肃州，今甘肃酒泉，肃州以东则少见有回回人踪迹。蒙古西征后则情况大变，1253年奉法王路易九世命到中国的卢布鲁克，离开钦察汗国到和林的途中，见到回回人居住在当地各族中间（《卢不鲁克东游记》，见道森编：《出使蒙古记》，中译本，北京：中国社会科学出版社，1983年，第162页。）稍后的马可·波罗从河西走廊沿黄河北上，进入今宁夏西部，他在沙州、欣斤塔剌思、甘州、凉州等地均见到有穆斯林在当地生活（《马可波罗行纪》有关章节。）拉施特则说西夏境内二十四座大城“该处居民大部分为木速蛮，但他们的地主和农民乃为偶像教徒。”（拉施特：《史集》第二卷，中译本，北京：商务印书馆，1985年，第378~379页。）元亦集乃路所在的黑城子(今内蒙古额济纳旗东)发现的十四世纪的礼拜寺遗址及波斯文残碑（伯希和：《中国的阿拉伯文古碑铭》，载《亚洲杂志》，1973年，第179页注2。），证明了当地的回回人一直在进行宗教活动。
元朝政府对甘肃行省的农田建设和农业生产十分重视。宁夏沿黄河五洲都有古渠，在中兴(今银川)者一名唐来，长袤400里；一名汉延，长袤250里；其余四州又有正渠10条，长袤各200里，支渠大小共63条，溉田计9万余顷。中统初，驻军六盘山地区的浑都海因支持阿里不哥夺位发动兵变，造成水利设施废坏淤浅。至元元年(1264年)，忽必烈命张文谦行省西夏中兴等路，文谦命郭守敬、唆脱颜巡视西夏河渠，郭守敬“因旧谋新，更立牐堰，役不逾时，而渠皆通利。”（齐履谦：《知太史院事郭公行状》，《元文类》卷五一。）董文用也开疏唐来、汉延、秦家等渠，并开辟中兴、西凉、甘、肃、瓜、沙等州境内水田，招集流亡达四五万户（虞集：《翰林学士承旨董公行状》，《道园学古录》卷二〇。）其后，招集各族人民复业，官给牛具，使力田为农的措施一直没有中断。
至元中期后，由于西北诸王的叛乱。甘肃境内屯田的重心移至河西走廊。十六年，“立河西屯田，给耕具，遣官领之。”（《元史》卷十，《世祖纪》七。）十八年，又命在“肃州、沙州、瓜州立屯田，发军于黑山子、满峪渠、泉水渠、鸭子肢（翅）等处立屯，为户二千二百九十，为田四千六十六（顷）。”（《元史新编》卷九〇，《兵志》。）
为充实河西走廊屯田户，元廷从今新疆境内调入许多贫民或工匠，如至元二十三年，“遣蒲昌赤贫民垦甘肃闲田，官给牛种农具。”（《元史》卷十四，《世祖纪》十一。）
二十五年，“以忽撒马丁为管领甘肃、陕西等处屯田等户达鲁花赤，督斡端、可失合儿工匠千五十户屯田。”（《元史》卷十五，《世祖纪》十二。）二十九年，徙瓜、沙州民于甘、肃两界“画地使耕，无力者则给以牛具农器。”（《元史》卷十七，《世祖纪》十四。）
河西走廊屯田的兴起，一方面为元军西进击败叛军提供粮食；另一方面也为今新疆各族迁至甘肃、陕西进行屯田，得到与汉族等各族进行耕作技术交流的机会。蒲昌(今罗布泊)、斡端(今和田)、可失合儿(今喀什)之民中相当一部分为穆斯林，他们迁入甘肃、陕西后，使两地的回回人进一步增加。元廷对迁入陕甘的回回户一直给予帮助，如至治二年(1322年)，英宗诏“免回回人户屯戍河西者银税”甘肃行省也是元代畜牧业和畜产品的重要基地。据《元史·兵志·马政》载，当时太仆寺所属14个牧场，甘州牧场即为其中之一。马匹主要供帝王、贵族、政府、军队和驿站所用，陕西行省有驿站81，其中陆站80处，用马7629匹；甘肃行省所辖三路，脱脱禾孙马站6处，用马491匹，牛149头，驴171头，羊650只。两行省所需牲畜主要由甘肃供应。民间的畜牧业也很普遍。马可·波罗过额里湫国(凉州)时所见当地饲养牦牛等动物甚多，用于运输和耕作。
