元丰二年（公元1079年）七月二十八日，御史台的官吏皇甫遵奉命从汴京赶到湖州衙门，当场逮捕了苏轼。目击者说：“顷刻之间，拉一太守，如驱犬鸡。”真是祸从天降。
这是怎么一回事呢？原来从六月以来，御史台官员何正臣、舒、李定等人曾先后四次上章弹劾苏轼。他们摘出苏轼的一些诗文认为是“讥讽文字”，“愚弄朝廷”，“指斥乘舆（皇帝的代称）”，“无尊君之义，亏大忠之节”。宋神宗随即下令御史台审理。这就是闻名于世的“乌台诗案”。
舒等人从苏轼的诗文中断章取义，罗织锻炼，甚至对苏轼严刑逼问，必欲置之于死地而后快。这时苏轼估计自己活不成了，曾写下绝命诗两首托狱卒转交弟弟苏辙：《予以事系御史台狱，狱吏稍见侵，自度不能堪，死狱中，不得一别子由，故作二诗，授狱卒梁成以遗子由二首》之一：是处青山可埋骨，他时夜雨独伤神。与君世世为兄弟，又结来生未了因。诗题反映了“狱吏”对他的虐待逼害，见出政敌们的凶狠；诗句写兄弟诀别，情真意切，凄楚动人。
审讯大抵于十月中旬结案。审讯的材料和结果交到皇帝的手中，皇帝视连累的人不少，尤其王诜驸马与苏东坡交情至深。他们曾交换大量的礼物和信件、诗文。作为皇亲国戚，更应检举揭发才是，王却一直隐瞒不报。因此被革职，贬为庶人。另一位是王巩，他与苏东坡虽有来往，却从未有过什么诗文交往。更未见过什么诽谤诗，显然是无辜受牵连。苏东坡也说王巩为他受过。因此，他常常感到痛心。
苏东坡入狱坐罪，震动下天，善良正直之人，只有悲悯痛惜之情，却无营救之力。惟有范镇和张方平愤然上书营救，不怕革职杀头。张方平的奏折，南京郡官吏不敢转呈朝廷。张方平就指派自己的儿子张恕上京投书。张恕徘徊于京师街头不敢进院投递。后来苏东城出狱看了张方平的奏折副本，大惊失色。子由看了也说：难怪吾兄愕然。因为张方平在奏折中称他是“天下之奇才”，这样只会更加激怒神宗。有人问子由，当时应该怎样救苏轼呢？子由答道：“就说大宋有史以来不曾杀过大臣，若杀了苏轼，就为后人开了杀大臣的禁令，这是对先皇的不敬。这样才能救苏轼。
如此之言，是有根据的，宋太祖赵匡胤，曾留下遗嘱并刻碑藏于密室。新帝登基要去密室读碑文立誓。太祖训示：“不得杀士大夫及上书言事人，子孙有渝此誓者，天必殛之！”
苏东坡大难不死，是受到赵匡胤遗嘱的保护。这也只能算不死的原因之一。虽有遗嘱也不是一成不变的。一怒之下，还管你什么遗嘱不遗嘱！人头落地了，想到遗嘱又有何用？
是时，一向支持爱护苏东坡的仁宗皇后病故了。但临终时对皇帝说：“我记得苏氏中进士时，仁宗先皇曾对家人说，‘我为子孙得了两个储相’。现在听说苏轼因写诗而入狱，这是不是小人陷害他，他们在他的政绩上找不到毛病，就用他的诗来定罪。这些控告不是太琐碎了吗？我是无法复原了，你可不能冤枉无辜。否则，天神会发怒的！”太后说完就断了气。这也是苏东坡不死的原因之一。
御史台做了一份审判结论，要把苏东坡处以极刑，并连同司马光、范镇、张方平、李常、孙觉和另外几位与苏东坡有密切关系的好友统统处死，立即砍头示众。
由于太后殡葬之事，案件在皇帝那儿耽搁了很久。
通常皇家出殡总要大赦天下，依照皇规苏东坡应该减刑。这是御史们所料未及的。这样一来他们的心血全白费了。但他们仍不甘心失败，还想力挽败局。
据说当时有位宰相叫王，受御史们的威逼与利诱，突然对皇上说：“苏东坡有心反叛陛下。”
“何以见得？”皇帝吃惊地问。
王提起那首双桧树的诗，说，“蛰龙”是苏东坡暗喻自己，总有一天要变成天上的龙，成为皇帝。
“诗不能这样诠析，他是描写桧树的，和我有什么关系呢？”
王见皇上如此宽宏大量，又如此洞察事理，不敢再言。
章当时也在坐，他看皇上脸色，也为苏东坡辩护：“龙不但是君主的象征，也可以指大臣。”神宗受此启示，又说：“自古称龙者多矣，如荀氏八龙，孔明卧龙，岂不君耶？”这场阴霾就这样烟消云散了。
御史台给苏东坡的死刑定案，还不能执行，这样重大的案子还得由皇上定夺。皇帝派自己的人，对苏东坡的案子进行一次复审。最后宫中送出一道圣旨，把苏东坡贬谪黄州任团练副使。
元丰二年（1079年）十二月二十九日除夕之夜，苏东坡获释。他蓬头垢面，脸色苍白，身穿囚服，如鬼魅一般，走出东城街北面的牢门。别的他都能忘怀，似乎唯独就是写诗忘不了。他前脚跨出牢门，后脚还在牢里，嘴里就吟起诗来：
其一
百日归期恰及春，余年乐事最关身。
出门便旋风吹面，走马联翩鹊人。
却对酒杯浑似梦，试拈诗笔已如神。
此灾何必深追咎，窃禄从来岂有因。
“百日”，苏东坡自八月十八日入狱，到十二月二十八日出狱，恰好一百日。虽是隆冬，却已感春天的气息了，喜鹊的鸣叫声。“窃禄”是这场灾难的根本原因。
其二
平生文字为吾累，此去声明不厌低。
塞外纵归他日马，城东不斗少年鸡。
休官彭泽贫无酒，隐几维摩病有妻。
堪笑睢阳老从事，为余投檄向江西。
这些诗别人要抓辫子，不是没有辫子可抓，而因他刚出狱，不便于再抓。只视蚊子叮了一下而已。要他写诗不带刺，恐怕没法做到。难道这次的打击还不重么？难道是他不识时务？难道是他死不悔改？恐怕都不是！仿佛是他的文风所致。他才思敏捷，如高山流水般倾泻而下，不能自抑，连自己也不知道要写什么，信手写成而已。这就是大诗人的固有才气。历史上的几位大诗人，都有这种气质和癖好。不过，苏东坡在这方面表现更为突出而已。