清代回族社会组织的基本形式仍然是以清真寺为中心的教坊组织，但各地回族为了团结教民，赈济贫寒，很早就开始建立社会公益组织。
广州是我国最早有穆斯林居住的沿海城市之一。这里的社会公益组织早在康熙年间就开始出现了。康熙五十五年(1716年)，由27家回民创办了“以思尼老人会”，会址设在怀圣寺内，他们集资买产收息，以充各家丧葬费用，实行经济互助，该会维持了半个世纪之久。至同治年间(1862~1875年)，南胜清真寺又创办“回族老人长寿会”，将回族老人们的积蓄用于该地区老人的经济互助。民国初年，该寺又创办“回族济丧会”，继续开展老人间的互济互助，帮助丧葬和敬老爱老、纪念先人等活动，并开设安老所、寡妇房等机构。
河南是我国回族聚居比较集中的省份。清康熙年间，淮阳地方成立过救济会、板布会、架子会等公益组织。救济会是由清真寺董事或教长出面向回民募捐或清真寺地亩收入款，用于救济贫困回民，帮助安排生活，从事生产；板布会是清真寺利用每年开斋节所收天课、清真寺地亩收入及临时乐捐等，购买木板、白布，以埋葬亡人；架子会是组织回民帮助回民丧家安埋亡人的公益社团，清真寺备用两套架子和若干塔布，回民不分贫贱富贵，亡人家属说明埋葬日期，即可组织好回民前往抬架子送葬，一路上有人换班抬送，埋葬后将架子送归寺内。
清同治年间，成都清真东寺乡老马久盛发起创办清善堂。马氏原为陕西人，因经商来川定居。他牵头邀请几家回族商人，凑集白银500两作为基金，购置水田69亩，以田租作为天课，于每年斋月和年终腊月两次施散。对象为阿訇、海里儿、寺师傅和鳏寡孤独、老弱病残的回民。斋月一次发米票600张，合米18石；腊月一次发米票1000张，合米26石；余额分给帮工。清善堂的管理办法是：由出资者各家每年轮流负责，每年结算一次账目。
清代湖南一些地方的回族公益组织在回民中有很好的口碑。桃江县鲊埠回族为度荒设立了积谷会，专建社仓，设仓长经管，由各家捐集稻谷备荒。逢灾年，社仓为贫困户按人口酌发仓谷。管理制度严密，年终由各家集体核算。1880年，桃江县回族还建立了救婴会，主要保护女婴。由各家捐集稻谷置田作为基金，凡贫困户生女一人，发给稻谷一担二斗；一般户生女五人以上者，也同样发给，供作日后出嫁之用；凡逃荒归来者生有女婴则酌量救济；对溺女婴者则重责。该会在保护女婴上曾起过良好作用。清末在湖南某些回族地区还成立过敬畏堂，以帮助回民中丧家挖墓、安葬、站者那则(为亡人向真主祈祷)。
在安徽寿县，光绪年间由寿县回族、九江镇总兵朱维生捐资创办庇寒所，对教内贫寒及老弱无依者周济衣食。
（二）清末回族革命团体
自1840年鸦片战争后，中国社会一步一步地沦为半殖民地半封建社会。中国人民与封建统治阶级的矛盾、中华民族与外国侵略者之间的矛盾交织在一起，构成了清末民初的社会矛盾主要画面。
清朝末年，随着中国民族资本主义发展，民族资产阶级作为一种社会政治力量逐渐壮大。资产阶级知识分子在西方资产阶级民主思想的影响下，不断向西方寻找真理，主张社会改革。为了挽救民族危机，以康有为为首的资产阶级改良派提出了政治改革，发展资本主义，建立君主立宪制国家的主张，积极开展维新变法运动。维新运动失败后，以孙中山为首的资产阶级革命派提出建立资产阶级共和国的主张，发动了推翻清朝封建统治的资产阶级革命运动。
在这历史关键时刻，回族中的一批资产阶级知识分子积极投身于当时的社会变革中去。1908年留东清真教育会在日本东京出版的《醒回篇》，集中反映了清末回族资产阶级知识分子的进步思想。他们说：种族虽殊，以同国之故，则一国之盛衰强弱莫不直接同受其影响……甲午战败，庚子再创，外国人入我国中者，未闻为我区别曰：‘某也满，某也汉，某也回，某也蒙’，而惟肆行杀戮，同归一尽。（保廷梁：《劝同人负兴教育之责任说》，载《醒回篇》，兰州：兰州大学出版社，1988年，第28页。）
