第三，国民党高层人物多次参与中国回教救国协会的重要活动并从经费上予以扶持。1939年1月，中国回民救国协会在重庆召开第一次全国代表大会，并改名为中国回教救国协会。仍选白崇禧为理事长、唐柯三为副理事长，主持日常会务工作。蒋介石不仅在大会开幕典礼上讲了话，还专门举行茶会招待各省来的会议代表，并再次发表讲话，以示对穆斯林的赞赏和对“回教”的重视。自1938年起，全国20多个省、市先后设立了分会，许多县、乡(镇)设立了支、区会，组织机构日益完善。如1940年元月1日，中国回教救国协会宁夏省分会成立，会址设于望远桥清真大寺。马鸿逵任干事长，刘柏石任秘书长。以全省500坊清真寺组成500个坊会，全省17.7万多回民均成为会员。1940年10月，在延安也成立了“中国回教救国协会陕甘宁边区分会”。1942年3月底，中国回教救国协会在重庆召开第二次代表大会，通过新章程，确定其宗旨为“拥护国民政府，服膺三民主义，发扬教义，团结回胞”。总司令刘峙、社会部长谷正纲等一批国民党要员出席了开幕典礼。蒋介石的代表、侍从室主任贺耀祖和教育部长陈立夫致了“训词”，国民党中央组织部长朱家桦写信给大会致贺。1942年底，中国回教救国协会改名为“中国回教协会”。在整个抗日战争期间，中国回教救国协会尽管在体制上受国民党政权的领导，但作为唯一的全国性回族社团曾积极开展抗日宣传和国民外交，出版了《中国回教救国协会会报》(1939～1945年，1943年起改名为“中国回教协会会报”)和《回教文化》等刊物，组织回民青年直接参加抗日武装斗争，并重视推动回民文化教育，救济受难的回胞，为夺取全国抗战的胜利作出过一定的贡献。1938年1月16日，在汉口出版的《新华日报》就曾转载过“中国回民救国协会宣言”。1946年该会迁址南京后，1948年5月2日至6日在国民大会堂召开第三次全国代表大会。吴鼎昌代表国民政府主席蒋介石向大会致了贺词，李宗仁夫妇出席了开幕式，考试院院长戴季陶和内政部长谷正纲分别在会上讲了话。根据中国回教(救国)协会章程，该会的经费来自三方面：会员自由捐输；理事会筹募；其他补助费。从实际情况来看，这个“其他补助费”，包括40年代国民党中央党部按月拨予的3700元特别经费，还有国民政府财政部按月拨发的补助费。例如1941年1月协会常务理事会第35次会议讨论了(白崇禧)理事长的手谕：“本会经费困难，每日经常费除就中央党部按月补助费3700元开支外，其不足之数，可就国库按月拨发补助费节余款项拨用。”（中国回教救国协会会报1941，3（3~4））对特别开支，协会还通过另行申请取得经费。例如建筑陪都(重庆)清真寺一事，经白崇禧理事长签呈蒋介石请予补助，后来奉批拨给修缮费用5万元。但到40年代末期，南京国民政府“财政部”的补助费往往落空，如1947年3月8日，“中国回教协会”第11次常务理事会就为“财政部通知本会本年度补助费未列入预算，无法拨发”一事进行讨论（中国回教协会会报1947，7（6~7））。
第四，加强对清真寺的管理与核查，并掌握其动向。按国民政府“内政部”规定，1940年就由中国回教救国协会制订清真寺管理办法及寺董会组织条例，并附推行应注意事项8项，“通函全国清真寺一律遵照实行”。“数年以来对于教务教育及慈善事业之推行协助甚着成效。唯抗战期间，陷区各寺未能推行，现各省市地方政府又有强行登记回教寺院财产事情发生”，中国回教协会“为严整管理统筹保障计，爰就原有管理办法加以增修，并已呈奉内政部于36年7月28日以礼字1809号指令准于修正备案”。修订后的《中国回教协会清真寺暂行办法》共有15项条款，其中突出了中国回教协会对各清真寺的统一管理权限，以及南京国民政府通过“内政部”对清真寺的掌握与控制。如第一项就规定：“全国各清真寺皆依本办法管理之”；第四项规定：“遇有纠纷时由当地本会分支会秉公处理，重大者转请本会处理之”；第五项规定：“各寺收支账目须按月列单张贴寺内以示公开，并须每半年报当地本会分支会转报本会备案”；第十二项规定：“本会得随时派员分赴各地视察各寺管理情形”。