南京地区也安置了不少内附的西域回回。如前文曾提到，洪武至宣德年间内附的唐哈散、郑阿里、亦剌思、舍班、者鲁剌丁等人均被安置在南京。正统以后，安置在南京的西域回回日益增多，除了前文曾提到的两个哈三、卜儿罕丁、克里别儿的等人外，据天顺元年(1457年)八月的统计，仅南京中下级军官中就有入附回回、蒙古等258名（《明英宗实录》卷二八一。）。另据地方志记载，明代南京人口总数约50万，仅回回就占了十分之一二（陈作霖：《元宁乡土志》卷五。）。
因回回人宦游、经商活动而形成回族聚居区的现象也十分普遍。如哈八世在明初驻军湖南常德，后来常德有16个回回村子；马坚于洪武初任云南临安卫千户世职；金自氓于永乐年间官临安知府，后来这两姓发展为回龙村（《回族简史》，银川：宁夏人民出版社，1979年，第14页。）。前文中提到过的元代伯笃鲁丁孙伯龄明初游宦至广西，在桂林落籍，后裔多分布在桂林的城乡；伯颜察儿的后裔住北京羊角头，后迁山东益都，形成回回村落。
湖南的常德、邵阳为回民集中的地区，其中马、魏、黄、李氏等族的先祖也都是明廷将领，如常德的马氏回民，自称“扶风马氏”，其族谱记载：“德成公于明洪武五年(1372年)，由北直迁常德”。
魏氏始祖魏实，洪武年间封武略将军，由北直顺天府来常德。
汉寿《黄氏族谱》记：“鼻祖黄隆兴，世籍幽燕，北直顺天府固安县团舍村人也，信奉回教。”明太子命王子棣节制山西北平军事，公实授部厅。永乐二年，封奋武将军，官鼎州(即常德)。其后裔后来居住汉寿县株木山乡笑港教门町。另一黄氏，始祖黄有德，世居北直顺天府固安县兰射乡千口村，于明永乐二年，授御前指挥，“宦游荆楚，落籍鼎州”，后来定居在常德县马路官沟东西两坪。
李宗燕，原籍北平顺天县府固安县东乡村，曾任云南副总兵，于明永乐二年迁来常德县，其封地在今常德县西庄坪一带。
邵阳的张氏为当地回族大户，据道光《宝庆府志》载：“指挥张氏，其先曰璞罗德，北平三河人。洪武元年，授宝庆卫指挥，食屯田百余亩于武冈之东林铺鸡脚塘”。还有一些别的姓氏回族在此落籍（马亮生：《湖南回族》，长沙：湖南人民出版社，1988年，第1~10页。）。
以上说的是回回人到各地任文武官员这一因素对回回人聚居特点形成产生的影响。至于经商活动对回回人聚居特点形成产生的影响也很明显。由于回回人善于经商，为了做买卖，回回人往来于“丝绸之路”、茶马交易市场和繁华商埠，其流动迁徙更是频繁。不少人择地居住，成为“坐商”，于是又在住地周围逐渐形成新的聚居区。如甘肃因地近西域，故聚居的回回人最多，而这些回回多是“贾胡”，“假进贡之名，籍有司之力，以营其私。自甘肃抵京师往来道路，贡无虚月”（《明仁宗实录》卷五上。）。但因明廷限制抵京人数，只许少量回回使臣和客商入京，多数使臣和客商则“籍口粮之给，贪互市之利，往往留寓甘肃”（《明孝宗实录》卷二一四。）。世宗嘉靖七年(1528年)，提督陕西三边军务的兵部尚书王琼就曾亲眼看到有撒马儿罕、天方、吐鲁番、哈密等处回回留居平凉（《殊域周咨录》卷十五，“撒马儿罕”条。）。因经商而定居内地者也很多。明末学者陈全之曾说：“近世回夷、达夷杂处中国繁华之地，如两京、河间、真保、临清等处皆是，往往群其族类……”（陈全之：《蓬窗日录》，“世务”卷之一。）这些“群其族类”的回回人中就有许多人是因经商而“杂处中国繁华之地”的。
由于战乱和自然灾害，也迫使部分回回人流落迁徙，趋向大分散，小集中。如“元之遗民有避乱自北而南者多聚于京师”。朱元璋命中书省取其有才能者用之，其余令占籍为民，从中选出许多年轻力壮的人“俾隶军籍”（《明太祖实录》卷一二八。）。又如“靖难之役”后，铁铉族人和部属就流落四方，有相当一部分逃往关外，落籍辽宁，经数代繁衍，铁姓遂发展为沈阳等地回回巨族。由于自然灾害而迁徙的，人数更多。特别是明朝后期，自然灾害频仍，许多河北、山东回民流落东北地区谋生，也有不少陕西、甘肃、宁夏的回民逃往内蒙古、张家口一带谋生。正德九年至十六年(1514~1521年)，陕西回民由于饥馑先后发动了三次暴动。万历年间，西北地区的回民也因自然灾害而多次起义，但遭到官府镇压。事件后，回回人为逃避官府的迫害，纷纷逃往归绥(今呼和浩特)、多伦、张家口等地，遂使当地回民人口增多。如今张家口市桥口区有上堡“陕西坊”，元台子有“邠州坊”，新华街有“宁夏坊”等。今呼和浩特市和包头市的回民区，也多是由此形成的。
