波斯的南部有一个重要的城市，由希腊佣兵队长蒙农驻守。蒙农曾建议焚烧亚历山大军队沿途周边的田地，以断绝亚历山大的补给，但由于波斯的地方总督怜惜他们的财产，这个建议未被采纳。因此蒙农只能聚集部队，准备与亚历山大正面交战。当他得到消息说波斯舰队将很快地赶来支援，便率领军队打算奋战到底。对蒙农的攻击，亚历山大十分慎重，他很快地召集了所有的舰队，在敌方的舰队尚未到达之前，将港口封锁。他希望在时间上抢占先机。
经过一番考虑之后，亚历山大还是解散了他的舰队，而将主力放在陆军的攻略上。他认为海军舰队所花的经费太多，但作战的时候在质和量方面都非常薄弱，发挥不出多大的效用，他不跟波斯舰队正面遭遇，而打算在陆上先把他们击溃。他抢先占领了每一个港口，使波斯的军队没有办法停泊和登陆。亚历山大在这次战争中赢得胜利，但只是在陆军方面征服了叙利亚和腓尼基。以后的一年间，波斯军队在海上仍然非常活跃。半年之后，亚历山大坚决主张将解散的希腊舰队再次组织起来。
退守后的蒙农在小亚细亚的西南端建了一座坚固的城池，这座城易守难攻，有了它，不但可以确保波斯舰队的根据地不被破坏，还能够长期和亚历山大作战，使波斯有机会再度总反攻。波斯国王大流士三世十分欣赏蒙农的计划，将小亚细亚的军事行动都交给他指挥。亚历山大还是第一次见到这么坚固的城池，几次进攻都无功而返。这种挫败使他感到非常害怕，几乎想逃回希腊去。经历一番苦战，亚历山大几乎全军覆没，但最终还是攻下了这座城市。蒙农没有接受投降，他命所有的士兵分散逃出城外，又把整座城市放火烧毁。
远征的第一个冬天来临了，亚历山大让年轻的士兵们都回国去休假，而他自己并没有休息，他将沿海一带平定下来之后，再由内陆北上。到了第二年的春天，所有的士兵又再度集合。亚历山大率领军队夺下了波斯帝国一个又一个海军基地。
公元前333年春天，蒙农与亚历山大进行了非常激烈的战斗。蒙农拥有非常优秀的海上舰队，而这个时候的亚历山大却把希腊的舰队解散了。因此在海上的战争蒙农完全占据了上风。这时小亚细亚沿海诸岛都争相和蒙农结盟。
此时的蒙农不但有波斯的支援，同时也获得雅典的首肯，双方私下有秘密的协定；此外他更积极地希望能够直接打到马其顿本土，但是小亚细亚战云密布，他不敢轻易尝试这项大胆的计划。在整个战争中，他只是牵制住亚历山大的力量，这对他来说是不能满足的。他最大的愿望就是要把战场从小亚细亚再搬回希腊本土，尤其是马其顿本土。
他这种想法是否存在实现的可能呢？这是谁也无法知道的，因为一切还没来得及开展他就壮志未酬身先死，他的死使小亚细亚的局面立即转变。虽然蒙农的部下继承了他的遗志，可是小亚细亚的军事防卫却随着他的离世而土崩瓦解了。
得力干将突然离世，大流士如失去左右手，作战方针也变得消极退缩，亚历山大打算趁机攻下小亚细亚。就在这个时候却发生了一件意想不到的事：亚历山大经过长途跋涉，疲惫过度，有一天他在河中沐浴，忽然感到强烈的痉挛，最后竟失去知觉当场昏了过去。医生们诊断他很可能得了急性肺炎，已经危在旦夕，可他们没有一个敢替亚历山大治病，生怕万一治不好会被定罪，只有一个名叫腓力的医生挺身而出。在获得亚历山大同意之后，腓力开始了治疗。就在这个时候，一封又一封告密的信传到了亚历山大这里，内容都说腓力医生已被波斯王大流士收买，想加害亚历山大。可亚历山大却面不改色地喝下了腓力的药，并很快康复了。除了腓力的医术外，亚历山大的用人不疑也救了自己一命。亚历山大刚刚康复，传令兵便飞奔来报，波斯王大流士率领的大军离营地只有两天的行程。亚历山大听到这个重要的消息后立刻和将领们讨论作战计划。
波斯王大流士料想亚历山大一定会经过叙利亚关口而来的，因此选择了一处平原地带作为战场，他认为这里的地形对波斯大军展开作战十分有利。可是等待了一个月之久，大流士有点按捺不住了。
