如果我的真诚触怒了他们，他们一定会想办法将我摒弃于教堂之外，我并不畏惧他们的威胁，因为他们根本无权判决我。他们无法阻止我的心灵与信仰结合，他们能在此生剥夺我的幸福，但无法阻挠我未来的希望，我未来的希望是由耶稣基督赐给我的，他会做我的裁决者，裁决我和他们孰是孰非。
1763年，卢梭将他的《致毕蒙教皇书》交予出版公司付印，虽然他心中十分担忧会受到迫害，但经由马沙尔的鼓励，他仍决定用本名发表。不出所料地，这篇文章受到强烈的批评。读者写给卢梭的信逐日增加，信中有支持也有反驳，写信的人来自各种不同的阶层，有辩论家，也有舞蹈老师。卢梭从这些信中了解到了外界对他的印象。
卢梭极想知道日内瓦民众的反应，尤其是对他这篇《致毕蒙教皇书》的反应。虽然日内瓦当局对卢梭的言论极为困扰，但《致毕蒙教皇书》并没有被列为禁书。不久后，卢梭给日内瓦当权者写了一封信，信中声明他愿意放弃日内瓦的公民权。
不久，日内瓦当局即废止了卢梭的永久公民权。卢梭深爱故乡，但日内瓦连续给予他沉重的打击，使他不得不放弃公民权。
1764年9月，卢梭接到一封革命者的来信，信中邀请他担任制宪委员。这个消息迅速传遍整个欧洲，格林及其他反对者立即发表声明，声明中说如果卢梭接受这个邀请，那就说明他是革命和国家独立的煽动者。卢梭没有接受这个邀请，但在给革命者的回信中，他表明了自己对平等民主的爱好和热情。
1764年秋，日内瓦的杜金先生出版了《乡村书信》，文中他强调了君主专制政体的重要性。卢梭针对他的观点及政治立场予以反驳，同时出版了《山中书信》，他的思想和主张立即引起外界激烈的反响。
卢梭在文中曾辩解日内瓦当局对他的裁决，他有充分的理由为自己辩护，因为那次审判没有事先提出警告，也没有审讯，就将卢梭的书予以焚毁，并裁决卢梭有罪。
当时法院的裁决书有一段是这样的：
这些书的作者（指卢梭）集合了所有能贬损及毁灭天主教基本原则的言论，在这些言论中他指控所有的政府。这些书以充满诱人笔调的法文书写，是极为危险且有损于道德的，而且这些书是作者以一个日内瓦公民的身份发表的。鉴于这些书的恶劣影响，法院不得不作出如下裁决……
法院以违反教规的名义裁决卢梭，卢梭在《山中书信》中答辩道：
我是作者，因为写了这些书而被法院裁决，但是会有作家故意奉承自己吗？一个人如果企图行善也算有罪吗？身为一位作家，我只接受那些被基督承认的圣人作为我的审判长。
在这段激烈的争执时期，卢梭接到一封从法国寄来的信，写信者自称詹姆斯·包塞尔，来自苏格兰。他在信中对卢梭表达了自己的钦慕之情，这使卢梭的心情舒畅了不少。后来，卢梭和包塞尔见过一面，在座的还有马沙尔先生，卢梭对包塞尔表达了自己对苏格兰人的好感。
卢梭的《山中书信》问世不久，1765年1月，市面上出现了一本书，叫做《公民的情感》，书中极力抨击卢梭的人格和思想以及他的道德观。这本书的作者是伏尔泰和卢梭昔日的一位朋友。《公民的情感》风靡日内瓦，市民们对于书中描述的卢梭和戴莱丝将子女遗弃在孤儿院一事尤感震惊。卢梭与戴莱丝此时才感觉到民众对他们的厌恶感是多么深。
某夜，卢梭和戴莱丝上床就寝，到了半夜，卢梭被一阵突如其来的声音惊醒，原来是有人用石头砸他们的门窗。卢梭赶紧逃到厨房，这时正巧有一块石头穿破窗户砸在他的脚上，他步履蹒跚地与戴莱丝躲在墙角。幸好邻居及时报警，警察阻止了这场骚动。这件事情之后，卢梭觉得自己急需找一个偏僻之处隐居。