总之，通过不断迁徙、组合，在明代全国范围内业已形成了以下五个较大的回回人聚居区：
(1)西北聚居区。主要包括甘肃的瓜州、沙州、甘州、肃州、凉州等河西地区，巩昌、庆阳、平凉等陇东一带，河州、兰州、洮州、岷州等陇南一带，宁夏的灵州、固原一带，青海西宁等海东地区，陕西的西安、凤翔、岐山、金州、延安、耀县、汉中等地。这正如《河黄诸役纪要》所述：“迄明末清初，西起瓜、沙，东至环庆，北抵银夏，南乃洮岷，所谓甘回及(即)东甘回之踪迹，已无处无之。”
(2)云南聚居区。以昆明’为中心，主要包括迤西的楚雄、大理、巍山、保山、顺宁、腾越，迤南的玉溪、河西、华宁、开远、蒙自、临安、石屏，迤东的嵩明、寻甸、沾益、曲靖等地。
(3)中原聚居区。以开封和洛阳为中心，主要包括商丘、太康、淮阳、南阳以及安徽北部地区和山东德州、莱州、登州等地。
(4)华北聚居区。以北京为中心，主要有通州、保定、河间、沧州、呼和浩特、包头、张家口等地。
(5)江南聚居区。以南京为中心，主要包括扬州、镇江、嘉定、苏州、杭州、松江、泉州等地。
综合以上四个方面来看，我们可以认为，在明代中后期，回回民族共同体最终形成了，回回人作为一个真正意义上的民族从此正式登上了中国的历史舞台。
第三节回族的政治活动与杰出的政治家
一、明朝开国功臣中的回回人
(一)削平群雄，创建明朝
元朝末年，因官贪吏污，纲纪废弛，赋役不均，天灾频仍等原因，社会矛盾迅速激化，终于在元顺帝妥欢帖木儿至正十一年(1351年)五月爆发了由韩山童、刘福通领导的旨在推翻元朝腐朽统治的大规模农民起义，史称红巾起义。接着，反元势力风起云涌，或响应起义，或割地称雄。经过17年时间的长期较量，朱元璋崛起，削平群雄，于元至正二十八年(1368年)正月即皇帝位，年号洪武，建立起新的封建王朝--明。随后，朱元璋又经过了二十多年的长期战争，先后消灭了北方元朝残余势力和南方其他封建割据势力，完成全国统一。
颇有政治头脑的朱元璋深知，“治蛮夷之道，必威德兼施，使其畏威，不如此不可也”（《明太祖实录》卷一四九。）。因此，在他派出徐达、常遇春带兵北上讨伐元顺帝为首的蒙古贵族统治时，要求他们迅猛进军，力求“以威服之”。同时，他也很注意分化瓦解敌人，在政治上施以恩抚、怀柔，争取“以德服之”。在他发布的讨元檄文中讲，“如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有知礼义愿为臣民者，与中夏之人抚养无异”（《明太祖实录》卷一一。）。这样做，消除了部分蒙古人、色目人的恐惧心理，从而对朱元璋产生了好感，于是有不少人弃元而投效于明。如淮河流域是朱元璋的起兵之地，在元代，这里是回回人屯戍的重要地区之一。因此，朱元璋起兵后，这一带的回回人纷纷响应，许多人受到朱元璋的信任和重用，他们南征北战，无论在推翻元朝的战争中，还是在消灭群雄割据的战争中，以及对北元的战争中，均立下了赫赫战功，有的人还成了明朝的开国元勋。
元至正十二年(1352年)二月，定远(今属安徽)土豪郭子兴、农民孙德崖等响应韩山童、刘福通起义，在濠州(今安徽凤阳)起兵，自称红巾军。闰三月，太平乡孤庄村农民朱元璋以游方僧的身份投奔郭子兴，因其胆略过人，战功卓着，很快受到重用，由亲兵升任总兵。这期间，不少回回人先后投至朱元璋旗下。其中最着名的有丁德兴、冯国用、冯胜、胡大海、胡德济、常遇春、沐英、蓝玉等。
丁德兴(1327~1366年)，安徽定远人，大约与朱元璋投奔郭子兴的同时，在濠州归附朱元璋，因其皮肤黝黑，状貌雄伟，朱元璋常以“黑丁呼之”。