这时，波斯军获悉了亚历山大患病的消息，他们非常高兴，对这次的战争跃跃欲试。即将到来的显然是非常重要的一场战役，两军都摩拳擦掌，耀武扬威，急于要将对手打败。这时亚历山大把伤残的士兵留在伊苏斯，然后以最快的速度沿着叙利亚南下，朝波斯军队所在的叙利亚关口赶去。可是亚历山大却对留守的营地忽略了警戒，波斯人偏偏钻了这个空子，从后方占领了亚历山大在伊苏斯的营地，俘虏了所有的伤员和物资，截断了亚力山大的后路，然后在伊苏斯南20公里处安营扎寨，严阵以待，从而断绝了亚历山大的交通线。此举出乎亚历山大意料，他感到非常震惊。但他没有惊慌，在探明消息后，亚历山大决定击溃大流士的军队，为此将自己的军队折回伊苏斯。两军在河边相遇，亚历山大下定决心要迎战波斯军。
伊苏斯古战场位于叙利亚北部的河畔平原。河水的汹涌和河岸的险峻对波斯军的防御十分有利。可是也因为面临大河，阵容强大的波斯军很难在这狭小的平原上展开，只得化整为零。这一点对亚历山大来说倒是非常幸运的。可是身经百战的亚历山大在这个时候也很难隐藏内心的不安。根据史书的记载，在战争开始之前，亚历山大深感不安，不停地向海神祈祷。这位海神传说是奥德修斯的母亲，奥德修斯在最困难的时候曾经对着大海痛哭，如今亚历山大又一次自比为奥德修斯，向海神母亲求得安慰。
亚力山大率领马其顿大军稳步前进，不时停顿以保持阵型的完整紧凑。马其顿右翼的近卫骑兵率先进入波斯人的弓箭射程，正停下来等待左侧的近卫步兵方阵跟上来，河对岸的波斯弓箭手立刻万箭齐发，羽箭密集如雨。虽然波斯箭雨未能对亚历山大的骑兵造成多大的威胁，但有数十匹战马受惊狂跳。亚力山大见此情形，不等步兵跟上来，率先冲向敌阵，他的骑兵连队以楔形队形紧随其后。马其顿骑兵冲进河中时又遭遇波斯部队迎面而来的弓箭直射，但这仍没有挡住亚历山大，反而在大概三次齐射的时间里，亚力山大已经率领近卫骑兵冲到近前。对面的弓箭手吓得魂飞魄散，转身便逃。慌不择路的波斯逃兵冲乱了后面的阵型，接踵而至的马其顿重骑兵如摧枯拉朽一般突入波斯步兵阵营，而马其顿步兵各个方阵也陆续过河迎敌，将波斯防线的缺口越撕越大。由于波斯步兵方阵异常密集，马其顿重骑兵突进敌阵以后很快就被人海堵塞得寸步难行。骑兵习惯于高速冲击，并不擅长在狭小空间里同步兵肉搏，这时马其顿跟进的步兵投出手中的长矛以后，纷纷拔出短剑冲入敌阵与敌人近身厮杀。在马其顿军队各部队协同作战的凌厉攻势之下，波斯左翼阵线不久便土崩瓦解。几乎在亚力山大率领骑兵发动进攻的同时，波斯右翼的铁甲骑兵也向马其顿左翼远端发起冲锋。由于这里的战场宽度不足500米，波斯骑兵不得不逐次投入兵力。第一波的数千铁甲骑兵组成密集队形冲到河对岸，朝600希腊骑兵猛扑过来，很快将他们击溃，然后左转向马其顿左翼阵线的侧后迂回包抄，从两面攻击2000弓箭手和标枪手。马其顿左翼阵线岌岌可危。在这关键时刻，亚力山大部署阵后方的重骑兵发动反击，猛攻波斯骑兵的右侧，一举冲散了敌军的队形，逼迫波斯骑兵后退重新集结，并不断向忙于集结的波斯骑兵发动连续短促的突击，最后将波斯人驱逐到河对岸。
而另一队马其顿方阵冒着箭雨艰难地爬上陡峭的河岸，越过波斯人设置的障碍，向波斯阵线的希腊雇佣军发起进攻。过河以后，许多马其顿士兵受地形阻碍没能跟上，这样密集阵前沿就出现了许多缺口，而右侧同亚力山大的近卫步骑兵已经脱节，希腊雇佣军所期待的战机终于出现。大批手持圆盾和短剑的希腊雇佣军士兵立刻冲进马其顿阵线的缺口，猛攻密集阵暴露的部位，马其顿步兵不得不扔掉长矛，拔出短剑格斗。伊苏斯这场战役中最血腥残酷的一幕发生了。双方士兵风格相似，实力相当，彼此以死相拼，杀红了眼，仿佛希腊和马其顿两个民族之间的新仇旧恨要在此一并清算。