清廷闻变，十分惊慌，急命陕西总督孟乔芳从总督驻地固原统满汉兵前去镇压。孟乔芳以重兵扼守秦州(今天水)，阻止起义军向东发展，并派马宁、赵光瑞等率部疾速西上救巩昌。起义军围困巩昌十日，因城内军民固守，未能攻下。闰四月二日晚，万余名起义军在广武坡与清军激烈交战，起义军失利，三千多人战死。起义军向北退却，巩昌之围始解。接着，清军兵分三路向起义军发动进攻：马宁由上路攻安定(今定西)、狄道之间的内官营，企图直捣起义军的指挥中心；张勇由中路取狄道；赵光瑞由下路进取岷、洮、河三州。起义军因缺乏作战经验，加之战线太长，没有足够的兵力防守据点，与后方的联系又被清军切断，在三路敌军合击下，虽经英勇奋战，终因敌我力量悬殊，接连于内官营、金县川、马家坪等地失利，洮州、岷州、河州、狄道、兰州等城相继被清军占领。据说有三万多名起义军被敌杀死。《甘宁青史略》记载：“闰四月，……游击张勇破之于马家坪，擒识，斩之。”米喇印率余众退过黄河，保守河西。六月，清军渡过黄河，起义军在凉州与之决战，再次失利，米喇印退至永昌水泉子，英勇牺牲。八月，清军进围甘州。丁国栋率起义军据城奋战。起义军出城劫营，遇伏击大败而归。张勇率清军对甘州发动强攻，起义军顽强抵御，终因敌我力量悬殊而失败。清军“大战竞日，斩级万余”（魏源：《圣武纪》卷七。）。起义军乃退入城内固守。后又派人突围与兰州、陇南一带的汉民起义军联系，在河西地区流动作战，打算切断清军后路以减轻甘州的军事压力。
次年春，清军对甘州发动猛烈进攻。起义军拼死抵抗，后来城被攻陷，起义军民八千余人惨遭杀害。丁国栋率领余部退守肃州(今酒泉)，肃州一带的回民和关外的维吾尔族“蜂起应之”。起义军“集缠头回、红帽回、辉和尔、哈拉回、汉回等数千，分置都督”（《甘宁青史略》卷十七。），并立哈密巴拜汗之子土伦泰为王子。此时，大同总兵姜镶起义于山西，攻陷蒲州(今永济)，还有临洮回民“闯塌天”和岷州回民的起义，与河西回民起义军遥相呼应，“雍凉复震”。
孟乔芳急忙移兵东下，旋师河上，以拒姜镶，而留马宁、张勇等围困肃州。十一月，清军集中兵力进攻肃州，城破，“斩首五千级，杀土伦泰、丁国栋，尽诛其党，传首三边。河西悉平”（魏源：《圣武记》卷七。）
米喇印、丁国栋领导的河西回民“反清复明”起义，在清军残酷镇压下，经历了一年零十个月，终于失败了。它沉重打击了清王朝在西北地区的反动统治，是明末清初我国各族反清斗争的重要组成部分。它表现了回族反抗民族压迫的英勇精神，也说明回族与国内其他民族共同的历史命运，并在各民族的共同斗争中做出了杰出的贡献。
(二)苏四十三反清
乾隆末年的西北回族反清斗争是由教争引发的。回族门宦制度经过数十年的发展，至乾隆年间已在今甘宁青地区的回族、东乡族、撒拉族中确立起来。门宦制度不仅强化了回族的宗教力量，而且对回族社会具有极大的聚合与整合作用。门宦不断扩大自己的宗教辐射和管理范围，这当中自然存在着各教派、各门宦之间的竞争。因此，新的社会变化导致了复杂的矛盾。
在门宦的形成过程中，西北许多有志于宗教的回民千里跋涉，赴西亚阿拉伯各地学习伊斯兰教理论，也有人从来华的阿拉伯圣徒那里受业。他们学成之后，即于西北传教。这就改变了原来回族中格迪木一统天下的局面，而造成学说各异、教派纷呈的状态。新的教义吸引了众多的回民，信奉者不断增加，传教者受到顶礼崇拜，门宦便因此而建立。在较早建立的门宦中，以马来迟创建的花寺门宦势力最大。马来迟于阿拉伯游学归国，在甘肃、青海传播虎夫耶教义，及至其晚年，已有教众二十余万（马通：《中国伊斯兰教派与门宦制度史略》，银川：宁夏人民出版社，1983年，第227页。）。花寺门宦势力的发展引起了老教的不满。乾隆十二年(1747年)，格迪木回民马应焕向官府控告马来迟“邪教惑众”。这是较早见于记载的教争。回族内部的纷争不会轻易诉诸官府，因此实际存在的教争恐早于这个时间。