他具体提出了真主“十无二不”的特性，既“无象”又“实有”。他又说： 真一乃单另之一，非数之一，非独一也。曰：“太极生两仪，两仪生四象”，物数之一也。曰：“一本万殊”，“万法归一”，亦数之一也。曰“无名天地之始，有名万物之始”亦数之一也。以是观之，诸所谓一，乃天地万物之一粒种子，并是数一。真一乃是数一之主也。
他把一分解为三：真一、数一、体一。这三者的关系，他在《清真大学·题纲》中写道：盖辨一有三：曰“单另之一”、曰“数本之一”、曰“体认之一”。单另之一，乃天地万物之主也；数本之一，乃天地万物之种也；体认之一，乃天地万物之果也。
刘智将王岱舆的“真一、数一、体一”的“三一”学说加以进一步发挥，强调宇宙巨细都是真主的造化之物。“万宗归一”，一是数的本质，数是一的形式，“唯一非数，是数皆一，一者其体，数者皆用。”他在《天方性理》中对“一”作了剖析，一分为三，“三一非三，一而三义”：“体用浑然，是名真一；由体运用，是名数一；返用归体，是名体一。”刘智已经把“三一”学说概括得很清楚，即真一是独一本然的真主，是造化万物、创造世界的真宰，真宰从无到有，自一至多，生成万紫千红的世界，握有绝对神圣的权力。
王岱舆、刘智这种哲学思想的形成，显然受到中国古代老聃和宋代理学思想的影响。老子《道德经》说：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”道是“无名”的东西，而“无名天地之始”，万物是从“无”产生的。北宋理学创始人周敦颐着《太极图说》，阐发了“无极而太极”的观点，用以解释宇宙的本源和万物的生成，认为宇宙的本源是太极，太极的动、静而生阴、阳，阴阳互交又生“五行”(水火木金土)，五行相互作用再“化生万物”。以后程颢、程颐和朱熹有各种解释，但大体上不出周敦颐的框架。王岱舆、刘智等伊斯兰哲学家正是从宋儒那里接受了营养，将中国儒家哲学中的内省认识和宋元理学中客观唯心主义的推理方法移入伊斯兰教的认主学神学之中并赋神学思想于哲学意义，以理性解释真主，用思维代替说教，建立了伊斯兰神学--哲学体系。
在伦理观上，王岱舆更直接采用儒家道德理念诠释伊斯兰教义。他宣扬忠孝，把忠于真主同忠于君、忠于亲(父母)联系在一起，认为“人生住世有三大正事，乃顺主也，顺君也，顺亲也。凡违兹三者，则为不忠、不义、不孝矣。”(《正教真诠·真忠》)顺真主者为真忠，真忠者必顺君、顺亲，三者是不悖同一的。王岱舆还把伊斯兰教的五功--念、礼、斋、课、朝，与儒家的“五常”联系在一起，认为念是口不忘真主，就是“仁”；课是施舍周济贫困，是“义”；礼就是各种礼拜，与“礼”是一致的；斋是自戒悟性，就是“智”；朝是定期朝功、朝觐，就是“信”。这样，儒家的仁、义、礼、智、信又与伊斯兰教的五功不悖了，也成了穆斯林恪守必修的功课。
刘智在伦理观念上把儒家学说与伊斯兰教义糅合得更紧密。他说：“虽载在天方之书，而不异于儒者之典；遵习天方之礼，即犹遵习先圣先王之教也。圣人之教，东西同，今古一。”（见《天方性理·自序》。）他把伊斯兰教的“五功”与儒家的“五典”结合起来，他说：“五典者，乃君臣、父子、夫妇、昆弟、朋友之常经，为天理当然之则，一定不移之礼也。”又说：“圣教主五功以尽天道，又立五典以尽人道者，天道、人道，原相表里而非二也。盖尽人道而返乎天道，斯天道有以立其基；尽天道而存乎人道，斯人道有以正其本。天道、人道尽，而为人之能事毕矣。”（见《天方典礼·五典》。）他把“五功”与“五典”的关系表述得相当深刻。但是“五功”与“五典”中最核心的问题是“真主”与“君主”的关系，处理得不当就会触犯封建皇帝，关系到伊斯兰教的生存问题。刘智十分巧妙地回答了这个问题。他说：“君者，主之影，忠于君，即所以忠于主也。”（见《天方典礼·臣道》。）“王者，代真主以治世者也。王者体主，若影之随形。”（见《天方典礼·君道》。）“念主而忘君，非念主也；念君而忘主，非念君也。”（见《天方典礼·臣道》。）
