一是组织地主武装--义兵，对抗、镇压农民起义军。影响最大的当推河南的哈剌鲁人虎林赤。至正十二年（1352年），沈丘畏兀儿人察罕帖木儿组织地主武装义兵对抗刘福通领导的北方红巾军，势渐盛。虎林赤投奔察罕帖木儿随军征战。十八年，北方红巾军中路军分道踰太行，焚上党，掠晋、冀，陷云中、雁门、代郡，又南下山西。察罕帖木儿命虎林赤屯泽(今山西晋城)、潞(今山西上党)等州，以堵截红巾军，“贼屡至，守将数血战击却之，河东悉定。”（《元史》卷一四一，《察罕帖木儿传》。）十九年，奉命与诸将围攻北方红巾军宋政权都城开封，破之；二十一年，率泽潞军出磁州(今属河北)，从察罕帖木儿进攻山东红巾军。二十二年，察罕帖木儿被山东红巾军王士诚刺杀，虎林赤归察罕帖木儿之子扩廓帖木儿指挥。二十五年，孛罗帖木儿被杀后，扩廓帖木儿被封为河南王，代皇太子亲征，总制关陕、晋冀、山东等处并迤南一应军马。军阀李思齐、张良弼不服，虎林赤奉命与关保率军西攻张良弼于鹿台，双方相持不能下。二十七年，元廷立抚军院，夺扩廓兵权，命虎林赤与白锁住领扩廓帐前诸军。扩廓不受命，退至泽州，虎林赤不知所向。虎林赤追随察罕帖木儿、扩廓帖木儿父子，在元末北方战场上经历了十七八年，是一位始终忠于元朝的回回将领。类似此种地主武装在全国各地均有，而唯独回回人聚居的泉州有回回人组成的地主武装——亦思巴奚，将在下文专门叙述。
二是一批回回地方官员，在地方上对抗起义军或明朝军队，最后“以身殉职”。如大名(今属河北)回回人纳速剌丁，字士瞻，至正十年(1350年)时任淮东宣慰司掾，曾率民兵镇压真州(今江苏仪征)农民起义军，又率战舰追杀泰州(今属江苏)起义军三百余人。十三年，张士诚起泰州，袭高邮，纳速剌丁“麾兵挫其锋”，久之兵败，纳速剌丁与其三子宝童、海鲁丁、西山驴皆死之（《元史》卷一九四，《纳速剌丁传》。）阿儿浑人迭里弥实，字子初，至正二十六年(1366年)时任漳州路(今属福建)达鲁花赤，明兵入闽，进兵漳州，他“乃诣厅事，具公服，北面再拜毕，引斧砍其印文，又大书手版曰‘大元臣子’。即入位端坐，拔所佩刀，刺喉中以死。”（《元史》卷一九六，《迭里弥实传》。）又有回回人获独步丁，元末任长乐县尹。明兵下福州，“获独步丁曰：‘吾兄弟三人，皆忝进士，受国恩四十年，今虽无官守，然大节所在，其可辱乎！’以石自系其腰，投井死。”其长兄穆鲁丁死于建康(今江苏南京)，次兄海鲁丁，死于信州(今江西上饶)（《元史》卷一九六，《迭里弥实传》。）此类例子，不胜枚举。
三是普通士大夫，深受中国传统儒家思想影响，亦宁死不屈。哈剌鲁人伯颜，字宗道，居河南濮阳。至正四年(1344年)曾以隐士授翰林学士，预修《金史》，既毕，辞归。十八年，红巾军入其乡，伯颜宁死不屈。《正德大名府志》卷十《文类》有其传记，叙述伯颜被杀经过如下：戊戌，东昌贼沙刘二者帅众来攻，先宣言曰：“伯颜先生河北名儒，慎勿伤也。”
攻二日，垒破，妻子皆被执。
刘二亲解其缚，温言语之曰：“先生知古通今，天下十分我有大半，尔能屈从，可与共图富贵。”
侯曰：“尔本良民，乃以妖言惑乱黔首。尔能改悔，我当上言朝廷，使汝为王官，不犹愈于受伪命乎！”
刘二答曰：“迂腐不达事宜，可谓不知天命矣。”坐有一贼提刀而起曰：“汝见此否？更道一不顺，只消一刀耳。”
侯曰：“不顺，不顺，我宁受刀，不能贼污也。”贼怒，遂捽出，与妻怯烈氏、子皆遇害，同死者宗族三十余口。
本文的作者在《赞》词中写道：
侯出于穷乡下里，非有父师君上之教督也，乃能以经训道学为己任，诚所谓不待文王而兴者欤，然与古忠臣烈士比肩并列，斯可尚矣。
肯定了这位“北来子弟”“能以经训道学为己任”，终于成为“忠臣烈士”。由此可见，回回人中接受孔孟儒学教育的人，与汉族地主知识分子一样，也是满脑“忠君”思想，与农民起义军是格格不入的。
