在研究方法和研究原则上，人本心理学家研究方案关注了质的整体把握，却否定了量的部分分析，强调了直觉体验的重要意义，却否定了逻辑验证的价值作用。强调对经验意义的整体把握是所有人本心理学质化研究方案的共同特征。现象学研究强调抛弃历史的和自然态度的立场，直接面向经验以获得经验整体意义；启发式研究主张研究者对研究主题的沉浸、内居、酝酿，使内在的缄默知识凸显在意识中；解释学研究则强调文本与文本形成背景之间的联系，只有对这些“联系网络”的系统考察，才能真正实现对文本的理解等。人本心理学研究方案强调，正是由于人的经验与行为与自然物的差异性，人文科学心理学必须有自己特殊的研究方法——直觉体验方法。自然科学所采用的实证方法只能消解人的特有本性，不能实现对人类本质的真正解读。人本心理学家在重视人文科学研究方法特殊性的同时，轻视和否定了科学主义心理学研究方法在人文科学心理学中运用的可能性和实效性，从而不自觉地削弱和缩小了自己的方法论基础。因此，有心理学家批判人本心理学家“远离实验室已经多年了”。无论是“说明”还是“理解”，无论是质的把握还是量的分析，无论是直觉体验还是逻辑验证，都是人们认识自我的重要方式，是我们实现对人的本质完整把握必不可少的认识手段。单纯强调一方而否定或者抛弃另一方都不可能实现心理学的历史使命。因此，人本心理学研究方案在对科学主义心理学批判过程中所采取的立场未免有一些矫枉过正。正如心理学史家韦恩·瓦伊尼和布雷特·金所指出的，心理学研究在严谨性和研究方法上投入了大量的精力，这种方法（指科学主义心理学所采用的方法）可能没有揭示整个故事，但除了其他方法外，它还应该获得一个机会去发现它能实现的目标。对于这一方法的过分诋毁，都还为时尚早。
人本心理学研究方案致力于对早期人本心理学方法论的进一步完善，但是在新一代人本心理学家发展具体研究方法的过程中，早期人本心理学方法论的某些合理之处并没有得到贯彻与执行。早期人本心理学方法论的代表马斯洛就提出过整合取向方法论观点。虽然由于对人的本质认识上的偏差，早期人本心理学家所倡导的心理学整合的根基不牢、范围狭窄、成就有限，但是，其中已经蕴含了很多合理的观点与主张，而这些合理之处在人本心理学研究方案中并没有得到进一步的阐发，甚至在有的观点上还出现了某种程度的倒退。如，马斯洛主张作为人文科学的心理学不仅要获得关于人的相关知识，而且还要对人生意义与价值进行探讨，人本身就是事实与价值的统一。马斯洛对自我实现的人的研究、罗杰斯对现实人格与理想人格的研究都充分体现了这一思想。早期人本心理学家对价值世界的钟情，并没有在新一代人本心理学家这里得到延续。我们看到，在人本心理学各种研究方案中，人本心理学家关注的是关于人的主观体验的知识：现象学研究方案关注的是现象（经验）的本质，现象描述研究关注的是人们体验某种现象的类型，启发式研究也注重对体验的认识，它关注的是体验的构成要素，解释学研究方案涉及对文本的说明，关注的仍然是现象的认识问题。纵观人本心理学研究方案，我们无法找到早期人本心理学家所关心的人生的意义与价值问题。而为人类存在寻找精神家园本身就是人文科学所要承担的不可推卸的责任。对人类现实生存困境的担忧，对人类终极意义的关怀，对人性的“可能境界”的无穷尽的探索，是一切人文科学的特点。就这一点上看，人本心理学研究方案并没有达到早期人本心理学方法论的高度。
