教会的裁决
卢梭搬出隐庐后依然住在乡间，并以抄写乐谱为生。每当他伏案工作时，总是专心致志，借以排遣心中的郁闷。工作之余，他喜欢整装外出拜访当地他新结识的贵族朋友——卢森堡先生。卢森堡夫人聪慧且善解人意。他们彼此相处甚欢，没多久，卢梭便成为卢森堡夫妇的朋友。
卢森堡夫妇有时也来探望卢梭，卢梭总是热诚款待。他将自己写的《新爱洛绮丝》拿给卢森堡夫人看，卢森堡夫人表示很感兴趣，并将这部作品介绍给一家出版公司。1760年，《新爱洛绮丝》正式与公众见面，这部作品引起了广泛的关注，尤其是巴黎的女士小姐们都不约而同地对它表示赞赏。
本来卢梭还担心这个故事情节过于简单，容易让读者觉得平淡无味，但有一件事证明了它不但不平淡无味，而且还十分动人。这件事发生在某个节日，那晚正好举行一个歌舞盛会，有位女士在晚餐后准备参加盛会，因时间还早，她便翻阅着出版公司送来的新书——《新爱洛绮丝》。等到午夜，马车在门外已等候多时，她仍爱不释手，不忍释卷。用人催她，她也不管，仍就一直看下去。用人以为她忘了赴约的事，又去提醒她，她仍说不必忙，继续读这个故事。过了许久，她问用人几点了，用人说已经清晨四点了。她吩咐用人让马车回去吧，接着换下盛装，终于在天亮时分读完了这本书。
由于《新爱洛绮丝》的成功，卢梭立即成为全欧洲的知名人物，这本书被翻译成数国语言，风靡欧洲。他的读者来函与日俱增，慕名来访的客人也多了起来，这使得他的私人作息时间受到干扰，但同时也使他得到了精神上的极大满足。在众多读者眼中，卢梭已经是一位哲学家和小说家了。许多有志写作的青年人不时地寄来他们的作品，希望征求卢梭的意见。卢梭为了避免不断的来信，曾公开在报纸上答复这些热心的读者，希望他们不要再寄稿件来，因为他实在无法仔细地阅读，而且回信对他而言是一项很大的负担。
接着他又恢复了以往平静的生活，不过经济状况有所好转。
一次贵族聚会中，经由卢森堡先生介绍，卢梭认识了当地的马沙尔县长，他是位英俊、慷慨且热情洋溢的人。卢梭与马沙尔意气相投，成为知己。马沙尔不但交游广阔而且甚得人缘，他关心卢梭的近况以及外界对卢梭的诽谤，并逐渐成为卢梭的支持者。
依照当时的习俗，《爱弥儿》尚未出版前必须经过某些知名人士的传阅。经过一番传阅之后，《爱弥儿》成为大家争论的焦点。很奇怪的一点是，卢梭这部天真无邪、充满灵感、独具创见的教育学著作，居然被外界视为异端邪说，并且被列为禁书。
起初，卢梭对外界的传言很不解，这本极具理性的教育著作是为了人类的幸福而作，国内的知识分子和教会人士为什么会将其视为异端邪说呢？他决定不去在意这个问题。出版公司被外界的言论所扰，劝说卢梭不要用真名发表这本书，但卢梭坚持要面对那些攻击。他认为自己一直服从国家的政令，也努力地去做一个忠诚的公民，如其他法国人一样遵守国家法律，总不至于因为热爱人类、追求人类幸福而遭到迫害吧？但是厄运真的降临了——卢梭被舆论界视为有罪，他在1762年7月写给马沙尔的信中表明了自己的立场：
我只不过是一位避难在此的穷作家，离开了自己的祖国，只因为发表了自己认为是善良且公正的言论就被定为有罪，这使我觉得不公平。我的朋友，如果你也觉得我有罪，就不必庇护我了。但是，如果我无罪，请你和国王允许我继续住在这里，我愿遵从当地的法令。如果你想让我离开，我恐怕已经没有去处了……
马沙尔对卢梭的感情并没有受到外界的影响，他时时将外界的动静告诉卢梭。有一天，他带来了一个坏消息，关于卢梭的案子已被议院提出讨论，而且判决是将卢梭予以拘捕。当时甚至有些官员提议要将《爱弥尔》这本书和卢梭一并焚毁。卢梭听后，心里十分不平，他在1762年6月给一位同乡莫顿的信中，述说了自己的心境：
这判决多么严厉啊！我到底犯了什么罪？证据何在？啊！巴黎人民，这就是你们的自由吗？我感到懊恼！外界对我的指责越来越强烈，但如果我停止写作，我将会被公众淡忘，人们也不会畏惧我所写的真理了。请你不要公开地反对我。
