西宁回民军屡败清军，又攻积石关。马桂源、马文义与官府交涉，“甘肃提督成瑞首创抚议”（《清穆宗实录》卷二〇。），“西宁办事大臣玉通力不能制回，遂主抚议，委桂源署西宁知府，又以桂源兄署镇标游击，代理西宁镇篆务。”（《平回志》卷六，《回民起义》(三)，第185页。）马桂源以回民领袖取得官职，在西宁维持近十年的抚局，掌握了西宁地区的军政大权。
河州门宦教派错综林立，回民分属不同的派别系统，故力量不易统一。虽然各门宦反清的目标是一致的，但因所属不一，行动分散，先攻狄道，遭清军伏击，又攻河州城，亦未奏效。为改变这一情况，1863年各门宦共推着名阿訇马占鳌指挥军事。马占鳌认为，反清不是寻常事情，要求河州各门宦齐心出力。出于斗争需要，各门宦答应了他的要求（马培清：《马占鳌的反清与降清》，全国政协《文史资料选辑》第27辑，第2页。）从此，马占鳌自称“都招讨”，于1863年年底再次攻河州，但被清军击退。马占鳌决心攻克河州，置军围困河州城。至1864年11月，河州城内绝粮草，外无援兵，被回民军一举攻克。为扫除侧翼威胁，河州回民军又攻占永登牛站堡和循化县，建立了河州的外围据点。河州回民军势力北及黄河，东至洮河一带，与宁夏马化龙、西宁马桂源相呼应，有力地打击了清政府甘肃统治。
甘肃河西走廊地区，回族兵勇在回民起义中发挥重要作用。1865年春，凉州回民与清军回族官兵联合攻城。同时，肃州回族亦起，与猎勇相联合，先占嘉峪关，又登上肃州城。猎勇是前甘肃提督回族将领索文编练的一支武装。其首领马文禄成为肃州回民军首领，控制了肃州城，断绝了官府与新疆的交通。肃州城内官员多为马文禄所用。“署肃州知州陈墉被匪拘执，辄用安肃道关防印发禀函捏称肃州现已安静，无庸调兵进剿，并逼令各乡汉民降贼抗拒官兵。”（《清穆宗实录》卷一三九。）清廷派乌鲁木齐提督成禄率兵西进，攻肃州。但成禄腐败无能，屡屡捏报战果，纵兵残害四乡百姓。马文禄便与西宁马桂源、新疆妥得磷等相互联络，并反复与清军议和，曾改名马忠义，与官府长期保持一种时战时和的状态。
太平天国起义失败后，清政府开始逐步调集兵力向西北用兵。陕西回民军进入甘肃后，原多隆阿旧部雷正绾、曹克忠、陶茂林诸军由陕尾追入甘。清廷又调直隶提督都兴阿为钦差大臣由内蒙攻宁夏。1864年，雷正绾、曹克忠部由陇东向北进攻，与都兴阿部形成南北夹击金积堡之势。雷正绾军经崇信、镇原，到达平凉城外，陶茂林部由华亭进驻底镇，策应雷军，准备进攻平凉。陇东各处回民军不断阻截清军，固原万余回民军驰援平凉，与雷、陶二军连战数日。这时，李俊降回张保隆骗开固原城门，夺取固原城。平凉回民军失去外援，被清军围困。至6月，平凉城内“粮食火药渐不能继”（《平定关陇纪略》卷二，《回民起义》(三)，第295页。）清军加强攻势，经数日作战，回民军弹药用尽，枪炮之声“久之渐稀”，清军架云梯登城，回民军西退瓦亭。
平凉、固原失守后，秦安、清水、盐茶各地回民军仍很活跃。9月雷正绾、陶茂林攻张家川、莲花城。而陕西回军孙义宝率众四千再攻固原，城内赫明堂等内应，打开城门，固原复为回民军所有。雷、陶两军先克张家川，又急攻莲花城，回民军“拼命狂扑”，矛伤雷正绾下颔，杀清军千余。10月，曹克忠部亦赶来参战，三军会合，“苦攻半月有余”（《平定关陇纪略》卷二，《回民起义》(三)，第295页。），才最后攻占莲花城。
