这些文章从一个对近代人来说是全新的视野观照中国的传统文化，在学术界以及社会上都引起了极大的反响。但是由于“儒教非教”说的长期影响，要人们很快接受“儒教是教”说是困难的。在此后的十多年里，学术界，首先是中国哲学史研究领域，许多学者都在自己的论著里表示了对“儒教是教”说的批评意见，而几乎没有一个学者表示支持。反对的意见指出，儒家不信鬼神，儒家是人世的，不讲彼岸世界，不能说是宗教；儒教没有自己的宗教组织，也没有自己的宗教礼仪，不能说是宗教。也有的文章指出，儒家学说在历史上起着宗教的作用，但它门身不是宗教，最多可说它是一种准宗教，而且正由于它起了宗教的作用，也就使宗教不可能在中国古代成为统治思想。
（二）对儒教是教说的争论
1990年，牟钟鉴在《世界宗教研究》第1期发表《中国宗法性传统宗教试探》一文。该文指出，中国古代在佛、道二教之外，还存在一个“正宗大教”。这个大教对于中国传统文化的意义，比佛、道二教要重要得多。泼史详细描述了这个大教的神灵系统，但不承认它是儒教，而认为它是国家官吏系统的宗教，与儒家无关。
儒教是教的第一位支持者，是何光沪。何于1988年发表《论中国历史上的政教合一》，明确论证儒教是教。此后在他的博士论文中，又坚决而明确地赞同儒教是教说。1991年，何将论文整理为《多元化的上帝观》一书，由贵州人民出版社出版。该书在导言中指出，中国古代以在天坛祭祀的吴天上帝为至上神的宗教体系，就是儒教。儒教尊奉的“天地君亲师”的天，就是“天佑下民”、“天讨有罪”的天，是万物的主宰，是有人格、有意志的神。同时，序言还批评了学术界对人格神理解的狭隘。1993年，赖永海在《佛学与儒学》（浙江人民出版社）一书中指出，中国古代文化与世界上许多文化一样，“在相当程度上是一种宗教文化”。孔子与中国占代思想，都没有抛弃作为至上神的天。儒家的伦理、心性问题，其源头在天，是天道演化的产物。研究者只注意儒家对人事和政治的言论，抛弃对儒家有关天的言论，是将儒家“拦腰砍断”。这是在宗教学界最早支持儒教是教说的公开言论。
1994年，由任继愈做主编、主要由世界宗教研究所的学者为编委，开始编纂《宗教大辞典》，经过激烈讨论，决定将儒教人典。计儒教词条约350条，字数约5万。该词典大约于1999年由上海辞书出版社出版。
1994年，中国广播电视出版社出版丁，由李申主编的《中国古代宗教百讲》，该书包括儒教、佛教、道教、原始宗教、藏传佛教、伊斯兰教，其中儒教约占四分之一篇幅。1995年，李申在《世界宗教研究》第2期发表《关于儒教的几个问题》，对十多年间学术界对“儒教是教”说的批评作出了回答。i亥文指出，孔子虔诚地相信天命鬼神，儒者们也都把吴天上帝作为自己信仰的至上神。儒者研究政治伦理诸问题，是在遂行上帝所赋予的治、教民众的责任。中国古代的国家组织，就是儒教的宗教组织，儒家特别重视的礼，就是儒教的礼仪。儒教是一个从外在形式到内在本质都完全合格的宗教。
从1983年至1994年，人民出版社陆续出版了由任继愈主编的《中国哲学发展史》先秦卷、两汉卷、魏晋南北朝卷和隋唐卷共四卷。其先秦卷“序言”明确指出，儒教是中国古代占统治地位的意识形态，由孔子所创立的儒家学说，构成了儒教的思想基础。儒教“以儒家的封建伦理为中心，吸取了佛教、道教的一些宗教修行方法，加上烦琐的逻辑思辨的论证，形成了一个体系严密、规模庞大的宗教神！学结构。它既是宗教又是哲学，既是政治准则，又是道德规范，将四者融合为一体”。
这个序言表明，《中国哲学发展史》已自觉地在“儒教是教”说的指导思想之下进行工作。该书对儒教是教指导思想的贯彻，在以后将陆续出版的宋元、明清和近代卷中，会更加自觉。
（三）儒教是教说的传播和发展