卢梭为了避免指责，接受了罗吉的邀请搬到更为偏远的乡下。他住在罗吉家，罗吉一家人都很热情地欢迎他，孩子们更是成天与卢梭嬉戏。这时候，卢梭写信给莫顿：
我是如此地喜欢受到爱戴，当别人喜欢我时，我似乎忘掉了一切不愉快的事。朋友的照顾温暖了我的心。
欧洲有许多仰慕卢梭的读者，但他们无法影响议院的裁决。关于裁决的结果，是卢森堡先生告诉卢梭的。一天晚上，卢梭正在床上阅读《圣经》，戴莱丝手持卢森堡先生的信急忙走进卧室交给卢梭，卢森堡先生的信中附有亲王的密函，信中警告卢梭明天议院将会派人来拘捕他。卢森堡先生的信中写道：
你已没有时间为自己辩白，因为裁决已经不可能更改。你赶快到我这里来吧，你只能在那里停留一天了。
法国议院裁决卢梭的《爱弥儿》为异端邪说，尤其是书中关于依照自然法则教导儿童的观念更是有违基督教教义。不仅如此，卢梭在书中宣扬的宗教平等理论，对18世纪的欧洲而言，无疑是对统治阶级的挑战，他的平等自由的思想是煽动革命的种子。于是，最高法院判决将《爱弥儿》焚毁，并立即发出拘捕令，拘捕卢梭入狱。
卢梭与卢森堡夫妇会面后，眼见情势危急，决定马上离开此地，他与戴莱丝道别并承诺将来一定会回来接她。稍微处理了一下手边的事情，卢梭马上乘马车离开，在马车上，他想起那天晚上读的《圣经》中的故事，灵感突发，将它写成了一首叙事诗。四天后，卢梭终于到达了相对安全的地方。
自从离开戴莱丝后，卢梭日夜思念她，他希望她能与他生活在一起，卢梭期望以后能好好照顾她，尽力给她快乐和幸福。他写了一封信给戴莱丝，信中说道：
我亲爱的，我现在已安全了，你会为我高兴吧，我迫切想知道你的近况，盼望着我们的重聚。不过，我必须告诉你，我之后的人生可能要在逃亡中度过，你可以仔细地想一想自己的去向。我亲爱的，想想你是否能和我共度流亡生活？如果你来了，我会尽力让你感到幸福。如果你想要住在原地，那也是你的权利。
卢梭在信中同时嘱咐她如何处理家中剩余的物品，变卖家具和书籍，私人物品留着等她来时一并带来。
在与朋友的通信中，卢梭表现出了他与日俱增的焦虑，他的疑心加重了，别人对他的言语、一颦一笑都会引起他的不安，他觉得好像处处都会受到迫害。1763年，瑞士官方发布消息，命令卢梭在一天之内离开瑞士境内。卢梭很苦恼，连续不断的逼迫和困难使他真想马上和戴莱丝团聚，以安慰自己心中的苦闷。戴莱丝收到卢梭的来信后，也十分希望能去陪伴他，并回信表明了她的立场，她在信中写道：“我以我的心向你述说，我们的爱至死不渝。”
不久后，戴莱丝终于来到卢梭身边，并且带了一些卢梭需要的物品。他们搬到了普鲁士的莫蒂埃。在这里，卢梭受到普鲁士国王的庇护，避免了法国和瑞士的一些人对他的偏见和怨恨。7月，卢梭写信给莫顿：
我昨天抵达莫蒂埃，我的处境一定已使狄德罗和格林先生感到满意，他们急于想看到我被瑞士驱逐出境。
之前的通信中，莫顿表示自己有意为卢梭写一部传记，卢梭在这封信中也提及了此事：
我现在的处境，让我觉得应该同意你的想法——撰写我的传记，请你着手写作时，以一种适合你我的方式进行，不要带有愤恨、讥讽以及赞颂等情绪，要以中庸客观的态度、庄严而带有力量的方式来撰写。简言之，就是用一种适合一个富有正义感的作家，而不是一个被迫害者的立场去写。最后，老实说，我并不想看到这本书，但是如果你决定撰写，你的名字将会不朽，不过同时你也有可能遭受迫害，请你仔细考虑清楚。
反驳诽谤
自从卢梭的《爱弥儿》遭受外界激烈的批评后，莫蒂埃市民对他的偏见也逐渐加深，卢梭有意前往英国。
巴黎舆论界对卢梭的攻击使他的敌人越来越多，幸运的是他的挚友马沙尔先生对他的支持从未改变，但不断传来的斥责声却使卢梭觉得自己有必要出面表白立场，以应付未来可能出现的危急情况。1763年底，他写信给普鲁士国王腓特烈二世，信中毫不隐瞒地表明了他的立场：
陛下！我曾在您背后说过你的坏话，我可能还会如此做。但是，被法国、瑞士驱逐的我到了贵地接受您的庇护。陛下！我并没有权利接受您的恩典，而且我也不想要求任何恩典。但是，我觉得此时向您作出声明是我的责任，我在您的管辖之下，您可随时处置我。
