自唐代地理学家贾耽起，我国的地理知识已到达波斯和东非，宋代周去非的《岭外代答》、赵汝适的《诸蕃志》和元代汪大渊的《岛夷志略》对此有了进一步认识。但其中除汪大渊为亲身所历外，其余着作多为作者从别人口中得知。《郑和航海图》则全为航海者亲身所历，所收地名五百多个中，外国地名近三百个，大大超过了前代地理着作。以东非而论，《郑和航海图》所记慢八撒(今肯尼亚蒙巴萨)、葛儿得风(今索马里瓜达富伊角)、哈甫尼(今索马里哈丰角)、须多大屿(今索马里索科特拉岛)、麻林地(今肯尼亚马林迪)、木骨都束(今索马里摩加迪沙)、卜剌哇(今索马里布拉瓦)、抹儿干别(今索马里梅雷格)、黑儿(今索马里埃勒)、木儿立哈必儿(今索马里霍尔迪奥)以及者即剌哈则剌、刺思那呵、木鲁旺、起答儿、门肥赤、葛答干等16个地名。这些地名大部分为前代图籍所无。
对地理认识的深度比前代大大前进了一大步。例如对我国南海的西沙、南沙、东沙、中沙诸群岛，以往的地理着作中还不是分得很清楚，或称之“长砂、石塘数万里”，或称之“千里长沙、万里石塘”，而《郑和航海图》明确分为石塘(今西沙群岛)、万生(里)石塘屿(今南沙群岛)、石星石塘(今东沙群岛和中沙群岛)。
由此可见，《郑和航海图》是15世纪以前我国关于亚非地区最详细的地图，它在中国地图发展史和世界地图发展史上都占有重要的地位。
(五)水利工程
明代着名回族政治家海瑞在担任应天巡抚等职务期间，曾对三吴水利进行了疏浚，得到了很好的效果。
吴淞江古称松江，又名松陵江、笠泽江，它是古代太湖通海三大河流的主干，尤其是娄东二江湮废以后在相当长的时间内，担负着太湖地区排水出海的主要任务。唐以后，太湖平原东部海岸线加速向外伸展，吴淞江河线也不断延长，河床比降越来越平，流速越来越小，冲淤能力越来越弱。明初“掣淞入浏”和开范家浜导水由黄浦入海后，吴淞江流缓势弱，下游夏驾浦以东淤淀更加严重。从天顺二年(1458年)起，到隆庆三年(1569年)的110多年内，对夏驾浦以下河段较大的疏浚工程，先后进行了五六次之多，平均不到20年就要浚治一次。江南州县由于水利失修，连年饥荒。
隆庆三年，海瑞出任应天巡抚。他在《处补练兵银疏》中指出：“自臣到任之后，查得水利官皆分管别事，别差委。问之水利，茫然无知。水利之事，与己若不关涉，上司不以为旷官，本官不以为失职。水利不兴，其所由来久矣。”他亲自巡历上海县，勘得吴淞江淤为平地约有八十余里，遂“力破群议”，决定进行吴淞江水利工程。
吴淞江工程从隆庆四年(1570年)正月初三日破土起工，二月二十九日告成，历时不及两个月。挑自上海江口宋家桥至嘉定艾祈浦，共80里，把这段淤塞的河道开深一丈六尺，面阔扩大至15丈，下阔为七丈五尺，比嘉靖初疏浚得更广、更深。
在吴淞江工程的同时，海瑞又亲自巡历常熟县，勘得白茆河也是浅狭，他深感“若止开吴淞而不开挑白茆，诚为缺事，难免水患。”（海瑞：《开白茆河疏》，见《海瑞集》。）遂于同年二月初九开工，到三月底完工。
海瑞主持疏浚吴淞江和白茆河，对江南苏、松、常、杭、嘉、湖六府的农田水利十分有利，此后“数十年间虽有小灾，不为大害。”（《皇明经世文编》卷一一三《工政》，《江苏水利》下。）《明史·海瑞传》也说：“瑞锐意兴革，请浚吴淞、白茆，通疏入海，民赖其利。”
五、教育
(一)官方教育
明代中国与伊斯兰教国家仍有许多交往。因此，政府有关部门仍需要从事翻译的通事。其中培养懂得回回字的通事人才是由回夷馆和会同馆中的回回馆负责的。回回馆是明代官置的回回语文教习机构，在办学方式上，它是元代回回国子学的继承。回回馆从事穆斯林语文(主要是波斯文)的教学和翻译工作，其所编波斯文教材，保存在《华夷译语》中的部分称为《回回馆杂字》和《回回馆译语》，而《杂字》只是《译语》中的“杂字”部分。
