虽然我国能够对网络媒体进行管理的部委不下10个，但主要是4个部门在管理网络媒体。网络报纸、手机报、门户网站的新闻内容由国务院新闻办负责，网络电视、网络视频、手机电视的内容管理由国家广播电影电视总局负责，网络出版、手机出版由新闻出版总署负责管理，内容涉及违法犯罪的由公安部门负责。
我国目前的网络媒体管理制度存在的问题，其产生的根源在于没有脱离传统行政手段和行政意识的桎梏，没有从促进产业发展的角度，没有以侧重保护网络媒体的最终用户为出发点。它在一定程度上限制了网络媒体的新鲜活力及无限动力，束缚了新的媒体传播方式所给新闻业带来的勃勃生机。
2.网络媒体管理实践中的困惑
网络媒体作为高新技术的产物，是在行业的交叉地带发展起来的，横跨多个行业，产业链条复杂，其发展速度之快，带来的问题之复杂，超越了目前普遍的认知水平和管理水平，出现了管理责任不明、管理依据不足、管理力量薄弱等问题，也出现了行业发展受利益驱动明显、知识产权保护不力、产业生态环境恶化等问题。
管理责任不明。网络媒体管理涉及不同行业和产业部门，在管理上存在很多不明确的地方。比如，是按媒体属性由意识形态主管部门来实施管理，还是按产业属性由信息产业部门来实施管理？这些问题都还没有准确答案，不少业务没有明确的管理主体，没有纳入管理视野。
管理依据不足。以手机报纸、网络电视为例，具有什么样的资格可以开办手机报纸、网络电视？是否现有平面媒体都可以自动获得这种资格？能否允许新的主体运营？如何对网络媒体的内容进行把握和引导？网络媒体的版权问题如何保证？
管理力量薄弱。一些新兴的网络媒体业务已发展到较大规模，但还没有纳入管理视野，形成管理真空地带。
知识产权保护不力，侵权盗版严重。在网络媒体的知识产权保护中，最大的问题是侵权存有零成本、隐蔽性、迅速性、全球性以及罪证难以收集等特点。简言之，侵权非常容易而维权却十分困难。
二、网络媒体管理的变革
网络媒体传播信息数量庞大、内容繁杂、形式多样，信息的发布、传播、处理等具有隐蔽性、传播快、影响面广等特点，信息的发布者、传播者、接收者不容易掌握；参与网络媒体新闻传播业务的既有各类企业，又有新闻媒体，主体复杂。所有这些，都使网络媒体传播的内容管理更加复杂。
对网络媒体，应当坚持发展与管理并重，通过科学规范的管理促进健康有序地发展；应当坚持趋利避害、为我所用，充分发挥这一新兴传播载体的独特优势。
1.明确网络媒体定位
目前网络媒体，缺乏作为一个真正意义上的媒体应该具备的丰富的原创内容、健全的采编体系、完善的运作机制、专业的从业队伍，也缺乏作为一个真正意义上的媒体应该具备的公信力和社会地位。应该看到网络媒体开展跨界技术整合和内容整合是大势所趋，看到网络媒体将创造出一个巨大的媒体市场，从而将网络媒体作为一种独立的媒介加以对待。要从政策上加以明确，从发展上加以引导，从管理上加以规范，打破不同行业和产业的壁垒，在通信业务与传播媒体的互动、互补中找到新的合作和发展模式。
2.推动新闻媒体拓展新的发展空间
网络媒体是一种全新的传媒形态，新闻媒体正面临着发展壮大新闻事业的良好机遇和广阔天地。当前整个互联网正从门户时代向服务时代过渡，从桌面互联网向掌上互联网转型，在移动互联网实现终端融合、业务融合和网络融合，预示着互联网产业的重新洗牌，主流媒体完全可以有新的、更大的作为。主流媒体要努力适应形势的发展变化，熟悉和掌握科技发展的最新成果，积极运用先进的通信手段，充分发挥自己权威的传播地位、丰富的信息资源、良好的管理经验、过硬的人才队伍以及稳定的受众群体等优势，转变观念，创新思路，实现传统媒体业务与新型传播手段的有效结合，拓展新的发展空间。
3.学会运用网络媒体、打造新兴舆论阵地
新闻和信息的合理运用是政治成功的关键。合理运用新闻和信息，就必须遵循新闻传播原理，加强对各种媒体的科学掌控和运用。特别是面对现今时代多元化、即时性、多样性的舆论生态环境，必须积极运用网络媒体这一最新的传播载体，顺应新闻规律，提高传播技巧，主动设置议程，及时发布信息，努力占得舆论引导的先机，把握正确的舆论导向。
要创新新闻宣传理念。网络媒体对传统新闻传播理念造成的冲击开始显现。网络媒体受终端显示屏、用户使用习惯等的制约，体现出自身独有的传播特点和规律。变革传播观念，探索传播技巧，关系到网络媒体新闻宣传成效，关系到网络媒体竞争力强弱。网络媒体与传统媒体在新闻宣传中要“求同”，也要“求异”，即在新闻宣传内容的政治方向、价值取向上必须一致，在新闻选择、话语结构、信息形态、传播方式方面则要体现出差异性。
要创新网络媒体内容。网络媒体要发展壮大、走向成熟，一定要量体裁衣，有适合自身传播的信息内容。要研究用户需求，丰富服务功能，针对用户群体的差异、接收心态和阅读习惯的变化，运用体现网络媒体特征的语言、内容和表达方式进行新闻传播，不能照搬照抄传统媒体的内容。
网络媒体相关业务发展很快，要密切关注发展态势，适时制订发展规划，着手打造主流网络媒体网站，建设无线互联网上权威的综合信息发布和服务平台，给予必要的政策支持，不失时机地占领新闻传播制高点。
4.推动行业自律，强化自我约束
要坚决禁止违法和不良信息通过网络媒体传播，尊重和保护知识产权，维护公平竞争的环境。
5.在注重发挥各个部门独立作用的同时，完善协调机制
目前，具有网络媒体管理职能的诸多职能部门，已经发挥了一定的作用。然而对于很多交叉问题，尤其是在联合管理时，沟通的渠道仍然不足。由于网络媒体本身具有的开放性，涉及的相关组织必然很多，协调职能迫切要求加强。
对网络媒体这一新兴事物，从理论到实践、从内容到技术都还处于探索之中，迫切需要加强相关领域研究，为行业发展提供指导帮助。
三、尊重网络媒体发展的特殊规律、创新网络媒体管理的原则
网络媒体有其特殊的产业发展规律与技术特点。在制定有关网络媒体的政策与法规时，要避免鸵鸟政策。
政策制定与立法原则应该是顺应和促进网络媒体产业发展，规范与发展并重。网络媒体可以依据不同的标准分类，按照其与传统媒体的关系，网络媒体可以分为：不依托传统媒体的网络媒体，依托传统媒体的网络媒体。前者管理难度大，但是代表了产业主流与方向。后者可以比照传统媒体的管理模式，管理难度小，但是从网络媒体发展走过的历程来看，后者受制于已有的管理模式、人员结构、思想观念、资金运作等因素，很难成为新兴产业的主体。我们的政策法规不应该制约前者的发展。
我们目前对网络媒体内容的管理存在一个严重问题，就是重“规范”轻发展。政策法规本应该是促进网络媒体产业的发展，而事实却是许多政策法规在制约其发展。