开庆元年（1259年）正月，弟弟文璧要赴京应试，文天祥就陪他走水路，取道长江，一起来到临安。五月殿试完毕，文璧这次也考中了进士。
这时候，有旨召文天祥入宫，授承事郎、签书宁海军节度判官厅公事。三年前，文天祥中进士后因父丧没有行门谢礼，因而这次要补行之后才能赴任，就这样又拖延了一些时候。
就在这个时候，国家形势变得紧张起来。
蒙古在完成了对南宋的大包围后，于公元1258年发动了第二次蒙宋战争。
蒙古大军共分三路：中路军由蒙古大汗蒙哥亲自率领，南下四川，直扑重庆；南路军从云南出发，经广西，直扑长沙；北路军由忽必烈率领，直扑鄂州（今武汉）。三路军计划在鄂州会师，然后顺江东进，直取临安，企图一举灭亡南宋。
1259年九月，忽必烈引兵南下，渡过淮河，进入大胜关，并且已经在围攻鄂州了。
消息传来，朝野上下慌成一片，大家心乱如麻。正当早朝的时候，又有快讯传来：“报告陛下，边防吃紧，北兵自湘北黄州沙武口渡江，节节东下。”
皇帝立刻下令，命贾似道为丞相，统率着江西两处人马，北上救援。而朝廷中怕死的官吏一听到这个消息，便大呼小叫地纷纷请求皇帝迁都，迁都，赶快迁都。
胆小如鼠的宦官董宋臣极力劝理宗皇帝迁都四明（今宁波），他还振振有词地说：“四明靠海，如果蒙军逼近，可以乘海船逃走。当年金兀术渡江时，宋高宗就是由临安到四明，乘海船才保住性命的。”
理宗也不知该怎么办才好，没有什么定见。
军器太监何子举说：“陛下要三思啊，如果陛下迁往四明避难，那么京师里百万百姓必定生灵涂炭。”
御史朱貔孙也跟着说：“銮舆一动，守边将士必将军心瓦解，若有盗贼趁机四起，必将举国动乱。”
这只是少数人的意见，而董宋臣在当时是最有势力的，他还是一味地怂恿理宗逃跑。这个董宋臣因为受理宗宠信，恃宠弄权，不可一世，人们把他称为“董阎罗”。
这时朝廷中笼罩着失败、逃跑的气氛，南宋处于极端危急的境地。
迁都消息一传出，临安城里顿时风声鹤唳，达官贵人都收拾行装，准备逃往别处，一般百姓惶惶不可终日。文天祥还没有就任，不能用职衔向皇帝上书，便以“敕赐进士及第”的身份，写了那篇著名的《己未上皇帝书》。
他在奏章中写道：“目前，三江五湖的险要之处还没有落入敌人的手中。我们拥有六军百将之雄，并不比他们弱。陛下若能效法勾践卧薪尝胆的精神，勤于政治，鼓励士气，那么人民必定同仇敌忾，寇贼之死就在旦夕之间了。
“征兵抗敌，乃是名正言顺的事。如果以每20户征一兵，一郡有20万户，就可以得到精兵一万。再合数州郡为一镇，一镇就有精兵两三万，诸路各镇，立刻可以征到十余万精兵。只需半个月的时间，天下云动雷合，四方响应跟从，贼寇就可驱逐出境，中原也能收复了。陛下何必为宗社而惴惴不安呢？”
他还在奏章中揭露了董宋臣的罪恶，指出：蒙古势力之所以能深入，是因为朝廷失去民心，民心之所以丧失，是因为官府压榨太甚。而聚敛财富、刮民脂膏这类事情，是皇帝身边人带头干的。现在天下人都在愤然怒骂，指斥权宦当道，言路阻塞，君民上下隔绝，奸邪为所欲为，弄得国事不可收拾。
近来丁大全虽已革职，董宋臣依然执掌大权。此刻董宋臣又煽动迁都逃跑，动摇军心民心。如果按这种意见办，则“六师一动，变生无方，臣恐京畿，为血为肉者，今已不胜计矣！小人误国之心，可胜诛哉！”因此，恳求“陛下以宗庙社稷之故，割去私爱，勉以分众”，将董宋臣“付之有司，暴其罪恶，明正典刑，传首三军以徇”。
理宗将这道奏疏暂时搁置起来，既没有杀文天祥，也没有斩董宋臣，倒是迁都的浪潮平定下来了。
因为迁都的主张是董宋臣提出来的，附和他的人很多，就连丞相吴潜也没有提出什么异议。吴潜认为皇帝是国家的象征，只要皇帝安全，国家还是有希望的。自己身为宰相，守土有责，当然不能离开京师。
理宗便问他：“卿家为何不与我同行？”
吴潜说：“臣当留守临安，以便抵御敌寇。”
理宗忽然起了疑心，便说：“卿家是想效法张邦昌？”
原来理宗皇帝怕自己一走，吴潜乘机在临安另立国家，所以才决定留在杭州。