金陵大学校园形态组织是典型的线式组织，占主导地位的是一条南北向的景观轴，校园中的建筑和设施都沿其两侧布置。从1913年金陵大学规划总平面图上看，建筑师根据金陵大学所包含的预科部、师范专修科、医科、大学部和进修专门学校，通过垂直于南北主要景观轴的东西向道路将整个校园划分成格网，安排大学中不同的功能属性。大学部是校园中的核心，建筑师将其安排在南北主轴线的最北端，并用行政大楼作为整个校园空间的高潮，行政大楼也是当时南京最高大的建筑；医学部紧邻大学部位于轴线东北端；运动场和公共花园安排在大学部南边，主轴线之东；这样大学部和其南边依次布置的住宅、预科部和师范专修科就成“U”形环绕这些活动场地，利于资源共享；主轴线的最南端用河流包绕的中学部作为结束。就金陵大学校园整体空间形态而言，建筑师显然是受其本土美国大学校园形态的影响。首先是校园的开放性，打破传统封闭院落式空间布局方式，主要建筑面向中心轴线，强化中心景观轴的共享性。其次，在校园形态组织上遵循了西方“学院派”规划处理手法，几何对称的校园空间构架、建筑前几何形草坪、广场等。当然明清宫殿建筑群空间布局在金陵大学校园形态构筑中也有所体现：强调中轴线和对称布局——居中为尊，突出大学部尤其是行政楼在整个校园形态中的最高地位，将中国传统建筑布局中的等级“礼”制观念与教会大学所强调的基督教、差会崇高地位相结合。
如果我们将金陵大学校园形态放进当时南京城市总体形态中看，还会发现：帕金斯、佛罗斯及汉密尔顿建筑师事务所是在考虑了南京传统城市形态后对金陵大学校园作出相应规划的。南京因地处江湖山丘交汇之处，城中的皇城偏处城东，而城中南部是以秦淮河沿岸地带为核心的经济综合活动区，西北部是城防区。表面上看这不符合传统以宫为中心的城市形态构成，但实际上依然是以宫城中轴线在总体布局上起主导作用。南京城市形态以宫城之南北轴线充作全城之主轴线，旧城中轴线与之平行，以对主轴线起辅助作用；而从东华门至西华门的东西轴线向东延伸至朝阳门，向西延伸至西城门成为城市形态的主要辅助，依次连接了中部的经济活动区和西北部的城防区。金陵大学位于旧城之北、鼓楼之西南，在南京市的几何中心附近，毗邻南京新兴的工商业、金融中心；其校园形态尊重城市原有肌理，采用平行于宫城轴线的南北向轴向纵深布局、格网骨架；位于轴线北端的行政楼是校园中的最高处，与鼓楼平峙，由北向南，顺坡而下，充分利用地势起伏来布局规划。
同时，设计者为了追求强烈的轴线关系和突出行政楼，甚至牺牲南北主轴线两边建筑的南北朝向而采用东西向布局。那么传教士们是否有意识地想用象征基督教文明的教会大学——一块文化飞地，取代宫城在传统城市中的中心地位，创造新的文化朝圣地？金陵大学规划中还有一点值得回味，由于校园轴线和围合的方法与城市形态相契合，因此校园对于城市完全开放，并且金陵大学所包含的预科部、师范专修科、医科、大学部和进修专门学校等由此不但获得了与城市接触的平等性，而且每个分区又作为一个完整的个体拥有独立性。此外，由于金陵大学是美国教会组织创办的教会大学，吸收了一些美国本土办学的经验，特别是它是第一个将美国高等农业教育中教学、科研和推广三位一体的制度引入中国，寻求实现美国式的高等教育职能向为社会经济发展提供直接服务方向延伸。因此，金陵大学创办农学院，校园中设有农林实验场，并在南京太平门外置大量实验农场——校园形态出现新的构成元素并向城市中延伸。
金陵大学的校园建筑风貌亦是当时基督教会要让“教会与中国文化联姻洗刷西洋色彩”的具体表现。也许设计者认为，只有正宗的清朝宫殿式建筑形式才能登上大雅之堂，从而代表中国的传统；也许是传教士们认为教会大学最终将取代传统儒家文化成为新的文化中心。总之，金陵大学校园建筑整体风格既吸纳了中国北方官式建筑的特征：灰筒瓦歇山顶，造型严谨对称，外观用青砖墙面，建筑进深较大，窗小，显得封闭、稳重，建筑细部采用典型中国传统装饰，如砖雕等；同时又具有西洋建筑的体量组合方式、平面布局、结构形式以及审美观。