此外，第九项规定：“各寺对于所办事业应将每年办理状况及收支情形于次年开始一个月内报请本会查核递转内政部备查”；第十三项规定：“本会于每年终将管理全国清真寺情形呈报内政部备查”。修订后颁布的《清真寺董事会组织通则》共有11条，《推行清真寺管理办法及清真寺董事会组织通则注意事项》仍为8项，这两个规定也都突出了中国回教协会对清真寺及寺董会的最高领导地位和管理权限，充分显示出南京国民政府当局对伊斯兰教加强控制的政治意图。
2.南京国民政府和国民党首要人物对穆斯林的同化措施
关于“民族同化”的思想，曾是孙中山先生旧民族主义中的一个内容。1921年3月，他在《三民主义之具体办法》中如此阐述：“本党尚须在民族主义上做工夫，务使满、蒙、回、藏同化于我汉族，成一大民族主义的国家。”1924年国共实现合作后，孙中山在民族问题上提出了新主张、新纲领：对外，坚持反对帝国主义；对内，积极主张实行民族的自决、自治和联合，不再主张民族同化。还应该看到，孙中山先生提过的民族同化和民族融合，未曾否认国内各民族的平等，并强调自然同化，即运用“王道”而非“霸道”来达到目的。但是，国民党和南京国民政府却片面地把孙中山先生的民族同化思想发展为带有强制性的政策，把民族的统一建立在同化少数民族的基础之上。他们经常提倡的“弘教化”，实际上就是用汉文化来“开化少数民族”，以汉族文化同化少数民族，从而否定了中国各少数民族的社会、经济、政治和文化特点及少数民族在中国历史和现代社会生活中的重要作用和贡献。国民党政权的总代表蒋介石在上述偏见基础上走得更远，他在1943年发表的《中国之命运》一书中，将孙中山和中国国民党早期宣言中使用的“民族”一词改为“宗族”，从而提出：中华民族是由多数宗族融合而成的。因此，他不承认中国境内各民族的存在，认为中国只有宗族而无民族差别，只提宗族平等而不提民族平等。在这种“同族同源论”的思想指导下，南京国民政府及其所属下的各地方政府机构，在民族地区制定和推行了许多民族歧视和压迫政策。蒋介石从孙中山倡导的“五族共和”基础上倒退到根本忽视国内少数民族存在的错误立场上之后，其中一个重要措施，就是不承认有回族而只承认有回教，并把回族称做“宗教信仰不同的国民”或“内地生活习惯特殊之国民”。国民党与南京国民政府基于这种认识，对回族等穆斯林的社会活动设置了多种障碍，影响了中国穆斯林各族的发展进步。
第一，不许可用“回族”名义成立回族穆斯林群众组织。1929年10月，由马云亭、哈少夫、马乙棠、沙善余、伍特公、达浦生等人发起组建中国伊斯兰教民间团体，“本欲继民(国)八(年)旧名，称为‘中国回民公会’，后马公与内政部长商洽结果，转致中央之命，改称‘中国回教公会’，批准立案”（回教大众1938，1（3））。1930年在北京西单清真寺成立的中国回族青年会，因“七七”事变而停止活动。1939年中国回族青年会撤退到重庆的会员想恢复组织，但因国民党政权不承认“回回”是民族，而改成“中国伊斯兰青年会”。1945年以后改成“中国回民青年会”（北京牛街北京：北京出版社，1990：89）。
第二，国民党上层人物大肆鼓吹“回汉同源论”，推行对回族穆斯林的同化措施。统治宁夏的马鸿逵为了淡化民族隔阂心理，缓和其与各族人民尤其是回族以外其他各民族之间的矛盾，巩固自己的军阀统治，30年代初曾在许多场合大谈“西北的回汉问题”。他把西北地区历史上因反动统治者民族压迫和民族歧视政策而引起的回汉纠纷，片面地说成是由于“少数不明白的念经人(阿衡)讲错了教理”，“他们既然讲错了道理，又使外界的知识，无从灌入回民的脑海，如是许多人的思想，都跟着错误”，“加之一般私心自用的人从中挑拨，从中操纵，想拿汉回问题要挟中央，为自己升官发财。