后来，起义军撤出龙尾山，集中于华林山。他们居高临下，屡挫清军。平番(今永登)连城土司鲁瑶率三百兵士乘筏渡河来犯，遭到歼灭，仅鲁瑶一人逃跑。甘州提督仁和带兵驻河对岸的金城关，因惧怕起义军，作“壁上观”，不敢出兵接应。四月十九日，固原总兵图钦保率游击王三杰等仰攻华林山，也被击毙，部卒死亡990人。“官兵万余，皆营于城东，与贼辽隔，屡衂挫锐，每夜辄惊扰”（《圣武记》卷七。）
清军屡败，乾隆大怒。逮勒尔谨至京，以李侍尧接管陕甘总督事宜。李未至任所之前，由阿桂暂行兼管。不久，朝廷又召回了和珅。阿桂首先整顿了松弛的军纪，又在各处山梁上增设了卡栅，责令各卡加强彼此接应。朝廷又从四川金川屯调来番兵一千，从阿拉善调来能骑善射的蒙古兵七百，准备围攻华林山。
五月间，阿桂率清兵夺取了起义军的一些大卡和据险之路，并断其汲水之道。起义军水源绝，粮草渐少，进行突围，未能实现。六月阿桂乘天下大雨，起义军疏于防守，派兵对华林山发动突然袭击。清军在海兰察、明亮、额赤特等带领下，填平沟壕，冲上山峰。经过激战，起义军失利。苏四十三等领导人牺牲，死伤两千人。余部二百多人在韩里提卜、小木撒带领下，退入华林寺“抵死抗拒”。清军连攻不下。七月五日，阿桂带清军至华林寺，沿墙攻扑，遭到反抗。次日，阿桂命清兵放火焚寺，起义军被烧死多人。所余百余人越西墙强行突围，被清军“擒杀净尽”，“无一漏网”（《甘宁青史略》卷十九。）
苏四十三领导的回族、撒拉族起义，历时四个月，在清统治者的残酷镇压下，终于失败。
苏四十三起义失败后，清政府大发淫威，对回族、撒拉族人民采取极其野蛮的压制手段。安定、伏羌、河州、官川、唐汪川、洪济桥等地参加起义的回民，多被杀害。参加起义的撒拉族人，凡男子全部杀掉，妇女送到伊犁给兵丁作奴仆。他们的房屋和田产被当作“逆产”没收。对回民的宗教活动严加限制：将新教清真寺一概拆毁，不准老教人添建清真寺；不得在礼拜寺内聚礼；不许留外来回民学经、教经和居住。每个乡设乡约，具结担保不发生违反禁令的事。同时，为了加强武力和防止回民的反抗再起，朝廷将陕西提督迁至固原，将固原总兵迁到河州，并在循化厅增驻参将一员、兵八百，在太子寺(今广河县)设州判，以分防稽查。
清廷采取如此严厉的措施，满以为“足资弹压”回民的反抗。然而，事与愿违，他们这些倒行逆施，不但没能压制住回族人民的反抗斗争，相反的更激化了回族与清统治者的矛盾。
(三)田五、张文庆的继续斗争
苏四十三起义失败不久，甘肃中部六盘山地区又发生了规模更大的回民反清斗争。这次起义的领导人田五、张文庆、马四娃等，都是马明心哲赫忍耶教派的忠实信徒。他们对清统治者的压制十分愤慨，决心起来斗争，为死难的马明心和教胞们报仇。
田五又名田富，盐茶厅(今宁夏海原县)小山村人，“曾从马明心学习新教”。张文庆是通渭县北乡草芽沟人，马明心的内侄。马四娃原为青海大通人，因念经来通渭马营落籍。他们都是阿訇。在苏四十三率军攻打兰州时，他们准备响应。因苏四十三很快失败，未及举事。张文庆、马四娃等率领教众于乾隆四十七年(1782年)冬季在通渭北乡华阳山上修筑石峰空堡。该堡在通渭县城东北约六十里，西、南、东三面都是山涧，地势险峻。旧堡已无人居住，田五等就将旧堡重新修筑，打起土墙，南北长约63丈，东西宽约15.2丈，墙高7尺余，厚4尺半。并在堡外挖掘防护壕道，堡内挖了许多窑洞，在里面储存了许多粮食、武器、火药、帐房、旗帜等，还特意制作了“白布号褂，以示不忘马明心之意”（《钦定石峰堡纪略》卷二，34页。）他们在新教回民居住集中的静宁州底店、隆德县的潘陇山，通渭的鹿鹿山、安定(今定西)的马家堡、靖远的糜子滩、固原的鸦儿湾、盐茶的小山儿、白石头梁等地作了布置，作为据点，互相联络，准备起事。
