清代是回族共同体形成后，族体进一步发展并向近代社会转化的历史阶段。在这长达二三百年的历史阶段中，元明时期域外穆斯林大批东来的状况已经结束，回族通过自我繁衍使人口在道光年间已达到二百多万，这说明了回族共同体在不断巩固和发展。回族的民族意识和民族内聚力在进一步增强。
入元以后，东来的回回人，大多来自中亚伊斯兰化的突厥人地区；明代大量进入中土的“寄住回回”“归附回回”主要是从西北边疆内迁的吐鲁番、哈密人。中原和东南沿海地区历来人口稠密，回族要取得生存空间，大多数回民不得不定居于西北甘、宁、陕、青较贫瘠人烟又稀少的地区求得发展，而清朝政府对回民依然横征暴敛，又常挑起回民内部教派之争和回汉争斗。所以，有清一代回民起义几乎与这个朝代相始终。回族人民深知：不进行反抗封建暴政的斗争，回族就不可能生存和发展。连绵不断的回民起义并不是孤立的，它是清代各族人民反抗清朝腐朽统治的组成部分。
鸦片战争后，中国一步一步地沦为半封建半殖民地社会，在此民族存亡的关键时刻，回族人民从“国亡则族亡”的认识高度，积极投入反抗外国侵略者的斗争，并从经济、文化、教育、宗教改革各个方面寻求自强的道路，促使回族社会向近代化方向发展。
第一节清代前期回族的反清斗争
一、清朝的封建统治和回族民族意识的增强
(一)清朝前期的封建统治
清朝是我国历史上的最后一个封建王朝。它是满洲贵族在明末农民起义推翻明王朝的大动荡之中，与一些汉族地主、官僚相勾结建立起的一个王朝。清朝统治者面临许多复杂的社会矛盾。
满洲贵族入关之后，遭到了农民起义军、各地人民群众及部分汉族官僚地主的顽强反抗。清朝统治者用了20年的时间，才将各地反清斗争逐步镇压。在这个过程中，清军曾对汉族及其他民族人民进行了残酷的屠杀。因而清朝社会存在尖锐的民族矛盾。清统治者为了巩固自己的统治，采取了拉拢汉族地主阶级的政策，给那些投靠清朝的汉族官僚封授高官，恢复科举取士，扩大自己的统治基础，标榜满汉并重。经过这些努力，清朝以满族贵族为核心、联合汉族地主阶级的专制主义封建政权得到了稳固。在这个政权中，满族贵族享有许多特权。他们始终紧紧抓住中枢机关的权力，不使其旁落，从清初的“议政王大臣会议”到中期的南书房、军机处，既反映了专制主义的加强，也表明满洲贵族垄断中央权力的目的。在其他领域满汉官员的地位也并不平等，实权操于满族官僚之手，汉族官员往往只能画诺附和而已。尽管如此，清统治者仍对汉族士大夫很不放心，借故掀起一次又一次打击汉族士人的政潮，其文字狱之频繁，株连之广均超过前代。这些打击和控制政策，使汉族士人噤若寒蝉，对政治之利弊不敢谈论，对社会问题躲闪回避。官僚士人地位之卑微，造成了清代政治的黑暗与吏治之腐败，也决定了满汉矛盾时隐时现长期存在。
满族本为农奴制社会，入关之后对中原农业经济造成巨大破坏。为了满足皇帝为首的贵族的需要，清军进行了大规模圈占土地。顺治元年十二月(1645年1月)下令：“凡近京各州县民人无主荒田及明国皇亲、驸马、公、侯、伯、太监等，死于寇乱者，无主田地甚多，……尽行分给东来诸王、勋臣、兵丁人等”（《清世祖实录》卷十二。），八旗子弟计丁授田，夺占京城附近大量土地。圈地所及之处，农民流离失所，“流民南窜，有父母夫妻同日缢死者；有先投儿女于河，而后自投者；有得钱数百，卖其子女者；有刮树皮掘草根而食者；至于僵卧路旁，为仆鸟鸢豺狼食者，又不知其几何矣”（《魏文毅公奏议》卷一，《流民急宜拯救并请发赈疏》。）。满洲贵族又掠夺“投充人”，把他们变为农奴，使封建租佃关系倒退为农奴制。为压制投充人的反抗，顺治二年(1646年)制定“逃人法”，用法律来维护这种落后的生产关系。以后，随着清王朝统治在全国的确立，统治者逐步认识到中原农业经济不是人为可以改变的，因而停止了圈地，放松了逃人法的执行，鼓励垦荒和水利建设，减轻赋税，“摊丁入亩”，取消丁役，使统治政策逐渐适应封建农业经济的要求。然而，清朝的封建剥削并不像统治者所标榜的那样“轻徭薄赋”。事实上随着清朝政治的腐败，各级官吏加紧搜刮百姓，地主阶级掠夺农民土地，封建剥削日益加重，人民生活困苦，至清代中叶，阶级矛盾已十分尖锐，农民的反抗斗争不断发展。