陇东为回民聚集之地。这里山峦起伏，地形复杂，回民军寨堡错落其间。清军为平毁回民军据点，攻战连月，费尽周旋，迟迟不能北进。而北路清军都兴阿等于8月进入宁夏境，攻占宝丰，解平罗城围后，畏缩不前，距宁夏府城仅百十里，迁延竟至一年。南路清军奋力苦战，一路攻克固原、盐茶、黑城子、李旺、同心等回民军据点，但粮草不继，军心不固。马化龙将南路回民军收缩于金积堡一带，储备粮草，操演兵马，准备与清军决战。7月，曹克忠部由预望堡经宁安堡抵达强家沙窝。雷正绾军亦进至石沟驿。两军逼近金积堡，而清军中家室寄顿韦州。金积堡四周“卡垒林立。渠中之水，咸涩异常。饥军饮之立病，踣毙相望。”（《平定关陇纪略》卷二，《回民起义》(三)，第295页。）清军无粮，起初“杂以糠秕，每日尚得一饱。继则草亦掘尽，日求一饱不可得。”（《平定关陇纪略》卷二，《回民起义》(三)，第321页。）7月底，清军急攻金积堡，企图就食其间。回民军于数十里范围埋伏马队万余，待清军接近堡寨，伏兵席卷包抄而来，堡内回民军冲出，夹击清军。两军激战半日，清军败退。后又连战十余日，清军死伤三千余人，军械多失，仓慌南退。雷、曹两军分别退至韦州和盐茶厅后，军队相继哗变。溃卒占据固原，雷正绾率残兵退保平凉。陶茂林军亦于安定哗溃，兰州城内督标兵亦变乱。溃卒四出，隆德、静宁至兰州数百里地区皆受溃勇骚扰。清军南北夹攻金积堡的军事行动彻底失败。
金积堡战役是甘肃回族反清以来的一次决战。此役的胜利，使回民起义进入了巩固胜利果实的稳定阶段。到任不久的陕甘总督杨岳斌向清廷报告：“现在河狄之贼扰于南，平固之贼扰于东，宁灵之贼扰于北，凉肃之贼扰于西，几于剿不胜剿，防不胜防。臣若株守省城，则饥军终虞坐困；若出省剿办，则根本时虞动摇。外察贼势，内度兵力，实属不敷分拨。”（《平定关陇纪略》卷二，《回民起义》(三)，第328~329页。）因而连向清廷乞病还乡。清政府在甘统治已陷入瘫痪。从此直至1869年左宗棠率湘军入甘之前，回民军大多在“抚局”的招牌下，进入自我管理的阶段。
甘肃各地回族发动反清斗争的具体方式各不相同，而斗争胜利发展的形式与南方农民起义更有极大的区别。宁夏回族一开始就将矛头指向官府；河州、肃州的斗争由民族纠纷转变为反清；西宁地区的斗争最早是由教争引起的。回民军取得巨大胜利后，并没有把斗争引向推翻清王朝的方向，而是与官府议和，追求“抚局”的自我管理目标。这些都说明甘肃回族反清运动具有自己独特的内容和性质。史学界长期流行的认为回民起义是反封建运动的观点，远不能包容和说明这一斗争丰富复杂的内容。因此，回族反清运动的性质尚有待于进一步研究和分析。
甘肃回族反清四大中心的形成，与回族反清运动领导层的构成有密切关系。如金积堡本灵州境内的一个村堡。自哲赫忍耶门宦教主权力传到马化龙家族后，这里便成为回族宗教政治活动中心。经过几代人的努力，至马化龙继承教权后，该门宦势力迅速增长。因此，马化龙及其家族在发动宁夏回族反清中发挥了特殊作用，在马化龙的号召下，宁夏回族一时俱起。宁夏府、灵州的回族反清为马化龙直接领导，而平凉、固原等地的回族反清也是马化龙所号召的。平、固回民军首领穆生花、王大桂皆着名阿訇。穆生花是马化龙之世交，为马化龙派在平凉、清水一带主持教务的“热伊斯”，是马化龙的直接下属。而北部平罗、宁夏府城一带回民军亦奉马化龙为领袖。可知，金积堡成为宁夏回族反清中心，是由马化龙的教主地位和他在运动中的领导作用决定的。随着斗争的发展，马化龙的领导和影响范围更为广泛。金积堡既为回族反清之中坚，“陕甘之回又恃以为逋逃薮。化漋皆收纳之，居中调度，无不用命”（《平回志》卷三，《回民起义》(三)，第112页。）。左宗棠甚至认为“化漋故新教巨猾，西至乌鲁木齐、玛纳斯、肃州、西宁、河狄、宁夏，东至黑龙江宽城子，凡新教之回皆听其指嗾”（《左文襄公全集》卷一，《文集》。）这里说的主要是其宗教影响，由于这场斗争与回族宗教紧密结合，所以马化龙的政治影响力也超过了其他回民军领导人。
西宁地区回族、撒拉族由“分寺诵经，致启争端”（《平定陕甘新疆回匪方略》卷十一。）由教争而发展为反清，宗教领袖自然转变为政治领袖，所以，花寺门宦宗教领袖马桂源、马文义、马永福等均成为西宁回民军首领。