他们主张学习先进国家，取长舍短，开展教育：外度各国之趋势，内察自国之情形，取长舍短，因时制宜，而后垂为教育然。（赵钟奇：《论中国回教之国民教育》，载《醒回篇》，兰州：兰州大学出版社，1988年，第49页。）
这批留学日本的回族先进分子，以国家命运为上，寻求救国真理，是十分难能可贵的。他们的思想在广大回族同胞中引起了巨大的反响，近代回族政治、文化、宗教团体的兴起，与这种思潮是密切相关的。因此，近代回族社会团体的出现，是回族民族觉醒、回族共同体凝聚力增强的重要表现。
近代回族政治社团是在资产阶级革命过程中开始产生的。清光绪末年，湖北汉口曾建立了清真自治公益会和清和保安会，两会在武昌起义中曾协助义军维护地方治安、支援义军作战，发挥了重要作用。清真自治公益会会长马刚侯(字仲骥)联络陕、豫、冀、滇、苏、鄂6省22姓回民与汉口各商团一起，组成汉口各团联合会，积极投入政治斗争中去。
1911年4月，在回族革命党人底奇峰指导下，成立了上海清真商团，由沙善余任会长。该会以商人为主，兼有宗教、教育各界人士。积极宣传革命思想，推翻清朝统治。他们参加了辛亥革命光复上海和进攻南京的战斗，为中华民国的成立作出了贡献。
清末在四川成都地区成立了文孝阁、清圣宫等回民帮会组织，其成员大多是劳苦大众，前者多为码头工人，后者则以小商小贩为主。这两个组织和清真保路同志协会在保路运动中发挥了很大作用。1911年5月，清政府将已归民办的川汉、粤汉铁路收归国有，又将铁路修筑权出卖给英、法、德、美四国银行团，激起了湘、鄂、川、粤人民的强烈反对。四川保路同志会成立后不久，成都回民即成立“省垣清真保路同志协会”，积极投入保路运动，四川各地纷起响应，形成大规模反清武装大起义，与前来镇压的清军展开激烈战斗。在保路运动中死难的回族烈士达10余人之多。
(三)提倡新式教育的文化教育团体
我国近代回族的文化社团是由回族爱国知识分子首先建立的。1906年，由日本留学归来的回族进步知识分子童琮在镇江发起成立“东亚穆民教育总会”，次年改名为“东亚清真教育总会”。随后，镇江附近各县均成立分会。该会的宗旨是普及回民教育，因而创办了“穆原学堂”等新式学堂，得到了各界人士的赞助。1908年，在镇江召开第一次会员大会，公推金鼎为会长。东亚清真教育总会的成立，对回族文化教育事业的发展起了很好的作用，故《醒回篇》称它为“中国千余百年有回教以来所绝无之事”（《东亚清真教育总会之状况》，载《醒回篇》，兰州：兰州大学出版社，1988年，第66页。）。
1907年在国内东亚清真教育总会影响下，是年6月，来自全国14个省的36名回族留日学生集会于东京，成立“留东清真教育会”。其宗旨为“联络同教情谊，提倡教育普及，宗教改良。”同年11月在江户川亭召开的第一次全体会员大会，制订章程，推举日本法政大学法科学生保廷梁为会长，黄镇磐、金应豫、赵钟奇、徐传箑等分任书记、庶务、会计、调查。次年出版回族历史上第一份近代具有进步思想的刊物--《醒回篇》。留东清真教育会的成立和《醒回篇》的出版，对国内回族界的影响很大，它不仅在唤起回族同胞的觉醒、关心祖国的命运方面传播了新思想，而且对以后回族社团和报刊的出现也起了示范作用。该会成员赵钟奇、保廷梁、马祖全等后来大都投入辛亥革命，发挥了积极作用。
(四)香港穆斯林社团的形成与发展
鸦片战争后，英国迫使清政府割让香港，后来又侵占了九龙和新界。香港地区是广东珠江口外的交通要冲，是海外商人从海道进入南中国大门--广州的必经之地。早在唐宋时，这里就留下了穆斯林商人的足迹。宋人周去非在《岭外代答》卷三《航海外夷》中说：“其(夷人)欲至广者，入自屯门。”屯门，即香港新界屯门湾，这里三面环山，是天然的避风港。