2）美国建筑师墨菲和他在中国的实践
1911-1926年期间，由外国教会大学兴起的大学校园“中西合璧”式形态构筑成为那个时代中国大学校园形态的代表。而教会大学这种“中西合璧”式校园形态的源起是建立在传教士们认识到在文化上彻底征服中国是不可能的，强硬的文化对抗不是传教良策，教会大学必须符合中国国情，与中国传统文化紧密融合，只有这样才能使教会大学获得新的发展。
怀着教化中国人、使他们改变信仰的目的，初期教会大学只是简单地将他们所认为的中国传统建筑中最显而易见的符号——大屋顶生硬地扣在西式建筑的头上，而对于中国建筑体系以及中国传统书院形态构筑中“礼乐相成”的精神都没有涉及；他们沿用了当时西方校园规划理念和模式，只是将西方大学中“帕提农神庙和大教堂的集合”换成“中西合璧”式帕提农神庙或大教堂和中国宫殿建筑的集合。也因此，梁思成才会对传教士们引以为傲的华西协和大学校园整体风格发出“如协和医学院与华西大学，仅以洋房而冠以中式屋顶而已”的感慨。但是教会大学校园形态这种亦褒亦贬的局面，在经由美国建筑师墨菲在中国的一系列校园规划设计后，逐渐形成一种运用明确的功能分区规划方法结合中国传统造园手法与建筑风格的校园形态，在物质表征上奏响了一个文化和谐的和弦。
我们翻开墨菲在中国近代大学规划、建设上的厚厚履历：1914年长沙雅礼大学（教会大学）整体规划和建筑设计，1916年北京清华学校（利用美国退还的庚子赔款成立的一所留美预备学校）整体规划及四大建筑，1919年上海复旦大学（五四运动爆发后，由原教会大学——震旦大学退学学生，教师创办）整体规划及建筑群，1919年福州福建协和大学（教会大学）整体规划及建筑群，1919年南京金陵女子大学（教会大学）整体规划及建筑群，1921-1926年北京燕京大学（教会大学）总体规划及建筑群等。墨菲设计的中国大学校园可以分为三类：一类是长沙雅礼大学、上海复旦大学和福州福建协和大学这样通过仔细研究中国传统建筑形制，追求将建筑建造得更具有艺术性，能把中国的过去与其科学的将来联系起来，而在校园规划上则传承了西方理念和模式。第二类是北京清华学校这样完全采用欧美新古典主义建筑形式，明确功能分区规划方法并借鉴中国传统建筑组织模式以院落作为空间组织“原型”。
最后是南京金陵女子大学和北京燕京大学这样在校园规划中或结合中国传统建筑群组织、布局理念、空间表现手法，或结合中国传统造园手法和意境，辅以仔细推敲的“中西合式”校园建筑风格所造就的“中国化”大学校园。从墨菲的设计理念发展过程中，可以清楚地看到当时中国社会变动对他以及对教会大学校园形态的影响。与1919年前刚刚摆脱封建枷锁的中国正努力探索自己的政治方向一样，中国的大学也正在摸索属于自己的校园物质环境形态，教会大学也因此获得了充分的发展机会和空间。“中国本土式”风格还是“西洋式”风格，传教士们众说纷纭，而教会所聘用的外国建筑师对中国传统建筑和规划理念的了解也是流于皮毛，仅仅用戴上“帽子”的建筑单体来体现“中西合式”的大学校园形态。当然，这种居高临下带着强烈文化本位主义价值观的设计并不能彻底打动中国人，反而有些显得不伦不类。1919年五四运动是近代中国大学发展的一个转折点，其所激发的爱国主义和民族主义热潮迫使在华教会基督教中国化传播策略的确定。教会大学校园形态此时才真正开始寻求与中国文化的联姻，墨菲在金陵女子大学和燕京大学的规划中首创，运用明确的功能分区规划方法结合中国传统规划、造园手法与空间意境，辅以“中国化”古典复兴的校舍建筑风貌成为这种中国新型校园的代表。这种尊重中国人民宗教情感和文化心理的校园形态不但在当时广受好评，减缓了传教阻力，而且影响了中国第一代本土建筑师在其后国民党统治时期的大学校园规划、建设活动，甚至在国民党统治时期的“首都计划”（南京）上亦有所体现。以下将具体阐述墨菲规划设计的清华学堂、金陵女子大学和燕京大学。
