特许经营费通常包括加盟费、使用费，以及其他约定的费用，如管理费、培训费、广告促销费等。
加盟费常常在签订特许经营合同后，按合同约定一次性收取。
使用费（又叫权益金），是特许人为持续向加盟商提供服务与支持而收取的费用，因此收取方式上是根据合同约定按一定周期一定比例收取，如按加盟店营业额或其从特许人处采购原料金额的一定比例收取，也有按固定数额收取。
其他约定的费用是根据合同约定的缴纳方式及金额，并且在合同中应明确所收取费用的使用原则及对使用的监督进行规定。
这里应注意的是保证金的收取问题。保证金是为确保加盟商履行合同，以保证加盟体系的一致性，特许合同中都要求收取一定金额的保证金。在签订合同后，按合同约定缴纳；合同解除时，被特许人无合同约定的违约行为发生时，应全额退还。因此保证金不列为特许经营费。
案例1-7
澳德巴克斯的特许经营费的收取包括以下内容。
（1）澳德巴克斯向被特许人收取的费用主要包括加盟费、商标/专有技术使用许可费和系统使用费。
1）加盟费：10万元/店（加盟时一次性付清）。
2）商标使用/技术使用许可费：主营业务收入技3%。（主营业务收入指店铺销售额减去增值税后的余额，但营业税不予扣除，每月收取。）
3）系统使用费：5000元/月/店（每月收取）。
（2）广告促销费。广告促销费涉及总部品牌宣传、形象宣传的部分由总部承担，单店为促进销售而实施的宣传由各店承担。
1）加盟法人应当充分利用澳德巴克斯体系进行有别于他人的并具有一定水准的店铺建设和广告宣传，同时应积极开展经营活动，给客户广泛提供各类商品和服务，并通过以上活动宣传澳德巴克斯体系的良好形象与澳德巴克斯体系的经营理念。加盟法人应努力开展店铺经营，为社会做出贡献。
2）为促进澳德巴克斯加盟体系或部分店铺的销售，总部将依据规划为澳德巴克斯加盟体系或部分店铺实施广告宣传活动（企业广告、营业方面的广告宣传等）。加盟法人应按双方协商确定的比例承担广告宣传费用。
3）为确保澳德巴克斯加盟体系形象的统一及整体的广告宣传效果，有关店铺营业的广告宣传必须全部依据总部的规划实施，且由加盟法人承担实施费用。牌匾类广告（户外广告牌、显示店铺的广告牌等）的设置场所由总部与加盟法人依据中国法律规定协商决定。
4）多家加盟法人共同进行店铺营业的相关广告宣传时，由总部进行规划，其费用由该多家加盟法人按总部规定的比例承担。
5）店铺促销活动由总部与加盟法人协商之后进行规划，由加盟法人承担实施费用。
6）为确保澳德巴克斯连锁整体的广告宣传效果，加盟法人欲单独进行促销活动、广告宣传活动的，须事先取得总部的书面同意并在其指导下开展活动。其网络宣传活动参照上述规定实行。
（3）培训费。
1）开业前培训。开业前培训包括干部培训、新人培训等，目前基本不收费。培训中心建成投入使用后将另行规定。
2）开业后培训。开业后培训是指为保持店铺作为澳德巴克斯连锁店的店铺风格、店铺内销售商品的品质、店铺的运营方法、营业方法及服务水准，总部指定的员工、店长及加盟法人责任人应当接受总部的继续指导和培训，在本合同期间内参加总部规定的各种例会、临时会议、教育、研修以及随时召开的各种学习会及研修会等。该会议及培训的参加费用由加盟法人负担。
（4）设备维修费。目前店铺设备采购采取总部推荐、店铺选择采用的方式，由店铺自行购买并负担设备维修费用。
1.特许权益金的收取
影响一个特许体系确定特许权益使用金比例的因素包括：特许者将要提供的支持、特许者授权业务的利润率、特许者品牌的价值，以及特许者所在行业的性质等。
海外经营较成功的特许品牌在设计特许加盟费和权益金的比例时有一个规则，即特许加盟费只占合同期内加盟商向特许者支付全部费用的8%左右，而经营期间收取的权益金却占到加盟商支付全部费用的92%。目前，这一点在中国本土特许企业中极难做到。
