明成祖时也敕谕保护伊斯兰教。其文云：大明皇帝敕“谕米里哈只：朕惟能诚心好善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度。故天赐以福，享有无穷之庆。尔米里哈只，(早从)马哈麻之教，笃志好善，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚，眷兹(善)行，良可嘉尚。今特授尔以敕谕护持所在，官员军民一应人等，毋得慢侮欺凌。敢有(故)违朕命，慢侮欺凌者，以罪罪之。故谕。永乐五年五月十一日”（见《泉州伊斯兰教石刻》一书，第7页，但标点有误。另，该敕谕有书卷一幅，原藏扬州回回堂伊玛目蓝晓阳处，现藏北京民族文化宫，全长1.03米.宽0.72米。用汉文、波斯文、蒙文三种文字书写。又，刘智《天方典礼》卷二〇亦载，文字多有出入。）
永乐以后的一些皇帝对伊斯兰教仍怀有敬意。据曾于明孝宗和明武宗两朝承袭之际来华访问的波斯学者阿里·阿克巴尔说，这时，“每个有信仰的人对别人的信仰并不反对，或与之为敌。特别是有这些信仰的人都喜欢伊斯兰的教义并心向着它，谁要皈依伊斯兰教，别人不仅不禁止，而且还赞助鼓励他”，又说“中国皇帝在汗八里(即北京)为穆斯林建造了四座清真寺。中国境内共有九十座清真寺，都是政府为穆斯林建造的”。他还说，皇帝也改奉了伊斯兰教，许多官员也随着改奉了伊斯兰教（参见《中国纪行》，张至善编，北京：三联书店，1988年。）。阿里·阿克巴尔本人系穆斯林，出于宗教感情，可能有过份渲染之词，但查中国史籍，确有武宗尊重伊斯兰教和“禁民间畜猪”的记载。
正德十四年(1519年)，武宗曾对侍臣讲：“儒者之学，虽可以开物成务，而不足以穷神知化；佛老之学，似类穷神知化，而不能复命皈真。然诸教之道，皆各执一偏，惟清真认主之教，深原于正理。此所以垂教万世，与天壤久也”。并御制诗云：
一教玄玄诸教迷，其中奥妙少人知。
佛是人修人是佛，不尊真主却尊谁？（王岱舆：《正教真诠·群书集考》。）
武宗十分宠信回回人，其豹房(宫中所建寺院)多回回人，其身旁亦多回回人。如哈密归附回回写亦虎仙及其子米儿马黑木、婿火者马黑木、侄婿米儿马黑麻均得侍帝左右，“赐国姓，授锦衣指挥，扈驾南征”（《明史》卷三二九《西域》一，《哈密卫》。）南征对象是宁王朱宸濠。十四年九月，武宗一行至保定，下令禁民间畜猪。十二月至南京，假借“钦差总督军务、威武大将军、总兵官、后军都督府、太师、镇国公朱名义，下令：照得养豕宰猪，固寻常通事，但当爵本命，又姓字异音同，况食之随生疮疾，深为未便。为此省谕地方，除牛羊等不禁外，即将豕牲，不许喂养及易卖宰杀。如若故违，本犯并当房家小，发极边永远充军。”另据史料记载，“上巡幸所至，禁民间畜猪，远近屠杀殆尽，田家有产者，悉投诸水。”（《明书》卷十二，《武宗本纪》；《皇明实录》卷一八一。）写亦虎仙等权极当道，官至锦衣卫指挥使，秩从三品。武宗不仅崇信伊斯兰教，而且还学习阿拉伯语。当时有回回人火者亚三，本是马六甲华侨，因精通葡、汉两种语言，向武宗介绍南洋各国奇异风光，武宗“喜而留之”（《明史》卷三二五，《外国传》六，《佛朗机》；严从简：《殊域周咨录》卷九。）。“帝时学其语以为戏”（《明史》卷三二五，《外国传》六，《佛朗机》；严从简：《殊域周咨录》卷九。）这时，有皮莱斯等七人留在广州，以葡萄牙国王使节名义等候明政府召见。他们“寅缘镇守中贵许入京。武宗南巡，其使火者亚三因江彬侍帝左右。”（《明史》卷三二五，《外国传》六，《佛朗机》；严从简：《殊域周咨录》卷九。）即皮莱斯等是以火者亚三假充使臣与太监江彬“侍帝左右”才得以让皮莱斯到达南京，受到武宗接见的。不过，武宗去世后，写亦虎仙、火者亚三等均被杀。
