三、理学和史学
(一)回族理学家和李贽的“异端”思想
明朝建立后，为了进一步加强封建专制主义的统治，把程朱理学抬高到独尊的地位，使之成为统治阶级的统治思想。明成祖永乐十三年(1415年)，理学家胡广、杨棠等纂成《五经大全》《四书大全》和《性理大全》，共260卷，对程朱的经传、集注和接近程朱的其他注释加以辑集，“合众途于一轨，会万理于一原”，使程朱理学加以钦定，对人们的思想加以进一步控制。在这样的背景下，明代的回族理学家是难以从钦定的桎梏中跳出来的。
对《易经》研究颇深的丁仪，字文范，福建晋江汾溪人，学者称为汾溪先生。弘治十八年(1505年)进士。初仕海宁，后任教浦江，移松江水利官，守杭州，迁四川按察司佥事，卒于官。“先生资禀英敏，所学多由心悟。师事田南山先生，尽得蔡虚斋《易》学之传，而有发其所未及发也。”对《易经》，他有自己的见解，曾对其门生于光曰：《易》阐天地阴阳之理，尽在于消息盈虚之间。消即长之渐也，盈即虚之本也。卦爻在人日用不知玩之，而徒以辞求占焉，非善通《易》也。善通《易》者，视富贵贫贱，患难夷狄之值，尽在消息盈虚之中。彼用心汲汲以持其盈者，而口则言《易》，而于《易》理之未尽解也。（于光：《汾溪公行状》，载《泉州回族谱牒资料选编》（陈埭丁姓回族部分），油印本。）
惜其着作没有传世。
丁仪之子自申(1521~？)，字朋岳，号槐江，嘉靖二十九年(1549年)进士，授南京工部营缮司主事，进虞衡郎中，官顺庆府、梧州府。自幼读经书，为宦后时常钻研六经，“则上自秦汉，下逮唐宋诸儒氏，莫不折衷，根极理奥，而要其归于六经，盖粹然泽于道也。”（庄朝宾：《三陵集·序》。）他在自己的行为上，也一遵程朱理学的规范。例如，朱熹有名言“饿死事小，失节事大”，丁自申则认为“凡妇于夫而际其不幸者。贞足以善其身。”（丁自申：《吴母张太安人六十寿序》，《三陵集》卷五。）自申有文集《三陵集》。
丁衍夏(约1517~？)，号云浮叟，又号适适生、瞻亭主、泰清丈、五口山人。丁仪之孙，丁自申之侄，父名南津君。出身于两代进士之家，自幼受到良好教育。他一生没有做官，立志按中国传统编纂一部族谱。到七十岁时修成族谱。从族谱内容来看，衍夏是一位恪守伊斯兰教规而又笃信儒家学说的回族学者。他在族潜《祖教说》中说：敦乎若上世风气之未开然也。如殓不重衣，殡不以木，葬不过三日，封若马鬣而浅，裹以木棉；祀不设主，祭不列品。为会期，日西相率西向以拜天，岁月一斋，晨昏见星而食，竟日则枵腹。荐神唯香花，不设酒果，不焚楮帛；诵清经，仿所传夷音，不解文义，亦不求其晓，吉凶皆用之。牲杀必自其屠而后食，肉食不以豚。恒沐浴，不是不敢以交神明。衣崇木棉不崇帛。大率明洁为尚也。（《泉州回族谱牒资料选编》（陈埭丁姓回族部分），油印本。）
这些伊斯兰教的教规经写入族谱，则需世代遵循，说明丁衍夏是祖教的继承者。
在族谱里，丁衍夏已把儒家的经典义理作为这个家族伦理的准则。族谱中的《享先纪》《说先纪》《宁先纪》《念先纪》中博引《礼记》《尚书》《诗经》《孟子》等儒家经典，以儒家的标准来教育后代。
丁自申子日近，孙启浚、启汴，皆为儒士。丁仪、丁自申、丁日近、丁启浚，四世皆为进士。这个回族家族以儒家经典为处世准绳，世代相传。
明代中后期时，泰州学派在思想界崛起。
明中叶后，以工商业者为主体的市民阶层，随着商品经济的活跃，他们从自身利益出发，对传统的封建观念提出了挑战。泰州学派的创始人王艮虽师从过王守仁，在哲学思想上受王学影响很深，但他以背离正宗儒学的“异端”思想，而成为独立的学派。王艮提出“百姓日用即道”的命题，认为“道”并非高深莫测，就在“百姓日用”之中。如果离开百姓日用，“皆谓之异端”；只有解决百姓的贫困冻馁才是真学问，才能安本立身。他要求人人平等相待，否定封建特权和等级制度；他主张仁政，提出对残暴之君“可伐”。泰州学派代表了市民阶层的利益，具有启蒙意义。