元代的陕西行省约当今之陕西、宁夏东南部、内蒙古伊克昭盟大部和甘肃东南部。陕西地区，在浑都海、阿兰答儿叛乱平定后，于至元元年(1264年)建立陕西五路西蜀四川行中书省，以赛典赤·赡思丁为行省平章政事。九年，忽必烈以第三子忙哥剌为安西王，出镇京兆(今陕西西安)。安西王封地内有一定数量的回回人，否则司天少监不会每年把推算写造的回回历按时送呈忙哥剌，以便他向封地内的回回人颁布使用（见《秘书监志》卷七，至元十五年十月十一日公文。）考古工作者也曾在安西王城遗址中，在宫殿夯土台基中出土了五块铸有阿拉伯数码字的方形铁板（见马得志《西安元代安西王府勘查记》，载《考古》，1960年，第5期。），也是重要的佐证。据《史集》记载，忙哥剌子阿难答“被托付给了一名蔑黑帖儿·哈散·阿黑塔赤的突厥斯坦伊斯兰教徒，让这个人抚养他。这个人的妻子名祖来哈，把他奶大，因此木速蛮的信仰在他的心中已经巩固起来，不可动摇，他背诵过《古兰经》，并且用大食文书写得很好。他经常把（自己的）时间消磨于履行戒律和祈祷上，同时，他还使依附于他的十五万蒙古军队的大部分皈依了伊斯兰教。”（《史集》第二卷，第379页。对于《史集》的记载，王宗维在《元代安西王及其与伊斯兰教的关系》(兰州大学出版社1993年版)一书中作了认真的分析，认为阿难答和他的儿子“不信伊斯兰教”，他也没有十五万军队，《史集》的这段记载是“不实之词”。王宗维的意见值得重视。）这段记载显然有夸大之处，但穆斯林活跃于陕甘宁一带是肯定的，其中有不少回回军和探马赤军（探马赤军本为从蒙古诸部中的千户、百户中抽调出一定人数组成的军队，有扈从、先锋之意。初由兀鲁兀、忙兀、弘吉刺、扎剌儿和亦乞烈思等五个蒙古部族(即五投下)组成。以后在伐金、西征过程中逐渐扩大，有汉人、阿速、康里、畏兀儿、回回等族充探马赤者。但探马赤军不能与回回军等同。）驻扎于此。至元八年(1271年)九月，元曾“签西夏回回军”；九年七月，诏分阅“京兆等处探马赤奴户名籍”（见《元史》卷七，《世祖纪》四。）；十年正月，诏以“陕西京兆、延安、凤翔三路诸色人户，约六万户内，签军六千。”（《元史》卷九八，《兵志》一。）在签军的同时，又令探马赤军“随地入社，与编民等。”（《元史》卷九三，《食货志》一。）
元朝政府很重视在陕西地区屯田。屯田主要集中在凤翔、京兆、延安、六盘山地区。凤翔地区早在宪宗三年(1253年)，忽必烈受京兆封地后，就“立从宜府于京兆，屯田凤翔。”（《元史》卷四，《世祖纪》一。）中统三年(1262年)十月，“诏凤翔府屯田军隶兵籍，仍屯田凤翔。”京兆府屯田则始于中统四年(1263年)正月，“以宋忽儿、灭黑及沙只回回鹰坊等兵戍商州、蓝田诸隘。”（《元史》卷五，《世祖纪》二。）其中必有许多是回回人。以后商州屯田有所扩大。延安路屯田是至元十四年(1277年)平定宗王秃鲁叛乱后，“承制授(李忽兰吉)为京兆、延安、凤翔三路管军都尉，兼屯田守卫事”（《元史》卷一六二，《李忽兰吉传》。）之后开始的。六盘山地区，安西王开成府(今宁夏固原北)，设开成路屯田总管府。各地屯田户主要是诸色目人，有的是安西王府所管辖的编民，有的是签发的军人，包括探马赤军，其中亦不乏回回人。由于京兆、凤翔、延安、六盘山地区大力开展屯田，为当地的回回人从事农业生产、建立回回人的农业经济创造了条件。明代陕甘宁地区回回人的分布及其经营方式，显然是在元代的基础上形成的。《万历武功录》卷一《陕西回夷列传》载：回夷，西(安)、延(安)、庆(阳)、平(凉)、凤(翔)、汉(中)间夷也。郡县编入版籍，名曰回夷。岁时麦熟，皆携夷小卖药课命，仰食他旁郡，岁凶亦如之。
云南行省是元代回回人重要的聚居地区。1253年忽必烈征大理时应该是回回人进入云南的开始。至元十一年(1274年)元廷决定建立云南行省，命赛典赤·赡思丁任行省平章，从此，回回人大批进入云南，这些人主要是军士、官员、工匠。赛典赤·赡思丁很重视屯田，开始在中庆、大理、威楚、鹤庆、曲靖、寻甸、澉江、临安等地建立民屯，进一步发展军屯，云南行省所辖军民屯田达到12处之多，屯田面积达七万余双(约合40余万亩)，民屯约15000余户，军屯2800百余户及5700余人。军屯中回回人占相当大的比例。以昭通军民屯田为例说明之。《民国昭通县志稿》卷十《人种志·汉人》载：（昭通）元置宣慰司，调云南及四川军屯田，回兵而外，汉人约三千余人。
