基因工程疫苗又称遗传工程疫苗，是指应用DNA 重组技术，把天然的或人工合成的遗传物质定向插入细菌或哺乳动物细胞中，使之充分表达，利用表达的抗原产物或重组体本身制成的疫苗。基因工程疫苗包括亚单位疫苗、基因工程载体疫苗、DNA疫苗、基因缺失活疫苗和蛋白工程疫苗等五种。
基因工程疫苗属于新型疫苗或高科技范畴的疫苗。
广义的基因工程疫苗还包括遗传重组疫苗、合成肽疫苗、抗独特型抗体疫苗及微胶囊可控缓释疫苗等。
亚单位疫苗具有产量、纯度、安全性高的优点；缺点是免疫效果较差。
基因工程载体疫苗多为活疫苗，抗原不需要纯化，载体本身可发挥佐剂效应增强免疫效果。但是曾感染过腺病毒（可引起感染，有一部分可以致癌）或接种过天花疫苗（痘苗）的人，接种基因工程载体疫苗后免疫效果差。
DNA疫苗的优点前边已经详细介绍，但因其是新型疫苗，对于一些潜在的危险目前尚不确定。
基因缺失活疫苗性状明确、性质稳定，毒力不易恢复，较为安全。
蛋白工程疫苗是将抗原基因加以改造，以期增加其产物的抗原性，去除不良反应的一类疫苗。
遗传重组疫苗是通过病原体的强毒株、弱毒株间进行基因片段交换而获得的一类对人体不致病，但又含有强毒株抗原性的疫苗。
合成肽疫苗的纯度和安全性较高，不良反应也小，还可以长期在常温下保存。
抗独特型抗体疫苗是指使用于特定的抗原性相近的抗体制成的疫苗。此疫苗正处于研究阶段。
微胶囊可控缓释型疫苗是指使用微胶囊技术（将微量物质包裹在聚合物薄膜中的技术，是一种储存固体、液体、气体的微型包装技术）将特定抗原包裹后制成的疫苗。这种疫苗具有较强的免疫效果；母体抗体不能使其失活，可用于婴幼儿预防接种；微胶囊在肠道内不受酸或酶的影响，可以口服。