行政区经济不同于经济区经济。行政区经济可以是一种区域经济类型，从区域经济类型角度考察，行政区经济是滞后的区域经济类型。行政区表现为以行政中心总揽全局，经济区表现为经济中心是经济区的核心；行政区的运行靠国家政治体制和行政体制，经济区的运行遵循市场规律；行政区是刻意做成的，经济区是自发生成的；行政区有明确固定的行政范围，行政范围不轻易变动，经济区地域范围并不固定，且边界并不像行政区那样非常清楚。“行政区政府对区域经济的发展起主导性（甚至决定性）作用，这是区别于经济区经济最重要的特征。封闭性是行政区经济别于经济区经济的又一具有本质差异的重要表现。”
3）行政区经济的不好表现
行政区经济产生的原因众多，财权与事权没有统一是一个重要原因，此外有关法律也助长了行政区经济。“中南财经政法大学教授乔新生认为，烟草专卖制度属于反垄断法的例外条款。‘这个例外有没有修改的必要，值得我们思考’。有法学专家认为，烟草行业本就属于垄断行业，烟草专卖法赋予烟草专卖行政主管部门进行专卖管理的权力，政府部门从经济利益出发，利用这种权力，扶持本地烟草企业，其本质就是在制造地方贸易壁垒。”（“红头文件”摊派烟草深层调查［N］.法制日报，2009年5月13日）“长期以来，一些重点大学成了所在地的‘自留地’。从表面看，是地方保护主义在作祟。”
行政区经济的负面效应的一个重要表现就是政府“设租”、“寻租”（Rent‐Seeking）。行政权力可以创造寻租的条件，于是政府官员在制度变迁的过程中，利用权力设租（Rent‐Setting）。“寻租”，就是用行政权力比如审批制度、许可证制度等干预市场，寻求财富转移，追求非生产性利润的活动。“寻租”与“寻利”（Profit‐Seeking）不同。“寻利”是生产者通过市场机制获得收入，是一种生产性活动，它能创造价值，而“寻租”主体既有生产者也有政府，是一种通过浪费有价值的资源来消灭价值的非生产性活动。寻租危害性很大：造成社会经济资源的浪费和资源配置的扭曲，阻止了更有效的生产方式的产生，引发追求行政权力的寻租竞争，引发“避租”行为的抗衡。
具体表现为：
一是招商引资恶性竞争。各地都成立了招商局，各地均把优惠政策作为吸引项目的主要手段甚至是唯一手段，从而形成了恶性竞争。事实上，靠优惠政策招商引资有很大的局限性。首先，政策过于优惠严重削弱了政府财力；其次，地方很难保持政策优惠的顺差。
二是税源争夺，管理困难。利润最大化是企业的追求，政府吸引企业采取一地注册另一地经营策略。本地税收优惠，企业在此注册。这种现象不仅使经营所在地税源流失，而且也给管理带来困难。企业属于哪个地方政府管，不明确，能否管理好，不清楚。
三是政区交界处问题多。不同行政区交界处往往是“重灾区”。
四是上下级行政区利益争夺。国有企业有隶属问题，上级政府与下级政府在企业归属上常常发生争执，上级政府往往把效益好的企业划归自己管辖，而把效益差的企业推给下级。
五是上下级行政区责、权、利不一致。中国有严格的行政等级制度，下级服从上级。上级可以随时把事务交给下级，这样下级责任增加，但权力、利益并没有相应增加，或者长远打算把某事务交给下级，但权益移交滞后。比如市政基础设施的建设与管理，按照设施等级，有行政层次分工，但有时上级指示下级承担更多的设施，尽管权益并没有增加，但下级也只好领受。