同书卷十《人种志·回子》：（昭通）自元时置宣慰司，屯田、戍兵类多回族，半皆流落于此。
由此可见，云南行省中的回族农业生产是从军屯开始的。赛典赤家族长期在云南行省主政，后裔繁衍很快，以赛、纳、速、剌、丁、忽、沙、乌、闪、米、保、哈为姓，许多赛典赤后裔担任各级官员，政府分给职田、军赡田，成为土地拥有者，也有些后裔成为平民，以农耕为业。
东北的辽阳行省，金时即有西辽穆斯林三人入朝，被安置于咸平府(治今辽宁开原)。元时入东北的回回人记载绝少，但仍有回回人居东北并务农的踪迹。《元史·成宗纪》载：（元贞元年(1295年)七月）壬午，立肇州屯田万户府，以辽阳行省左丞阿散领其事。
肇州(治今黑龙江哈尔滨)立屯田万户府，领其事者阿散显然是回回人。
其他腹里(直属中书省管辖的今河北、山东、山西地区)及河南、江浙、四川、江西、湖广诸行省人口比较稠密，农业比较发达，中原及沿海各地的回回人有更好的机会吸取汉族农民的先进生产经验。这些地区的回回人务农，主要途径仍然是屯田。元朝政府多次将回回军士组织屯田，比较集中的地区为汴梁、南阳、襄阳等地。汴梁(今河南开封)屯田：（至元十八年七月）庚子，括回回包括散居他郡者，悉令赴南京(即汴梁)屯田。（《元史》卷十一，《世组纪》八。）
（至元二十六年十一月）丙午朔，回回昔宝赤(放牧鹰隼之事者)百八十六户居汴梁者，申命宣慰司给其田。（《元史》卷十五，《世祖纪》十二。）
南阳屯田：（大德元年十二月）丙申，徙襄阳屯田合剌鲁军于南阳，户受田百五十亩，给种、牛、田具。（《元史》卷十九，《成宗纪》二。）
襄阳屯田：（至元二十九年二月）辛巳，从枢密院臣暗伯等请，就襄阳给曲先塔林合剌鲁六百三十七户田器种粟，俾耕而食。（《元史》卷十七，《世祖纪》十四。）
洪泽、芍陂屯田是元代规模最大、收获较好的屯田区之一，“国家经费，粮储为急，今屯田之利，无过两淮，况芍陂、洪泽皆汉、唐旧尝立屯之地。”此处屯田万户府设于至元二十三年(1286年)，旋罢其中三屯万户，止立洪泽屯立万户府。大德九年五月“复立洪泽、芍陂屯田。令河南行省平章阿散领其事。”（《元史》卷二一，《成宗纪》四。）阿散，回回人。
南方沿海地区商品经济比较发达，有因经商致富而购田产者，如南海甘蕉蒲氏六世祖蒲世第(字绍美，号甫山)，《蒲氏家潜》称：乃宗刺史心泉公(即蒲寿宬)之子，即我甘蕉房秋涛公之祖也。忠孝成性，清慎居心；养晦田园，耕烟锄月。以父刺史公为宋旧臣，完节高隐，祖遂不乐仕。进舍羊城故第，移家于今顺德县属龙眼乡之附近村落，匿迹为农，惟以孝弟力田为子孙勖。因名其村曰“蒲庐”，遂为蒲庐房始祖。
元代的回回人不仅从事粮食生产，也善于花果等经济作物生产。荨麻林(今河北万全西)是元代荨麻林人匠提举司所在地，专事纳失失织造。“此城大多数居民为撒麻耳干人，他们按撒麻耳干的习俗，建起了很多花园。”（拉施特：《史集》第二卷，中译本，北京：商务印书馆，1985年，第324页。）撒麻耳干是中亚着名的花园城市，耶律楚材随成吉思汗西征时曾亲临其境，他在《西游录》中写道：寻思干甚富庶……环郭数十里皆园林也。家必有园，园必成趣，率飞渠走泉，方池圆沼，柏柳相接，桃李连延，亦一时之胜概也。瓜大者如马首许，长可以容狐。八谷中无黍糯大豆，余皆有之。盛夏无雨，引河以激。率二庙收钟许。酿以蒲桃，味如中山九酝。
荨麻林的撒麻耳干人想必也是用他们家乡的模式建设荨麻林的。值得注意的是，《史集》说在荨麻林附近顺着河岸的地方，“该处多葡萄和水果”（拉施特：《史集》第二卷，中译本，北京：商务印书馆，1985年，第324页。）看来与撒麻耳干人在此居住并种植西域水果和葡萄之类不无关系。