1）清华学校
清华学校在墨菲的中国大学项目中比较特殊，它是唯一一个完全没有采用“中西合璧”式风格的大学校园。这就首先要阐述一下清华学校创办的背景：“清华之立，其源实导自庚子拳匪之乱……四万万人之膏血，清华所以成立之元素也……且自美雨西来，留美学生之势力寝盛，将来中国之命运，殆全操诸留美学生之手。而清华实为留美学生之造制厂。”也就是说，清华学校既是一所用美国退还的庚子赔款开办的留美预备学校，又是一所现实意义上的国立大学。因此，一方面美国视清华学校为其盎格鲁萨克逊文明在中国的传播地；当时，美国伊里诺大学校长詹姆生曾向美总统梯奥道尔·罗斯福提交备忘录称：“为了扩张精神上的影响而花一些钱，即使只从物质意义上说，也能够比用别的方法收获得多。商业追随精神上的支配，是比追随军旗更为可靠。”另一方面，民国初年，清华学校由中国外交部独揽大权。相对于教会大学和中国国立、私立大学，清华学校是整个中国高等教育环境中的异数，其社会价值取向颇具戏剧性，表现出两种因素的交织。
当然，由于管理权在中方，所以尽管清华学校是以衔接美国高等教育为目的，校园里的教育活动主要采用美国的教育制度、内容和方法，但它依然可以被认为是一所国立大学。这对墨菲而言是一个机遇，在古老的中国建立起与其本土大学校园相仿的学校，校园的物质形态终于可以和清华学校所教授的美式文明一致。清华学校东部留美预备学校中墨菲设计并建成的四大建筑——大礼堂、图书馆、科学馆、体育馆，均才用西式建筑风格。其中大礼堂是罗马式和希腊式的折衷风格，其他建筑也是西洋折衷风格。可见所谓“中化”或“西化”的校园物质形态并不是关键，关键在于大学社会价值取向所蕴涵的社会政治、文化意义或是想掩饰的政治、文化目的。
清华学校清末建校之际是以清室原有清华园为堂址，原面积450余亩。1914年，政府续拨西边之近春园地480余亩，此外又先后征购南面之民地200余亩，总计约1200亩。墨菲根据当时清华学校的事业规划，运用现代功能分区的规划方法，在一个校园内布置了两个学校：原来清华学堂旧址为八年制留美预备学校，其西部近春园基地为四年制的综合性大学。综合性大学和预备学校两部分各有一条南北向的轴线，互相平行、对外独立，并通过校园内的河流、林木等自然景观连成一个整体。具有象征意义的是留美预备学校和四年制综合大学分别借鉴了中西方两种规划或建筑组群布局模式，以物质形态环境阐明了不同性质学校所教授的文明特质。
校园东部的八年制留美预备学校在清末清华堂时期已建有学务处（原工字厅等清华园遗存园林建筑群）、高等科（第一院、第二院）、中等科（第三院）和北院、校门(现在的二校门)等；基本上呈现“品”字形发展，各部分之间没有关联，校园空间架构不明晰，道路系统混乱。针对这种情况，墨菲在品字形校园中心设大礼堂，与新建的科学馆、高等科、大草坪一起形成美国弗吉尼亚大学式的开放、对称的半围合型校园中心，并构成从校门到大礼堂的南北主要轴线；新建图书馆则和原有医院一起构成一条东西向的辅助轴线；新建体育馆和运动场地位于医院北边，中等科的西面；这样原来无序发展的校园形态通过整合形成核心型中心辐射式布局方式。但是我们对比墨菲的原始规划图和1923年清华校园实际测绘图可以看到，墨菲的设计中采用如科学馆一样东西向的建筑取代原来高等科南北向的建筑布局，以便通过完全对称、有序的排布而突出大礼堂所统领的主轴线。而且在校园公共主轴线的统领下，各个学院建筑群均以封闭四合院落空间为形态单元，包含了宿舍、教学等完全功能，类似中世纪的学院形态构成。政府政治控制与现代大学开放、民主精神在这里通过开放与封闭空间形态间的融合、转换得到较为完美的体现。但是如果说，这种“学院派”规划手法运用依然是西方固有文化的体现，那么校园西部四年制综合大学的设计则体现了墨菲对中国文明的理解。