与此同时，欧洲读者的来信也在不断地寄来，贵妇人、年轻人以及哲学家们纷纷来信表达他们对卢梭的支持，这些信件使卢梭受到很大的鼓舞。不过，真正给予他精神上最大支持的还是马沙尔先生，与马沙尔的相处使卢梭忘却了外界的混乱和骚扰。
普鲁士国王十分尊重卢梭，经常派人给他送来面粉、酒和各种食物。卢梭的自尊心让他感到犹豫，是否应该接受这些恩惠呢？卢梭在写给普鲁士国王的信中充分表现了他的自尊：
感谢您赐给我的这些食物，但是我觉得您境内的许多子民都需要食物。请您把它们拿走，送给真正需要它们的人吧。另外，我能否提醒您，我的陛下，您应该爱您的每一个子民。如果这样，我为您捐躯亦在所不辞。
普鲁士国王接受了卢梭的劝告，变得乐善好施，普鲁士境内人民的生活改善了许多。
莫蒂埃教会不久也将《爱弥儿》和《社会契约论》列为禁书，不准发行。教会认为《爱弥儿》是异端邪说，《社会契约论》是在煽动革命。卢梭的民主思想在他们眼中是疯狂的思想。一个社会如果建立民主政体，那么贵族阶级的特权何在？难道贵族需要接受人民的意志吗？卢梭的社会改良思想虽然也影响了其他哲学家，但鉴于社会大环境的影响，他们的努力并没有发生效用，其中有些人竟被处以极刑。
当初的《论人类不平等的起源》已使卢梭身处困境，遭受诋毁。现在《爱弥尔》和《社会契约论》遭禁，卢梭更陷入了被抨击的旋涡之中。卢梭心中期望的宁静无法获得，虽然他在青年时期与华伦夫人有过安详、平和的相聚时刻，但如今都已成为过眼烟云，不可复得。外界的骚扰使得卢梭不能安心工作，他开始做一些手工劳动，比如编织腰带，织好的成品就分赠给邻居。
这时，卢梭还与巴黎教皇进行了激烈的辩论。毕蒙教皇抨击卢梭为假道学，说他是一个自认为学识丰富，却误入歧途的人；一个在思想及行为上充满矛盾的人；一个用繁复的思想来曲解道德的人；一个自称热爱基督却一味标新立异的人；一个自夸、热爱隐居而又借此吸引世人注意的人；一个泯灭读者道德观念的人；一个主张人类社会的不平等又欲将人类贬低到禽兽地步的人。此外，教皇批评卢梭最严重的一点是，指控卢梭散布色情。这真是无稽之谈！
卢梭听到这些诽谤后，决定奋起反驳，不过他觉得自己的反驳必须谨言慎行，因为这将影响世人对这位道德领导者的印象。卢梭在心力交瘁下，发表了他的《致毕蒙教皇书》。在这篇文章中，卢梭阐述了自己的观点，文章的措辞平实、不做作，与他日后撰写的《忏悔录》颇有些类似之处。在文章中，卢梭说：
阁下，我何必要对你多费唇舌呢？我们如何才能彼此了解？我们俩之间有什么误解吗？我答复你，实在是因为你的逼迫使我不得不这么做。
我天生具有一种禀赋，这已经得到了大众的证实，我的青年时代是在快乐中度过的，没人认识我。到了40岁，我虽然没有财富，但我拥有朋友和平静，然而公众对我的斥责却一直不断，甚至裁决我的罪状。我尽力反驳，却于事无补，我的事业就此中断，朋友和安宁也因此离我而去，我必须忍痛接受这样的事实。
我写过各种题材的书和文章，我一直保持着我的原则、我的道德观、我的信仰以及戒律。而他们一味反对我的观点，也反对我本人。我的第一篇论文发表时，他们视我为一个矛盾者；我的歌剧问世后，他们视我为国家的敌人，甚至是叛国贼；《论人类不平等的起源》之后，我又被视做一个无神论者，一个厌恶人类的人；《新爱洛绮丝》之后呢，我被视做一个温柔老实的人；现在，我在他们眼中又成了一个顽固、亵渎神灵的人！
卢梭这篇《致毕蒙教皇书》总共有150多页，他毫无保留地述说他的宗教观以及道德观，他的笔触中带着强烈的感伤。他还在其中表达了自己的宗教信仰：
教皇阁下：
我是个天主教徒，一个虔诚的教徒，我一生都遵从《圣经》中的信条。我是个教徒，但不是教会的信徒，而是耶稣基督的信徒。我的信仰告诉我不能只讨论教义，更应该身体力行。那些缺乏正义的教士霸占职权，成为宗教上的裁决者，并且告诉我应该做这个，不能做那个。我对此不屑一顾。他们的优越权力绝不会影响我的原则，他们也无法使我说我不愿说的话。