李贽“自幼倔强难化，不信道，不信仙、释，故见道人则恶，见僧则恶，见道学先生则尤恶。”（《王阳明先生道学钞》附《王阳明年谱后语》。）他在南京时，与泰州学派人物王畿、罗汝芳、焦竑、耿定理等相好，并师事王艮之子王襞。王襞幼闻庭训，追随其父在淮南讲学，故李贽得泰州之传，当属泰州学派。
李贽从姚安辞官后，到湖北黄安客居耿定理之家，一面教授耿家子弟，一面潜心研究。耿定理卒于万历十二年(1584年)，他移居麻城龙湖，筑芝佛院以居，生活靠和尚深有奉侍。在龙湖隐居达十余年之久，完成了《焚书》《藏书》《续藏书》《易因》等着作。
泰州后学何心隐(1517~1579年)被诬为名教罪人，被湖广巡抚王之恒所杀。李贽愤而作《何心隐论》，以示追慕；又作《答耿司寇》，指责户部尚书耿定向对何心隐见死不救。耿定向使人毁谤李贽，派人拆毁芝佛院，驱逐李贽。李贽逃到河南商城，又到北通州友人马经伦家居住。
李贽继承了泰州学派的积极思想因素，以犀利的笔锋，猛烈抨击道学的虚伪性，把矛头直指孔子和道学家。他的战斗精神十分可贵。
第一，他反对宋明理学家对“理”的认识。对王艮“百姓日用即道”加以发挥，“穿衣吃饭，即是人伦物理，除却穿衣吃饭，无论物矣。世间种种皆衣与饭类耳。”（《焚书·答邓石阳》。）应该顺应人们的欲望，使“天下之民，各遂其生，各获其所望。”（《李氏文集·明灯道古录》。）他对宋明理学家提出的去人欲、存天理的说教表示反对，提出“人必有私”“虽圣人不能无势利之心”（《李氏文集·明灯道古录》。）他嘲笑那些道学家在“义”的掩饰下牟取私利的行径，说他们是“阳为道学，阴为富贵，穿着儒雅，行若狗彘”（《初潭集·释教》。）的伪君子。
第二，认为圣人无异于凡人，不要以孔子是非为是非。他说：“勿以过高视圣人之可为也，尧舜与途人一，圣人与凡人一。”（《初潭集·释教》。）因此不能以孔子之是非来衡量一切。“天生一人自有一人之用，不待取给于孔子而后是也，若必待取足于孔子，则千古以前无孔子，终不得为人乎？”又说：“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳。”（《藏书·世纪列传总目前论》。）
第三，认为儒家经典并不是“万世之至论”。他指出：像《六经》《论语》《孟子》这些书，有些是史官的“赞美之语”，有些是门徒弟子记忆师说的记录，“夫《六经》《语》《孟》，岂可遽以为万世之至论乎？”（《焚书·童心说》。）大胆地否定了儒家经典的权威性。
第四，对封建礼教进行抨击。李贽反对道学家鄙视妇女的思想，说：“谓人有男女则可，谓见有男女岂可乎？谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女子之见尽短，又岂可乎？”（《焚书·答以女人学道为见短书》。）他对寡妇再嫁寄予同情，认为卓文君再嫁“正获身，非失身”（《藏书·司马相如论》。），从而否定程颐所谓“饿死事小，失节事大”的虚伪封建道德。
李贽对道学的批判是全面的，他揭露道学家的虚伪、丑恶和无能，否定儒家经典的权威性，反对对圣人的迷信，这种种“异端”行为，引起了统治者的恐慌，因而扣上“敢倡乱道，惑世诬民”的罪名，必欲置之于死地。
(二)史学
明代的回族史学家曾撰写出许多影响很大的史书，这些史书大体可分为两大类：第一类主要是系朝廷使臣，出使西洋各国和周边国家、地区的亲身经历、见闻；第二类为史学评论之类。
明永乐年间，郑和奉命七次下西洋，其随行人员中有多名回族人士，其中费信远航结束后所着《星槎胜览》，马欢所着《瀛涯胜览》，均为我国研究中外交通的重要史书。
费信于永乐七年(1409年)、十年、十三年、宣德六年(1431年)四次随郑和远航西洋，负责掌管文书。他通阿拉伯语，因而接触域外史料甚多，对阿拉伯各国及伊斯兰国家了解更多，归国后整理资料和所见所闻，撰写《星槎胜览》，共记四十余国，于正统元年(1436年)成书。其自序云：永乐、宣德间，选随中使至海外，经诸番国，前后数四，二十余年，历览风土人物之宜，采辑、图写成帙，名日《星槎胜览》。不揣肤陋，辄敢自叙其首，一览之余，则中国之大，华夷之辨，山川之险易，物产之珍奇，殊方末俗之卑陋，可以不劳远涉而尽在目中矣。
