关贸总协定的基本原则是国际惯例，各缔约国在一般情况下必须严格遵守。然而，针对世界经济贸易中的特殊情况和各缔约国的特殊差异，关贸总协定也规定了许多例外条款，这些条款同关贸总协定的一般规定和要求产生不相一致的措施。例外条款主要有：
一、国际收支平衡例外
当一国遇到国际收支困难，出现严重的贸易逆差时，可以实行进口限制。但是以国际收支平衡为理由实行进口限制，必须经关贸总协定成立工作组进行定期审查，当该国的国际收支改善后应取消进口限制。关贸总协定工作组审查一国国际收支情况时，要听取国际货币基金组织对这个国家收支情况的报告。
关贸总协定的这一条款对发展中国家更为有利，允许发展中国家保持足够的外汇储备，维持其经营地位，满足其发展需要。关贸总协定对实施这一条款还有许多严格的限制要求，规定进口限制不得超过预防货币储备严重下降所必需的程度；对货币储备很低的国家不得超过储备合理增长所必需的程度。在实行进口限制时要尽可能采取扩大国际贸易，而不是缩小国际贸易的措施；实施限制的国家要考虑其他缔约国的贸易和经济利益，避免造成不必要的损害；实施的限制不得阻碍商业货样的输入，也不得阻碍专利权、商标、版权或类似程序的遵守。此外还有许多防止滥用进口限制的规定。
二、幼稚工业保护例外
有些缔约国因某些工业刚刚建立，不具备国际竞争能力，可作为幼稚工业实行进口限制，提高关税，实行许可证、征收附加税等办法，保护该国这类民族工业的发展。但不能笼统把一缔约国的整个工业都确定为幼稚工业，而要对具体行业进行认真的审查以确定真正处于幼稚阶段的工业及其产品。确定什么是幼稚工业，要由需要保护的缔约国提出申请，交缔约国有关组织审定批准，方可确认。
三、关税同盟和自由贸易区例外
关贸总协定允许和赞同建立毗邻国家边境贸易协定、关税同盟和自由贸易区。允许对边境贸易、关税同盟和自由贸易区成员之间互相给予的贸易优惠可以不同时给予非成员国。欧洲共同体、欧洲自由贸易区、美加自由贸易区都根据这一原则相互之间给予优惠，而非加入国则不享受这种优惠。关贸总协定第24条明确规定：“本协定的各项规定，不得阻止缔约各国在其领土之间建立关税联盟或自由贸易区，或为建立关税联盟或自由贸易区的需要采用某种临时协定。”但是，关税同盟和自由贸易区在实施例外规定时，不得对其他缔约国提高贸易壁垒，对未参加同盟或自由贸易区的国家实施的关税和外贸规章，不得高于或严于未建立关税同盟或自由贸易区时的一般限制水平。
四、紧急保护措施例外
一缔约国的某一具体产业或某一产品因其他缔约国大量输入这种产品而受到严重损害和威胁，造成企业倒闭、工人失业、开工不足、利润大幅度下降或严重亏损等情况，可以实行临时性进口限制。关贸总协定第19条对《某种产品的进口的紧急措施》明文规定：“如因意外情况的发展或因一缔约国承担本协定义务（包括关税减让在内）而产生的影响，使某一产品输入到这一缔约国领土的数量大为增加，对这一领土内相同产品或与它直接竞争产品的国内生产者造成重大损害或产生重大威胁时，这一缔约国在防止或纠正这种损害所必需的程度和时间内，可以对上述产品全部或部分地暂停实施其所承担的义务，或者撤销或修改减让。”总协定还对属于优惠减让对象的产品也有同样的规定，如输出国在其产品大量涌入另一缔约国而造成输入国的损失时，输入国应当全部或部分地对于这种产品暂停实施所承担的有关减让，或撤销或修改减让，以减少其损害和威胁。紧急保护措施一般以两年为限，长则可达四五年。在实行紧急保护措施期间，该缔约国要对自己的产业结构和产品结构进行调整以适应国际贸易水平。
五、安全例外
关贸总协定对缔约国为了国家安全需要，允许可以采取对某些产品的限制或禁止进口，如规定可以禁止弹药、武器、军火、毒品的进口，禁止或有条件限制裂变材料进口或提炼裂变材料的原料的进口。涉及国家基本安全的一些资料一也有权拒绝向其他缔约国公布。对于为维护公共道德所必需的措施；为保障人民、动植物的生命和健康所必需的措施；与关贸总协定并无抵触的法令和条令的贯彻所必须采取的措施；保护专利权、商标及版权，以及防止欺诈行为的措施；有关罪犯产品的措施；为保护本国具有艺术、历史或考古价值的文物而采取的措施；为保护可能用竭的天然资源的有关措施等，可以不受进出口限制条款的约束。但是关贸总协定缔约国对于安全例外的措施的实施不得对缔约国构成武断的或不合理的差别待遇，也不得构成对国际贸易的变相限制。
六、对发展中国家的优惠例外
关贸总协定对发展中国家有许多优惠待遇，允许发展中国家的关税制度有更大的弹性；允许发展中国家在一定限度内进行出口补贴；允许发展中国家相互进行关税减让，而不必同时对发达国家减让。同时还规定发达缔约国对发展中缔约国承诺的关税与非关税壁垒的撤除义务，不能希望得到互惠。关贸总协定还有总体要求：发展中国家长期依靠某些有限的初级产品出口，因此对这些国家的产品进入世界市场要提供更为有利的满意的条件，对这些国家产品要拟定一些旨在达到稳定、公平和有利价格的措施。