元末在福建泉州等地发生的亦思巴奚之乱，比较典型地说明了回回商人的政治态度。“亦思巴奚”是波斯文Isbah的音译，意为民兵、骑兵，是指泉州地区以穆斯林为主要成员的军队。这支军队始建于元末农民起义爆发之后，但具体时间已无据可查。《元史·顺帝纪》称：
（至正十七年）三月乙亥朔，义兵万户赛甫丁、阿迷里丁叛据泉州。
可见这支义兵当建于至正十七年(1357年)之前，而且义兵首领赛甫丁、阿迷里丁已有“万户”之职，想必其规模亦不小。泉州素为回回人蒲寿庚及其后裔控制之地，元有泉州后，曾于至元十七年(1280年)置泉州行省(《八闽通志》作平海行省），以寿庚为平章政事（自强、幼雄：《蒲寿庚是否任过平章政事》，载《海交史研究》，1987年，第1期。文中对蒲寿庚、蒲师文任平海行省平章有专门考证。）据永春发现的《蒲氏家谱》，寿庚长子蒲师文“大德元年以文功袭职，宦为福建平海行中书省”；师文长子蒲崇谟，“历任平章政事”（金祖同：《蒲氏家谱及其他》，载《说文月刊》第三卷，第二、三期合刊。）可见，蒲氏子孙在有元一代一直控制着泉州的政权和外贸市舶司的大权。所以，至正十七年“义兵万户赛甫丁、阿迷里丁叛，据泉州”，不过是从蒲寿庚后裔手中夺取政权、财权，并非背叛元朝。据学者研究，蒲寿庚系统属伊斯兰教中的逊尼派，赛甫丁、阿迷里丁一派属伊斯兰教中的什叶派，赛甫丁、阿里迷丁一派从蒲寿庚派手中夺取政权、财权，还具有教派之争的性质（陈达生：《泉州伊斯兰教派与元末亦思巴奚战乱性质试探》，载《海交史研究》，1982年，第4期。）
十八年，福建行省平章普化帖木儿与廉访司构兵相攻，普化帖木儿调泉州亦思巴奚军参加战斗，遂进驻福州。二十年，兴化(今福建莆田)为陈从仁所据，兴化分省右丞苫思丁与赛甫丁、阿迷里丁密谋杀从仁，亦思巴奚军遂进攻兴化，次年四月，陈从仁被苫思丁杀。从仁党柳伯颜“突至（兴化分省参政）忽都沙署，胁取印授。于是伯颜称府判，据城威逼官军。”（同治《福建通志》卷二六七，《元外纪》。）阿迷里丁遂遣其部将扶信以亦思巴奚兵至兴化城下，“扶信自称元帅，（林珙）自称总管，为暴几无虚日。”（同治《福建通志》卷二六六，《元外纪》。）由此可见，从至正十八年开始，赛甫丁、阿迷里丁所率亦思巴奚军实际上是受元福建行省或其分省指挥的，但有掳掠暴行。
自二十二年起情况发生突变。是年二月，泉州回回人那兀纳(一作阿巫那)起兵，杀阿迷里丁，“并将穷其党，扶信惧及祸，林珙与之俱奔福州。”那兀纳曾主泉州市舶司（同治《福建通志》卷二六六，《元外纪》。），并为蒲寿庚后裔之婿（据陈达生上揭文所引嘉靖三十四年修《清源金氏族谱》附《丽史》。），他显然是代表蒲寿庚派利益的。这次起兵杀同类，显然具有报复性质，也是两派穆斯林争夺政治、经济利益和教派斗争的继续。五月，燕只不花取代普化帖木儿任福建行省平章，并迅即将赛甫丁捕杀。这一行动说明了福建行省中蒙古长官之间也在争权夺利。两派不同的亦思巴奚兵成了他们利用的对象。平章燕只不花通过左右司员外郎德安控制那兀纳，拒绝非燕只不花派来的任何官员。二十五年十月，前左丞观孙以皇太子爱猷识理达腊命分省兴化、泉州，“行省平章燕只不花密令德安自为计拒之。德安遂大集民兵，而行省复遣孟、孙两同佥兵至兴化并力守御。德安用照磨余宗海谋，求阿巫那发兵为助。于是那兀纳令其通事哈散、惠安县尹黄希善率官军民兵至兴化郡城外。”
二十六年起，元福建行省平章陈友定开始进兵闽东。友定，福建清流人，本为元军士卒，因镇压起义军有功，渐升至行省平章。是时闽与大都元廷隔绝，友定占有闽中八郡，俨然成为割据一方的土皇帝。其平定那兀纳亦思巴奚军过程如下：时（柳）伯颜据兴化，行省檄友定讨捕番贼，遂拥兵南下。四月，阿巫那党白牌、马合谋、金阿里等攻兴化迎真门，友定之子宗海已领兵夜入城中。明日，开西、南二门，纵兵而出，白牌等见城门骤开，已疑，及见兵出，旗服鲜明，步伐整肃，益恐。亦思巴奚所恃者，弓箭、刀牌。宗海兵直前搏执之……友定命宗海督（柳）伯颜及（陈）同等兵合（林）珙水军，并攻泉州，友定自以师继之。五月，克泉州，擒阿巫那等。（《国初群雄事略》卷十三《福建陈友定》引吴源《至正近说》。）
