值得注意的是，在元代除了在专门的回回天文机构任职的回回天算家外，还有许多既无具体衙门、又无固定职位，但食国家俸禄的回回占星术士。《马可波罗行纪》就曾载述过活跃于元大都的这种回回人： 汗八里城诸基督教徒、回教徒和契丹人中，有星者巫师约五千人，大汗亦赐全年衣食……其人惟在城中执术，不为他业。（《马可波罗行纪》，第二卷第一〇三重章。）
说包括伊斯兰教徒、基督教徒和中国人在内的星占家有五千名，很可能是一个夸大了的数字。不过，据此亦可推想当时活跃在元大都的回回星占家，一定不是一个小数字。而且这些星占家他们有他们的自己的观象仪，上面画有星宿的符号、时间和它的全年的几个方位。各派的星占学家，每年要对自己的图表进行检查，以便确定天体运行的轨道和相互间的位置。他们从各种符号的星宿在轨道运行的图像中，发现天气的变化。并且用这样的方法，预测每日的特别气象。例如，他们预言某月将有雷鸣、暴风雨、地震，某月将有闪电和暴雨的袭击。某月将有疾病、死亡、战争、冲突和阴谋等等（《马可波罗行纪》，第二卷第一〇三重章。）。这些占星术士，虽为朝廷豢养，但却也热衷于出入王侯贵胄之家。以致朝廷屡禁不止：
成宗大德五年(1301年)，诏禁畏吾儿僧、阴阳、巫觋、道人、咒师，自今有大祠祷，必请而行，违者罪之。（《元史》卷二〇，《成宗纪》二。）
武宗至大四年(1311年)，禁汉人、回回术者，出入诸王驸马与大臣家。（《元史》卷二二，《武宗纪》一。）
皇庆元年(1312年)正月，中书省集贤院呈，至大四年十一月二十一日，岳学士特奉圣旨，有的汉儿、回回阴阳人，每诸王、诸子、公主、驸马、大官人处，都休教去者。数行文书、禁约者，么道圣旨了也，钦此。（《元史》卷二四，《仁宗纪》一。）
这些回回阴阳人，在王公贵族家庭里所从事的活动，是不言自明的。元政府之所以屡令禁止，那也与中国历朝统治者的惯有心态是一致的：即担心这些能掐会算的术士，会给那些不满朝政、觊觎皇位的人泄露天机。
2.数学
数学是天文学的基础，所以天文学是与数学同步发展的。阿拉伯有发达的天文学，又受欧洲数学的影响，因此数学也是较先进的。元王士点、商企翁在《秘书监志》中记载了上都回回司天台中所藏的回回数学典籍有《呵些必牙诸般算法》八部(卷，下同)，《撒非那诸般法度纂要》十二部，《撒唯那·罕答昔牙诸般算法段目仪式》十七部，《兀忽烈的四劈算法段数》十五部。另外，还有数学用具“拍儿可儿谭定方圆尽”(圆轨)（见该书卷七“至元十年十月，北司天台申，本台合用文书”条。）。上述第四种，即为古希腊欧几里德《几何原本》的阿文本。
回回数学传入中国后，对中国传统数学发生了很大影响。主要是如下一些因素：
(1)阿拉伯数码
从十三世纪四十年代起，中国数学家秦九韶(1202~1261年)的《数书九章》、李冶(1192~1279年)的《测圆海镜》《益古演段》，都不约而同地用0代表位，开始使用代表0的数码。这很可能受到在华穆斯林侨民使用阿拉伯数码的启发。
0以外的其他阿拉伯数码，由于回回司天台的使用，也在中国得到流传。1956年在西安市郊元代安西王遗址，出土了五块铁板，上有使用东方阿拉伯数码刻画的六行纵横图(幻方)，阿拉伯数码分别写作1 μ ws uvAqo，1980年上海浦东陆家嘴也出土过一些玉质佩挂幻方，除5以外，数码和西安相似。
(2)土盘算法
古代印度的一种算法，其法以沙代纸，用沙土撒于地面或盘上，以竹或铁书之，故称土盘算法。此法后流传到阿拉伯，为伊斯兰教徒采用，且世守之。回回历法入华之时，土盘算法也连带输入，在元朝成为色目人和蒙古贵族通行的算法。明朝建国后，土盘算法深入中原，洪武中“历官元统去土盘译为汉算”（贝琳：《七政推步》卷一跋语。），而在钦天监任职的回回官员，却“类以土盘布算，仍用本国之书”（《明史·历志》。），保持了自己世守的演算方式。由此，一些汉人，如隆庆时的钦天监监正周相，得以学习、掌握这种算法。唐顺之曾称赞周相“沙书暗译西番历”（《荆川文集》卷三，《寄周台官二首》。），即说周相熟悉土盘算法。
(3)六十进位制
