这一民族运动经历了康乾以来百余年的酝酿。换言之，同治年间甘肃回族反清运动是以往回族斗争的继续和发展。门宦制度产生之后，回族社会内部产生了较大的宗教组织系统。宗教组织有效地集中了民族力量，使之达到了局部的组织化和统一化。但这一过程尚未完成，并且面临比较复杂的矛盾。概括而言，主要有三种矛盾：回族内部门宦之间的教争矛盾；西北各民族力量结构变化带来的民族矛盾；门宦制度与清政府统治的矛盾。这些矛盾的尖锐化导致了回族连续不断的斗争，也决定了如前所说的回民起义直接起因的多种多样。但自乾隆末年以来，门宦制度遭到清政府的打击和压制，它与清王朝统治的矛盾成为其面临的主要矛盾，因而，由不同事件引发的回族运动很快都集中到反对清王朝在甘统治的目标上。
仅仅指出这次斗争是反清民族运动，尚不足以揭示它的具体要求和奋斗目标。关于回民起义是反抗清政府的民族压迫的说法，也因不能说明西北回族的什么要求受到清政府的压迫而显得抽象和空洞。诚然，清政府对回族有歧视和压迫的表现，问题是满洲贵族入主中原后，不仅对回族，它对汉族的防范尤为严格，对许多民族都采取压迫的政策。因而民族压迫的泛泛之论无法揭示回族反清的独特内容。
事实上，回族发动了大规模的反清运动，但却没有推翻清王朝的要求。为了说明这一问题，我们必须认真分析回族反清中的求抚活动。
回族反清中的一个突出现象，就是求抚活动频繁而普遍。十余年的斗争过程，抚局占去了大半时间。史称回民军“战和不一”，清政府“剿抚无定”。求抚活动贯穿于回族斗争的始终。1863年3月，宁夏回族举事不久，“同心城回目周法、金积堡回目马化漋佥称伊等均被马兆元煽惑裹胁，误入其党。今幸蒙收抚，咸庆更生，情愿立时解散教下回众”（《平回方略》卷三五。）其实“马化漋既投诚，党伙尚聚，军械不缴。游击梁生岳亲诣金积察验，接见化漋，承奉极谨，地方亦甚安。因诘问：‘人众何未遣散？’辄以‘恐汉团复仇’为辞”（《平回志》卷三。《回民起义》（三），第112页。）宁夏将军庆昀因此解散团练，回民军得以于同年秋后一举攻克宁夏府城和灵州城。马化龙先后求抚十余次，并多次代肃州、陕西回民军求抚，代表的范围超出了他直接领导的宁夏地区，反映了求抚是许多回民军的共同愿望。1862年秋，回族反清方兴之际，马桂源即“率十三工头人六十七人、撒拉三百人，至戎城王锡文处牵马顶经，跪求恳恩准抚”（《平回方略》卷十四。）马桂源终于因不断求抚而集回民军领导与清政府官员两重身份于一身，在西宁地区主持的抚局时间最长。1864年河州回民军攻下河州城，但“文武官员俱经回目马占鳌等护送出城”（《平回方略》卷十四。）“该处回目不敢自居叛逆，借口营弁魏知勇放火内乱，禀请查办。”（《平回方略》卷十四。）河州回民军派别众多，抚局没有统一时间。但史书中称其为“归化回”者甚多，足见亦分别维持过抚局。1865年7月，占领了肃州的回民军向官府“悔罪投诚”（《平回方略》卷一四。）清军兵少无力，马文禄求抚后控制了官府。“马四”(即马文禄--引者)以诸官皆附己，独知府李元嘉不从，数以甘言诒元嘉，……贼又从元嘉索粮饷，皆不与。元嘉以头触马四曰：‘吾肉任汝啖之，粮饷不可得也。’马四怒，谋害之而不敢，未几，以去官得免。”（《平回志》卷四，《回民起义》(三)，第139页。）可见当时清朝官员仍各居其旧职，由朝廷调迁，马文禄还向官府请饷索粮。其他地区的抚局情形亦类此。1862年，西宁回民军取得一系列军事胜利，“西宁办事大臣玉通力不能制回，遂主抚议。……回目马尕三(马文义--引者)狡黠异常，即以抚局愚官，复狭(挟)官以钤制汉民”（《平回志》卷六，《回民起义》(三)，第185页。）西宁办事大臣、西宁镇总兵等官员仍然存在，并与回民军多有往来。1865年，金积堡回民军重创清军，清军惨败之余，继以哗溃。当此之时，马化龙立即求抚。他先后向都兴阿、联捷、穆图善等清朝官员求抚，虽几经曲折，而不改求抚方针，可谓锲而不舍，终于被联捷、穆图善接纳。马化龙为达成抚局，献出占据两年多的宁夏府城和灵州城。清政府得以恢复这些地区的统治机构。这次求抚确立了宁夏地区和陇东长达四年的抚局。
