第三，1940年初，国民政府派专员携带蒋介石《告战区回教同胞书》前往华北游击区各省普遍散发，“向回教同胞宣达中央德意”。《告战区回教同胞书》中赞赏“我忠勇之回教同胞，在本党主义启示之下，秉承古兰经训，及穆圣主持正义之精神，拥护政府，戳力抗战，迭奏殊勋”，“我陷在战区之回教同胞，备受物质上、精神上种种痛苦，而拥护中央之念，久而弥坚！迨受穆圣之熏陶者，其信道之笃，见理之真，本若此欤？”进而追潮：“中华民国成立，即申信教自由之义，回教同胞，翊赞共和，厥功甚伟……其后回教促进会成立，全国教胞，在本党领导之下，从事革命运动，与恶势力奋斗，牺牲者盖不乏人。其恪守正义与爱护国家之精神，实为历史上之珍贵记载。”最后号召“回教同胞，在国家为重要成员，在民族有伟大力量，今后成绩之表现，必能于至艰至困之环境中，努力靖献，以辅成抗战建国之大业。”（中国回教救国协会会刊1940，1（11））
第四，1939年4月，重庆国民政府行政院长孔祥熙在接见陕甘青三省朝觐回国的哈吉时也发表“训词”称：“抗战以来，回教同胞对于救国的各方面，多已做到‘有力出力，有钱出钱’的地步，牺牲贡献，在在都足以表现团结御侮的精神”，“因为共同信仰高尚的教义，所以获得绝对的团结力量。”“回教同胞大多数是身体强健，精神刚毅，今后奠定国家民族的强盛基础，自当共同负起责任，以三民主义的最高方针，达到‘国家至上，民族至上’的共同目标。”（回民言论1939，1（9））
第五，抗战期间，鉴于日机曾对西安等城市的回民聚居区狂轰滥炸，使许多清真寺被焚毁，在沦陷区还有的清真寺被改为日军营房、马房或浴室，从而激起中国穆斯林的莫大愤慨。因此，国民党军事委员会特印制“清真寺内，禁止驻兵”的布告，普遍发给各地清真寺，以资保障，要求其士兵尊重伊斯兰教信仰，改善同穆斯林的关系。据《回民言论》1939年第8期报道：“驻荥阳须水镇22师士兵，到寺内见布告先行脱帽礼，又请马阿衡讲讲道理而去。”虽然这样的布告不见得被所有国民党军队所遵守(如1947年广西百色和江苏江浦的清真寺就先后被国民党军队占据，中国回教协会只能找“国防部”才能解决，见《中国回教协会会报》7卷6至7期)，但它的制定与公布，表明了当时国民党政权对伊斯兰教和穆斯林的地位有所重视。
抗战胜利后，为了加强蒋介石的个人独裁和国民党的一党专制而争取社会舆论支持，同时增加打内战的政治资本，国民党和南京国民政府对伊斯兰教的认可和维护态度比战前略为主动。例如胜利复员后，中国回教协会曾借南京太平路清真寺办公，当时驻南京国民政府的伊斯兰教国家使节亦多来此礼拜。因该寺历史久远，沦陷期间变得破落紊乱。1946年8月开始修缮。1947年该寺大殿修缮竣工后，应蒙藏委员会回族科长马肇彭要求，蒋介石特赐书写“天方正教”匾额一方，于开斋节正式悬挂。又如国民党上层人物通过优待朝觐的哈吉来显示对穆斯林的“德政”，借此进行笼络，以巩固其在西北的统治。1947年中国穆斯林恢复传统的朝觐礼仪活动后，有200余人申请参加，因缺乏外汇，由蒋介石亲自批准40人可以购买官价外汇，每人180英镑，并规定新疆及内地穆斯林各占20名。这些获准朝觐的哈吉抵南京后，南京国民政府的“行政院长”张群、“外交部长”王世杰等分别予以接见。8月2日下午，国民党中央党部秘书长吴铁城、组织部长陈立夫及宣传部长李惟果3人联名在中央党部举行茶会欢迎，“吴氏致词申述三民主义对内求各民族一律平等之意义及国民党主张信仰自由之态度，颇为详尽”。