这类学校的弊端也很多，主要表现在以下几方面：第一，不少学校办学以营利为目的，办学条件被降到最低水平，从而使办学者获得最大的“利润”。第二，缺乏最基本的办学条件，有的学校甚至没有最基本的安全和卫生条件，学生在这样的学校里没有人身安全保障。第三，办学者和教师的素质较差，有的学校从校长到教师没有一个人有过从教经历，体罚现象比较严重，教育质量无法保证。
以北京为例，我们来看两则案例。
案例一
为较全面地认识打工子弟学校，中央教育科学研究所教育发展研究部和海淀区教科所密切协同，在2006年9月11-13日对海淀区6所未获批准的非法打工子弟学校进行了全面调研，部分调研报告内容如下：
学校概况
此次调查的6所打工子弟学校均未获教育主管部门批准，都位于北京市海淀区的城乡接合部：3所分布在北京市四环与五环路之间，3所分布在五环路以外。6所打工子弟学校主要以小学教育为主，都设有学前班，其中4所学校设有初中部。学校在学前班和低年级（小学一至三年级）实行包班制，高年级实行分科教学。课题组访谈了6所学校校长，并对全体教师进行问卷调查。
教师状况
在6所学校填写的139份有效教师调查问卷中，教师情况如下：
（1）教师的性别、年龄、学历、教师资格及职称情况
男教师16人（占18.7%），女教师113人（占81.3%），平均年龄29岁，最年轻的19岁，最年长的64岁。教师的学历比例为高中毕业11人（占8.1%），中专或中师毕业41人（占30.1%），大专毕业70人（占51.5%），大本毕业14人（占10.3%）。可见教师以中师和大专为主体。106位教师有教师资格证（占76.3%），33位教师没有教师资格证（占23.7%）。学校教师中无职称的较多，达109人（占78.4%）。拥有较高职称的教师大多是附近公立学校的退休教师。
（2）教师的生活待遇及工作量状况
数据显示，59.2%的教师享受学校提供的免费简便午餐。学校一般为年轻单身教师提供集体宿舍，比例占39.8%；已经结婚且夫妻双方都在京的则自己租房住，学校没有任何补贴，这部分占总数的51.9%；教师自购房的占8.3%。一个值得关注的情况是，仅有2.3%的教师有三险。教师每周课时量最多达30节，平均为24节，工作量很大。
（3）教师想在本校工作多长时间
教师回答的情况如下：半年占4.6%，一年占4.6%，两年占17.6%，三年占24.1%，四年以上占49.1%。教师中想在学校工作三、四年及以上的占73.2%，这与近年师范专业就业困难、且很多打工子弟学校的教师在人才市场竞争中不具优势有关，而学校提供的一些低廉的条件（免费的住宿、用餐等）也暂时解决了他们的衣食之忧，因此大多选择随遇而安。也有9.2%的老师只想呆半年或一年，他们对学校的发展前景和工资待遇不满足，这部分教师流动性很大，对教学造成一定的影响。
（4）教师所担心的问题
教师担心的问题主要集中在就业（占23%）、职称评定（占14.3%）、没有教师资格（占13.5%）、教学水平（占15.9%）、收入偏低（占59.5%）和没有三险（41.3%）等方面，尤其以“收入偏低”和“没有三险”比例最大。因为打工子弟学校办学不合法，教师不能与学校签订劳动合同，也没有“三险”，这反映出打工子弟学校游离于政府和社会保障系统之外，教师没有生存底线。政府应该关注这部分弱势群体并建立相应保障体系。
（5）教师管理教育方式及体罚学生的情况
通过调查6所学校：对低年级学生，教师经常打骂学生占13.4%，偶尔占9.1%，很少占41.9%，从不占35.6%；对高年级学生，经常打骂学生占7.5%，偶尔占26.6%，很少占36.6%，从不占29.3%。可见，打工子弟学校在对学生管理教育方式上存在很大缺陷，年轻教师没有育人经验，缺乏对学生的尊重，存在打骂体罚学生的现象，不利于身心的健康发展。这也表明打工子弟学校教师队伍建设急需加强，师德教育是关键。
（6）教师与学生沟通情况