《回回馆译语》是回回馆中教习波斯语时所用的汉--波斯语分类词汇对照表，分类有“天文门”“地理门”等，《杂字》正文收波斯语词汇777个；“杂字补”收波斯语词汇333个，合计1110个。《译语》很可能是根据元代的回回国子学和回回国子监所使用的教材编成的（见刘迎胜：《明代中国官办波斯语言教材源流研究》，载《南京大学学报》，1991年，第3期。）“杂字”和“译语”为我们认识元明时期回民语言提供了重要资料。
(二)经堂教育
回族教育可分为两种。走入仕道路的回民子弟在宗教生活之外，更多接受的是科举教育。这在内容上属于儒学教育的部分，是汉族和许多少数民族共有的教育，或者说是各民族教育的重合部分。而回族内部独有的教育形式是明末兴起的经堂教育。经堂教育起自对伊斯兰教的传播和研究的需要，故在内容上与伊斯兰教紧密结合，在形式上亦有别于其他各种教育，在功能上不仅使回族宗教得到继承和发扬，而且有力地推动了阿拉伯文化与中国文化的融合，促进了回族文化的形成与发展。
回族共同体形成后，清真寺普遍设立，为了对广大回民进行宗教宣传，亟需一大批阿訇主持各地寺务与宣讲教义；另一方面入明元后，由于回回之社会地位的下降，加之海上交通的困难，外国伊斯兰教士来华者日益稀少。于是，中国伊斯兰教的宗教职业者后继无人的现象日益严重。广大回民通用汉语，传习汉儒经典，阿拉伯语、波斯语渐被遗忘，出现了“吾教之流中国者，远处东极，经文匮乏，学人寥落，既传译之不明，复阐扬之无自”（《修建胡太师祖佳城记》，载《回族人物志》(明代)，银川：宁夏人民出版社，1990年。），的状况。
明中期陕西咸阳渭城人胡登洲“目睹中国回教之不振，随立志兴学。”经堂教育即自此始。
经堂教育因在清真寺内进行，故又称寺院教育，其组织办法、教学方式，庞士谦说：所谓中国回教寺院教育，即指一般清真寺内所附设之回文大学而言。明代以前，清真寺内有无回文大学之设，无从查考。有明以来，有胡太师(胡普照)者，陕西成阳渭城人也。……目睹中国回教之不振，随立志兴学。招学子数名于其家中，半工半读，由此清真寺内设学之风渐开。其组织及办法，极为简单。清真寺内原有阿衡一位，此阿衡即为此一方之教师。至于学生之多寡，须视该方教民之经济力而定，学生之衣食住等费概由合方教民之供给。迨至学生将其应读之经典读完时，由合方教民为其挂幛穿衣，以示毕业。（庞士谦：《中国回教寺院教育之沿革及课本》，载《禹贡》半月刊，第七卷第四期。）
胡登洲授徒百人，以冯二巴巴、海巴巴最着。冯氏传子少泉、少川，侄伯庵，伯庵传张少山、少山传李延龄、常蕴华、马君实，皆一时名师。海氏传兰州马、摆阿衡，四传至周老爷时，“学问更为渊博，其讲解之严密，追求之细致，较前大为进步。”（庞士谦：《中国回教寺院教育之沿革及课本》。）
经堂教育在发展过程中，由于各地域的经济、文化、历史的发展不同，对经籍推崇和对阿拉伯文、波斯文、汉文重视程度的差异，形成了不同的学派。陕西学派是胡登洲所创，该派设培养阿訇的大学、供成人学习的中学、启蒙穆斯林儿童的小学。他们主张“精而专”，以“认主学”为重，在语言上倾向于专攻阿拉伯文。以常志美(蕴华)、李延龄为首创立的山东学派，擅长《古兰经》注释和波斯文经典，主张“博而熟”，讲经则受苏非主义影响较深，教学制度和教学方式较严。常志美精于波斯文，编有《米诺哈志》，为波斯语文法。其徒甚众，着名经师舍起灵、伍遵契、马鸣皋、米万济、马伯良等均出其门。伍遵契等从事汉译经籍活动，人称江南学派或金陵学派。以马德新(复初)为代表的云南学派，重视阿拉伯文教育，诠释了许多阿拉伯文、波斯文经籍。
经堂教育使用的课本，在长期教学实践中逐渐形成了伊斯兰教“十三本经”制度。这十三本经是：
1.《连五本》。包括《素尔夫》《穆尔则》《咱加尼》《米额台·阿米米》《米素巴哈》5卷。内容为阿拉伯文的语法和句法。
2.《遭五·米素巴哈》。是对《连五本》卷5《米素巴哈》的诠释，作者为波斯人穆图勒孜(1143~1213年)。