河州的情况较为复杂。马占鳌虽被推为军事指挥者，但门宦制度是回民军组织的基础。它决定了回民军权力结构是以门宦系统为划分的。马占鳌只是在各门宦的支持下受命指挥作战，并没有成为河州回民军统一的领导人。相反，他曾因门宦的排斥，一度返回家中。直至湘军攻河州时才再度出山的。这说明像马占鳌这样的着名阿訇也只有在门宦家族的认可下才有可能领导回民军活动。而花寺门宦成员马永瑞、北庄门宦马悟真等始终是河州回民军领导。由于门宦众多，河州回民军没有形成如金积堡那样单一集中的中心。回民军分别聚集于所属门宦的道堂和拱北。1868年清军攻河狄，见“南山戍垒十余所，山腰拱拜，地甚阔，踞悍贼干余。……北山戍垒亦十余所，山下大巢十余，内有大堡曰北庄，为教首牟费谛所居，聚堂尤众。拱拜、北庄南北相望，皆高寨深壕。西堡中枪子乱下如雨，声震山谷”（《平回志》卷四，《回民起义》(三)，第134页。）。这说明回民军军事中心和门宦宗教中心是统一的。
肃州缺乏有影响的宗教领袖，回民军的宗教色彩较为淡薄，军事人物马文禄成为领袖。然而“马文禄、蓝吉祯受首逆妥得磷伪封元帅，凶焰更张”（《平定关陇纪略》卷十二，《回民起义》(四)，第185页。），透露出肃州回民军对某些宗教势力仍然保持崇奉的态度，军事力量得到了宗教势力的支持。
史实表明，甘肃各门宦势力都积极地投身反清斗争，充当了运动的组织者和领导者，掌握着回民军最高领导权。在他们下面主要是阿訇。阿訇担任了回民军中下级各层领导。因此门宦家族及各级阿訇构成回民军领导的主体。若以阶级身份论，门宦教主和阿訇都不是贫苦的劳动阶层。门宦家族多为回族社会中的阀阅之族；阿訇则以宗教为职业，多数以教民捐纳为生，其地位崇高，经济上亦多富裕。如宁夏回民军首领赫文典、马万选，既是阿訇，又“皆左近平罗富豪”（《平回方略》卷六九。）另外，一些非宗教的地主富绅对回民军亦有重要影响。如河州地主马千龄经营贸易，“以其盈余归置田宅，家浸浸丰殖矣”。河州回族反清，他“从其间，化凶、字懦、赈穷、哺饥，耗费其财与力，日以利济桑梓”（见《马氏族谱·述事集》。），在财力上对回民军起了很大作用。因此他往往参与回民军重要决策。“灵州吴忠堡回绅”马占魁被马化龙任命为灵州知州，而武生纳清泰、武举赫文选等亦为宁夏回民军着名领导。所以，回族反清运动中，地主上层的领导作用是普遍的，并伴随着运动的始终，并非如有些论着所说地主上层篡夺了运动领导权。这说明，回族反清运动并没有变动和破坏回族社会固有的社会秩序，而且它是以原有的社会秩序为斗争的组织基础。广大的回族群众聚集在门宦的旗帜之下进行斗争。原来领导回族社会的宗教阶层便转变为回族反清运动的政治领导。
与这种组织结构相一致，回民起义的口号和目标也不是从阶级斗争的立场出发，而是追求维护民族利益为号召的。如宁夏同心回族举事时，称“官兵刻期歼除回头(类)”（《平回志》卷三，《回民起义》(三)，第109页。），这是针对官府的口号。还有针对团练和汉族的，“甘省回匪起事，类多借口于民团起衅”（《平回方略》卷一〇二。），“回众屡叛，辄以汉民挑衅为词”（《平回方略》卷一一三。）这种发动事变的方式，其正面的内容都集中于一点，即维护本民族利益。民族自卫口号体现了回族反清斗争的阵线标准：它依靠的是民族力量，而不是阶级力量。这就决定了这次运动具有明确的民族壁垒和强烈的民族性质。
民族运动与阶级斗争不同。阶级标志着人群社会内部的分裂和对抗；而民族要求则是一个民族共同利益的反映。回族反清以民族利益相号召，有力地动员了回族社会的各个阶层投身于斗争。各地回民举家举族加入这一运动，使之成为一次规模浩大的斗争。由于斗争的目标在民族的外部，而不是内部，因此随着斗争的发展，其社会内部关系得到了巩固和发展。回民军并不固守城市，而是立足于农村。在十余年的反清过程中，大部分回民军战则为兵，和则为民。回民军这种兵农结合的方式亦是民族运动与农民起义的区别之一。