就人本心理学研究方案对于主观性的研究过程来看，本身也存在着很多没有解决的问题。如，人本心理学研究方案强调直觉在获取人类知识上的重要作用，而直觉是对现象的一种迅速识别、敏锐而深入的洞察，直接的本质理解和综合的整体判断。它是没有经过对现象的逻辑分析而直接获得对现象的知识。是一种理智的交融，这种交融使人们自己置身于对象之内，以便与其中独特的、从而是无法表达的东西相符合。这种方法不用任何表达、复制或者符号肖像来把握实在。大多人本心理学研究方案都是对自己所进行的研究过程的归纳和总结。当人本心理学家在不断推广自己的研究方法时，势必要将这些直觉的过程与结果述诸于逻辑。这样就必须“说不可言说之事”，将直觉置于逻辑分析之下。正如我们在启发式研究方案中所指出的，它存在着多种语言。第一种语言是“我感受”导向的，即对内在体验的关注；第二种语言是“报告”导向的，即通过外部语言对体验的“我”第三人称的提取；第三种语言是“外在观察”语言，此时，对他人的概括和对自己的概括间不存在任何差异。当启发式研究转向第二、三种语言时，体验也成了戴着质化研究者口罩的实证主义科学家的另一个对象。启发式研究方案是如此，其他研究方案也都存在这一问题。当研究视角由自我转向对自己、他人对自己的观察时，即第二和第三语言时，直觉本身所具有的特征和条件不再存在。而我们看到人本心理学研究方案在推广的过程中都采取了第二和第三种语言，但是却没有将其与第一种语言的方法区分开来，造成了其无法解决的矛盾。
人本心理学研究方案所存在的这些局限的根源在于对人的本质认识上的偏差。新一代人本心理学家对人的本质的认识并没有超越早期人本心理学家。从总体上看，人本心理学家看到了人独特性、社会现实性、主动性、整体性以及生活纷繁复杂的现实世界的一面。但是在人本心理学研究方案中并没有充分体现出人的文化历史性特征，更没有看到人的这些特征是在个体的社会生活、在人类社会的历史实践过程中所生成的。他们看不到人是在自己创造性的生存活动中生成与展开自己的完整本质的。人的生存活动——实践有着既分化自然又统一自然，既让人肯定自身又让人否定自身的双重本性。从这一意义上看，人乃既具自然性又具超自然性，既能容纳多样性、差异性、对立性和个性又能在多样性、差异性、对立性、个性中达成统一的“否定性的统一体”。这样，他们无力对人所体现出来的复杂性、丰富性以及对立性给予完整和科学的考察，也无力将诸多对立的两极加以统一。因而在肯定对立两极的一端的同时，只能将另一端抛弃或否定。因此，人本心理学研究方案在将人本心理学发展成完善的人文科学的道路上只迈出了小小的一步，并没有真正确立人文科学心理学的方法论。
3.心理学的未来：彻底的科学主义与彻底的人本主义的有机统一
人本心理学研究方案致力于人文科学心理学方法论的建设与完善，它基于人这一心理学的根本点，提出了心理学研究必须采取与人的特殊本性相适应的研究方式的基本命题，并在实践中发展了多种具体的研究方法。在一定程度上推进了人文科学心理学方法论的发展。但是，由于人本心理学家并没有真正认识到人之为人的本质，其所发展的人文科学心理学方法论也并不完善，人的生物性、实践本性、文化历史性在人本心理学研究方案中没有得到充分展现，因而人本心理学及其研究方案并不能担负起未来心理学方法论的重任。
另一方面，科学主义心理学内部也多多少少意识到自身存在的不足，在完善科学主义心理学方法论上也进行着努力。进入21世纪，心理学研究呈现出科学主义心理学主导下的多元化特征。进化心理学、生态心理学、积极心理学等多种研究取向层出不穷。这些不同的研究取向对传统心理学极端立场进行了一定程度的修补，已经表现出一定的整合特征。