3.《满俩》(又名《舍拉哈·卡非耶》)。是对埃及学者伊本·哈吉卜(1175~1249年)所着语法着作《卡非》的诠释。作者为波斯人阿卜杜·拉合曼·加米(1397~1477年)。
4.《白亚尼》(又名《台洛黑素·米夫特哈》)。修辞学名着。作者为中亚呼罗珊(阿母河以南兴都库什山脉以北地区)人赛尔德丁·台夫塔札尼(1321~1389年)。
5.《阿戛依杜·伊斯俩目》(又名《阿戛依杜·奈赛斐》)，作者为欧麦尔·奈赛戛。编注者为《白亚尼》的作者赛尔德丁·台夫塔札尼。杨仲明阿訇有汉译本《教心经注》。
6.《舍来哈·伟戛业》。作者为麦哈木德(？~1346年)，其孙率德仑·设里尔注释。这是一本哈乃斐学派的教法着作。王静斋汉译本名《伟戛业》。
7.《虎托布》。是对40段阿拉伯文“圣训”的波斯文注释。“圣训”编选者是伊本·沃德安，波斯文译注者不详。李虞宸汉译本名《圣谕详解》。
8.《艾尔白欧》。亦为40段“圣训”的波斯文注释。作者哈萨漠丁。
9.《米尔萨德》。作者阿卜杜拉·艾布伯克尔。波斯文，专讲修身养性，近主之道的哲学着作。伍遵契汉译本名《归真要道》。
10.《艾什尔吐·来麦尔台》。作者阿卜杜·拉合曼·加米。波斯文，为伊斯兰哲学认主学的最高理论。破衲痴汉译本名《昭元密诀》。
11.《海瓦依·米诺哈志》。中国常志美着，波斯语语法着作。
12.《古洛司汤》。作者为波斯人萨迪(1200~1290年)。波斯文学着作。王静斋汉译本名《真境花园》，水建馥汉译本名《蔷薇园》。
13.《古兰经》（据冯今源：《中国的伊斯兰教》，银川：宁夏人民出版社，1991年，第188、189页。参看白寿彝：《中国回教小史》、庞士谦：《中国回教寺院教育之沿革及课本》。）
经堂教育一般采用三种语言：一是阿拉伯语；二是汉语与阿拉伯语波斯语混合而成的经堂语；三是用阿拉伯字母拼写汉语的小儿锦。
经堂语是经师们在实践中创造的。当时经师们用汉语音译阿拉伯语或波斯语，亦用阿拉伯字母拼写汉语(即“小儿锦”)，或者用汉语语汇意译阿拉伯语或波斯语。他们在讲解伊斯兰教义时，又不断吸取和改造中国儒、道、佛各教经典用语及民间用语，成为经堂语的组成部分，详见本章第二节。
经堂教育在明清两代中，对于提高回民的文化水平，培养伊斯兰教职业阿訇，使伊斯兰教得以延续，均起过重要作用。但经堂教育也有许多弱点，如传授的知识面狭窄，汉语水平较差，课程的内容脱离社会实际，保守意识浓厚等等，因此愈来愈难以适应社会发展的需要。
六、伊斯兰教的发展
(一)明廷对伊斯兰教的重视
明朝统治者对伊斯兰教采取了利用和保护的政策。相传早在明太祖朱元璋即位之初，即亲撰《至圣百字赞》，称赞伊斯兰教和穆罕默德。其文云：乾坤初始，天籍注名。传教大圣，降生西域。受授天经，三十部册，普化众生。亿兆君师，万圣领袖。协助天运，保庇国民。五时祈佑，默祝太平。存心真主，加志穷民。拯救患难，洞彻幽冥。超拔灵魂，脱离罪业。仁覆天下，道贯古今。降邪归一，教名清真。穆罕默德，至贵圣人。（王岱舆：《正教真诠·群书集考》；刘智：《天方至圣实录》卷二。两书文字略有出入。）
洪武二十五年(1392年)三月十四日，咸阳王赛典赤七世孙赛哈智赴内府，当日于奉天门奉圣旨：每户赏钞五十锭，棉布二百匹。与回回每分作二处，盖造礼拜寺二座。（洪武二十五年圣旨有碑刻留传下来.曾分别存于西安大学习巷清真寺和南京净觉寺，为永乐三年(1405年)二月初四日刻石。碑文后收入英国人马歇尔·布龙姆霍尔(Machal Broomhall)所着《清真教》(Islam Inchina)一书并附有原碑拓本照片。参见白寿彝：《回族人物志》卷二十七，“赛哈智”条，宁夏人民出版社1988年。）
这二座礼拜寺，一座建在南京三山街，另一座在西安府长安县，世宗敕名净觉寺，“行令礼部给与札付，冠带荣身，仍准免差徭，令供职焚修……以故真教流行于天下，各省教人钦遵外，随方建寺，各赴京比例，请给札付，住持寺院”（王岱舆：《正教真诠·群书集考》，银川：宁夏人民出版社，1987年，第11页。）