六十进位制是随着回回历法一同传入的。在今存世的各种回历版本中，都可以看到1度60分，1分60秒，1秒60微，1微60纤等六十进位制换算法。
除了上述几项外，有人认为传入的回回数学尚有弧矢割圆术和写算铺地锦等。前者是指将圆弧线段化成弦、矢等直线段来计算的一种方法。而在这样的计算中，要使用若干与球面三角相合的公式。代表金元时期中国历算学最高成就的《授时历》，其成功的秘诀除了“全用实测”，“不事虚算”外，就是最大限度地利用了一些以前中国天文学计算中从未使用过的数学方法。而这些方法中正好有弧矢割圆术(球面三角法)。由于球面割圆术是此时阿拉伯数学的重要内容，而郭守敬以前中国传统数学中独自产生这种算法的源流不清，故国内外许多学者认为弧矢割圆术源自阿拉伯。但也有撰文极力否定此说者（钱宝琮：《授时历法略论》，载《钱宝琮科学史论文选集》，中国科学出版社1983年。）。
写算铺地锦，最早见载于明程大位《算学统宗》(1592年)中。其书卷十三歌云，“写算铺地锦为奇，不用算盘数可知”，是一种筹算法。据说，此术十三四世纪流行于阿拉伯，并及于欧洲，故数学史家李俨疑程大位所记写算铺地锦，也是自阿拉伯传入的（参见《伊斯兰教与中国历算之关系》，载李兴华、冯今源编《中国伊斯兰教史参考资料选编》，宁夏人民出版社1985年版。）。
(二)医药学
1.医方的传入
本书第一章中曾概述过公元七至十世纪阿拉伯医学的发展。公元十一世纪后阿拉伯医术又取得了重大的发展，其中最主要的医学家是伊本·西那(Ibn sinā 980~1037年)的杰出成就。伊本·西那原名艾卜·阿里·本·侯赛因·本·西那，拉丁文名阿维森纳(Avicenna)，他出身于布哈拉附近的艾夫舍纳(Afshanah)镇，波斯血统。曾写过九十九部书，内容包括哲学、医学、几何学、天文学、教义学、语言和艺术等方面，其中医学书十六部。他用阿拉伯文撰写的《医典》是一部阿拉伯医学百科全书，全书共五卷，包括解剖学、制药学、病理学、治疗学、卫生学和饮食学，并录有上古以来希腊、波斯、印度、阿拉伯各国的经验方。此书至迟于元代传入中国，《回回药方》卷三十目录中把他的名字译为“阿不阿里撒纳”，并将《医典》的部分内容收入书中（宋岘在《〈回回药方〉与阿维森纳(医典)的关系》(载《中国回族研究》第2辑，1992年)一文中，据《元秘书监志》知秘书监中藏有“忒毕医经十三部”和《回回药方》中所引《医典》，认为蒙元时期《医典》已传入中国。）。
元时传入中国的阿拉伯医书当远远不止《医典》一部。《秘书监志》卷七记载元秘书监中存有“忒毕医经十三部”。“忒毕”乃阿拉伯文书名Tibb的元代汉语音译，意为医学。这十三部“医经”中是否包括《医典》，抑或还有其他什么“医经”？现在因缺乏资料，已难以考证。由于大量阿拉伯、波斯医书和方剂、药物的传入，大批回回医生以其高超的医术服务于人民，经过长期实践后，一种继承阿拉伯--波斯医学传统，吸收其他体系医疗技术后形成的中国穆斯林医学--回回医学，在元代出现了。回回医学随着时代的发展而不断发展，明清以至近代，还吸收了西医和中医的一些疗法。
元代回回医学中最主要的成果是《回回药方》。《回回药方》成书于元末或明初，作者佚名。它的成书，标志着回回医学发展到体系化、完整化的阶段。
《回回药方》原书三十六卷，现仅剩明代红格抄本的残本，即卷之十二，卷十九(目录卷之下)，卷之三十，卷之三十四共四卷，正文486面，珍藏于北京图书馆。卷十二是“诸风”，卷三十是“杂证”，卷三十四是“金疮”“伤损”等。从目录卷之下来看，《回回药方》是一部体系完整的大型医方书，其内容包括内、外、妇、儿、五官各科。其医疗方法和诊断水平相当高，如现存第三十四卷，分金疮、折伤等门，在折伤门中又分伤损类、接骨类、骨脱出类等，论述详尽。诊断时十分仔细，如伤损，观察“伤损的动静”分为十等，第一等为直裂纹，第二等为圆裂纹，第三等为伤损周围的汊纹，第四等为伤损去皮肉、伤处破裂宽大而深，第五等伤重内陷、浮皮不显，第六等……对于接骨，包括“骨损折的动静”“碎骨在肉内”的诊断，接骨、移骨的总治法，以及因损折、接骨错误需要重新整复的手法等。