有了西方经书之后，胡登洲做了第二件大事，即创办经堂教育。它以阿拉伯文、波斯文经籍为主要内容，培养阿訇。胡登洲学习阿拉伯国家开办学校的方式，结合我国私塾和师徒传艺形式，最初在其家乡招收几名学生于家中传授，以后在清真寺大殿两侧厢房授业，经四代掌门人传授，培养了数百人，造就了大批伊斯兰学者。明末清初着名伊斯兰经师冯伯庵、张少山、海文轩、王岱舆、张中、马铨、常志美、伍遵契、刘智……均是其再传弟子。胡登洲开创的经堂教育为以儒诠经活动奠定了人才条件。
(三)汉译经籍活动的开始
明中期后，由于社会相对安定，人口增长很快，信奉伊斯兰教的人口也随之增长，其中包括了许多与回族结婚的汉人和其他民族人。而回族本身由于长期生活在汉族的汪洋大海之中，语言、服饰受汉族影响很大，许多人还接受了汉族儒家传统文化的教育，加之元代回回国子监这类学校的消失，而回族自己又没有专门学校，回族自身文化意识面临着消失的危险。
伊斯兰教是回族全民族信奉的宗教，也是维系散居于全国各地回族、加强民族凝聚力的纽带。但是明朝建立以来，伊斯兰教日益缺少活力，本身也处于衰微中。当时，由于与西方穆斯林交往的减少，世界伊斯兰教经籍的发展，国内穆斯林知之甚少，阿訇等教职人员也急剧减少，即使西方伊斯兰教经籍不断引进，广大穆斯林已绝大多数不通阿拉伯文、波斯文，不进行汉译也难解其意。正如万历三十七年(1609年)泉州《重修清净寺碑记》所说：净教之经，默德那国王谟罕蓦所着，与禅经并来西域，均非中国圣人之书。但禅经译而便于读，故至今学士谭之；而净教之经未重汉译，是以不甚盛行于世。……此教之所徭衰，而寺之所徭圯，乃末趋渐失使然耳，岂其初立教之本旨哉！（碑载《泉州伊斯兰教石刻》，第11页。）
16世纪后半叶，陕西咸阳胡登洲引进西方伊斯兰教经籍，创办经堂教育，培养了大批阿訇和经学学者，西北地区的格迪目教坊制度也进一步形成，中国伊斯兰教在新的历史条件下出现了图存的生机。同时，西方伊斯兰经籍的引进和经堂教育培育的人才，对东南地区和云南地区即将兴起的汉译经籍活动创造了条件。
以南京、苏州为中心的江南地区是当时经济最发达的地区，资本主义因素在丝织业出现萌芽，市民阶层思想活跃，在政治舞台上显示出自己的力量，特别在思想界，新的思潮不断地冲击着传统的、保守的意识形态。就是在这种思潮的影响下，一批伊斯兰教学者开始用汉文译着经籍，介绍并阐扬伊斯兰教义，讨论伊斯兰教的哲学思想，出现了一场意义深远的宗教着述的学术活动。南京人王岱舆开风气之先，成为这场思想学术活动的带头人。为叙述方便起见，王岱舆与清初伍遵契、刘智等人的汉译经籍活动集中在下一章中讨论。
(四)教坊组织
明朝建立后，专制主义的中央集权进一步加强。以朱元璋为首的明朝统治者，吸取了元朝速亡的教训，从中央到地方基层建立了完整的政权机器。洪武十四年(1381年)，明朝正式建立里甲制度，完善了地方基层的行政组织制度。规定：“以一百一十户为里。一里之中，推丁粮多者十人为之长；余百户为十甲，甲凡十人。岁役：里长一人，甲首十人，管摄一里之事。城中曰坊，近城曰厢，乡鄙曰里。”（《明太祖实录》卷一三五。）坊长、厢长、里长的职责基本相同。主要是管理地方行政、维持治安、追征钱粮等事宜。“凡其一里之中，一年之内。所有追征钱粮，勾摄公事，与夫祭祀鬼神，接应宾旅，官府有所征求，民间有所争斗，皆在见役者所司。”（丘浚：《大学衍义补》卷三一。）
明朝时回族共同体已逐步形成，语言、服饰、姓氏多采取汉族语言、服饰、姓氏，故朱元璋声称：“蒙古色目人既居我土即我赤子，有才能者一体擢用。”（《明太祖实录》卷三〇。）因此，明朝政府对其统治范围内的回族与境外来华贸易的番商采取了严格区分的政策，境外番商严禁入城，境内回族则纳入其坊、厢、里甲管辖之中。但回族穆斯林由于有其特殊的宗教生活，因而在唐宋元“蕃坊”的基础上，又形成了与坊厢行政单位大体吻合的教坊组织。