冯胜(？~1395年)，初名国胜，又名宗异，安徽定远人，出身地主家庭。“及长，雄勇多智略”，与兄冯国用(1324~1359年)俱喜读书，通兵法。元末群雄并起，二人随父率数百人避乱于定远妙山之中，结寨自保。至正十二年(1352年)，当朱元璋略地至妙山时，二人率众投归，“甚见亲信”。冯国用当即应邀进言献计道：“金陵龙盘虎踞，帝王之都，先拔之以为根本，然后四出征战，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也”。朱元璋听罢大悦，命二人“留居幕府”，宿卫左右。
沐英(1345~1392年)字文英，安徽定远人。幼年即丧父，元末随母避乱，又遭母丧，在这种情况下，他于至正十三年(1353年)被朱元璋夫妇收为义子，改姓朱。以后，“数从上征伐，入侍帷幄，昼夜勤励”，逐渐成长为朱元璋的一员重要将领。洪武十六年(1383年)奉命留镇云南，直到洪武二十五年(1392年)去世。
胡大海(？~1362年)，字通甫，濠州虹县(今安徽泗县)人。史称其“长身铁面，智力过人”。民间传说他早年以炸油馍为生，有“铁指头胡大海”之誉。至正十四年(1354年)与养子胡德济(字世美)前往滁阳(今安徽滁县)投归朱元璋，被留于军中，任为前锋。
常遇春(1330~1369年)，字伯仁，濠州怀远(今安徽怀远)人，世代务农。民间传说其父曾为阿訇。其后裔至今信奉伊斯兰教。他本人自幼习武，及长，“貌奇伟，勇力绝人，猿臂善射”。元末红巾起义爆发后，“从刘聚为盗”，后见刘聚终无所成，遂于至正十五年(1355年)春四月投归朱元璋，自请为前锋。
蓝玉(？~1393年)，安徽定远人，为常遇春妻弟，初隶遇春帐下，“临敌勇敢，所向皆捷”。他虽在明王朝建立之后才成为朱元璋的主要将领，但在削平群雄，创建明朝的过程中也有一定的贡献，后因恃功骄纵，胡作非为，引起朱元璋不满。洪武二十六年(1393年)二月，锦衣卫指挥蒋告其伙同景顺侯曹震等谋反，朱元璋乘机制造“蓝狱”，将他处死，并灭其三族，牵连坐死者众至一万五千人，史家将此案与明初“胡惟庸案”连称，名“胡蓝之狱”。
至正十五年(1355年)初，郭子兴死，朱元璋实际上已经成为这支红巾军的最高领导人。三月，刘福通、韩林儿(韩山童子)的大宋政权封朱元璋为左副元帅，从此，上述回回人在朱元璋率领下，各尽所能，开始了削平群雄，创建明朝的艰苦历程。
首先，帮助朱元璋渡江南下，攻占集庆路(治今南京)，取得江南财富之地。
元至正十五年元月，朱元璋挥师南下渡江，发起采石(今属安徽)战役。在这场战役中，回回人常遇春、胡大海、丁德兴、冯国用、冯胜等皆从，他们奋勇争先，立下了头功。如激战中，朱元璋以舟师攻牛渚矶，元兵陈矶上，舟距岸还有三丈余，无人能登临对岸，正在这时，常遇春“飞舸至，太祖麾之前，遇春应声奋戈直前，敌接其戈，乘势而跃上，大呼跳荡，元军披靡，诸将乘之，遂拔采石，进取太平”。常遇春因此战之勇而授总管府先锋，寻又进总管都督。不久，元中丞蛮子海牙复以舟师袭据采石，朱元璋率兵与之争夺，遣常遇春多张疑兵，分敌之势。及战，遇春挥轻舸冲海牙舟为二，左右纵击，大破之，尽得其舟，为攻占集庆奠定了良好的基础。
采石战役后不久，义兵元帅陈埜先围攻朱元璋。回回将领冯国用设伏大败之，迫使陈埜先暂时归附朱元璋。此时，冯国用已看出陈埜先必叛，提醒朱元璋提高警惕。不久，陈果然叛降元御史大夫福寿，但旋被部下斩杀，子陈兆先率其残部驻扎集庆城南郭的方山一带，抗拒朱元璋。
十六年三月，朱元璋发起集庆战役。冯国用、常遇春等与诸将大破陈兆先，尽降其众三万余人。朱元璋从中挑选五百人为亲军，宿卫帐中，“悉屏旧人，独留国用侍榻侧，五百人者始安”。随后，冯国用率此五百人攻集庆城，“争效死先登”，与胡大海、常遇春等配合，大败元军，直抵城下，杀元守将福寿，降元水师统帅康茂才及军民五十余万人，克复集庆路，改为应天府。