跨国公司在长三角的直接投资所导致的技术转移行为，给长三角带来了外部经济，即技术溢出。长三角的企业可复制或学习跨国公司发明的新技术，并与自身的研发组合成与其相近的研究成果。长三角的企业必须积极采取措施，强化外商直接投资的技术溢出效应，以促进区域经济增长，提升产品的国际竞争力。
今天，跨国公司研发全球化，长三角己成为研发投资的热土。活跃于长三角的跨国公司，来势凶猛，发展迅速，与国内的着名大学、科研机构合作，弥补了本土的研发资金缺口，带来了先进的研发管理经验，培养了一批高水平人才，也促进了人才市场的发育，更为长三角融入全球创新网络提供了大好时机。
长三角必须抓住这一重大机遇，与外资研发中心开展广泛合作，成立联合研究中心、联合实验室以及技术联盟，掌握先进研发流程，学习研发管理经验，集聚科技资源，吸纳先进技术，带动行业发展，提升创新能力。同时，克服重应用开发、轻基础研究的弊端，避免优秀研发人才向跨国公司的单向流动，开发储备一大批优秀研发人才，提高他们的层次和国际化水平，缩小优势研发经济部门与劣势研发经济部门的发展差距。
跨国公司除了与企业建立技术联盟，合资进行研发活动外，还与区内着名的大学及科研院所合作，成立研究中心、实验室以及培训中心，以降低开发成本，获取大量信息，得到最新成果，如IBM公司和复旦大学、浙江大学等高校合作进行项目研究。
在中国最大的经济中心上海，跨国公司除能获得科技人才和良好的投资环境，还可以迅速获取重要的商业信息。上海正在逐渐成为全球研发中心。一些在沪外资研发中心己和长三角的着名大学及科研机构建立了合作关系，如通用电气研发中心与浙江大学、上海交通大学、上海硅酸盐研究所合作，罗克韦尔自动化研究中心与浙江大学合作，泛亚汽车技术研究中心与上海交通大学、同济大学合作，拜尔上海聚合物科研开发中心与上海交通大学、同济大学合作，格罗利药业科技有限公司与上海医药工业研究院、华东师范大学合作。
长三角地区的高校及科研院所应牢牢抓住跨国公司加快研发投资长三角的机遇，加大科技合作创新的力度，以提高自身的国际化研发实力。
5、创建科学家技术专家和企业家协会，为产学研深入广泛的合作奠定基础
科学家和技术专家是高等院校和科研机构智力资源的代表，企业家则是产业资本的代表。两类人，两类机构，两大领域，由于种种原因，始终无法进行深入的产学研合作，合作比竞争更难，知识与资本总是难以顺利地实现融合，结出丰硕的产品之果。创建“科学家技术专家企业家协会”则是一个加强两类人沟通交流、促进两类机构合作、推动两大领域联合的有效途径。
该协会将成为推动产学研深入广泛合作的重要的新型主体，既使更多更好的科技成果迅速转化为现实生产力，使企业发展得到强力持久的研发支撑，又使高等院校和科研院所确立正确的发展大方向，积极挺进经济主战场。互利互惠，共荣双赢，合力推动区域经济社会发展，便是一个能够实现的目标。
该协会可以定期举办论坛，科学家、技术专家和企业家以此为平台，针对大家共同关注关心的问题发表自己的见解，深入沟通，充分交流，相互切磋，达成共识。加强对产学研合作的重大意义的认识，牢固树立科学技术是第一生产力和生产实践是科学技术大有作为的主战场的价值观念，转变传统的思维方式，缩短两类人的心理情感距离，加强往来，频繁接触，增进理解，加深感情。论坛向整个长三角开放，坚持不懈地办下去，办出特色，办出水平，则深入广泛的产学研合作可望呼之欲出，水到渠成。
此外，科技界企业界精英俱乐部、留学回国人员创业俱乐部、科技文化沙龙等也都属于这类很有意义的组织形式。