明代出现的教坊与唐宋时期的“蕃坊”、元代的“回回哈的司”有着明显的区别：第一，教坊只管理回族穆斯林的宗教活动和民俗、教育活动，不涉及行政、刑律、赋役等；而“蕃坊”管辖的范围包括教务、诉讼、税收、招商等，是政教合一的侨民社团性的组织。第二，教坊往往以一个清真寺为中心，其范围相当有限；而“蕃坊”或“回回哈的司”范围很大，一个城市一般只有一个“蕃坊”或“回回哈的司”。
教坊的管理，由坊内群众推举有名望的“乡老”为社头(堂董、学董)组成“伊斯力”(董事会)等管理机构，负责天课财务、寺院修建、延聘阿訇、兴办经堂教育、筹建回民公共墓地等有关民族、宗教集体事业。坊内的穆斯林，除当地基层行政机关在行政、司法、税赋、差役对其进行管辖外，其他一切婚、丧、礼、庆、生辰、斋节等民俗、宗教活动，以及不触犯刑律的民事纠纷调解，均由教坊安排和仲裁。教坊制具有以下基本特点：
第一，清真寺内逐步形成三掌教制，由阿訇(掌教)、穆安津(宣礼员)、海推布(掌教法)分掌权力。
第二，以格迪目的“凯俩目”(真主语言)认主学为基本教义，但也融合某些苏非派和汉儒的观点，形成具有地区特色的理论体系。
第三，每个教坊都是独立的，各坊互不隶属。
第四，坊内教众通称“高目”(教民)，不分贵贱，一律平等。
这些制度一直延续下来，直到新中国成立后才由清真寺管理委员会所代替。清初，苏非派在我国西北地区广为传播，形成了门宦。门宦教主对其所属教坊实行严格控制，教主派出“热依斯”管理一部分教坊，是教主的代理人。
本章小结
明代是回回民族共同体最终形成的历史时期。回回民族形成共同体经历了漫长的历史过程，元和元以前入居中原的穆斯林是以后形成回族群体的基础，明代西域穆斯林的继续内迁，出现了大量归附(入附、归属、附籍)回回。又通过长期的婚配，回族共同体中吸纳了许多汉、维吾尔、蒙古等其他民族的成员，使回回民族进一步壮大了自己的群体。其次，由于社会环境的变化，回回群体在争取生存和发展的斗争中，民族意识进一步增强，民族凝聚力进一步提高，具有伊斯兰文化特色的宗教活动、婚姻、丧葬、饮食等风俗习惯进一步规范，使民族特色更加鲜明。再次，明代回回人只有在宗教教育和日常生活中保留着少量的阿拉伯语、波斯语、突厥语等外来语及其译音，而在多数场合，则广泛使用汉语作为交际工具，可以说，其民族主体已经将汉语作为自己的母语了。包括语言、服饰、习俗某些方面的“华化”，是回族生存和发展的需要。最后，由于民族意识增强，加之迁移、战乱、灾荒、经商等因素的影响，明代回回人“大分散、小聚居”的民族居住特点完全形成并趋向定型。回族是一个适应性很强，非常善于兼收并蓄的民族。明代回族共同体的形成是我国境内民族格局的一种变化。
明代回族政治生活十分活跃，涌现出了众多的回族政治家、军事家或普通官宦人物。他们或因反元建明而成为明初开国元勋，或因科举入仕、才能取官而成为有明一代治世文臣、领军武将，均为明王朝的巩固、发展和强盛作出了自己的重要贡献。
明代广大回族人民由于群体意识、阶级意识不断增强，为了反抗官府压迫和剥削，他们从明朝初年就开始拿起武器进行连续不断、不屈不挠的殊死战斗，最终汇集成了明末以马守应为首的大规模回族农民起义，为灭亡反动腐朽的明王朝立下了不朽的功勋。
由于回族多数集中在农村，因而经济活动主要从事农业，但也兼营小手工业和商业，这与其他各族农民显着不同。明代回族商业虽比不上元代，与清代相比也较为逊色，但还是有自己的一些特点。总的来讲，明代回族经济在整个回族经济史上起着承前启后、继往开来的作用，有着不可替代的特殊地位。
明代回族人才辈出。在文化科技领域，文学、艺术、哲学、史学等成就卓着；天文、地理等科学和建筑、造船、航海等技术相当先进；经堂教育、宗教信仰等以伊斯兰文化为本，而又推陈出新。