据对6所学校学生的问卷调查显示，打工子弟学校教师缺乏与学生的心理沟通。在所调查的高年级学生中，有39.7%的学生认为教师从不跟自己谈心，偶尔谈心占47%，而经常谈心仅占13.3%。这种状况不利于教师对学生的了解和教育。
7、学校体育课和音乐课开设情况
由于经济条件的限制，6所打工子弟学校为了节省开支，均缺乏音体美、信息、心理教师，而且开课情况混乱，教学质量很低，因为缺乏相应的培训，新课程理念与教师的距离很遥远，素质教育无从谈起。
案例二——北京市大兴区新世纪学校
（1）软件方面
位于北京市大兴区的新世纪学校，是一所农民工打工子弟学校。该校有706名农民工子女在读，老师人数为26人，其中之前曾从事过教育教学事业者（乡村民办教师、公办教师或退休教师）共计19人，从师范院校或大学里新招共7人。学校的一切办学经费，像办公用品、教学用品、书本费用、学校建设，包括教师工资，都出自学生学费。教师工资（行政人员除外），最高为月薪780元，最低为620元。
（2）硬件方面
新世纪学校学校北面是一个小煤厂，南面是居民宅，西面是一条公路，东面是一条铁路，噪音四起，严重影响了学校的教育教学。学校也毫无绿化可言，由砖块铺成的操场面积狭小。同时，校舍是原来某工厂的厂房。教室狭小拥挤，设备简陋：将一块用墨汁染黑的木板钉在墙上就成了所谓的黑板；桌凳更是破烂不堪，高高低低，横七竖八；另外，教室里连电灯都没有，经常连用电都成困难。教师几人共用一间的宿舍，阴暗潮湿，通风条件很差……厕所是砌起来的露天厕所，环境极差。
学校没有专门的图书馆，而学校所有的为数不多的一些捐赠的读书都摆放在一个小小的书架上，到了假期就转移到学校办公室。七百多名师生中绝大部分在学校吃午饭，少数离校较近者回家吃饭。学校没有餐厅，学生盛了饭后都端在教实里趴在桌子上吃。而饭菜质量、卫生状况也不容乐观。学校没有任何的体育设施或器材，体育课无法正常开展，上课时集合一下，然后就是自由活动。
有两名支教志愿者先后两次来过该校，写的支教日记摘录如下：
我知道打工子弟学校的条件不好，但我看到的学校没想到会这么不好。漫天飞舞的黄沙；轰隆隆的火车就在校围墙外，可以说是贴着围墙的；老师的办公桌就安在狭窄的教室里，普通老师似乎没有办公室的；学校里只有两排房子当作教室，没有可以活动的操场；各班的教室上面是相通的，没有任何的隔音效果；一群在地上抓石子玩不知名的游戏的孩子；孩子们争先恐后抢着水龙头喝水……看了这些，都让我们心酸，原来奢靡的北京城里竟然还有这样的地方，而这个地方竟然是我们进行中小学义务教育的地方！原来繁华的北京城竟然还有这样一群人，孜孜不倦求学而连基本校舍都没有的进京务工人员的孩子！本都是中国公民，可以拥有名正言顺的免费义务教育机会，而他们似乎被遗弃在这个范围之外。
虽然第一次支教给我带来的是无比的沉重，但我依然怀着同样热情的心去迎接那些热情的孩子。
然而，到达目的地时看到的景象却令我们目瞪口呆：上次的校舍已经被夷为平地，周围是和上次一样的破败！而我们到达之前却没有听说过校舍已搬迁的消息！原来这就是所谓的“动荡”？！我的心像是被猛浇了一盆凉水……
我们花了大约一个小时的时间寻找学校所在地，终于在精疲力竭之时打听到了具体地址。等了一会儿有辆小“面的”来接我们了，我们庆幸当天不是所有志愿者都到，否则我们坐在如此狭窄的车里会被烤熟的！
汽车把我们带到了一个更加荒僻的地方，还好校园外面和里面的环境不是很差。然而教室的环境却大不如前。我所在的四年级一班和四年级二班之间仅仅隔着一层薄薄的、几乎没有隔音效果的墙壁，两个班之间互相干扰；课堂秩序难以维持……让我印象深刻的是，我在同学当中做一份调查问卷时，问卷中涉及到一个问题：看到教室白天开着灯，会不会主动关掉？同学问我，教室没有电灯，这道题该怎么答？！我抬头看看，教室仅有的电器是尚未被允许运转的电风扇！教室的简陋程度可见一斑！这次来，我第一次接触二班的同学，我给他们讲到三角形的相关知识，让他们说出三角形的分类时，有人坚持全等三角形就是等腰三角形，我一再纠正，可是他们却坚持自己的已获得的知识，这其中反映出的包括老师素质在内的种种问题我们应该如何去看待呢？我们针对这些问题又能做些什么呢？