在20世纪80和90年代之交，中国古代文化研究领域也开始有人承认或半承认“儒教是教”说。他们说儒教是准宗教或半宗教，有的也明确承认儒教是教。这些文章多是在论述其他问题时顺便提及儒教问题，明确支持儒教是教的言论还不多见。1996年，谢谦在《传统文化与现代化》杂志1996年第5期发表《儒教：中国历代王朝的国家宗教》一文指出，儒教是中国历代王朝的国家宗教，“孔子及其儒家则是传教者，儒家之于儒教，非常类似西方神学之于基督教”。这是在传统文化领域明确支持“儒教是教”说的第一篇专沦。
1996年，世界宗教研究所儒教研究室召开“儒教问题讨论会”。会上明确表示支持“儒教是教”说的，有世界宗教研究所的重要学者卓新平、李兴华、任延黎、方广铝、金正跃等人。同年9月，在为北京大学宗教学系成立所召开的国际学术讨论会上，李申发表了《中国有一个儒教》的论文，在会L引起了激烈争论。在会议总结时，儒教是教说得到北京大学学者刘小峰的支持。
1996年6月12日，《文汇报》发表郭豫适《儒教是宗教吗？》一文，该文认为孔子不信神，儒者们也未把孔子当作神，因而儒教不是宗教。同年9月18日，李申在《文汇报》发表《儒教是宗教》一文，指出儒经中的天命鬼神信仰，是孔子思想的出发点，也是所有儒者思想的出发点。而孔子从汉代起，就被国家列入祀典，和社稷神同级。该文还指出，揭示儒教的存在，是要确认已经存在的客观事实，而只有弄清历史的本貌，才能正确利用传统文化资源。
1997年《中国社会科学院研究生院学报》第1期发表李申《儒教、儒学和儒者》一文，该文介绍了儒教的神灵系统和组织结构，指出儒学是儒教的灵魂，儒者们的任务在生前是遂行上帝治理和教化民众的任务，死后以进入孔庙享受祭祀为最高荣誉。国家官吏也主要由儒者充任，儒教国家官吏不仅是一种政治职务，而且是一种宗教职务，他们负责制订祭祀礼仪，对儒教教义、教理作出解释，并履行与自己职位相当的祭祀职能。一个独尊儒术的国家的宗教，与儒者没有关系，是不可能的，也不符合历史事实。该文被当年《新华文摘》第6期转载，产生了一定的社会影响。
1997年8月，在咸阳市召开的“中13韩儒释道三教关系讨论会”上，关于儒教是不是宗教的问题引起了极大关注。
8月13日，《中国文化报》对这次会议的报道，首先提到的就是关于儒教问题的争论。李申在会上发表了题为《朱熹的儒教新纲领》的论文。该文指出，朱熹最重要的著作是《四书集注》，今本《四书集注》的第一书是《大学章句》。朱熹为《大学章句》写的序言是儒教发展到宋代的新纲领。该序言指出，天降生了下界民众，同时赋予他们以仁义的本性，但是由于气质禀赋的不同，民众们不能都知道自己本性的内容从而做以保全，一旦有聪明智慧、出类拔萃的人士，天就一定会任命他作君主和导师，以管理和教化民众。伏羲、黄帝、尧、舜是这样的人，文王、武王、周公、孔子也是这样的人。也就是说，他们都是接受天（上帝）的任命，来管理和教化民众的君主和导师。而教化的目的，就是让民众恢复天赋的善良本性。这就是说，儒学研究治国、教化，都是在遂行上帝赋予的使命。正是从这个意义上，我们说，儒教是宗教。该论文被收入会议的论文集，即将出版。
1993年《文史哲》第3期开辟专栏，讨论儒教问题，参加者有张岱年、季羡林、蔡尚思等老一辈学者，也有郭齐勇、张立文、李申等中青年学者。张岱年先生不再坚决反对“儒教是教”说，认为孔子学说“具有宗教的功用”，并希望学术界对于“儒教是教”说持宽容态度。
季羡林先生则认为，孔子的学说不是宗教，但是后来到处“建圣庙，举行祭祀，则儒家已完全成为一个宗教”。并说从儒学到儒教的转变，和从佛学到佛教的发展极其相似。张立文教授认为，如果超越基督教的模式为衡量一切的标准，则儒教就是宗教。他还分析了影响人们承认“儒教是教”说的四个因素，认为主要是用西方的宗教为标准来衡量中国，也是由于对宗教问题缺乏研究的结果。李申的《教化之教就是宗教之教》一文，根据历史资料批评了陈独秀以来中国学术界长期流行的观点，即“儒教是教化之教，不是宗教之教”。李文指出，“教化”一词首先是由董仲舒提出的，它的基本含义，就是指宗教的教育。后来的儒者，如朱熹等人，不仅没有改变儒教教育的性质，而且是更加发展了董仲舒的原则。儒教之教就是宗教之教。