上述各抚局都是在回民军取得军事胜利的情况下出现的。因而，抚局不是兵败投降。这是清政府对回民军的让步与妥协。时人将清政府收降回民军喻为：“譬之两人打架，一人强有力，一人弱无能。其强有力者已将弱无能者饱打数顿，忽谓弱无能者曰：‘吾服子矣。’而弱无能者且夸耀于众曰：‘彼已服我矣。’”（柏景伟：《柏丰西先生遗集》卷三，《复汤树斋观察》。）语言虽近揶揄，但也透出几分真实。史实表明，什么地方清政府统治力量最薄弱，抚局便最巩固。因此，从清政府统治的瓦解和衰落讲，抚局是回民军打击清政府统治的结果。
另一方面，抚局以清政府的认可为条件。抚局中的回民军都打着官府的招牌。回民军领导人多受朝廷封官加衔。他们与清军保持某种官方形式的联系，书信往还，有时还向清军提供粮饷，劝导那些尚未议和的回民军求抚。如马化龙在抚局中为平息陇东回民军反抗起了巨大作用。宁夏将军穆图善向朝廷报告：“马朝清(即马化龙在抚局中改名--引者)自准投诚后，经臣委办灵州善后事宜，任劳任怨不遗余力，又赴唐渠监修工作，筹借郡城兵粮。”（《平回方略》卷一三五。）“其平凉、通渭、伏羌各县回民亦由马朝清代递禀呈，哀求收抚。臣拟委知州曹熙带同马朝清驰赴各路，相机妥办。”（《平回方略》卷一三三。）这说明，在军事胜利的情况下，回民军并不打算把这一胜利扩大为推翻清王朝的斗争，反而谋求与清政府的妥协，由战争转入和平。回民军承认清政府的中央政权地位，在形式上把自己归入清政府统治体系。
但是，问题的实质在于，抚局并没有恢复清政府统治。拥有实力的回民军拒绝清政府对其军政事务的干预，而且始终没有放下武器。这就出现了这样的情景：“谓其未投诚耶，则宁郡、灵州未尝不听设官也，恭顺之文未尝不达于帅府也，国家弃瑕录用，三品之顶戴未尝不加于首领也，且供应粮饷之约，虽未凛遵，未尝不偶有馈运，间有输将也。将谓其真投诚耶，何以宁郡、灵州之有官不必遂胜于无官也，供应粮饷之约何以不赴兰省而赴董志原也，三品顶戴已加，首领何以未闻应差委调遣，一拜君命之辱也。”（柏景伟：《柏丰西先生遗集》卷三。）抚局地区，清政府官员不过具位而已，根本不能发挥其行政职能。回民军则在所辖地区委派官员，操练军队，修筑堡寨，征课赋税，实现了从政治到经济的全面统治。“至如西宁之马尕三，借称就抚，挟持官吏，而西宁汉回兵民各务阴归其掌握。名为官抚回，实则回制官。”（《左文襄公全集》卷三二，《奏稿》。）1866年，陕甘总督杨岳斌派遣知府钟瑛赴西宁办理事务。钟瑛向杨岳斌报告：“回民诡诈多端，阳奉阴违，办理迄无成效。”结果他在返回兰州途中即被回民军所杀（《杨勇悫公奏议遗集》卷二三，台北文海出版社影印本。）所以左宗棠说：“西宁名存实亡，……今欲革故鼎新，收其权归之官，谈何容易。”（《左文襄公全集》卷一二，《书牍》。）
可见，抚局是清政府地方统治瓦解后，回民军保持军事政治优势的一种特殊局面，是清政府对回民军斗争成果的暂时承认。对回民军来说，抚局具有归宿的意义。它是保持和实现斗争成果的战略，成为回民军反复追求的直接斗争目标。抚局中，回族取得了自我管理、政治自主的权力，回族社会摆脱了清政府的政治钳制。门宦制度所代表的宗教政治关系得到自由发展。宗教阶层成为政权的握有者。他们组织生产，管理社会，发挥着公共权力的职能。
显然，西北回族反清运动是一次要求民族自主和自治的民族运动。这一要求是回族社会发展壮大的必然结果。门宦宗教制度为这一要求最集中的体现者和代表者。他们被回民所拥戴，自然成为反清运动领导。由于斗争的胜利，清政府地方统治瓦解，回族取得了自主自治的条件，因而武装反清便转入抚局状态。回民军的战与和都取决于民族自主自治是否实现。这规定了回民军在运动中抗有限度，抚有条件，抗与抚相统一，战与和相交错的局面。