乾隆四十九年，田五等原计划于五月五日起义，因红涝坝老教回民的告密，遂提前于五月二日在盐茶厅小山儿首先反清。南路的张文庆、马四娃等不久也继起响应。田五率领百余人，在“为马明心报仇”（《钦定石峰堡纪略》卷十八，314页。）的口号下，初拟进攻盐茶厅以实现恢复教门的愿望。因清军有备，便向附近的西安州冲击。次日清晨，一举攻下西安州土堡，缴获不少军械。然后向西进攻，经过鸡窝山、沙沟店、松柏崖、永安堡等地，攻入靖远县境。进军途中，糜子滩等地回民纷纷加入，起义队伍很快扩充到一千多人。六月六日，将靖远城围住。在田五到达之前，靖远城内的回民掌教哈得成和社首哈彦等已召集回民在礼拜寺聚会，准备响应田五等，不幸被官府破获。田五等攻城一昼夜，未能攻下，便撤围东进，于二十三日攻占了打喇赤(今打拉池)。
陕甘总督李侍尧闻讯惊慌，急忙赶到靖远，并檄令固原提督刚塔率二千清兵前来镇压。李侍尧一到靖远，便对附近的回民大肆杀戮，杀一千多人，虽妇孺难免。
四月二十三日，回民军在打喇赤以东的狼山与清军遭遇，作战失利。田五“腹中枪伤，……在马营水自抹而身死”（《钦定石峰堡纪略》卷二，29页）。余部在李可魁、马胡子率领下，穿过余家沟，南下到官川。他们占据地势险要、前左右俱系深沟大河的马家堡为据点。乾隆皇帝闻讯惊呼：“新教煽惑人心，牢不可破。”遂传旨：“必当绝净根株，勿留余孽”（《钦定石峰堡纪略》卷二，36页。）刚塔率领三千清军于四月中赶来，包围了马家堡。回民利用时机，不停袭击敌人。五月四日，大雨连绵，起义军虚设棒棍叉靶，挂上衣服做“假人”用以迷惑敌人，而全部人马乘夜幕撤离马家堡，转移到马营街，与张文庆、马四娃等部起义军合并。清军次日才发现被包围的马家堡是一座空堡。乾隆皇帝闻奏，火冒三丈，“自愧用人不当”，遂下谕“李侍尧、刚塔着传旨严行申饬”，仍令其“带罪立功，迅速追剿，尽数擒拿”（《钦定石峰堡纪略》卷三，50页。），并加派尚书福康安带钦差大臣关防，会同海兰察率领巴图鲁侍卫福宁、章京等前往会同剿办。又命阿拉善王、宁夏副都统旺沁班巴尔率厄鲁特兵丁一千，成都将军保宁将成都所属屯练番(藏)兵一千，前往会剿。又谕阿桂从火器、健锐两营内挑选精兵一千启程。
张文庆、马四娃得知田五已先期举事的消息，乃于五月五日分别在通渭的草芽沟、马营街、义冈镇、寺子川、华阳洼、蔡家堡等处发动反清。他们先将家眷和粮食在石峰堡内安置好，又派人与伏羌(今甘谷)、静宁等地的回民取得联系。回民军在马营街与清军进行了多次激战，然后向石峰堡集结。“四路纠聚约有回众数千人”（《钦定石峰堡纪略》卷十四，241页。）从石峰堡西至鹿鹿山，连营数十里，军威大振。他们“推张文庆为首，马四娃为副”（《钦定石峰堡纪略》卷十八，315页。），张文庆坐镇鹿鹿山，指挥战斗。李侍尧惊呼：“贼人预蓄奸谋，四出勾合，几于遍处布伏伙党”（《钦定石峰堡纪略》卷六，98页。）
五月八日，张文庆派遣杨填四、马尚德、马廷海率领千余人进攻通渭县城，十一日破城，劫其银库，放走囚犯。知县王偻躲进后园库房夹墙内，得免于死。
次日，西安副都统明善带领满汉兵1200人在高庙山与回民军相遇，清军被击溃，明善当即毙命。
十八日晚，张文庆率军千余名开始围攻伏羌县城。围攻四昼夜未能破城。清援军由通渭赶来，起义军撤围向东北方向转移，又进攻秦安。陕西兴汉镇总兵三德率清军三千由清水县来援，所以回民起义军未能攻下秦安，便转而北上，经莲花城一带进入静宁州境。