经过马沙尔先生的帮忙，9月，卢梭准备迁往圣皮埃尔岛。这座小岛并不大，但布满了高树、青草、小溪以及黄色的灌木林，对卢梭而言是一个难得的天地。在这个安宁的天堂里，卢梭离开喧嚣的尘世，遗世独居。他的生活费用由马沙尔帮他料理。
流亡
两个月之后，当局将卢梭驱逐出境，卢梭在好友的协助下，前往英国。
在圣皮埃尔岛时，卢梭就开始写《忏悔录》了，在英国，他完成了这本书的前五章。多年颠沛流离的生活和昔日朋友的背叛使卢梭有点被害妄想症的症状，他猜疑身边的每一个人，不相信他们。这时外界谣传有人计划要焚毁《忏悔录》，卢梭十分担心，他想离开英国前往他地。经过一番考虑，他决定回到欧洲大陆，戴莱丝也表示赞同，因为她母亲刚刚去世，需要她回去料理后事。
1767年初，卢梭清理行李，将带不走的书籍变卖，以减少旅途中的负担。各国获悉卢梭欲返回欧洲大陆的消息后，许多人纷纷写信给他，愿意提供住处或其他的帮助。对于这些人的热情和慷慨，卢梭十分感动。
卢梭的朋友培鲁先生引荐他去投靠塞吉先生，卢梭夫妇便先前往史泊丁城去见塞吉先生，不过他并未久留。5月6日，卢梭夫妇又到达英国东南部的多佛港，准备搭船前往法国加莱，但当天因为天气原因船无法起航，他们只好耐心等待。21日，天气转晴，傍晚时分轮船起航。次日，他们抵达了加莱。
在法国境内，卢梭仍然是一个通缉犯，他为了隐藏身份改名为雷诺。亲王对他的处境表示关心，并警告卢梭要小心提防别人的抨击。卢梭与戴莱丝不久后又前往圣丹尼斯。此时卢梭听说他的剧本在巴黎公演，而且他的《忏悔录》也完成了第一部。他这时候的生活还算平静，然而几个星期后，平静的生活被一个噩耗破坏了。一个叫德强斯的城堡看守人意外死亡，卢梭成为被怀疑的对象，因为当时有人看见卢梭时常带着食物和酒到城堡去找德强斯聊天，当局有理由怀疑卢梭在酒中下毒导致了德强斯的死亡。卢梭失去了这位朋友本来已经很伤心了，现在还要想方设法证明自己的清白。他要求法医验尸，以证明德强斯是自然死亡而非遭他人毒害，经过验尸后，卢梭被证明是无辜的。
1768年7月13日，卢梭到了格勒诺布市。25日清晨，他写信给戴莱丝，说他准备去尚贝里一趟，信中写道：
如果你在一星期内没有收到我的消息，就不要再等我了，去投靠那些信任我的朋友，他们一定不会遗弃你的，我相信那些值得信任的朋友不会拒绝我的要求。
卢梭到尚贝里后遇见了昔日教过的学生，从他那里，他知道了华伦夫人已经去世的消息。卢梭十分悲痛，他马上前往墓地探视华伦夫人，墓上长满了青草，显然已经很久没有人来过了。卢梭在那里流连了许久，回忆起昔日初遇华伦夫人的情景，他曾从华伦夫人那里学到仁厚、慈爱和慷慨等种种美德，如今这些记忆还历历在目，难以忘怀。
卢梭返回格勒诺布市后，与一位业余植物学家一起外出采集标本。在这里停留数日后，他便前往布戈市。布戈市当时正在筹备一场游行，市长知道卢梭抵达当地后，即邀请他共进晚宴，卢梭十分喜欢布戈市，随即在当地的旅馆订了一个房间，并写信要戴莱丝前来团聚。
8月29日，即戴莱丝抵达布戈市四天之后，卢梭与戴莱丝邀请市长和他的表兄做他们的证婚人。在他们面前，卢梭与戴莱丝举行了婚礼，卢梭将戒指戴在戴莱丝手上，并发誓会与她长相厮守，至死不渝。婚礼中，卢梭非常快乐，还演奏了几首为这次婚礼写的曲子。