在骨脱出类项下，对两颌骨脱出，以及项圈骨、肩骨、肘骨、手腕、手指骨节、脊梁骨、腰下、大腿、膝骨、足踝骨等处脱节均有论述。治疗方法中也是前代少见的，如两颌骨脱出的整复手术如下：“凡两颌骨脱出，比余骨亦少，纵有抑或在一边，若全脱者极少。”又说：“此等证候的显验是口张、不能收合并唼动。盖因头后并项上的连筋肉与之相连，故能转动，今既脱出，则不能转动矣。”治疗方法是“一人扶正病人头，病人复大张其口，后令其颌垂解，医人方扶起此骨，左右摆动，缓缓向前推去，抬向上，却入本处”，描述可谓细致。
《回回药方》系多种阿拉伯、波斯古医书、方剂编辑而成，并加以译注。全书以汉文表述，杂有大量的外国药名、术词、人名、方剂名的汉字音译，附有诸多波斯文、阿拉伯文及元、明年间中国回回医学专门的回回文。书中所载580余服方剂，全系来自域外的方子，不夹有任何传统的中医方剂。其排列方法同《圣济总录》的门、类。方剂的内容有以古希伯莱人的先知“忽儿木思”为名的方剂；有古希腊哲学家亚里士多德开给亚历山大大帝的散剂；并有以诸位古希腊、罗马、波斯、拜占廷及黑衣大食的医生和国王的名字命名的方剂；相当多的医方转译自黑衣大食朝最着名的医学巨着，如拉齐(860~932年)的《万国医典》、麦朱西(？~994年)的《医术大全》和阿维森纳的《医典》。其中，卷三十“杂证门”的陈述同《医典》卷五“经验方”的内容多有相同；卷三十四“折伤门”的“接骨类”“骨脱出类”同《医典》卷四收录的希波克拉底、扎里奴思的骨科论文的内容相同。阿拉伯、波斯医学名家伊斯哈格、马苏雅、赛哈尔白赫德、塞拉比雍、麦尔瓦吉的医书中有些内容在《回回药方》也有反映。书中还有数百种产自古代阿拉伯、波斯、印度、希腊、罗马和中亚地区的药物名称，而且还有一些是中药名。在外来药物名称之下，附以中药名称，如阿而马尼即五倍子，咱法兰即番栀子花蕊，哈里哈达即枯红矾，木黑里即安息香，撒答卜子即薄荷子，法体剌撒里荣即当归，突鲁必即柴胡。药物的制剂，内服药有锭子、凉药、煎、井子、油剂等；外用药有熏、洗、炙、榻、贴、膏等。
除了《回回药方》以外，元明时期还有其他回回医学方面着作流传。明周定王朱棣和滕硕、刘醇等编的《普剂方》，其中“眼目门”诸卷所载的七服回回药方，即“黄末眼药”“白定眼药”“红定眼药”“白末眼药”“青末眼药”“红水眼药”“方钩割后用刀剪药”，系出《回回药方》以外的另一部回回眼科医书，与阿维森纳《医典》的药方有雷同之处。诸方剂所用的药物均为回回药物的音译，如咱甫兰(藏红花)、可铁刺(西黄耆胶)、红石扁豆(血滴石)、朵梯、朵梯牙(天然氧化锌)、阿飞勇(鸦片)、安咱卢、安白卢(树胶)等。
2.医术的发展
回回医术传入中国后，在民间得到广泛发展，取得了良好的疗效，至今留下了许多佳话。到元代时，政府专门设立广惠司和大都、上都回回药物院，供皇室和平民医疗之用。
根据记载，回回医术中取得明显疗效的有骨科、外科、眼科等。
北宋神宗熙宁年间来华的阿拉伯骨科医生梁柱有两子：梁爰、梁婴，在民间行医，医术高超。其后代曾在元代广惠司和回回药物院行医。明初，接骨技术已传至第九代，有梁季六、梁秀六在南京开业行医。梁氏骨科至今已经二十七、二十八代，接骨技术更完善，他们不用开刀、不用截肢，也不用金属物穿刺牵引，祖传秘方伤科膏药及接骨丹已献给国家，造福人民。
在骨科方面有许多传闻很广的记载，如元人陶宗仪《南村辍耕录》卷三《木乃伊》条载：“回回田地有年七八十岁老人，自愿舍身济众者，绝不饮食，惟澡身啖蜜。经月，便溺皆蜜。既死，国人殓以石棺，仍满用蜜浸，镌志岁月于棺盖，瘗之，俟百年启封，则蜜剂也。凡人损折肢体，食匕许立愈，虽彼中亦不多得。俗曰蜜人，番言‘木乃伊’。”此说虽属传闻，但“损折肢体”可用药物治疗，是符合回回药理的。又，元人王沂有《贾胡歌》云：
西域贾胡年八十，一生技能人不及。
金丝膏药熬较好，伤折近来人苦多。
川船南通有新药，海上奇方效如昨。
眼中万事不足论，流寓无如贾胡乐。（王沂：《贾胡歌》，《伊滨集》卷五。）