1841年英军占领香港后，一批印度穆斯林士兵开始驻守香港，随后商人、水手、军士、警察、卫士及其眷属逐渐聚居于中环一带，1850年香港第一座清真寺--摩罗庙建于中环摩罗街。到70年代，香港的穆斯林已有一定数量，1871年(同治十年)广州重修怀圣光塔寺时，“香港寺共捐工金银陆佰捌拾壹两柒钱柒分二厘”，同治十年（1871年）所立《重修怀圣光塔寺碑》第一石左边以阿拉伯文刻着68位香港穆斯林的名字（中元秀：《广州伊斯兰古迹研究》，银川：宁夏人民出版社，1989年，第49~51页。）。
70年代后，大陆回民进入香港的日益增多，主要从事做工和经商，如前述云南玉溪商人马启祥的“兴顺和”商号在香港设分号即是。宣统元年(1909年)广州《东营寺义学堂碑》载，香港捐款教友共30名，其中华人姓氏有25人，另有华人商号“中和公司”一家，大陆进入香港的回民明显增多了。
民国时期，香港还没有华人回民社团组织，这一时期有两个主要由南亚印巴地区的穆斯林社团：一是香港穆斯林信托基金会(Board of trastee)，该会之原始组织成立于1850年以前，但正式获港府承认及正式的组织化则是在1917年《香港清真寺信托基金总会及坟场管理人员联合规章》颁布以后。该会成员包含了香港穆斯林逊尼派和什叶派，但不包括华人穆斯林；另一个是香港伊斯兰教协会，该会于1905年由来自印巴地区及马来西亚群岛的穆斯林组成，自称该会成员是由所有持香港永久居民证的逊尼派穆斯林组成，事实上，他们的成员多是混血，一般父亲来自南亚，母亲为广东华人，是一个“本地仔”的社团组织。该会隶属于香港穆斯林信托基金会总会（汤开建、田映霞：《香港伊斯兰教的起源与发展》，载《东南亚研究》，1995年，第6期。）。
本章小结
回族在清代的稳步发展，使这个群体充分显示出伟大的力量。一方面，一批回族人物在政治生活中发挥着重要作用，成为有影响的政治家和军事家，特别像郑国鸿、沙春元、左宝贵、马福禄等清军将领，为反对外来侵略、维护国家尊严，在战场上献出了自己的生命，其英勇事迹，足以鼓舞后人。另一方面由于清政府对回族的压迫与剥削，激起了回族的普遍反抗。回族人口比较集中的西北，自乾隆末年起回族反清斗争不断兴起。同治年间，回民起义遍及西北五省，形成了金积堡、河州、西宁、肃州四大中心，马化龙、马占鳌、马桂源、马文禄等成为着名的回族反清领袖。云南、贵州的回民亦于咸、同年间起义，建立了大理政权，响应太平天国运动。这些起义坚持了十几年之久，在广大的范围内瓦解了清政府统治，有力地打击了清王朝的民族压迫政策，充分体现了回族的政治力量和政治发展水平。
清代回族经济具有以农业为主，兼营畜牧业、手工业和商业的特点。农业方式、生产关系和耕作技术与周围汉族及其他农业民族基本相同。牧业则以饲养牛、羊为主。手工业以屠宰、制革、农产品加工、刺绣等为主。云南、贵州等地的回族还经营矿业生产。清代回族商业不仅继承了过去的传统，而且在规模、地域、经营品种等方面都较明代有显着的发展和突破。回族经营的小商业遍及其居住的各地区，还产生了一些着名的回族商业集团，成为我国商业活跃的重要力量。
回族文化事业在清代有长足发展，产生了一批科学家、文学家、画家。伊斯兰教发展尤其突出，产生了伊斯兰经典汉文译述运动，涌现出众多译述学者，一批汉译伊斯兰经典问世，有力地提高了回族伊斯兰教理论水平。同时经堂教育向更大范围扩展，并形成陕西、山东、云南三大学派，标志着回族教育的发展。西北甘宁青地区回族则形成库不忍耶、嘎的忍耶、虎夫耶、哲赫忍耶四大门宦，产生了一批回族宗教领袖人物。宗教事业的发展进一步强化了伊斯兰教与回族的关系，宗教制度则在一定范围内改变了回族的分散性，在反抗清政府统治的斗争中发挥了核心作用。
鸦片战争之后，回族一方面以武装起义的方式反抗清政府压迫；同时一批先进人物追随民主革命的时代潮流和近代经济文化事业，在反击外国侵略、振兴民族经济、唤醒回族等方面作出了贡献，代表了回族不断进步，汇入中国社会近代化的历史发展趋势，标志着回族社会将跨进一个更为深刻变化的阶段。