武宗以后，虽然没有一位明朝皇帝对伊斯兰教如此笃信，但也没有发生对伊斯兰教限制、压迫之事。
(二)经学传授活动
明朝建立后，虽然回族共同体逐渐形成，但随着回族的语言、服饰日趋汉化，也带来了宗教意识逐渐淡化，经籍传授困难，阿訇人数减少，伊斯兰教趋向衰落。“维吾教之流于中国者，远处东极，经文匮乏，学人寥落，既传译不明，复阐扬之无自。”（贾毓麟：《修建胡太师祖住城记》，见《回族人物志（明代）》，第405页。）定成隆说：“止知我为教中人，至教之所以为教，究懵懵焉而莫得其指归。即娴熟经典，亦不过记述传闻而已。闻有稍通教律，时亦讲论，又多曲为臆说，骇人听闻。不知者遂奉为典型，彼亦自以为是，而不知返。于是，讹以传讹，真有不可使闻于邻国者，其意亦未尝不欲阐扬其教也，然而远于教也更甚。”（定成隆：《天方典礼·跋》。）这种状况，在明朝建立后是一直存在的。
明中期以来，有些伊斯兰学者开始尝试用儒学的语言、观点来诠释伊斯兰经籍，但当时的条件还不成熟。一是由于郑和下西洋结束后明朝锁国政策，中国穆斯林与阿拉伯、波斯穆斯林交往十分困难，那边已经“厘正真传，继述道统”，“讲究发明，严禁邪说”，而中国则“经文匮乏，学人寥落”，在西方流传的研究伊斯兰经典的着作很少传入中国；二是“学人寥落”，没有培养出一大批伊斯兰学者。山东济南陈思是一位出身于伊斯兰世家的学者，嘉靖七年(1528年)曾着有《来复铭》一文，在宇宙观、认识论和人性论上融汇了北宋唯物主义思想家张载的学说，并以周敦颐《太极图说》的结构和观点阐述了伊斯兰教义（详见冯今源：《〈来复铬〉析》，《中国伊斯兰教研究》，西宁：青海人民出版社，1987年。）但影响终究不大。
稍后，着名经师胡登洲为达到阐发伊斯兰教义的目的，一是请教阿拉伯经师，以求真谛；二是创办经堂教育，培养人才。他的工作为后世出现的汉译经籍活动和伊斯兰教的中国化奠定了基础。
胡登洲(1522~1597年)，字明普，陕西咸阳渭城人。“幼习经学，于讲究间，虽明义理，然只可符以汉音之鄙俗者，而其句读，固不雅训，每欲谋习儒学，贯通一家，必以练字成句，贯句成章，可启后世之蒙，能泄先天之秘，而终不果。”（赵灿：《经学系传谱》，西宁：青海人民出版社，1989年，第26~28页。）他曾立志将所学经典译为汉文，以广布教义，但终因对经学知之不深，愿望难以实现。
到50岁时，胡登洲出门经商，在新丰(今陕西临潼东北)遇一阿拉伯贡使缠头叟，“先生以经义中蒙而疑者，扣之，叟应答不倦，且能使人言下悟。”不久去京师，“遂延国学名士某，载书二笥，至以授教。先生凡过目者，永矢弗爰。其士异之，勿以师礼自拘，敬称老爸爸。不周月，而两笥昼夜历览无余。复自购买史鉴诗文诸书，久而渐工吟咏。……先生受学百日，士人求去，曰：‘宿儒之所不及，已尽竿头，无庸再进步矣！’”又在京师得缠头叟携来之经籍《母噶麻忒》，“叟尽传兹土所无之经，故益增于学。”（赵灿：《经学系传谱》，西宁：青海人民出版社，1989年，第26~28页。）胡登洲年过五旬之后，潜心学习经史百家，又得西方伊斯兰经籍奥秘，为他始创经堂教育创造了条件。
自从胡登洲开始征集西方伊斯兰教经书后，这项工作取得了很大进展，到清代刘智撰《天方典礼》和《天方性理》时，他们采辑的经书达四十余种之多。这些经书，因篇幅所限，恕不一一罗列（刘智所列经书目，邱树森主编《中国回族大词典》详细介绍其阿拉伯文书名及译名，南京：江苏古籍出版社，1992年，第896~905页。）没有这些经书，中国穆斯林就无法知晓西方伊斯兰教理论上的发展，得其“真传”，继其“道统”，“以儒诠经”也只能成为一句空话。应该肯定，胡登洲在采辑西方伊斯兰经书方面，起了开创的作用。