(二)清朝政府对回族的统治政策
满洲贵族的种种特权表明，清朝存在着普遍的民族不平等现象和民族压迫政策。防范各民族人民的反抗是清朝民族政策的根本目的和核心。从这一目的出发，统治者对各民族采取镇压与拉拢的两手策略，不同时期表现出两种面孔。然而，无论镇压还是笼络都是其民族压迫政策的不同表现形式而已。
与明代相比，回族在清朝的政治地位明显地下降了。清军入关之前，与回族几乎没有什么联系；清军入关之后，回民散居各地，不同程度地卷入了反清斗争，西北回民更以拥戴朱明后裔相号召，打出了“反清复明”旗帜，引起清统治者极大震动。这些历史事实表明，回族与国内各民族在共同的社会历史环境中形成了密不可分的联系，并且在明清历史鼎革之际积极投身于政治斗争运动。清朝作为一个少数民族上层建立的政权，十分害怕国内各民族的联合，对各个民族实行分而治之是其民族政策的基本原则。因此，清政府对回族采取防范的态度。其具体内容主要有以下几方面。
第一，对回族实施严格的封建专制统治，压制回族的民族特殊性。中国历代统治者视少数民族为“蛮夷”，对他们采取不同于中原的统治措施。清朝继承了这一思想，但又有所改变。清代的中央集权政治体系进一步发展，许多原来相对独立的民族被纳入到清政府直接统治的范围之内，包括蒙古族、藏族等民族都接受了清政府统治。但另一方面，清政府对这些民族的特殊性仍然予以承认，特别是肯定上层势力对本民族的统治权，藏族宗教上层、蒙古王公以及青海土司都保持着种种特权。这种政策中保留了“羁縻”的内容。然而，清政府对回族则完全不同，除了宗教与生活习俗外，它在政治上根本不认为回族有什么特殊性，因而对回族的政策与其对汉族的统治基本相同。清王朝建立的过程中，各地回族均被纳入到该政权的直接统治之中，分别归于各州县管辖。如清军入北京，强迁内城百姓于外城，牛街回民虽名门望族如“武平伯陈家、大轿子何家、皇亲马家……皆明之旧族也”，亦在所难免。在圈地、投充、追捕逃人诸政中，回民与汉民一样饱受其害。即使在回族集中的西北地区，官府对回族的统治与汉族亦绝无二致，甚至更有强化统治的措施，在回族中推行乡约制以排斥阿訇对回民的影响。清廷反复强调对回民“一视同仁”，其含义就是“要求地方官吏不以回民异视，而以治众者治回民；为回民者亦不以回民自异，即以习回教者习善教。则赏善罚恶，上之令自无不行；悔过迁善，下之俗自无不厚也。”若回民表现出特殊性，则警告“倘自谓别为一教，怙恶行私，则是冥顽无知，甘为异类。宪典俱在，朕岂能宽假乎！”（《清世宗实录》卷八〇。）这些貌似公允的上谕中包含着清政府对回族施行严格的直接专制统治的动机，而这正是回族所承受的最严重的政治压力。
第二，承认回族宗教与习俗的合法性。清初回族虽曾反清，但清政府并没有把这种斗争与伊斯兰教联系在一起，没有对伊斯兰教做出特殊的规定。根据各种情况看，清政府对回族伊斯兰教采取的是既不禁止也不鼓励的政策，对回族宗教态度漠然，不像对喇嘛教那样礼尊。他们的重心在于运用政治的方式而不是宗教手段来实现对回族的统治。因此，甘肃回族反清之后，清政府还特别派员到甘州等地“抚慰百姓”，“咨询闾阎疾苦”（《明清史料》丙编，第八册。），以安定回族人心。康熙三十三年(1694年)，因厄鲁特蒙古准噶尔部派遣奸细，冒充新疆“红帽回”潜入北京。牛街礼拜寺宗教师马腾云以同教接待了他们。该奸细被捕后供出马腾云，清廷官员便称“京城回民私通外寇，谋危社稷”，主张尽杀京师回民或全部遣出京城。此事真相落实后，康熙知马腾云并不知准噶尔奸细之真实身份，释放马腾云，并下旨安抚回民：