积极心理学从20世纪末21世纪初发起到目前的短短十几年时间得到了迅猛的发展，成为当代美国心理学界一支重要的力量，有人惊呼“美国的心理学似乎在一夜之间陷入一种新的意识形态运动——积极心理学中”。甚至有积极心理学家指出，未来的积极心理学将取代其他心理学，成为“彻底的心理学”（plain psychology）。积极心理学将人本心理学传统主题，如人类主观幸福感等重新纳入到科学考察框架内，但是与人本心理学所确立的人文科学取向不同，从一开始，积极心理学就把自己规范在科学心理学范围之内。其倡导者虽然抱怨甚至批判心理学领域过多关注“消极”方面，忽视积极特性，但是它一再重申自己无意发动一场对现有心理学的革命，而是对现有的心理学研究领域的平衡。2002年，斯奈德（C.R.Snyder）和洛佩兹（Shane J.Lopez）在《积极心理学的未来》一文中明确指出：积极心理学不会取代缺陷模式，而是作为一种必要的、带有补充性的科学的探索。因而，在研究方法论上，积极心理学依然沿袭了自然科学心理学的传统，希望在科学原则和方法的基础上来构建其理论框架和体系，寻找现象世界背后的规律，希望发现一种使普通人生活得更幸福、更圆满、更有意义的规律。在积极心理学的研究实践中，因素分析、多元回归分析、路径分析和理论建模等各种统计方法和实验设计得到了大量的运用。积极心理学所坚持的科学主义立场决定了，即使它与人本心理学共享相同的主题，但是它所要探索的不是这些主观经验的内在体验，而是要发现这些经验的外在因素和客观规律。
从积极心理学现有的成就上看，它呈现出一定层次的科学主义心理学与人文科学心理学的整合。在对人的认识上，它比传统科学心理学更全面和完整，对传统“消极心理学”的批判彰显了对人的积极本性的关注，促进了当代心理学在人性观上消极和积极的初步整合；在研究主题上、在不排除消极面的前提下对积极主题的研究，促进了当代心理学在研究主题上的初步融合；同时对于传统心理学所忽视的或者遮遮掩掩的主观主题，如主观幸福感、乐观主义等，积极心理学也把它们视为合理合法的，使得人本心理学长期以来积极倡导的研究主题在主流心理学中得到了认可，在一定程度上也实现了整合取向——积极心理学的这些整合特征无疑对心理学的未来发展提供了新的视角和更全面的图景。然而，正如积极心理学家自己所宣称的，积极心理学的这些努力只是对传统科学主义心理学的一些零零碎碎的修补，其科学主义心理学的根本立场没有改变，因而仍然存在着自身无法摆脱的困境。
如，积极心理学用积极-消极的维度去审视百年心理学的发展和人的复杂的心理和行为，这仍然是在用一种“非此即彼”的二歧视野来看待一切事物，将人的积极状态与消极状态、积极情绪与消极情绪、积极的主观体验和消极的主观体验，积极品质和消极品质置于对立的状态，并以此作为判断好坏的标准。显然积极心理学对积极和消极“一个硬币的两面”之间关系认识不够充分，正如有心理学家对积极心理学的评价一样，“给生活中积极的方面以更多的关注固然没错，但如果以忽视消极的方面为代价那就错了，尤其是我们不能把两者截然分离”。在研究范式上，它沿袭了传统心理学客观范式，研究方法的变革似乎并没有进入积极心理学的历史日程。采用科学心理学研究方法似乎是一个理所当然的选择。
所以，我们看到它在幸福感的研究中，过多关注的是对群体共同因素的分析，注重找寻获得幸福感的普遍规律和影响幸福感的内外因素，更注重实证研究方法的改进，而非幸福本身和个体内心幸福的体验，这意味着积极心理学仍然是把心灵的活动看做是客观的自然过程，而不是主观的经验世界。因此，所“测量”出来的幸福到底对每个个体有多大的意义和价值也往往成为积极心理学遭受病诟的主要方面。积极心理学仍然没有解决自然科学心理学和人文科学心理学方法论上诸多对立的问题，不能像积极心理学家所宣称的那样代表心理学的未来。