废清末年，有些总督借这个问题，要挟清廷，民国以来，在西北握兵权的人，也往往拿这个问题，要挟北洋政府……在回民中也有假借团体、假借回教，来使骗弄手段的”。“再说，不明白的阿衡们，只学了一种穆圣的战时行为，他们把穆圣的真教理真精神，像博爱平等自由等等，都没有讲出来，中国的社会并不知道这种好处。须知穆圣的真精神、真教理，伟大无所不包，无论到什么地方，都很适用”。马鸿逵在回汉民族关系上所持的认识虽然有悖于历史事实，但他采取这种调和回汉历史上所形成矛盾的政治手腕，对处理民族之间的对立情绪在客观上产生了缓解作用，使宁夏的回汉关系在其统治下处于较稳定的状态。然而，马鸿逵为了迎合南京国民政府和国民党要人对回族的偏见，却进而歪曲事实，宣传“回民是回教而不是回族”，“回回是信了回教的汉人”，则是十足荒谬的行径。他宣称：“甘青宁的回教同胞，和新疆的缠头，绝不相同，并且宗教是宗教，民族是民族，不能混为一谈。中国的人民，因信仰自由，信仰了回教，仍然还是中华民族，并不因信教而变成阿拉伯民族，这正好比中国信仰佛教信仰耶教，并不因为信教而变为印度人和犹太人是同样的道理。”（马鸿逵西北两大问题开发西北，1934，1（6））对竭力主张推行民族同化政策的蒋介石来说，马鸿逵等回族内部人士所宣扬的回汉同源观点，使他对否认回族是一个民族更振振有词。1938年10月他在对全国回民训示中表示：“中国的回族同胞，除一部来自西域外，其余大多数还是内地固有的人民，实际上不过是信仰的不同，并没有种族的分别。现在国内各民族既是一律平等，在服膺同一主义之下，更不必再有种族的界限。希望各地教长及教中耆老，向各地教胞，随时解释。”（回民言论1939，创刊号）1939年7月26日，蒋介石在中国回教救国协会第一届全国代表大会开幕典礼上讲话时又称：“一般普通人对于回教、回民和回族几个名词分不清；一般人不明了真义，认为回教即回族。这种观念对于整个中华民族影响实大！”“中国有许多佛教、基督教、回教，可以说是汉族信仰宗教，佛教不能称佛民，耶教不能称耶民，那么回教也不能称回民。宗教传布之目的，在于普遍，若回教之信仰，回民和回族始有信仰资格，未免将本身资格变得狭小，不是宗教之本意。若回教即回族，难道非回族人不能信仰回教吗？过去我和马云亭先生谈过这问题，他很明白这个道理，他以为中国的回教，多半是汉族信仰回教。”（回民言论1939，2（2））重庆的国民政府行政院根据蒋介石的上述谈话，于1940年9月发布通令，正式主张回民“除其宗教上之仪式外，其他一切与汉人无异，这与信仰耶稣教天主教之教徒相同，故只可称回教徒，不得称为回族”。以此否认回回是一个民族（中国回族大词典南京：江苏古籍出版社，1992：28）。
第三，曾任蒙藏委员会委员长的吴忠信在新疆推行汉儒文化，抑制伊斯兰教。1944年10月10日，接替盛世才主政新疆的吴忠信宣誓就职。他在会上发表的《告新疆民众书》宣布的四项施政要点第一项，就重谈蒋介石在《中国之命运》一书中的谬论，提出“增进宗族互信”，认为少数民族只是汉族的大小宗支。实际上，国民党政权连对维吾尔族、哈萨克族等民族的存在都不认可，暴露了其浓厚的大汉族主义同化意识，又怎么可能在新疆建立民族之间的互信呢。另外，吴忠信还在“一视同仁尊重各族宗教习俗”的名义下，通令全疆兴修早已颓败或改作别用的孔庙或岳庙，还去修葺一新的迪化孔庙亲自致祭。
第三节民国时期中国穆斯林在政治与社会生活方面受到的限制
北洋政府与南京国民政府的边疆民族政策及宗教政策虽然宣布“国内各民族平等”，“人民有信仰宗教之自由”，但实际上执行的却是民族歧视与压制政策。他们对伊斯兰教与穆斯林，也是在对其信仰表示认可的同时，采取一系列利用与限制、控制与同化的政策，从而导致在舆论媒介领域及现实环境中接连不断发生诬蔑与侮辱伊斯兰教的事端，阻挠穆斯林参政议政，甚至进行武力镇压，使中国穆斯林在政治和社会生活方面受到种种压制。