元丰八年（公元1085年）三月，支持新法的宋神宗去世。十岁的幼子哲宗赵煦继位，英宗妻高后以太皇太后垂帘听政，起用司马光为相，守旧派人物纷纷上台，政局发生逆转。苏轼从登州知州入京，任礼部郎中，又转起居舍人（皇帝侍从官），二十天内连升几级，可谓仕途顺遂。然而，守旧派的高官厚禄并没有换来苏轼对他们的忠诚。
司马光当政后，打起“以母（高后）改子（神宗）”的旗号，全面废除新法，一切回到熙宁以前的原样。这是所谓“元佑更化”时期。
苏轼对司马光等人“专欲变熙宁之法，不复校量利害，参用所长”的倒行逆施，表示极大的不满和忧虑：“深虑数年之后，驭吏之法渐宽，理财之政渐疏，备边之计渐弛”，将会导致不堪设想的后果。元佑元年（公元1086年）三月，他和司马光之间就免役法的存废问题展开了激烈的争论。司马光指责免役法有使“上户”“出钱比旧费特多”等五大罪状，苏轼分析说：“差役、免役各有利害：免役之害，掊敛民财，十室九空，钱聚于上而下有钱荒之患；差役之害，民常在官，不得专力于农，而贪吏猾胥得缘为奸。此二害轻重，盖略相等。”这个分析是颇为中肯的。但他不是不加轩轾。他接着说，免役法相当于前代的募兵制：“农出谷帛以养兵，兵出性命以卫农，天下便之。使圣人复起，不能易也。今免役之法，实大类此。”他和司马光在政事堂（最高行政机构中书省的办公处）争论不休，对司马光的顽固态度极为愤慨，“连呼曰：‘司马牛，司马牛！’”
九月，司马光死，他继续上疏“极言衙前（差役的一种）可雇不可差，先帝（神宗）此法可守不可变。”后来他还具体指出免役法对“中户”的好处：“差役之法，天下皆云未便。昔日雇役，中户岁出几何？今日差役，中户岁费几何？更以几年一役较之，约见其数，则利害灼然。而况农民在官，吏百端蚕食，比之雇人，苦乐十倍。”
元佑二年苏轼在回忆这场论争时说：“（司马）光既大用，臣亦骤迁，在于人情，岂肯异论。但以光所建差役一事，臣实以为未便，不免力争”，说明他是从利国“便”民的原则出发的，而不是看风使舵、徇从私情。这场论争规模不小，在一些维护免役法的人物如苏辙、范纯仁、范百禄、李常等人中，苏轼是较为激进的一个。当时人孙升说：“若欲以轼为辅佐（宰相），愿以安石为戒”，简直把他看作第二个王安石了。
司马光死后，苏轼又和程颐发生矛盾。程颢、程颐兄弟是洛阳人，苏轼、苏辙兄弟是四川人，所以历史上称为“洛蜀党争”。当时程颐任崇政殿说书，为皇帝讲书；苏轼任翰林侍读学士，是皇帝的侍从官，也有讲书之责，官位比“说书”高。程颐讲究“尊师重道”的一套“古礼”，给皇帝讲书，坚持在殿上坐讲，俨然以师道自居；苏轼认为不近人情，加以讥诮。司马光死，官员们正好参加一次明堂庆典后要去吊唁，程颐以一天之内又歌又哭，与“古礼”不合，认为不可；苏轼嘲笑程颐“此乃枉死市叔孙通所制礼也”，于是“众皆大笑，结怨之端，盖自此始”。这样看来，苏程不和似起于细故，并不涉及国家大政的争论，但他们的思想志趣确有不同：苏轼说他“素疾程颐之奸，未尝假以色词”。程颐指斥苏轼有纵横家捭阖的习气。
服膺二
程的朱熹说苏轼“他好放肆，见端人正士以礼自持，却恐他来点检，故恁诋訾”，又说苏轼要“打破”程颐所奉行的“敬”字。
苏轼这时期的创作，基本上也趋于低潮，跟熙宁初年在朝时期相仿。激烈的党争和复杂的内部倾轧占据了苏轼的生活领域，限制了他的政治视野，这时诗作的数量固然不少，但题材较狭，思想内容也有变化：反映民生疾苦的诗篇寥寥无几，对政治黑暗的激愤之情也有所减弱。清人纪昀在《苏文忠公诗集》卷二十九的总批中说：“此卷（收这时期诗作）多冗杂潦倒之作。始知木天玉署（“木天”“玉署”都指翰林院）之中，征逐交游，扰人清思不少，虽以东坡之才，亦不能于酒食场中吐烟霞语也。”则从另一角度解释了这时期诗作低落的原因，也有一定的道理。大量的应酬诗充斥诗集，一种飘泊后稍事安定的自满自足的心情常有流露。《和子由除夜元日省宿致斋三首》就写在衙门中兄弟值班“斋宿”的心情：“江湖流落岂关天，禁省相望亦偶然”，表面上说相遇“偶然”，内心却颇为得意；又说：“当年踏月走东风，坐看春闱锁醉翁。白发门生几人在，却将新句调儿童。”回忆兄弟俩在嘉佑时一起进闱应考，主考官就是号称“醉翁”的欧阳修；如今象我俩这样的白发门生所存不多，不如跟子侄辈作诗相娱。诗境淡泊，看不出多少感情的波澜了。