企业家及企业高管可应聘到大学当兼职教授或客座教授（着名企业家黄铁鹰己经到北京大学光华管理学院当了教授），科学家和技术专家则可应聘到企业担任兼职首席知识官或研发顾问。产学研三大领域将融合成为一个创新共同体，其中的人将拥有多种身份，扮演多重角色，研发外包将走向研发共包。
企业是技术创新的主体，是创新体系的核心成员：高等院校和科研院所是技术创新的重要参与者，是创新体系的重要成员。产学研合作是提高创新能力的有效途径。大力促进产学研的密切、通力合作，将特别有助于长三角区域创新体系的构建。
6、建立科技人才自由流动制度，解除科技人才的后顾之忧
行政壁垒、部门分割、地方利益保护、传统的偏见成见等因素使沪苏浙三地的科技单位和部门尚不能彻底地联合起来，共同发挥科研力量的作用，充分调动全部科技资源的潜能，每一位科技人才都被牢牢地限制在具体的单位里，无法为了事业而在长三角范围内充分自由地流动，他们有太多的后顾之忧，个人因此坐失许多发展良机，整个区域的科技创新与进步也因此滞后。
当前，为了促进区域性的科技合作创新，必须建立、完善科技人才自由流动制度。两省一市人事管理部门、房产管理部门、户籍管理部门、医疗卫生管理部门、社会保障管理部门、科技行政管理部门、教育管理部门等应联合制定相关的统一政策，以全方位地保障科技人才根据个人发展的需要以及区域科技事业发展的需要充分自由地流动。只有这样，科技人才的知识、智慧、才干、积极性和热情才能得到充分的调动和发挥，形成人尽其才、才尽其用的大好局面，科技知识分子才能解除一切后顾之忧，为提高长三角的整体科技优势并大力推进区域创新系统建设贡献自己的全部力量。
7、加强知识产权保护，促进技术转移立法，鼓励科技自主创新
要鼓励科技自主创新，首先要保护知识产权。知识产权若得不到有关法律的保护，创新机构或创新个人的合法权益就会受到损害，他们创新的积极性和热情就会受到抑制甚至受到打击，长三角区域的创新成果的数量就会减少，水平就会下降，就将直接影响到区域科技自主创新能力的提高以及区域创新系统的建设和发展，进而延缓长三角区域经济社会的发展速度。因此，要高度重视和加强知识产权的保护。
2004年9月14日，《上海知识产权战略纲要（2004-2010年）》正式颁布。该《纲要》认为，世界范围内知识产权制度的重要性日益突出，我国在知识产权方面面临着严峻的挑战，制定和实施知识产权战略是提升上海国际竞争力的必然选择。鉴于此，落实、贯彻该纲要的指导思想、基本原则、总目标、分类目标以及工作重点和措施，完全可以从上海扩展到整个长三角地区。在此基础上，可制定《长三角知识产权战略纲要》，目标是大力提升长三角的国际竞争力。
为了保障技术转移规范、高效、顺利的进行，保护技术专利权人在技术转移过程中获得合法权益，必须完善技术转移方面的法律法规建设，从根本上维护科技人才自主创新的热情和动力，优化科技自主创新的法律环境。
8、加强科技信息服务平台建设，实现科技资源共享
科技信息主要包括科技数据、科技文献、科研设备、科研机构、科技人才、科技政策等方面的信息，是科技合作创新活动的重要资源。科技信息只有顺畅无碍地充分流动，为整个区域共享，实现优化配置，降低研发成本，提高资源利用率，全区的科技合作创新活动才能广泛深入地开展起来。这将成为长三角科技合作创新实现突破的一大关键。
共同建设长三角科技信息服务平台，正是实现科技资源共享的有效途径。该平台在本质上是一个开放的网络化信息系统，既是国家科技信息系统的子系统，又与国外的科技信息系统建立通畅的渠道联系，成为全球科技信息系统的一个重要结点。