甘肃回族反清运动是西北回民起义的主体，是回族历史上的重大事件。这次斗争沉重打击了清王朝在西北的统治，在广阔的范围内一度实施了回族的自治。它是西北回族为实现民族自治进行的艰苦斗争。从客观上看，西北回民起义既是东南农民起义削弱清王朝统治力量条件下兴起的，同时又有力地支持了全国的农民起义，反映了我国各民族反抗清王朝的共同愿望和西北回族政治发展的高度。
回民起义失败的原因是多种多样的。太平天国、捻军失败后，清王朝能够集中其兵力、财力镇压回民起义，清政府在西北的力量由劣势转为优势。双方力量对比关系的变化是回民起义失败的客观原因。这充分说明，只有各民族的团结和共同斗争，才能推翻清王朝。同时，回民军自身也存在一些不足与局限。这主要是回民军虽然在政治上达到了一致，但组织上远没有统一。宗教上的派别、地域上的划分，导致了回民军支系林立，互不相属。四大中心之间有过联系与合作，但这些都是暂时的，组织上的派别划分始终没有改变。这就严重削弱了回民军的斗争力量，清军得以对他们各个击破。其次，抚局固然保持了回族斗争的成果，但它毕竟不是积极的反清战略，表现了回民军保守的一面。这使得清政府能在与回民军妥协之中争取时间、聚集力量。正如署理陕甘总督熙麟所说：“姑令先献城池，不过缓其心志。指日大兵云集，然后一鼓剿除，庶可操必胜之券，岂有真心议抚之理。”（《平回方略》卷二七六。）第三，回民军没有采取吸收其他民族群众斗争的政策。当时清军腐败，抢掠百姓之事层出不穷，形成大批流民队伍。他们没有被回民军所吸收，反而往往被官府利用，增加了回族反清的阻力。应该指出的是，马化龙在抚局期间采取了安定各民族生产和生活的政策，缓和了民族矛盾，使民族关系向良好的方向转化，对巩固金积堡根据地起到了积极作用。这一政策被以后回汉各民族所继承，是回族反清中的重要思想成果。
(四)新疆回民起义
新疆回民起义和陕甘回民起义有密切联系。地理上的毗连和回民内部的固有民族宗教等联系，使陕甘回民暴动很快波及新疆。1863年春，回民杨三星、马二领导绥定(霍城)回民起义，进攻塔尔奇，杀死兵丁，夺得库存军械。但联络失当，惠宁(巴彦岱)等地回民未及时响应，被清军镇压，杨三星、马二被捕牺牲。1864年5月，回民马隆率众在库车暴动，并有玉门杨春等参加，6月占领该城。新疆最大规模的回民起义是妥明、索焕章领导的乌鲁木齐起义。妥明，一名妥得磷，是陕西(一说河州)阿訇，“贫无业，以星卜游宁灵河湟间，乘乱出关，客乌鲁木齐参将索焕章家。”（《征西纪略》卷四，《回民起义》(三)，第43页。）索焕章是原甘州提督索文的儿子，师事妥明，共同策动回民起义。起义发动前，当地也有回汉械斗。1864年春，官府“假防堵为名，檄各州县加征民粮”，催征粮者中有回回，引起回汉冲突。汉民“结团以抗苛征，制回众”，回回“遂欲兴团以备汉。请于奇台县，不许”。回民马金愤愤不平地说：“汉起团以戕回，不闻官禁之。回起团以防汉，官又不许。明明欲殄灭我类矣，不如早为之所。”（《平回志》卷七，《回民起义》(三)，第195页。）库车回民暴动后，乌鲁木齐提督聂布冲派兵镇压。兵中多回民，半路返回，入乌鲁木齐，与城中回民共图举事。“回众集南关礼拜寺，明炬议事，戈矛森然。”（《勘定新疆记》卷一，《回民起义》(四)，第329页。）7月，索焕章计杀聂布冲，夺取库藏军械，占领乌鲁木齐汉城。妥明被推为“清真王”，索焕章被封为元帅，马升为先锋，又招南山马金等合兵，进攻乌鲁木齐满城(两城相距十里)。10月3日，回军攻克满城。妥明、索焕章地位稳固，分东西两路向外发展，“凡阜康、吉木萨、哈密、古城、奇台、绥来、昌吉等处俱为攻。吐鲁番、呼图壁、库尔哈拉、乌苏等处各回军皆为附之。……复以马升、马官、马太、马仲为伪元帅，移檄伪封关内马四(即马文禄)为肃州元帅，马尕三(即马文义)为西宁元帅，马彦龙为河州元帅，马化漋(龙)为宁夏元帅，”（《平回志》卷七，《回民起义》(三)，第196页。）声势很大，影响达于关内外；又分兵攻略南疆诸城，那里已为维、回人民所占，整个新疆烽火遍地，起义达到高潮。
