关税与贸易总协定，原来是打算作为正式国际贸易组织成立之前的临时性协定，后来由于一些国家的政府没有批准1948年3月24日53个国家通过的哈瓦那《国际贸易组织宪章》，所以国际贸易的正式组织未能成立，而“总协定”实际上代行国际贸易组织的职能，它有关完备的机构，履行着约束国际贸易行为的职能和有效的运作。
一、关税与贸易总协定的组织机构
1.缔约方全体和代表大会
缔约方全体是关贸总协定的最高决策机构，它每年举行一次大会，称为缔约方全会。全会由各国政府负责贸易事务的官员参加，召开代表大会时从代表中选出主席、副主席。一旦哪一国的代表担任主席、副主席就得停止执行本国政府的代表职能。缔约方全体可以根据需要召开各国贸易事务方面的部长级会议。
2.代表理事会
这个机构是1960年第16届缔约方全体会议决定建立的，它是缔约方全体大会期间的机构，也是缔约方全体的行政机构，它代替过去的“休会期间委员会”。代表理事会有权处理缔约方全体大会处理的所有问题，它为缔约方全体大会作准备，它有权设立认为必需的附属机构，它可以监督各委员会、工作组和总协定附属机构的工作，向缔约国全体提出建议理事会主席由缔约方全体1年选举1次。
3.委员会
它是由缔约方全体或代表理事会设立的附属机构。这些委员会有些是常设，有些是为解决专门问题而特设的。目前的委员会有：国际收支平衡限制措施委员会，保障措施委员会，农产品贸易委员会，预算、财政和行政委员会，贸发委员会，关贸总协定贸易中心联合咨询小组，联合咨询小组技术委员会，十八人协定小组，纺织品委员会，发展中国家优惠安排参加国委员会，反倾销措施委员会，补贴与反补贴措施委员会，贸易技术壁垒委员会，进口许可证委员会，海关估价委员会，保护措施分支委员会，欠发达国家贸易分支委员会。这些委员会有些是常设的，有些是根据需要设立的，有些是专门为发展中国家的贸易和发展而设立的。
4.工作组
工作组是为处理一些更为具体的技术事务而设立的，其职责是对有关问题进行调查，写出报告，任务完成后即行解散。有些调查小组是为解决争端而设立的，其任务是调整争端事实，协调争端各方进行磋商、消除分歧。这两类小组有：贸易工作小组，瑞士加入协定书第4款工作小组，罗马尼亚税责工作小组，结构调整和贸易政策工作组，美国农产品进出口限制措施工作小组等。工作组和调查小组都由有关缔约国派出，但工作组成员是作为政府身份的代表，而调查小组成员是以个人身份进行工作的。
5.十八国咨询组
1975年7月11日，关贸总协定理事会通过决议设立由18个国家组成的咨询组。1979年11月22日，关贸总协定缔约方大会决定该组正式确立为常设机构。该组织由关贸总协定总干事任主席，每年开会3～4次，主席每年向事理会提交一份报告。其任务是寻求和坚持与关贸总协定宗旨相符的贸易政策，适应国际贸易的发展，防止多国贸易体制和国际贸易关系遭到突然干扰，并采取行动予以解决，并调节关贸总协定与国际货币基金会组织的关系。
6.总干事
《国际贸易组织宪章》规定总干事是国际贸易组织的主要行政官员，但因为关贸总协定不是正式的国际贸易组织，所以直到1965年3月23日才正式决定设总干事。总干事没有明确的法律授权，是根据经验的发展而确定的职能和身份。总干事的职能主要是主持协商性活动和非正式谈判，消除缔约国之间的分歧，在谈判中只能运用说服力，没有法律权力和强制手段。总干事起着总协定的保护者、总协定最佳发展方针的引导者、各缔约国消除分歧的协调者、行政工作经理的作用。
7.秘书处
关贸总协定规定设有总协定秘书处，它在总干事领导下工作。秘书长没有决策权，只负责关贸总协定的日常工作。
二、关贸总协定的运作
关贸总协定是最大的、最有权威性的国际贸易组织。关贸总协定大体上以三种方式进行运转：一是作为缔约国一致同意的管理政府贸易行为的多边规则进行运转，缔约国都要根据总协定制定的原则和各个“回合”所产生的规则进行国际多边贸易；二是作为贸易谈判的场所进行运转，通过以关贸总协定的规则和规定为准绳，进行多边或双边谈判，使缔约国进一步开放国内市场，使关贸总协定的规则得到延伸，优化自由贸易的环境，使国际贸易法规有很强的透明度和预见性；三是作为解决国际争端的法院进行运转，由关贸总协定出面调停、解决国际贸易的争端，使国际贸易的环境逐步改善，贸易壁垒得到消除，以推动国际贸易的增长和世界经济的发展。