8月3日上午11时，南京国民政府主席蒋介石在黄埔路官邸召见全体朝觐者，“主席首对教胞圣洁虔诚的精神表示钦佩，并嘱旅途注意健康，最好带一医生前往，多备医药”。朝觐团于1948年元月归国后，“蒋主席特于6日下午4时在官邸召见欧、喇正副团长及李廷弼、张秉铎、闪克行三代表，由国府委员鲍尔汉氏陪谒，主席深表欣嘉”，后来“主席又拨专机两架于1月12日遣送全体哈吉分飞兰州、迪化，并派鲍(包)尔汉委员赴沪送行”（中国回教协会会报1948，7（8~12））。再如国民党与南京国民政府担心内战期间再发生侮辱伊斯兰教事件，会激起穆斯林的更大抗争，从而危及自己的政治统治，因而由官方出面发布通告以平息事态，并安抚穆斯林。抗战胜利后，由于社会上大汉族主义影响的存在和一些人对伊斯兰教的习俗误听误传，因而各地连续发生侮教事件。经中国回教协会呈请，南京国民政府“行政院”除分别查处外，于1947年11月24日向全国发布严禁侮辱宗教的“通令”。该通令原文如下：“查人民信教自由，宪法已有明文规定，回教传入中国，历时已久，早为我国主要宗教之一，自应尊重其习惯，不得任意侮蔑。乃查近来各地报纸，竟有无端歧视该教，妄肆诋毁者，非仅妨碍宗教之信仰，抑且昧于民族团结之大义。值此戡乱期间，亟应严加取缔，各地应即布告周知，禁止侮蔑宗教，以示团结，而固国本。”（中国回教协会会报，1948，7（8~12)）
(二)南京国民政府对伊斯兰教的控制与同化政策
南京国民政府在对中国穆斯林的伊斯兰教信仰表示认可和维护的同时，并没有放松对伊斯兰教的控制或利用。同时，采取否认“回族是一个民族”的手段，对穆斯林采取同化政策，以实现其“重边政，弘教化，以固国族而成统一”的目标，把少数民族逐步同化于国民党统治下的汉族之中。
1.南京国民政府和国民党首要人物对伊斯兰教的控制措施
抗战前，蒋介石等就非常重视利用回族马家军阀在穆斯林中的地位，通过他们去控制和掌握伊斯兰教并对穆斯林施加影响，从而更方便地推行国民党与南京政府的政治主张，实现形式上的国家“统一”。后来，蒋介石与西北回族马家军阀的这种松散的政治联盟一直保持到大陆解放。同时，抗战爆发后，国民党与南京国民政府开始插手穆斯林团体的组建，通过掌握中国回教救国协会及所办刊物而实现对伊斯兰教事务和内地穆斯林的控制。此外，按南京国民政府内政部颁布的寺庙管理法规要求，40年代曾制订《清真寺管理暂行办法》，用以加强国民党政权对全国清真寺的控制。
第一，和“西北四马”(马鸿逵、马鸿宾、马步芳、马步青)建立政治联盟。南京国民政府成立后，昔日分崩离析的中国政局在名义上出现了“统一”的局面。但国民党既不能以法律的形式理顺中央与地方的关系，也没有能力消除地方性的军事割据势力，故此蒋介石就和各种地方势力达成种种妥协性的默契。其中，他为了控制西北地区建立起对穆斯林的影响，培养国民党在西北地区的反共代理人，遂和拥有“马家军”武装的西北四马建立起一种松散的政治联盟，其基本格局为：集权-分权、控制-反控制、安抚-输诚、联合-利用，在暂时情况下为双方所许可（高屹蒋介石与西北四马北京：警官教育出版社，1993：9，149~155）。鉴于蒋介石对“西北四马”在穆斯林中举足轻重的地位有较深的了解，他开始采取下述安抚政策来控制和利用这股政治一军事势力：(1)委任诸马担任西北地区军政要职，收编“马家军”为“国军”。不但诸马成为其割据地盘内的最高军政长官，地方行政官吏由其保荐任命，而且其父子相传的统治形式也为蒋介石与南京国民政府所接受承认。(2)在经济、财政上扶持“西北四马”，每年拨出专门款项用于协济西北地方财政，补助马家军队的费用。