距静宁东南90公里的底店镇，是回民集中的地方。该地八百户回民都参加了起义军，其首领为武举马文熹。此时，“逆回以底店为门户，以石峰堡为窟穴。贼众负隅抗拒，蜂屯蚁聚，在石峰堡为尤多”（《钦定石峰堡纪略》卷八，135页。）由于京城至兰州的邮路被切断，使清廷“文报阻隔，经督臣奏明一切军报改由宁夏军台驰递”（《钦定石峰堡纪略》卷九，147页。）
六月初，各路增援清军陆续至甘，共计三万多人，形势开始逆转。为阻止回民东进陕西，福康安在陕甘交界的陇州、汧阳一带布置了驻兵，并在平凉和六盘山屯驻重兵。清统治者又采取“以回制回”的故伎，从各营中挑选老教回兵二千多人，令其打前锋，为清廷卖命。原云南腾越镇总兵许世亨(回族)不甘落后，他主动向朝廷请命，“情愿前赴军营效力”，得到皇帝允准。
此时，回民军主力集中于石峰堡和底店两地，共有八千多人。福康安于六月七日到达隆德。他以隆德为基地，选精兵三千分四路进攻底店。
回民军在底店附近的高山上扎大营一座，在相距十多里的潘陇山上扎营三处，“聚贼数千，立有旗帜”（《钦定石峰堡纪略》卷七，124页。），两山周围的山梁上扎小营十多处，互相联络，严阵以待。六月十一日，两军开始交战。李可魁、马胡子带领一千多人，分两翼从山梁上冲击下来，“势甚凶猛”。经多时鏖战，因清军训练有素，武器精良，回民军渐渐不支，指挥李可魁阵亡。底店东南山的回民军首领马文熹见清军势猛，便发生动摇，带领数百人投降。战斗中，回民军牺牲三千多人，处于不利地位，只好放弃了底店和潘陇山，在张文庆带领下，退据石峰堡。
六月十五日，福康安、海兰察等由底店率军至石峰堡下，开始对石峰堡发动进攻。回军居高临下，屡挫清军。但清军在头三天内夺取其大营四座，小营十多座。清军在石峰堡周围逐渐放卡，开挖沟壕，并准备断绝山上汲水之道，企图断绝回民军生活来源。两军对峙数日，清军未取得大的进展。二十三日，钦差大臣阿桂率京兵到达清军营内。他的策略是“四面围攻，严密堵截”。他是三年前镇压苏四十三起义的老手，这次他搬出了老经验，逐渐缩小了对石峰堡的包围圈，步步紧逼。清军抢占堡外西北、西南两处山脚，并挖壕切断山上的汲水之道。所幸连日暴雨，暂时缓和了堡中的用水问题。七月初，清军向石峰堡发动了一次进攻，未能得手，但回民军首领马胡子阵亡。阿桂等便令官兵将堡子周围的沟壕加挖宽过一丈，深至一丈四五尺，又增派守营卡的官民，并用大炮不断向堡内轰击。堡中用水渐少，回民多次乘夜色下山取水，都被清军阻回或捉获。四日夜间，张文庆、杨填四等率众突围，未能成功，部下死亡千余人，以至“贼尸积满壕中，河滩、山下遍地纵横。”次日黎明，阿桂、福康安等乘势带领部下攻入堡内，将张文庆、马四娃、杨填四等回民军领袖捉获。此次反清起义便最后失败了。
田五、张文庆、马四娃领导的此次回民起义，从乾隆四十九年四月十五日于盐茶小山发动，至七月五日石峰堡陷落而失败，历时81天，涉及盐茶厅、靖远、通渭、伏羌、静宁、隆德、固原、华亭、清水、秦安、会宁、安定、庄浪等十多个州县，其影响和规模均超过了苏四十三领导的起义。这次斗争得到回族更广泛的响应，不仅“新教回民纷纷接应入伙”，“愈聚愈多”，“即旧教亦多听从入党”。不少回民“竟背弃其家产，潜往助逆”（《钦定石峰堡纪略》卷四、七、十四，237页。），在石峰堡聚众万人以上。同时，他们的战术也较灵活，用清军将领的话来说：“其鬼蜮伎俩，不肯死守一处”，“蜂屯蚁聚，出没无常”（《钦定石峰堡纪略》卷八，133页。），往往主动出击，使敌人处于被动挨打的地位。
然而，由于民族、宗教等多种因素的影响，回民军没有去联络汉族群众，对“老教”回民也心存芥蒂，虽有不少老教回民入伙，总不敢信赖，当清军数万人手执精良武器围拢上来时，处于被动地位，最后被残酷地镇压了下去。