如前文所述，马欢于永乐七年、十一年、十九年、宣德六年，四次随郑和远航西洋，任通事。亦通阿拉伯语，归国后着《瀛涯胜览》一书，成书于景泰二年(1451年)。然据《纪录汇编》本《瀛涯胜览》后序有“今观马君宗道、郭君崇礼所记”云云，似此书为马欢与郭崇礼合着。郭氏浙江余杭人，通阿拉伯、波斯语，亦为回族，随郑和航海，任通事，自然与马欢有交谊。《瀛涯胜览》记19国宗教、物产、风俗、社会、政治状况颇详，所记国数虽少于《星槎胜览》，但内容要详细得多。
郑和去世后，大规模下西洋活动逐渐停止，明朝统治者由于国力渐衰，遂弃开放为锁国，海上交通活动越来越少。但与北方和西域的陆上交通与交涉仍频繁发生，西域穆斯林常以贡使回回、归附回回、寄住回回名义入居中原，回回人中通各国语言者甚多，因而有的成为明朝政府的通事，在许多外交活动中担任翻译，有的还留下了某一事件的文字始末，成为重要史料。通事哈铭，正统中随吴良出使瓦剌，被拘留。时瓦剌在顺宁王也先统治下势大盛，也先欲求大元一统天下，不断南侵，明朝九边告急。正统十四年(1449年)，明英宗在太监王振怂恿下，仓促率兵亲征，双方在土木堡(今河北怀来东)会战，明军全军覆没，英宗被俘，史称“土木之变”。哈铭遂充也先与英宗之间的蒙汉族翻译，侍从英宗左右。景泰元年(1450年)，随英宗返回京师，赐姓杨，授锦衣卫指挥使。着《正统临戎录》《正统北狩事迹》各一卷，记英宗北征瓦剌及其被俘始末，是研究“土木之变”和瓦剌史最为宝贵的史料。
李贽的史学着作很多。《焚书》《续焚书》中有关于史学的理论，他认为经史应互为表里，“经史一物也。史而不经，则为秽史矣。……经而不史，则为说白话矣。……故谓六经皆史可以。”与元代理学家刘因的“古无经史之分”的观点相似。《藏书》《续藏书》有许多历史人物传记，《藏书》为明以前人物传记，《续藏书》为明以后人物传记。他对历史人物的见解多与传统看法相左，有其独到一面。他对秦始皇评价甚高，认为是“千古一帝”。先秦法家均予肯定。汉代刘邦、贾谊、晁错、汉武帝、桑弘羊，三国的曹操、诸葛亮，唐代的武则天、柳宗元，明朝的朱元璋也是“千古一帝”，张居正是“宰相之杰”。对历史上的农民起义领袖大多有赞扬，但对宋江却颇有微词，“是假道学真强盗也。然能以此收拾人心，亦非无用人也。”（见《藏书·梁山泊人优劣》。）
四、科学技术
(一)天文学
明朝建立后，继承了元代的回回司天监等天文机构，征用原元司天监的回回天文学家，继续开展工作。
洪武元年(1368年)十月，明政府在南京置回回司天监，召前元回回司天监的黑的儿、阿都剌、监丞迭里月实等14人、第二年四月又征原回回司天台官员郑阿里等11人赴京师修定历法。洪武二年，鲁穆(今小亚细亚境)人马德鲁丁携其长子马沙亦黑、次子马哈麻、三子马哈沙来华。关于马德鲁丁家族的身世，《大测堂马》挂轴有较详细记载：始祖德鲁丁公，赐姓马，名钦，字彦明。公为西域鲁密国人，真教，精通天文数学。洪武二十年(二年之误)携三子赉贡来华，随宋国公内附。明太祖嘉其学有渊源，遂留朝用，封回回太师府爵，钦天监博士。赐姓马，封大测堂。
二世祖沙亦黑，字仲德。封钦天监监正，任四译馆，翻译回回文书。
哈麻，字仲良。前明洪武二十四年封钦天监监副，文林郎，任四译馆，翻译回回文书。
哈沙，字仲义。父病卒于浙江西绍兴馀姚山途次，遂葬是地。公构庐守墓，于此家焉。（《大测堂马》中堂挂轴现藏南京伊斯兰协会。本处转引自杨怀中、余振贵主编《伊斯兰与中国文化》，银川：宁夏人民出版社，1995年，第185页。）
洪武三年，明政府改回回司天监为回回钦天监，下设四科，曰天文、曰漏刻、曰大统、曰回回历。马德鲁丁父子来自北宋着名天文学家马依泽的家乡鲁穆，又“精通天文数学”，因而到华即受到重用，赐为钦天监博士。其子马沙亦黑、马哈麻先后担任钦天监正与监副。马氏父子在钦天监从事大规模的天文测量，以校订和改进各个天文数据。马沙亦黑还制造过浑天仪等天文仪器。钦天监在京师雨花台建成回回观星台，进行实测活动。