10月10日，卢梭写信给莫顿：
你必定已知道我那位长久的伴侣终于成为我的妻子了。因为她决定跟随我的命运并且分担我的苦痛，所以我必须给她一个交代。25年来相聚的岁月终于使我们结为一体。信心和互爱使我们一直在一起，直到死亡将我们分开，她将是我最温柔的伴侣。
1769年2月1日，卢梭与戴莱丝从布戈市迁往蒙魁镇的一个农场，那是一位侯爵的私产。农场四周的景色很优美，虽然他们住的是一间旧屋，但地点很好，从屋里可远眺蜿蜒的河流，以及雄伟的山峰。
卢梭窗外的树上经常栖息着一些燕子，呢喃地叫着，在这样的自然环境中，卢梭的心情十分愉悦，但戴莱丝却日渐对这种田园生活感到厌烦，她想重过巴黎那种都市生活。
卢梭与戴莱丝之间的感情出现了摩擦，不过卢梭清楚地记得婚礼时自己的誓言，一直努力地使戴莱丝生活得快乐幸福。这次失和使卢梭感到十分苦恼。不久，戴莱丝生病了，卢梭虽然年纪已大，仍然兼顾家事，直到她康复。
1770年春天，卢梭决定迁往巴黎，戴莱丝想回巴黎的心愿终于实现。虽然巴黎的生活费用比在蒙魁镇高很多，但有了版税及马沙尔先生的帮助，他们应该还能生活得不错。他们先是住在古老的布拉屈斯镇，平日卢梭誊写乐谱和作曲，并且一直在撰写他的《忏悔录》，他隐秘地撰写这本书以免招致外界对他的恶意攻击。
卢梭写《忏悔录》的用意是要让世人知道他对自我的批判，这部作品是由卢梭向另一个卢梭质询的对话方式写成的。这种自我批判显示了卢梭理智的人格。
卢梭在这段时期维持着有规律性的生活，清晨起床，然后立刻到桌前工作，誊写乐谱，吃完早餐后，又在桌前继续工作，一直到下午，然后外出散步。有时，他和戴莱丝会相偕外出用餐；有时，他们会到山丘上欣赏夕阳或和邻居们做游戏，每次外出卢梭的心情都很愉悦。
与世长辞
卢梭在写《忏悔录》时，精神状态虽然很好，但性情却变得越来越孤僻，他不相信任何人，疑心重重，很少让别人进入他的书房，也甚少与朋友在一起，昔日的旧友都已经断了联络。他排拒外人，外人反而更想见见这位隐居者。格林借机发表文章，捏造一些有趣的故事，叙述世人急于想见这位隐士的情形。
卢梭虽然没有公开露面，但他偶尔会在几位女读者面前朗诵他的新作品，他声称官方查禁的只是他的书，他还有言论自由。他将他的《忏悔录》在一些贵族王室家中朗读，有时，从早晨一直读到午夜。卢梭在朗读时并没有删减任何细节，包括了他之前犯的错误，当他读到他把子女送到孤儿院时，许多女士都会同情地流下泪来。
他的读者不只限于女性，还有一些贵族人士。他们习惯于向他请教一些问题，立法者曾写信给他请求指导，或是亲自拜访他。
卢梭迟疑着如何处理他的《忏悔录》，因为法院查禁他的著作，这本书无法出版，他在法国没有一位挚友可以代为保管。
一次偶然的机会，卢梭遇见了昔日在英国的好友布司比先生，他将《忏悔录》已誊好的第一部分交给布司比保管。当其余的部分誊写完毕后，卢梭想将稿子再交给布司比，但他已经离开巴黎了。突然有一个念头闪入卢梭的脑中，他将《忏悔录》包好，在外层纸上写着：“付托给全能之主保管”，并且写下了他的祈愿：
公理与正义之神，受害者的保护者，请你接受我的献品，我将这手稿置于你的祭坛前，寄托给上帝保管。我是个不幸的人，孤独而得不到别人的帮助，并且还被世人嘲笑、讥讽、贬损。在过去的15年中，我遭受了比死还难受的屈辱，更令我觉得悲哀的是，我不知道这一切迫害的理由在哪里。
我没有辩解的机会，我与外界联络的权利也被剥夺。我对人类已经不存有冀望，因为他们充满了欺骗、诽谤和说谎。