王岱舆、刘智等伊斯兰学者，将伊斯兰教神学与中国传统唯心主义哲学结合起来，把伊斯兰教法与中国传统的伦理道德观统一起来，无疑是世界伊斯兰教史上的特有现象。它既产生了中国伊斯兰教哲学，也使伊斯兰教迈上了中国化的过程。
二、回族中的伊斯兰教派与门宦
(一)三大教派的形成
1.格迪目
格迪目是中国伊斯兰最早的一个教派。格迪目是阿拉伯语Qadim的音译，意为古老的，故又称老古派、尊古派，普遍称为老派。我国甘宁青地区因格迪目主张“沙目”(即昏礼，伊斯兰教每日5次拜功中的第4次)之后开斋，故又有“后开派”之称。
伊斯兰教自唐代传入中国，当时并无教派之称，因为中国穆斯林所信奉的基本上是哈乃斐及其以前的教义教律。穆罕默德逝世后，在第四任哈里发阿里时，什叶派崛起，并向正统的逊尼派挑战。逊尼派着重于继承穆罕默德的宗教教义，主张维护正统体系。伊斯兰历80年后，大伊玛目哈乃斐(699~767年)取得教律学权威。这时大批穆斯林进入中国，他们传入中国的正是哈乃斐宣传的教义教律，所以逊尼派的教法教律，经过哈乃斐学派阐发后，在中国内地伊斯兰教的发展中一直处于主流地位。
但是，从明中期以后，随着回族共同体的形成与发展，广大穆斯林对传统伊斯兰教的衰落表示不满，普遍要求进行宗教变革。胡登洲在陕西创立经堂教育后，西方伊斯兰经籍开始引进，一批既懂得西方经籍又有深厚儒学基础的经师脱颖而出，江南等地开始的“以儒诠经”活动，加上长期以来苏非派传教活动影响，中国内地的伊斯兰教处在大变动之中，传统的伊斯兰教在分化，那些主张奉行哈乃斐学说的、坚持传统尊古的穆斯林，打出了“格迪目”的旗号，形成了具有自己风格和特点的教派。
格迪目的教权组织是单一的教坊制。教坊是唐宋以来的番坊发展而来的。教坊的含义也缩小成清真寺的别称，即一个教坊就是一个清真寺。清真寺成为一坊的宗教、政治、经济、文化活动的中心，各教坊之间互不隶属，各自独立。教坊管理采取教长聘请制和三掌教制，三掌的名称因地区而各异，甘宁青地区一般为掌教(伊玛目)、海推布(教经)和穆安津(宣礼)，后来分别改名为开学阿訇、二阿訇和玛金。寺务由公推的学东、乡老负责，管理寺产、财务，选聘阿訇，筹办各项宗教活动。经堂教育兴起以后，格迪目教坊成为推广经堂教育最好的组织形成，因此，凡是格迪目教坊推行的地区，经堂教育也得到较大的发展。
自18世纪苏非派在中国重新活跃起来后，格迪目教派受到很大的冲击，一部分教民参加了苏非派所属的各个门宦；到19世纪末和20世纪初伊赫瓦尼派和西道堂创立后，一部分教民又分化出去。但格迪目派一向采取宽容态度，他们虽然反对标新立异，却不干预任何门宦教派的宗教主张，而且对各门宦、教派中真正能按《古兰经》、“圣训”传教的人视为贤者，给予尊敬。因此，20世纪以来，格迪目派人数和地位虽然急剧下降，但其人数仍然是全国伊斯兰教中最多的。
格迪目派十分重视法定干功(舍若阿提)，要求严格履行念、礼、斋、课、朝五功，坚信安拉、使者、天神、经典、后世、前定六大信仰，视坐静修持为副功。他们很重视宗教末节。
2.伊赫瓦尼
伊赫瓦尼派是清光绪年间兴起的一个新的教派。伊赫瓦尼是阿拉伯语Ikhwan的音译，原意为“弟兄”，因其创立较晚，故称为新教、新兴派。1888年，河州东乡果园村人马万福到麦加朝觐留学，受瓦哈比教派影响很深，回国后结合中国伊斯兰教实际，联络河州着名的十大阿訇，创建了伊赫瓦尼派。到20世纪30年代以来，在甘宁青地区确立了优势地位。
瓦哈比派是18世纪中叶创立于沙特阿拉伯的一个教派。创始人为穆罕默德·本·阿布杜拉·瓦哈卜(1703~1778年)，该派坚持严格的一神论，强调安拉的绝对独立性，反对一切含有多种崇拜、偶像崇拜的行为，反对信仰吉日、厄运、占卜等思想，要求恢复早期的教义，反对饮酒、吸烟、跳舞、赌博，故有“清教派”之称。马万福在麦加受到了瓦哈比派的影响，据说回国时还带回了三本瓦哈比经书，即阿卜杜勒·瓦哈卜的《克什分恕布哈其》、穆罕默德着《艾札以卜穆罕玛其》、穆罕默德·阿路西·阿凡吉的《台夫西勒如海尼默阿尼》（马通：《中国伊斯兰教派与门宦潮源》，银川：宁夏人民出版社，1986年，第184页。）。他与十大阿訇反复讨论，提出着名的“果园十条”：