特许总部在征收权益金时常常会有四种方法：按固定值收取、按营业额比例收取、按利润额比例收取及按配送金额比例收取。中国连锁经营协会《海外特许品牌中国发展报告》结果显示，77%的企业按营业额比例收取权益金。
按营业额作为依据则要求特许总部的信息化管理技术高，同时还需要有一个诚信的社会大环境。目前，在国内从事特许经营的企业也有些变通做法。如：
（1）21世纪不动产在特许权益金的设计上采用固定比例与最低额度相结合的方式。
（2）北大青鸟通过总部严格掌控各个教学中心的学员证书的发放来掌握各个中心的招生情况，以此数量作为权益金的收取依据。另外，对于不按合约要求缴纳广告促销费的加盟中心，北大青鸟总部在所有广告活动或宣传材料中，不将此中心的名称、地址及联系方式罗列入教学中心名单中。北大青鸟的吴震总监介绍，“这种做法对总部或是其他加盟中心来说，都是公平合理的。之前出现过不想交纳广告促销费却又想从中得利的加盟中心，后来发现无机可乘，立即就补上了。当然这些也都要基于总部的广告宣传活动能够为加盟中心创造实际价值。”
特许人需要建立一个有效的机制，确保加盟商在使用了运营体系和商标品牌后，交纳了权益使用金。特许使用费常常是以销售额为交纳依据，因此，为了确保加盟商提供的销售信息是准确的，一些特许人要求其特许加盟商使用特制的电子收银机系统，这种收银机不能消除或更改销售记录，使加盟商在报告销售额方面很难做手脚。还有一些特许人在合同中保留对特许加盟商的审计权，并对那些申报虚假销售额的加盟商加以处罚。审计发现少报销售额超过2%时，这些审计费用就由加盟商承担。而且，特许人发现加盟商少报销售额时，一般都会对他们加以罚款，或者以此作为终止特许经营合同的理由。
2.特许广告基金的收取
实践中，特许人常常在制定广告基金的收取比例以及征收方式上遇到困难，而且各个公司之间存在差异。这主要是因为各个特许者为了管理各自的业务经营，采取了不同的战略。如果在建立全国性广告基金时采用了销售收入百分比费率，特许体系中那些规模最大的特许加盟商在广告预算中就会交纳较大的份额。因此，如果做广告带来的收益相对于经营规模是收益递减的，那么，那些规模最大的加盟商在全国性广告基金中交纳的每一元所获投资收益就将是最低的，从而，他们就很可能对于这种全国性广告基金的安排满腹牢骚。相反，如果做广告对经营规模来说是收益递增的，实行固定费率的广告基金收取方式，经营规模大的加盟商受益就会比规模小的加盟商多，这样，经营规模小的加盟商就要开始抱怨了。基于以上原因，在为特许体系建立全国性广告基金时，要考虑到所处行业的广告收益的性质，以决定选择哪种方法来收取广告费用。
例如，美国IFA（国际特许经营协会）的统计数据显示，大约有72%的特许者设立了全国性广告基金。然而，在各个行业中，全国性广告基金的采纳情况相差很大：在商务服务业的特许经营中，只有48%的特许体系设立了这个基金，而在餐饮业中，高达88%的餐厅使用全国性广告基金。导致这种差异的一个原因是各个行业中业务经营对广告的依赖程度不同。有些行业（例如餐饮业）在开展业务时，非常依赖广告吸引顾客；而另一些行业（例如商务服务业）则更依赖于顾客的口碑来拓展业务。
21世纪不动产从创立之初就设立了广告基金（NAF），从营业收入中提取固定比例的资金，作为品牌运营的物质保证，并成立全国市场委员会，对该基金的使用进行统一的管理和监督，每年初总部及市场委员会制定广告投放计划，年中跟踪，并在年底以专项审计报告的形式公布基金的全年使用情况。每位加盟者按月缴纳公共广告基金，由全国市场委员会和区域市场部管理并用于全国品牌推广和当地的业务推广，这样每个加盟者可以从更高层面的更集中的市场宣传带来的品牌认知度提升中受惠。