圣谕，朕评汉回古今之大典，自始之宏道也。七十二门修仙成佛，诱真归邪，不法之异端种种生焉。已往不咎，再违犯者斩。汉诸臣官分职，时享君禄，按日朝参；而回逐日五时朝主拜圣，并无食朕俸，亦知报本，而汉不及于回也。通晓各省：“如官民因小不忿，借端虚报回教谋反者，职司官先斩后奏。天下回民各守清真，不可违命，勿负朕恩有爱道之意也。”（牛街礼拜寺存康熙三十三年六月皇帝颁发的本制圣旨牌。见白滨：《苏州清真寺康熙雍正乾隆三朝上谕碑考》，载中国社科院民族所编《民族史论丛》，北京：中华书局，1986年。）
此时回族宗教多属格迪木旧教，宗教生活比较平静。虽然有一些官员指责回族宗教习俗，但清政府并没有接受这些意见。雍正在上谕中说：“数年来屡有人具折密奏‘回民自为一教，异言异服，且强悍刁顽，肆为不法，请严加惩治约束’等语，朕思回民之有教，乃其先代留遗，家风土俗，亦犹中国人之籍贯不同，嗜好方言亦遂各异。是以回民有礼拜寺之名，有衣服文字之别，要亦从俗从宜各安其习，初非作奸犯科、惑世诬民者比，则回民之有教无庸置疑也。”（《清世宗实录》卷八〇。）
事隔不及一年，雍正又针对鲁国华的奏折，指出：回民之自为一教，乃其先代相沿之土俗，……其来久矣。历观前代，亦未通行禁约，强其画一也。鲁国华此奏甚属苛刻怪诞。……向后，倘回民本无过愆，而大小官员等但因其习尚稍有不同，以此区区末节故意刻求，妄行渎奏者，朕必严加处分。（《清世宗实录》卷九四。）
这是清朝前期关于回族宗教习俗所作出的公开政策。其核心在于明确回族宗教生活和风俗习惯的合法性。但很明显，雍正在这里玩弄了一次政治手腕。他把手下官员的“密奏”公布出来，目的首先在于使回族为他的“公正”感恩戴德；其次则以此为机会警告回族不可在政治上“干犯法纪”，只能老老实实地做“国家编氓”；其三还隐含离间回族与汉族关系的动机。清政府的这一政策的背景是他们认为回族宗教并不危害其统治。清中叶后，随着西北回族门宦势力的崛兴和教派反清斗争的兴起，清政府便改变了对回族宗教的政策。
第三，鼓励回族科举入仕，为清朝统治服务。清朝既把回族归于自己直接统治，便希望回族上层与汉族地主阶级一样，加入其政治体系，扩大其统治基础。入关之初，清政府就重用一批回族将领，其中以马蛟麟、马进良、马正雄等为代表。马蛟麟从组织民团起家，随清军征广西、湖南等省，官至广西总兵，授太傅，卒后，追赠荣禄大夫。其子马雄亦官至广西提督。马进良少年从军，参加平定王辅臣之乱，屡立战功，官至直隶提督。马正雄亦积功至广西提督。还有很多回民以科举登仕。直隶河间回民白惺涵，顺治六年进士，官至吏部郎中。浙江仁和回民丁澎，顺治十二年进士，官至礼部郎中。溧阳回民马世浚，顺治十八年一甲一名进士，官至侍读学士。直隶河间回民哈攀龙，乾隆二年一甲一名武进士，官至提督。山东菏泽回民马新贻，道光进士，由知县迁安徽布政使、浙江巡抚等职，1868年任两江总督兼通商大臣，为清代着名官员。清朝统治稳固之后，回民入仕者甚多，难以枚举。清廷上谕中以赞扬的口气说，回民“中有志上进者甚多，应试服官同于士庶，而以文武科名出身洊登显秩，为国家宣力效忠者常不乏人。”（《清世宗实录》卷九四。）这些事实表明，清政府在选拔官员中并不排斥和歧视回民。但这并不说明清政府与回族在政治上形成了联盟关系。因为回族人士科举入仕与回族社会并无直接关系，亦即他们是作为个人而非民族代表进入清朝统治行列的，并不反映回族社会的要求。这种情况与回回人在元代之政治地位根本不同，与清代蒙古族、藏族和清政府的关系也有很大区别。由回族社会内部生长起来的势力不被清政府所重视，没有纳入清朝政治体系。所以，尽管许多回族人士在朝为官，而回族社会的民族要求却不能转化为当政的政治目标。从这两个方面来认识回族与清政府的政治关系，才能正确理解二者在清代前期既有统一又有矛盾的关系。