(1)不准修建和信仰拱北；
(2)“尔麦里”(功课)自己干；“祷拜”(忏悔)自己做，不承认门宦老人家给“口唤”；
(3)不干“天命”，而干“余功”是“比代尔替”(异端)；
(4)人死后不准披麻戴孝，不能哭，不念七期、百天、周年的“海亭”，若给亡人念“海亭”应在主麻日或其他日子；
(5)不念圣纪，不念“阿术拉”(因“阿术拉日”是什叶派的重要纪念日)；
(6)嫁女、娶媳不准唱宴席曲，不准摆针线；
(7)不用《古兰经》传“费子耶”(赎罪)，而用钱传“费子耶”；
(8)回族妇女戴上盖头，取消缠手帕，禁止缠足；
(9)不在坟地集体念《古兰经》，只能一人念，送葬人集体听，大家接“都哇”；
(10)信教男子留胡须，剃头，以示遵“逊奈提”（马占彪：《伊合瓦尼教派与马万福》，载《西北回族与伊斯兰教》，银川：宁夏人民出版社，1993年，第355~356页。）。
此后，马万福倡导的伊赫瓦尼教派提出“一切回到《古兰经》中去”的口号，以“凭经立教，遵经革俗，反对异端”为纲领，大力开展宗教革新。他们主张“清真言要自己念，别人不能代替”，阿訇为教徒念经不应收费；反对铺张浪费的宗教仪式，丧葬和祭祀排除汉族佛、儒的影响；提倡阿、汉并重的经堂教育。他还与十大阿訇摘编了一本系统阐述伊赫瓦尼主张的经书--《布华里咱德》，对五功作了严格的规定。
伊赫瓦尼派在西北回族中传播很快。当时正是1895年陕甘回民起义、河湟事变之后不久，广大穆斯林需要在虔诚的宗教信仰中得到精神安慰。马万福由于参与“河湟事变”，遭到清政府通缉。
1916年马万福在新疆被捕，在押送兰州途中，被在西宁的甘边宁海镇使马麟劫持到西宁。此后，马万福就在马麟、马步芳支持下在青海传播伊赫瓦尼。
1934年马万福去世后，伊赫瓦尼派分为两派：一派以尕苏哈只为首，奉行原宗旨，称苏派，因主张礼拜时一抬手，俗称“一抬”，人数居多；一派以尕白庄马得宝为首，改革原宗旨，自称赛茉费耶(前三辈)，主张礼拜时三抬手，俗称“白派”或“三抬”。
3.西道堂
西道堂是中国伊斯兰教派门宦中最晚出现的一个教派，因其注重汉学，又被称为汉学派。
西道堂的创始人马启西(1857~1914年)，字公惠，号慈祥，经名一海涯，道号西极园。甘肃临潭人。他幼入私塾，攻读儒学，1880年由拔贡而中秀才。之后，他一面学习阿拉伯经文，一面钻研刘智等人的伊斯兰教汉文着作，并立志宣扬刘智经文着作。
临潭与河州毗邻，是回族聚居之地。河州素有“小麦加”之称，广大回民从事农业生产又多兼营牧业、手工业和商业，商品经济比较发达，很多回民从事皮毛、药材、土特产品贸易，与内地交往频繁。光绪年间，由于西北回民起义和河湟事变失败，回族人口锐减，经济萧条。马启西从维护民族利益、发展地方经济的目的出发，提倡回民不仅要学习伊斯兰教义，还应学习汉文和汉文化。他主张跳出经堂教育旧模式，兴办以讲儒学、学汉文为主的，兼学王岱舆、刘智、马德新等人的汉文伊斯兰经籍为辅的学堂。1890年，他在临潭西凤山开办了“凤山金星堂”，开馆授徒，深受学生欢迎，但遭到当地上层穆斯林的反对。1903年，马启西被当局监禁，但他不畏强暴，于翌年又集资修建一座礼拜寺，继续开堂讲学。同时发动教徒捐款，发展集体经济。当年就有教徒丁重明捐献白银一万两开设天兴隆商号，次年又捐一千两开设天兴亨商号。马启西等教主也将自己家产捐出，发展集体经济。与此同时，反对者也加紧迫害马启西，并屡次挑起教派冲突。1906年，马启西前往麦加朝觐，行至撒马尔罕受阻，遂留住该城白帽城北道堂讲学，至1908年返回临潭，并将凤山金星堂改名为西道堂。这时慕名而来的教徒日众，远至青海民和、化隆等地，除回族外，还有汉、藏、保安、撒拉、东乡等族。西道堂已成为中国伊斯兰教中的一个独立教派。之后，西道堂的集体经济也发展迅速，到1913年时，道堂商业资本已从白银十万两增加到一百万两，西道堂的发展引起了当地官僚和伊斯兰教上层人物的恐慌，1914年5月，马启西终被军阀马安良杀害。