六是影响企业之间的经济联系，限制企业向外投资。即使在同一城市，由于企业的上级主管部门不同，企业间的经济联系也会遭到行政势力的干扰。“最典型的例证之一就是在南京地区方圆30公里范围内存在着扬子石化、金陵石化、仪征石化和南京化学公司。这4家企业客观上本来存在着紧密的内在经济联系，但由于上述企业分别隶属于中国石化总公司、纺织总会和江苏省，经济协作变得十分困难，迫使各个企业都向‘大而全’的方向发展。其中，仅扬子石化和金陵石化在重复建设方面就花费了上百亿元，已建成的项目却又开工不足，严重影响了企业的经济效益。”地方政府倾向于控制所属企业，不太支持本地企业到外地投资建厂。
七是产业结构趋同。相邻行政区产业结构差异较大为好。但由于相邻地区资源禀赋相近，发展条件相差不悬殊，地方政府都倾向于效益好的行业，因此导致了产业结构严重趋同。“江苏与浙江的相似系数高达0.97。以苏、锡、常三地为例，三市同将‘机、纺、化、冶、建’作为支柱产业，且行业排序与比重出奇的相似。另外，在地方产业体系构建上，各地普遍存在着‘大而全’、‘小而全’的布局倾向，如纺织行业都要搞‘纺、织、染、销’一条龙，结果在同构竞争的道路上愈走愈远。”从而也导致产品销售本地化、加工原料本地化的封闭型生产状态，市场信息知之甚少。
八是阻碍商品流通。“有统计表明，我国20世纪90年代的省际贸易量已经低于20世纪80年代，1985年我国省际贸易占商品零售总额的比重为60%，到1992年已降至50%。”“法国学者庞什（Sandra Poncet）发现，1987-1997年间，中国国内各省人民购买本省产品对外省产品之比例，由11倍上升至21倍，省际阻隔，以隐含的税率来看，由35%升至45%。由此看来，国内各省之间的壁垒比许多国家之间的贸易壁垒还要高。”
九是低效的资源配置。资源不能到最需要的地方，致使拥有资源的不能充分发挥资源的作用，没有资源的设备只好闲置，从而不仅资源效应没有得到有效发挥，而且多个地方备受损失。
十是交易成本上升，低水平的经济均衡。生产和交易构成全部经济活动，生产是人对自然，交易是人对人。生产和交易的状况是由制度决定的。交易分为买卖交易、管理交易和限额交易3种类型。买卖交易是市场行为，管理交易是上级对下级的指示，限额交易是政府对个人的要求。
计划经济条件下的运行主体是政府，市场经济条件下的运行主体是企业，行政区经济条件下的运行主体是政府和企业。交易成本是交换所有权的成本，包括信息寻找、与人谈判、参与决策、接受监督、实施交易等环节的开支。诸环节均与买卖交易、管理交易和限额交易有关。3个条件比较，行政区经济条件下交易成本最高，因为：行政区经济条件下，交易的不确定性增强，幕后交易增多，还有贸易壁垒的存在，政府寻租，致使买卖交易成本增加；机会主义泛滥，投机倒把盛行，因此政府监督增强，干预增多，致使管理成本、限额成本增加。“在新古典经济学中，根据理性选择模型，‘在给定偏好、各种约束和选择域的条件下，个人可以实现最优化’。一般认为，当重新调整过程已经完成而同时约束条件也不再发生变化时，这种选择会趋于稳定，此时我们就认为经济运行实现了均衡。”考虑到交易成本的上升，均衡结果的形成趋于复杂。行政区经济的存在，使得企业交易成本高于市场经济条件中的交易成本。这样，行政区经济的均衡是一种低效率、低增长状态下的均衡，结果的惯性作用使得行政区经济呈现长时间低水平徘徊格局。
4）行政区经济走势：新型行政区经济
行政区经济不可能消亡。一是由于中国的历史文化背景相对而言比较顽固；二是由于中国这种单一制国家向来看重政府的作用，发展的行政化难以消除；三是行政区经济对地区发展有很大的正面效应，行政区经济通过合作博弈、功能整合所体现出来的正面效应会更加突出。