正当新疆人民起义达到高潮时，外来侵略分子阿古柏进入新疆，给新疆人民起义带来复杂因素。1864年喀什噶尔(今喀什)人民起义后，布鲁特(今柯尔克孜)头目思的克将该城占领，派回首金相印去浩罕求救兵。次年，白山派和卓布素鲁克和浩罕军官阿古柏同来，占据喀什噶尔，思的克被逐，以后布素鲁克也出走，阿古柏成为当地的实际统治者。他以此为基地，逐渐占领英吉沙尔(今英吉沙)、叶尔羌(今莎车)、和阗(今和田)、阿克苏、乌什、库车等地，控制南疆。阿古柏不以此为满足，“恃其富强，谋吞妥明北路。妥明忌其逼己，恶之。”（《征西纪略》卷四，《回民起义》(三)，第44页。）1870年，妥明遣马泰攻库车，打阿古柏失败。阿古柏追围吐鲁番，11月，将吐鲁番攻下，并联结妥明部将马仲攻乌鲁木齐。妥明抵抗失败求和，阿古柏将乌鲁木齐占领，削妥明“清真王”号，以马仲为乌鲁木齐阿奇木柏克(总理乌鲁木齐一切事务的官员)。妥明被监管，索焕章旋即病死，以乌鲁木齐为中心的北疆回民起义遭受重大打击。阿古柏“令军民髡发，易回服，严刑厚敛，税及园树，于是北路汉回悉役属之。”（《征西纪略》卷四，《回民起义》(三)，第44页。）在这种情况下，回汉兵民和徐学功攻乌鲁木齐，擒杀马仲，回民举马忠为总帅，恢复妥明在乌鲁木齐的地位。11月，马仲之子马人得勾结阿古柏再次攻乌鲁木齐，妥明败走玛纳斯，以后死在那里。马人得据乌鲁木齐，领导回众。1872年初，徐学功再攻乌鲁木齐，没攻下。阿古柏派军来援，回军马金贵部和徐学功弟徐学弟率领民团和阿古柏军大战于达阪城，马金贵和徐学弟皆战死。“帕夏入乌垣，大杀回汉居民，而迁其余于南疆。诸回多逃生自归。”（《勘定回疆记》卷一，《回民起义》(四)，第341页。）乌鲁木齐再次遭到蹂躏。这时回将马明据古城和阿古柏相抗，并与清廷官员桂洪元联合，“共图帕夏”。古城统帅张玉春率二百余骑出战阿古柏，兵败受伤，马明将其救回。马明代表了在外敌当前应坚持的正确方向，但由于种种原因，回军和清军、民团联合抗击阿古柏的局面始终没有形成，有时局部的合作亦未能持久。1873年夏，陕甘回民起义余众白彦虎部到达新疆，先攻哈密，再攻乌鲁木齐、绥来，与徐学功大战，“白彦虎既畏学功之逼，又恐安集延乘其危，乃结安自固。安亦藉为声援，抗拒官军”（《征西纪略》，《回民起义》(三)，第45页。）这样，白彦虎走上和阿古柏联合的错误道路，1877年，在清军的追击下败逃俄国。
新疆回民起义和陕甘回民起义是一个整体，“盖其地相毗连，其乱相首尾，而朝廷用兵亦由本而末，由内而外云”（《征西纪略》，《回民起义》(三)，第43页）
(五)西北回民起义的余波——河湟事变
1895年(清光绪二十一年)，河州、循化一带再次发生回族、撒拉族联合反清斗争，史称“河湟事变”。事变起因是花寺门宦内部互斗。花寺门宦，和马明心创传的新教(哲赫林耶)相对而言，被称为老教，乾隆年间新旧争教后在循化势力壮大，同治年间河州回民起义领导人马占鳌降清，老教势力在河州亦未受打击。到光绪初年，花寺门宦因强大而出现分裂，马如彪(马永瑞儿子)传新派，和传统老派人物马永琳(花寺第二代教主马国宝后人)相对立，花寺门宦内部出现新老两派斗争。由于花寺在循化势力强大，斗争主要在循化展开。1887年，新派头人韩老四大力推行新派，引起老派头人韩努尔反对，斗争公开化。1893年，因头巾(达斯塔尔)形式问题发生争端，老派韩奴尔带领教众抢烧新派财物，双方互斗，死亡数十人。1894年，新派阿訇韩穆萨和老派韩奴尔因讲经又发生冲突，老派人多势众，再次烧毁新派房舍。新派抵抗不住老派，求助官府，花寺门宦内部斗争引来官府插手。