关贸总协定经常性的运作行为是由关贸总协定的各个组织来承担和实现的，关贸总协定的基本工作是由缔约方政府的代表承担的。而各方面的组织要制定贸易政策和确定谈判立场，还必须吸收私营企业、商业组织、消费者和其他利益集团的意见和建议。大多数国家在日内瓦有外交使团，有时派官员参加关贸总协定总部举行的各种谈判和会议，有时派出专家代表对特定问题阐明政府的观点，在一些重大的回合中，还派负责经济的部长参加会议。在缔约方全体休会期间，授权代表理事会处理日常事务和紧急事务，每年约召开9次会议，研究解决双边贸易争端、新成员加入、豁免和工作组报告等事项。关贸总协定的许多重要的监督检查事项由常设委员会、工作组和专门小组来进行协商、调查，为代表理事会提出解决方案。
关贸总协定的决策，原则上采取投票方式，但迄今为止，许多重大事项的决策多数是通过协商达成的，只有少数议案是通过投票予以决定的。如：新成员加入要通过缔约国全体参加投票通过。通过协商和通过投票的决议在法律上都具有约束力。关贸总协定多数决议是通过协商而不是通过投票，其原因是因为关贸曾、协定的缔约国都有不同的经济政治实力和不同的利益要求，投票通过的办法很难协调发展中国家与发达国家、发达国家之间存在的矛盾、差异和冲突。因而多数协议都采取协商一致的办法确立。
关贸总协定还对一些特殊问题有具体的运作方式和办法。对于关贸总协定中的经济集团的运作方式，关贸总协定规定：像关税同盟和自由贸易区这样的区域一体化形式在各种会议和贸易谈判中由一个人代表集体发言，如欧洲经济共同体、东南亚国家联盟、欧洲自由联盟，它们都由一个人代表集体发言。
关贸总协定在运作中充分发挥秘书处的作用，秘书处现在由400人组成，当前为乌拉圭回合谈判做多方面的服务。秘书处的经济学家和统计学家，经常对贸易实绩和贸易政策进行分析，秘书处的法律工作者，负责总协定规则和条件的解释，帮助解决贸易争端。
关贸总协定的大部分重要问题和争端是通过多边贸易谈判来解决，每次谈判因为周期比较长，通常称为“回合”。到目前为止，关贸总协定签订以来，已完成了七次谈判，现在正在进行第八次谈判即“乌拉圭回合”。关贸总协定最初的几次回合主要解决降低关税问题，后几次回合转到重点处理非关税措施和规则上。
关贸总协定对争端的解决一般强调双边磋商为解决争端的第一步；但当双边磋商无法解决时，就可以利用关贸总协定专家调查制度，专家小组一般由与争议问题没有利害关系国家的3名专家组成，专家小组向理事会提出调查报告，如果理事会以协商一致的方式通过，有关缔约方就要执行该裁决；如果违约方不执行裁决，受害一方可向关贸总协定要求授权，采取报复行为，消除受到的才损害。
关贸总协定还通过监督各国贸易政策来发挥自己的职能。关贸总协定以及后来回合中形成的各种文件，有许多规定和约束条款，要求缔约方必须共同遵守；还要求缔约方对本国有些贸易政策必须向关贸总协定或相关委员会通报详细情况，以供审议。例如新的反倾销和反补贴协议、新的影响贸易的技术标准、新的进口许可证协议、向国际投标者开放的政府采购协议，都需报告关贸总协定以供审议。代表理事会还成立了专门小组审查新自由贸易区协议和申请加入国的贸易政策。1988年乌拉圭回合正式建立贸易政策审议机构，允许关贸总协定缔约方对单个国家的与贸易有关的政策进行综合性审查。总协定以这种方式来鼓励和监督缔约方严格遵守总协定的原则，并履行其义务。目前对4个最大贸易方-欧共体、美国、日本、加拿大每两年审议一次，其他缔约方每4～6年审议一次。
关贸总协定还针对发展中国家的特点提出了一些工作任务和工作程序，以促进发展中国家的贸易增长和经济发展例如关贸总协定秘书处内设有技术合同与培训司，为发展中国家的谈判提供援助，为他们所关心的问题提供数据信息和背景文件，还在发展中国家举行专家讲座和研讨会，关贸总协定还按惯例以英语、法语、西班牙语为发展中国家官员每年举行两期4个月的贸易政策培训班。
关贸总协定还应发展中国家的要求，成立了国际贸易中心，目的是帮助他们促进出口。国际贸易中心应发展中国家的要求，还为发展中国家提供多方面的帮助，如制定和实施出口促销规划、进口规划和技术等，国贸中心对所有发展中国家提供无偿援助。