过去学术界认为西北回民起义是以太平天国为主体的近代农民起义的一部分，用以证明太平天国影响之巨大，并由此认为回民起义具有反封建的农民革命性质。这一貌似拔高对回民起义评价的观点，造成了许多认识上的混乱，导致了对回族反清领导人的否定和贬低。如回族上层为这一运动的领导，便说上层人物篡夺了回民起义领导权；而对求抚活动多所指责，认为是叛卖活动。更多的论者则仅仅抓住清王朝是封建地主阶级总代表这一外部对象来证明回民起义的反封建性，远远脱离了回族社会和回族反清运动的具体实际内容。这是一切归结为阶级斗争的“左”倾理论在回民起义研究中的具体表现。我们应该从回族社会历史条件来认识回民起义，摆脱过去错误理论的影响。
太平天国天京失陷后，其余部与捻军会合，声势很大。1866年，捻军分为东、西两部。西捻军由张宗禹、邱远才等统帅，进军西北，准备联合回众。西捻军入陕后，势如破竹，直逼西安，在灞桥大败清军。陕甘回民军乘此机会，再度发动攻势。河州回民军一部攻秦州(今天水)，张家川李得仓部攻至凤翔。陕西回民军发动返陕战役，由董志原出发经庆阳、洛川至陕西韩城、合阳、朝邑等地，形成“捻自南而北，千有余里；回自西而东，亦千有余里”（《左文襄公全集》卷二三，《奏稿》。）的局面。
清政府对此大为焦急，将陕西巡抚刘蓉革职，改左宗棠为陕甘总督。上谕中说：“陕甘为边陲重镇，现当回氛甚炽，杨岳斌于人地不甚相宜，办理未能有效。眷顾西陲，实深廑系。左宗棠威望素着，熟悉韬略，于军务地方俱能措置裕如，因特授为陕甘总督，以期迅扫回氛，绥靖边圉。”（《清穆宗实录》卷一八三。）不久又授左宗棠为钦差大臣，督办陕甘军务。1867年3月，左宗棠率湘军分三路入陕，制定用兵方针。他说：“以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后官军无后顾之忧，饷道免中梗之患”，所以“进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼”（《左文襄公全集》卷二一，《奏稿》）。
左宗棠以刘松山、郭宝昌、刘厚基、高连升诸部共2万余军队为攻捻之师；以刘典、黄鼎部8千余人为剿回之师；其余楚军万余为策应之师。其目的在于隔断捻军和回民军的联系，包围入陕捻军。1867年底，西捻军为救援东捻军，由陕北入晋。陕西回民军失去捻军呼应，凤翔回民军为黄鼎军所败，宜君、洛川一带回民军亦被高连升部击败。至1868年，陕西三水、邠州等地回民军均遭清军攻击，纷纷西撤甘肃和北入陕北。
1868年11月，左宗棠参加镇压西捻军后返回西安。他以陕西境内回民军所剩无几，决定集中兵力进攻甘肃。清军10余万分三路入甘：湘军大将刘松山率部由绥德西进，经花马池攻金积堡，是为北路之师；李耀南、吴士迈部由陇州、宝鸡趋秦州，监视和阻止河、狄、陕西回民军入陕，是为南路之师；左宗棠自居中路，由乾州赴泾州，最后到达平凉。其分兵三路，目的在于“使诸回各部自顾，莫相应援。”（《平定关陇纪略》序，《回民起义》(三)，第244页。）这是一个分割回民军，重点进攻金积堡的战略。
1869年3月，陕西回军陈林、崔伟、余彦禄、马正和等部数万设伏于白吉原。他们先以少量人马诱敌至白吉原，然后主力分十数路“蜂拥而至”攻击清军。清军“团结方阵，周围枪炮环击”（《平定关陇纪略》卷六，《回民起义》(三)，第458页。）后回民军被截为数段，被清军分别围攻，退回董志原。此时董志原回民军已遭雷正绾、黄鼎、徐占彪各部清军进攻，因粮草缺乏，难以固守，将队伍合并为四大营，准备转移。回民军以一半军队护送辎重家口，撤离董志原，另一半军队由崔伟、马正和等率领断后。清军分四路追击，在三不通地方双方激战，回民军伤亡甚重，董志原遂为清军占领。
北路清军刘松山部由山西渡河入陕北，途中收降甘肃流民队伍董福祥部，将其精壮编为“董字三营”，随同攻打金积堡。8月，进抵花马池，逼近灵州。此时左宗棠亦至泾州，12月进驻平凉。雷正绾、黄鼎、张曜等军则取道平(凉)、固(原)，北窥宁灵。