看来陈友定与行省另一平章燕只不花也是对立的，他利用赛甫丁、阿迷里丁的余党柳伯颜、陈同、林珙等合力擒杀了那兀纳，消灭了亦思巴奚。是年九月，陈友定攻漳州时，漳州总管罗良曾以书责友定，书中有“足下为参政，国之大臣也……燕只平章，足下之僚长也，可以威而迫之耶？”（《国初群雄事略》卷十三，《福建陈友定》引《龙飞纪略》。）之句，足证友定擒杀那兀纳是为了削弱燕只不花平章的势力，以达到独霸全闽的目的。
亦思巴奚军受人利用，那兀纳及其将搏杀、马合谋、金阿里俱被杀，士兵被杀数千。陈友定入泉州，尽杀“胡发高鼻”者，又掘“蒲贼诸冢”，毁教寺、住宅，导致泉州城内外商离去，城市荒芜，许多回回人改名隐姓，迁徙他方。泉州之衰落与陈友定之破坏有很大关系。
第三节回回人的经济生活
一、农牧业生产
元以前进入中原的回族先民，多为商人、使臣、传教士等，他们多集中于沿海城镇和部分中原都市，虽有些使臣及其随行人员安置于城镇郊区，有可能从事农业生产，也有一些商人购置田产房宅，但本身从事农业生产者为数极少。蒙元时期情况大变，东来的回回人以军士、工匠、商人、传教士为主，而以军士、工匠为多，更有大批回回农牧民通过丝绸之路向今新疆地区和河西走廊，乃至向陕、甘、青、宁逐步渗入，大致到元代中期以后，回回人的农业经济已经形成。故元朝文书中说：“既是回回人民生农为业，自合守分过日。”（《元典章》卷四一，《刑部》二，《谋反·乱言平民作歹》。）就是说，到元朝中期时，回回人中从事农业生产的人数已占相当比例。
元代回回人的农业经济，主要通过三种途径形成的：一是通过军队和政府安排，参加军屯和民屯；二是为官宦和军士者，得到政府的职田或军户的赡军田；三是自置田产从事田业或普通回回户成为自耕农或佃户者。回回人的农业生产是与回回人的分布相应的，下面根据回回人在各地区的分布来探讨其农业生产状况。
元明时期，今新疆地区主要由察合台汗国和东察合台汗国统治。察合台汗国最盛时，领土东达吐鲁番，西至阿姆河，北抵阿姆河、锡尔河上游及塔尔巴台山，南及昆仑山和印度。其地原为西辽及畏兀儿地，元代畏兀儿人仍信仰佛教，其余地区的突厥人多改宗伊斯兰教，南疆于阗国早被喀喇汗王朝征服，信奉伊斯兰教更早。到元末时分裂为东西察合台汗国，东察合台汗国伊斯兰化较迟，到公元1353年时宣布伊斯兰教为国教。东察合台汗国的穆斯林居民不断东移，到明时吐鲁番、哈密等与其邻近的地区，回回人已经占了很大比例，成为明代“归附回回”“寄住回回”的主要来源。
世祖忽必烈即位后不久，西北窝阔台后王海都等发动叛乱，他们盘踞中亚，隔绝元朝与伊利、钦察汗国的联系，已经敞开了的丝绸之路又受到人为的阻碍。忽必烈不得不一再派重兵前往镇压，叛军势力一度到达彰八里(今新疆昌吉)、别失八里(今新疆吉木萨尔北)、哈密等地。至元二十三年(1286年)十月，元重置别失八里元帅府，发军屯田戍守，其中包括在滕竭儿(今新疆康阜)置回回屯田。二十六年，海都叛军再次攻占别失八里，滕竭儿等地屯田回回军士蒙受巨大损失。次年正月，元廷“给滕竭儿回回屯田三千户牛、种。”（《元史》卷十六，《世祖纪》十三。）由此可见，滕竭儿回回屯田规模相当大，人数达三千户以上。
元甘肃行省包括今甘肃大部、宁夏西部、内蒙古西部、青海西宁地区。《明史·西域传》说：“元时回回遍天下，居甘肃者尚多。”这是因为丝绸之路开通后，大批西亚、中亚穆斯林迁居于此，其中尤以中亚突厥各族的穆斯林居多。蒙古西征之前的河西走廊的回回人见于记载的极少，喀喇汗王朝所属于阗汗国曾远征沙州、瓜州等地，有可能会有穆斯林在此定居。《肃州新志》载：骆驼城址，距州东二百四十里，在高台南四十里，其城址相传尚有六门关厢之迹，中有泉窦甚大，以朽木塞之，俗传宋时有回回据此城。