虽然这些投资拨款往往被诸马侵吞霸占，但蒋介石为维持与“西北四马”的特殊关系，采取“听之任之”的态度。(3)蒋介石在多次讲话中把回回民族问题说成是“回教”信仰问题，企图缩小与“西北四马”的思想距离，表示自己把诸马看成是汉族大家庭中的一分子，换取“西北四马”的信任。(4)以召见、慰问、嘉奖、巡视等多种方式对诸马进行拉拢、培养和抚慰。反过来，西北诸马为排除异己，巩固地盘，抵御共产党及其革命力量在西北地区的发展，也通过反共立场的表白和进行一系列的反共活动来向蒋介石输诚，换取国民党和南京国民政府的支持。
第二，推动建立全国性的伊斯兰教群众团体以对穆斯林进行组织控制。抗战前夕，南京国民政府即有意建立“中华回教公会”来作为全国伊斯兰教组织。1934年9月在南京发起组织，经国民党中央党部备案颁发许可证，指派马良为筹委会主任委员，会址设在净觉寺。接着，开始筹建江苏、河北、陕西、甘肃、河南、山东、湖北等地分会。原拟在此基础上由各地分会推派代表选举总会负责人，但各地穆斯林对该组织的政治背景提出众多异议和质疑。中国回教俱进会是1912年成立于北京的一个广泛性的回族穆斯林群众组织，在全国各省、市、县有不少分会、支会机构，影响遍及全国。1936年5月22日正向北平市社会局重新申报备案的中国回教俱进会，突然接到北平市政府通知，“查回教团体，中央已批准中华回教公会之组织，并发给证书在案。依照民运法令规定，同一性质之人民团体，以一个为限”，强迫停止了中国回教俱进会的活动。与此同时，国民党中央民运会要求中国回教俱进会的负责人充当中华回教公会筹备委员，遭到他们登报公开拒绝。此前，1936年3月马良因人事矛盾激化，已向国民党中央党部呈请辞职。上述种种原因，使该会筹备工作陷于停顿并自行消失。抗战爆发后，王静斋、时子周等人鉴于伊斯兰教还没有一个全国性的团体，于1937年末在河南发起成立“中国回民抗日救国协会”。“拟具章程，呈请中央备案，可是该会进行，障碍重重。”1938年初，会址迁往武汉，在白崇禧等推动下改组为“中国回民救国协会”，性质由民办变为官办。这次改组，实现了国民党政权组织与控制一个全国性伊斯兰教群众团体的夙愿。据《中国回教救国协会会报》1941年3月第3卷第5期刘书翰撰《认清协会成立意义之重大》一文所述：“我们最高领袖(蒋介石)为了团结回胞，甫命五千万回胞之领袖白健生(崇禧)将军组织这个会务。”又白崇禧自述：“廿七年度武汉尚未放弃之前，委员长命组织回民救国协会，本人任理事长。”（白理事长对临洮民众讲话中国回教救国协会会报，1940，3（2））1938年5月15日，由南京政府蒙藏委员会委员唐柯三主持，另一蒙藏委员会委员孙绳武积极参与，在汉口借马汉三老板开设的宏昌皮货局召开了“中国回民救国协会”成立大会，会上选举缺席的白崇禧为理事长，唐柯三、时子周为副理事长，马鸿逵、马步芳为名誉理事长。又选出马鸿宾、艾沙等32人为理事，组成理事会；达浦生、王静斋等8人为监事，组成监事会。会议还确定了武装回民抗战、加强民族团结、救济难胞等8项工作纲要。由于国民党政府官员秉承最高当局意旨，事先安排好了协会的主要人选，因而成立会“由唐柯三先生主持，当场将预选拟定的理事监事名单及章程宣读一遍，即匆匆散会”（致中国回民救国协会回教大众，1938，（8~9）合刊）。武汉沦陷前，迁往重庆张家花园62号办公。该协会第二次全国代表大会的“宣言”中清楚地表示“宗教信仰应与政治信仰相配合，宗教利益当以国家利益为依归。”