马其顿阵营伤亡惨重。希腊雇佣军逐渐将马其顿军队逼退。而在波斯左翼溃散以后，马其顿的右翼在亚力山大的指挥下向左旋转，开始攻击希腊雇佣军的左翼，而亚力山大率领近卫骑兵从侧后方直扑大流士。波斯的希腊雇佣军抵挡不住来自两面的攻击，不久阵型就瓦解了，但是顽强的雇佣军士兵们依然三五成群和步步逼近的马其顿密集阵殊死搏斗，想起格拉尼库斯战役中那些希腊雇佣军的下场，他们个个抱定了必死的决心。亚力山大手持长矛冲在队伍的最前面，完全不顾自己的安危，近卫骑兵在主帅身先士卒的感召之下奋勇向前，很快马其顿骑兵就冲到了大流士的2000禁卫骑兵阵前。以大流士的兄弟为首的一批波斯贵族和他们的卫队全力护在大流士的周围。但在这场混战中，波斯人几乎无组织地单打独斗和马其顿人的组织纪律性形成鲜明对比，大流士的战车周围，阵亡将士的尸体堆积如山。厮杀中大势已去的波斯王充满恐慌的眼睛正好与亚历山大炯炯的目光不期而遇，慌乱中波斯王在马车上猛力挥鞭，绝尘而逃。丧失了总指挥的波斯军队瞬间土崩瓦解，亚历山大紧追不舍，直到波斯王逃进了山中，亚历山大才勒住了马缰停止追击。
击败了波斯王，东征已经取得了一定的胜利，但亚历山大并不满足，他觉得通过波斯，进而占领整个亚洲才是他的目标，这个时候的亚历山大已经感觉到，统治亚洲的大业已近在眼前了。
初战告捷
理想与现实之间总是隔着重重阻碍，为了实现攻下波斯、统治亚洲的目标，亚历山大还要面对波斯的海军基地腓尼基和叙利亚，还有流淌在前方的尼罗河，这些险阻都是亚历山大实现理想的必经之旅，但雄心勃勃的亚历山大怎么会就此停下前进的脚步呢！他理想的征途，才刚刚开始。
在清理战场的时候，过惯了朴素生活的马其顿军队被波斯王遗留在战场上的那些金银器皿和镶嵌了珠宝的日用品惊得目眩神迷，波斯王的奢侈和贪欲令他们瞠目结舌，甚至连豪华的浴缸都被带到战场上来。亚历山大看到这情景，感慨地说道：“这才像一个帝王的生活！”这次战役中亚历山大俘获了大流士的家属，包括他的王妃、孩子及年迈的母亲，亚历山大对他们都以礼相待。
当亚历山大攻占北部叙利亚各城市的时候，曾经接到大流士的投降书。大流士的要求非常简单：第一是希望送还被俘的家眷，第二是维持友好同盟的关系。可是，面对这封以长辈的口吻求和的投降书，亚历山大却措辞非常严厉地回复道：“这次大举进攻波斯，并非是报复百年以前的波希战争之耻，而是由于父亲腓力被暗杀，以及波斯对腓力明显的敌对行为。波斯曾经不惜重金来分化希腊诸国，为了维护希腊的和平我才兴兵讨伐。”接着他又很不客气地回复道：“今后，你若要再呈投降书，应当以写给亚洲盟主的态度才行，我们之间绝不是平等的地位，现在我已经拥有你全部的财产，你如果还想以帝王自居的话，那就不应该逃走，即使你逃到天涯海角，我也绝不会放过你的。”
可亚历山大并没有太多的时间耗费在追逐大流士上，因为波斯的海军仍然牵制着亚历山大。虽然亚历山大已经另外组建了希腊海军，而且也抑制了原先十分活跃的波斯海军，但当时最有效的做法就是先去占领成为波斯海军基地的叙利亚和腓尼基。如果不能把这个问题彻底解决，亚历山大陆上的补给线将很容易被对方切断，从而腹背受敌，到那个时候，亚历山大的处境就很危险了。在战场上，一着错就全局输，因此每一个步骤都要经过缜密的计划才行。目前的当务之急就是要控制地中海的东部，包括埃及在内。
太尔城是腓尼基最大的商业中心，它是一个完全离开大陆的岛上城市。和腓尼基本土的旧城完全不同，这个离岛城市周围四五公里都被高耸的城墙围绕，是个易守难攻的城市。亚历山大获知太尔城所供奉的神和自己的祖先有关，希望能进城去参拜。但当地市民担心亚历山大以此为借口进行侵略，便委婉地拒绝了他。不久，战火终于在这种不友好的氛围中被点燃了。