官府一向不注意回族事务，对教争问题一无所知，几经查询，结论为：“事因斗殴，并非邪教”（《清高宗实录》卷二九〇。），令“前开后开各遵祖教，遇有丧事不许一起延请两造念经，致滋事端”（《甘宁青史略》卷十八。）同时上谕中明示不许另立“邪教”，聚众仇杀，若一旦发现，即要：“早折其萌芽，痛除邪妄以靖地方”（《清高宗实录》卷二九〇。）官府这种貌似公允的裁断当然不能解决教争问题，上谕中的虚声恫吓亦无补于事。以后的教争继续发展，直至发展为大规模的械斗。乾隆九年(1744年)，阶州回民马明心从阿拉伯朝觐归国，提出：“敬主赞圣”，反对聚敛财富、教主血缘世袭等主张，被称为新教。但当时河州、狄道一带门宦林立，马明心难以在此立足，遂于乾隆二十六年(1761年)赴循化地区传教。他得到循化一些富有的阿訇和地主的支持，“入其教者，皆有周济”（《循化志》卷八。），教徒迅速增加，“附之者愈众，更盛于马来迟之教”（《甘宁青史略》卷十八。）。二十七年，马来迟之子马国宝向循化厅指控马明心所传为“邪教”。马明心后来虽然被迫离开了循化，但他的教派在这一地区仍然不断发展。教争的问题继续存在。
教争本回族内部的矛盾。然而，回族早已被纳入大一统中央政权范围，即清廷多次在诏令中所说：“伊既为国家编氓，即为国家赤子”。所以，清代前期，朝廷对回族的宽容政策是以回族做国家的“编氓”为前提的。也就是说，回族只能在清王朝统治秩序内活动。而教争的发展必然要超越这种统治秩序。这就引起了官府对回族的注意和插手回族事务。在花寺门宦与哲赫忍耶的教争中，官府曾致力于把他们隔离开，以免扰乱统治秩序，令双方“各行其是”，同时各选乡约管理回族事务（《循化志》卷八。）这反映了官府企图把宗教势力与回族社会政治分开，扼制门宦势力向回族社会政治生活中的扩展。门宦与官府统治的矛盾早已在循化地区表现了出来。循化撒拉族本由土司管理，随着门宦势力在这里发展，大部分撒拉族成员被纳入门宦组织体系，土司对居民的统治被动摇了。雍正七年(1729年)，土司韩炳向官府呈文说：“撒拉地广人稠，回民桀骜不驯，微末土目，委难约束，请设兵驻防，以期安贴。”（《撒拉族简史》，西宁：青海人民出版社，1982年，第23页。）次年，清政府设循化营，驻兵五百于草滩坝。乾隆二十七年(1762年)又设循化厅。川陕总督岳钟琪奏请给土司韩炳、韩大用千户封号，认为这样：“则不法回民既畏营员，又见韩炳等系奉旨设立之土职，自必共相警惕，将来编查户口、输纳粮钱等事，亦易办理”（《循化志》卷一。）这说明土司与官府的统治的密切关系，门宦与土司统治的矛盾正是门宦与清政府统治矛盾的具体表现。因此，教争矛盾和回族与清政府统治的矛盾紧密相关。教争的升级终于导致回族与官府矛盾的尖锐并起而反清。
乾隆四十六年(1781年)，甘肃循化厅(今属青海)爆发了苏四十三领导的回族、撒拉族起义。苏四十三，祖籍河州(今临夏)，其祖父迁居循化街子工，其父亲又迁至查家工的节列庄。循化是撒拉族的聚居区，全厅十二工(基层政权单位)撒拉族居地占九工。撒拉族原奉行河州人马来迟传下来的教派，即“花寺门宦”(官书中称之为“老教”)。乾隆二十六年(1761年)后，哲赫忍耶教派(官书中称之为“新教”)传入撒拉族地区，发展相当迅速，在循化的十二个工中，有九个工改奉该教派。老教人心中不甘。次年，马明心和马来迟之子马国宝在循化相遇，争执起来，告到官厅。经地方官判决，将二人一并驱逐出境。马明心遂返回安定官川一带传教。然而，新教在循化地区继续传播。新旧两派之间的争斗不断，愈演愈烈，发生多次仇杀事件。乾隆三十四年(1769年)，新旧两派又向官厅互控，官厅对双方的首事人都判了罪，而对新教人判得特别重，其首领贺麻路乎被打了一顿，上了枷发配到乌鲁木齐作兵丁的奴仆。这种不公平的判决，进一步激起了新教人对清朝地方官的愤恨。贺麻路乎被发配后，新教之众乃拥苏四十三为首领，并有清水工富户韩二个相助，势力不断发展。乾隆三十八年(1773年)九月，清水工河东庄又有韩个牙等二十户老教人改从新教。