我将我的作品托付给你保管，让它传到下一代手中，他们将从我的作品中看到一个既无怨恨，也不欺骗别人的人最后的命运如何，如果我的作品流入怨恨我的人手中，它一定会被毁灭或删改，我已经不在意这些了，因为我遵从了我的意志和思想。
卢梭带着《忏悔录》的手稿前往巴黎圣母院，打算将它放在圣坛前，基督的脚下。他迅速穿过布满鹅卵石的广场，经过拱门，向圣坛走去，但在栅栏之前，卢梭发现教堂已经上锁，无法进入。他的身体摇晃着，仿佛遭到了巨大的打击。
他头晕目眩地走回家，坐在桌前誊写其他稿子，那些作品充满了清晰的理论，都是人类思想史上无与伦比的精神食粮。此时，卢梭觉得内心十分郁闷，他激动地写了一篇《致所有爱好正义与真理的法国人》的宣言，并在街上散发给行人，这篇宣言很全面地显示了卢梭晚年时的心境：
法国人呀！这些曾温和并爱好和平的人民，你们竟变成现在的样子，你们怎么会变得如此不幸与孤独？你们为何要剥夺我的权利？为何要将我的残余岁月陷入苦恼、忧愁以及羞耻之中，还不让我知道原因？不让我辩解，甚至不准许我有发言的机会？我将把一颗无辜的心和一双无邪的手交与上帝，请求他赐给我一个庇护所。
路人对卢梭的这篇宣言并不感兴趣，没有人愿意看他的宣言，因为他们觉得文中所讲的人并不是指他们。社会上没有人真正关心这位标榜正义的疯狂者，虽然卢梭内心一直保持着对人类的爱，但社会民众对爱、真理、正义却毫不关心，除了少数几位理想主义者之外。卢梭希望能唤醒大众去关怀别人，但民众并不理睬。
1776年10月，卢梭在一个小镇附近散步，思考他目前的作品。这时一辆马车突然驶来，卢梭虽然及时避开了，但路边的狗受到惊吓向他扑来，卢梭惊惧交加，跌倒在地上。他躺在地上许久，嘴唇淌着血，全身都感到疼痛。当他忍痛走回家时，戴莱丝惊叫起来。这件事在当地报纸上被披露出来，有的编辑故意讽刺他而将报上的标题写成：“卢梭被狗践踏！”
卢梭受到外界新闻的骚扰，无法保持平静的生活，不过伤势复原之后，他一如往常地继续写作。他现在撰写的《孤独漫步者的遐想》，令他重拾年轻时的愉悦。这年冬天，卢梭一直隐居在家，甚少外出。1778年4月，清晨教堂的钟声激起了卢梭的灵感，他立刻在他的《孤独漫步者的遐想》中写下这样一段话：
自我初遇华伦夫人到现在已有50年了，她当时只有28岁，而我尚未满17岁，她对当时尚年轻的我所表现出来的宽容和爱护，让我一生难忘。那次初见改变了我一生的命运。啊！如果我那时能满足她的心愿就好了，我们如果能长久地在一起，那将会是多么美好的日子！
6月，传来了伏尔泰去世的消息，卢梭面色沉重，这使一位朋友大感吃惊，因为他知道昔日他们之间的芥蒂。卢梭向他解释道：“我与他的存在是互相关联的，他如今已死，我恐怕也将不久于人世！”卢梭与伏尔泰的思想虽然格格不入，但他们却都为人类思想史的发展作出了自己的贡献。
1778年7月1日，莫顿来探望卢梭，卢梭将《忏悔录》交给莫顿代为保管，并希望在他死后能出版问世。
次日清晨，卢梭外出到附近采集植物标本，但不久就因脚痛转回家中。喝完咖啡后，他对戴莱丝说，他准备到一个朋友家去教他小女儿音乐，并嘱咐戴莱丝要付款给锁匠。戴莱丝付款回来后，看到卢梭呻吟着说：“我感到胸口阵痛，脑袋也像是被敲打似的。”
这时是早上七点钟，外面天气晴朗，卢梭说想看看美丽的阳光，戴莱丝扶他到窗边，卢梭说：“天气如此晴朗，没有一片云，上帝是在等着我了。”说完这句话，卢梭就失去了知觉，与世长辞了。
次日，小镇上来了很多瞻仰这位思想家遗容的人，医生后来证实他是死于脑出血，当时外界有谣传卢梭是自杀而死，随后他被葬在波拉斯岛上。