新派先向循化厅诉控，循化厅不受理，再向西宁府上诉，西宁府根据厅里所报，予以驳回。河州总兵汤彦和，以花寺内部斗争，派花寺头人马如彪父马永瑞和老派头人马永琳去调解。马永琳表里不一，表面上调解，暗中指使韩奴尔打死两名新派阿訇，破腹扯肠，还捉拿新派教众拷打，事态扩大，不可收拾（马国珍：《清光绪二十一年河湟事变概略》，载《甘肃文史资料选辑》，第2辑。）新派无奈上告兰州，总督杨昌浚派西宁道陈嘉绩等赴循化查办。1895年3月陈等沿途看到新派房屋被烧情况，认为老派横暴，进城后捕杀老派十一人。老派反抗，集众攻城，于是花寺内争发展成为老派和官府的斗争。
老派从同年4月2日围攻循化厅城，总督杨昌浚命汤彦和“由东路而进”，西宁镇总兵邓增率兵“由西路前往，相机剿办”（《西宁军务节略》，《回民起义》(四)，第403页。）汤彦和西进后，马永琳、周世祥在河州策动反清，先令教众烧毁花寺拱北牌坊，诬汉民所为，将汉民杀死，制造民族矛盾，牵制汤彦和行动。6月，马、周率各乡回民围攻河州城，汤彦和奉命回援。时汤彦和已到达距循化不远的白庄塘，听到河州被围消息，下令“不分新老，一律剿办。”新老两派联合起来共同对付官军，形成两派联合起来抗清的形势。汤彦和回至距河州四十里的双城堡，驻兵于此。次日夜，倾盆大雨，受到埋伏于此的回军猛击，汤军“八营之人，逃脱者仅数百耳。汤镇台与亲随勇丁抛枪弃马；无衣无履，亦岌岌乎不免焉。”（《乙未循回纪略》，《近代史资料》，1958年，第3期。）只是在武进士马福禄护领下，经藏区逃往兰州。
循化撒拉、回反清，马永琳率众围攻河州的同时或前后，李昌发在海城、韩文秀在西宁、冶主麻在碾伯(乐都)、马成林在巴燕戎格(化隆)，闵伏英在洮西，纷纷举旗反清。清廷将提督雷正绾等“革职留任”，另派对付回民反清有经验的董福祥去剿办。董于10月中旬到达狄道(临洮)，先行官马安良驻康家崖。因河水上涨，渡洮河西进，连破高家集、三甲集，12月4日到达河州。董福祥“以回制回”，利用马安良、马福禄等人诱降马永琳等，河州围解。马永琳、周世祥、马如彪、马永寿等137人于12月被杀害，前二人被分尸，河州回民反清被镇压。
1896年元月，清廷调陕西巡抚魏光焘率兵进攻西宁，署理陕甘总督陶模派兵由甘州进攻大通。董福祥“自请援西宁。又明年，克上下五庄，乘胜复大通、多巴。朝命驻西宁专剿抚，以魏光焘二十七营属之。会巴燕戎格刘四复奔关外，福祥亟遣骑踵之，拔卡尔冈，先后夷海城、冶诸麻、甘州南山寇堡，关内外及青海悉平，加太子少保。”（《清史稿》卷四五五，《董福样传》。）再次为镇压西北回民反清效忠清廷。韩文秀、马成林等皆遭杀害。“善后”工作中，马福禄在今青海米拉沟一带大杀无辜，以交人耳代交人头计算，杀人无数。“至今当地老人谈起马福禄当时的大屠杀，还是纷纷落泪，伤悼不已！”（《清光绪二十一年河湟事变概略》，载《甘肃文史资料选辑》，第2辑。）
河湟事变是西北回民起义余波，马家军阀在镇压河湟事变的腥风血雨中兴起，花寺门宦则在这次事件后衰落。
第三节回族社会经济的缓慢发展
一、农牧业
(一)农业
自元明以来，农业就是整个回族经济的支柱和基础，回族因而同汉族一样也成了一个以农业经济为主的民族。延至清代，回族“以农业经济为主”的特征更加明显。与元明两代相比，回族农业经济十分成熟，不仅农业人口占绝大多数，而且在农业经济活动的分布地区、经营方式、耕作技术、农产品种类和产量、生产关系等方面也都有着突破性的进展。
1.回族人口迁徙对边疆地区的开发
清代是回族人口分布得更广、更分散的重要时期，与此相适应，回族的农业经营活动除了仍然主要分布在我国西北的陕、甘、宁、青，华北的晋、冀、鲁、豫，华东和东南的江、浙、闽、粤及湘、鄂、皖、赣及西南的云、贵、川等汉族地区外，又大规模地挺进到了西藏、内蒙古、新疆、东北三省等边疆民族地区，甚至深入到了这些地区中最偏僻、最荒凉、最落后的地方。