老教人赴厅控告，途遇新教人，发生争斗，新教一人被杀。同知张春芳依当地惯例(以斗殴来判)，断以老教人赔偿死者的命价。未结此案，十一月间又发生韩二个率新教人入河东庄杀老教四人。同知仅对韩二个判以罚款结了案。这种教争在循化地区延续了二十年，终未解决。两派之间的争斗仍在进行且扩大。乾隆四十五年(1780年)九月，两派教争激化，各执器械，相互厮杀，伤亡多人。十二月，苏四十三在韩二个家宰牛宰羊，宴会教派诸人，令其准备器械，约定采取大的行动。次年正月，苏四十三、韩二个率新教千余人攻入清水工河东庄，抓获“尕户长”韩三十八等十八人，逼令归顺，韩不从，遂被乱刀砍杀，余众皆降。“苏四十三戴大红顶，自称回王，韩二个以下皆蓝白顶，立旗号”（《甘宁青史略》卷十八。）。从正月至三月，两派斗争不绝于日，后来，韩三十八之妻到兰州总督府喊冤，游击胡松阿差弁带兵前去镇压，禁止不住，急忙敕书兰州，清同知洪彬速归。当三月初洪彬归署时，局势已经到了不可收拾的地步。
三月七日，洪彬带领文武前去查家沟镇压。老教人见官兵来，畏而避之，新教人不畏惧，纷纷射箭抵抗。其时，老教韩哈拉勿(韩三十八之侄)赴兰州总督府喊冤控告。于是，总督勒尔谨派兰州知府杨士玑赴循查办。随后接循化厅禀告，又派河州协副将新柱会同弹压办理。十八日，新柱先至循化。新教数人伪充老教前来迎接。新柱不辨真伪，便声称：“我一定为你们老教做主，尽洗新教！”而这位副将只带了40个兵。苏四十三听罢此言，愤恨之极，反清决心遂定。当夜新柱住在白庄塘，苏四十三等在相去不远的张哈庄做好举事准备。入夜不久，苏四十三率教众千余人，手执器械，包围白庄塘，冲入公馆。新柱在驻地并不设防，连士兵用的军事器械在骡马身上还没有卸下来。苏四十三很容易地冲入内室，杀死了新柱，尽歼清兵。杨士玑住在稍远的奇台堡，第二天黎明，苏四十三率众赶到。杨士玑已知新柱被杀的消息，作好了防御准备。奈何手下仅有士兵百十来人，力量单薄。中午时分，堡子被攻破，杨士玑被逮杀于庭院中，其部下守备、外委等多人被歼灭。起义军用缴获的骡马器械武装了自己。
举事后，新教的势力很快壮大到数千人，在苏四十三率领下，向河州进发。勒尔谨闻变，急忙调兵遣将，并亲率标兵驰赴河州。当他行至沙泥驿时，起义军已在四月二十一日将州城攻陷。知州周植死。苏四十三侦知总督在狄道，省城空虚，又闻马明心被官府拘往兰州，乃调头东进，在洪济桥、唐汪川等处回族、东乡族支持下扎筏渡过洮河，直扑兰州，击败防守的八百清军。二十五日占领西关。随即切断浮桥，以拒河西敌人援军，从西、南两面将兰州围起。朝廷听说河州失陷，兰州被围，急谕西安提督马彪带兵三千往剿，并令西安将军伍弥泰、宁夏将军莽鹄赍各选精兵预备往剿。乾隆皇帝又命大学士阿桂、尚书和珅赴甘肃督军。回民军接连攻城，击毙敌都司、把总、外委等多名。二十七日，他们再次猛攻西门，要求释放马明心。此时兰州只有标兵八百，不足守卫。甘肃布政使王廷赞使用“缓兵之计”，押马明心登城劝谕教众罢兵。苏四十三等见马明心在城头，挥泪如雨，皆跪拜诵《卯路经》。马明心俯首向城外的教众用撒拉语讲了一阵话，随即将所戴头巾取下掷向教众。王廷赞见状愕然，急忙把马明心杀掉。苏四十三等怒不可遏，攻城益急。不久，固原镇总兵图钦保率兵赶到，经过一场激战，苏四十三率军退至龙尾、华林二山据守。接着，钦差大臣阿桂、户部尚书和坤、超勇侯海兰察、西安将军伍弥泰、陕西提督马彪等率领的万余名清军相继到甘。同时，清政府又施用“以贼制贼”的恶毒手段，“晓谕旧教之人，赦其互相争杀之罪，作为前驱，令其杀贼自效”，妄图利用教争矛盾，以老教势力镇压新教。
苏四十三作战勇敢，然而缺乏谋略。他攻下河州后，没有留人防守；打到兰州后，也没有派人与老教联系，因而被敌人钻了空子。5月间，西宁总兵贡楚达尔带领汉、土官兵由循化一带截断了起义军的归路，并收复了河州。起义军的眷属三百多人有的被杀，有的被充军新疆伊犁。