这个学期在我们因调研而走进这个学校的时候，发现条件有了一定的改善，表现在：校门经过粉刷加上了图案，插上了各色旗帜；所谓的操场铺上了砖块，也竖起了五星红旗，其他空地也用砖块铺就了通往各个教室的小道；教室里面经过装修，隔音效果明显好转，使得它成为一个较为像样的教室；办公室也像一个办公室了；教师方面，这一个学期从师范学院招聘了10名老师；暖气设备也在近期安装。通过两个学期的支教活动以及两次前往学校进行访谈的过程中，我们发现尽管该校已经被批准为合法学校，但是目前仍存在以下一些问题：
老师是一个学校发展的重要方面，攸关学校命运，但是我们从学校老师的来源和构成中看到，老师主要由乡村民办教师、公办教师或退休教师和师范院校毕业出来的，虽然看起来老师比较充足，但是真正来讲，很多老师心不稳，一个由于学校办学条件、教师工资和政府政策的原因，还有就是人往高处走的心理，从而导致很多老师无心治学，找到了可以去其他更好的地方的机会的时候，就很难再留住。据该校校长介绍，该校的老师流动性的比率高达40%，试想如此高的流动率，留下来的老师会教得怎么样，也就要打上一个大大的问号了。在调研的过程中，我们随机听了一节小二数学课和小四计算机课。来到小二班的时候，老师非常匆忙，也很紧张。至于该讲什么内容，居然还征求学生的意见，最后才决定讲数学。课上，讲的是估算周长。但是在教学过程中，并未达到我们预期的教学目的。练习册上总共有四幅图，老师分别叫了四个学生上黑板上去做，尽管方法各异，但是没有一个完全正确。此种情况下，我发现老师透露出一种紧张，有点恨不得要替学生去估算。课堂纪律方面，因为学生多教室空间小，显得很嘈杂。计算机课则是几十个人共用10多台计算机，因为没有联网学的是基础的打字以及其他基础知识。通过这两堂课，我们可以推断出，学生接受教育的质量会怎样。
在同老师和校长的访谈中，我们得知学校的学生流动率达30%——40%，甚至更高，且年级越高，流动性越强。办公室里，也看到了虽然学校八月二十多号就已经开学了，但是至今仍然有家长带着孩子陆陆续续的来报名。至于其中原因也是多方面的，主要还是家长的流动性强，孩子主要跟着家长走。我们也可以追问一下为什么？孩子的课业怎么得到保障，教育如何完成他的连续性，义务教育在这些孩子们的身上取得的效果又会怎么样？
从学校的概况以及志愿者的日记里面我们就可以看出该校是一种什么样的状况。图书室、计算机室、食堂卫生安全、体育器材、学校绿化水平、供初中生学习的实验室、厕所、学校里面的危房改造、暖气——所有这些问题，该怎么样来解决，是摆在了学校、家长更是社会与政府的面前。这些基础设施的缺乏或者简陋，学校是否称得上真正的意义上的一所学校？
这两个案例，是中国当前转移人口，尤其是农民工子女在打工子弟学校学习的缩影。由此可见，因为身份上的不平等，农民工及其子女与城市人员虽然同在一片蓝天下，但是享受到的教育权利是绝对不一样的。
2.转移人口子女学习费用相对较高
农民工收入较低，大部分还生活在城市贫困线以下，无法面对城市公办学校昂贵的求学成本。虽然教育部门三令五申要求各公办学校要一视同仁，但实际上收费这道无形的门槛依然存在。目前教育部虽然已经出台政策取消“借读费”、“赞助费”等，但各地政府依然通过各种渠道向农民工子女收取1000-3000元高额入学费用。有些地方虽已取消了各项额外收费，但每个学期几百元的学费和书杂费对于收入并不高的农民工家庭来说依然是个不小的数目。接受义务教育是每个公民的基本权利，然而这一切在公办学校的高收费门槛和家长羞涩的钱囊面前都可能成为奢望。尽管许多城市的主管部门都在承诺解决城市农民工子女的教育问题，但近乎残酷的现实是，很多孩子仍处于无学可上的“漂泊”状态。
前面谈到打工子弟学校的学生学习状况非常差，其中有一些“有能力”的家长不甘心孩子受委屈，就把孩子转到就进的公立学校，但是不得不缴纳比城市子女要高很多的额外费用。