9月22日，国共两党正式建立第二次合作。中共发表《抗日救国十大纲领》，动员全国人民进行全面抗战。红军经过改编，成为国民革命军第八路军和陆军新编第四军。国民党军队承担的正面战场同共产党领导的八路军、新四军以及其他人民军队开辟的敌后战场相互配合，开始了长达八年的抗日战争。
§§§第十三节 南京大屠杀
1937年凇沪会战结束后，日军直逼南京，企图用武力迫使中国投降。12月9日，日军开始大举攻城。15万南京守城部队与日军交战三四天就全军溃败。守城总司令唐生智仓皇而逃，中国军队被迫撤退。
12月13日，日军侵占南京。谷寿夫师团从中华门进入南京，血洗了聚集在中山北路、中央路的难民区，南京大屠杀拉开了序幕。14日，日军又在汉西门外集体屠杀难民和非武装军警7000余人。15日，日军将俘虏的南京军民9000多人押到上元门外鱼雷营边，进行了集体屠杀，仅有9人幸免遇难。16日，日军在下关煤炭港、鼓楼四条巷杀害中国人数万名。18日，在杀人比赛谷寿夫的指挥下，日军将被囚禁在幕府山的男女老幼五万七千多人，以铅丝捆扎，驱赶到下关草鞋峡，用机枪射杀。一些躺在血泊之中但还能挣扎的人，都被用乱刀戳死，尸体被浇上煤油焚化，还有一些被扔进了长江。
这场屠杀进行了六周。日本人以“搜查中国逃散官兵”为由，随意闯入百姓屋子里烧杀抢掠，见到青壮年男子当场就开枪射杀。对于在战场上抓获的中国官兵，或是集体枪杀，或是挖坑活埋。他们用尽一切灭绝人性的手段来残害南京的军民。他们把人头砍下后，就挂在城外的铁丝网上。有人叫骂怒视，就猛锥他的眼睛，再用刺刀穿破喉咙。至于焚尸灭迹，奸杀妇女的事情更是经常发生。日本人为了取乐，甚至搞起了杀人竞赛。日本的报纸《东京日日新闻》上以“杀人记录超百人”为题，刊登了日本士兵手拿战刀准备杀人的照片。杀人最多的一个日本士兵，竟然一连杀了106个中国人。南京顿时尸骨遍地，血流成河。
在长达六周的南京大屠杀中，仅被集体枪杀和活埋的中国军民就达19万人，零散被杀害能找到尸体的有15万人之多。中国军民在这次屠杀事件中遇害人数将近40万。这次事件日军手段之残忍，杀害的人数目之多，在现代战争中是罕见的。就连一个德国法西斯者在给德国政府做的报告中，也说日军简直就是“兽类的集团”。日本无条件投降以后，南京大屠杀的两个指挥者谷寿夫和松井石根被判处死刑。
§§§第十四节 皖南事变
在抗日战争中，中国共产党领导的人民武装在敌后日益壮大，引起了蒋介石的强烈恐慌，他又掀起了一股破坏国共合作的逆流。
1939年1月，国民党确定了“融共、防共、限共、反共”的方针，掀起了战时的第一次反共高潮。共产党针对这种情况以“有理、有利、有节”为斗争原则，坚决抵抗国民党军队，彻底粉碎了第一次反共高潮。1940年7月，新四军渡过长江，向苏北发展。蒋介石再次命令国民党军队向新四军进攻。新四军以少胜多，大破敌军。国民党见在苏北无法抑制新四军的发展，便蓄意消灭在皖南的新四军，发动了第二次反共高潮。
1940年10月，国民党当局指使何应钦、白崇禧以国民党政府军事委员会参谋总长的名义，打电报给朱德、彭德怀、叶挺，指责八路军、新四军自由扩充，吞并友军，限令新四军在一个月内全部撤到黄河以北。中国共产党严词拒绝这种无理要求，揭露国民党的反共阴谋。同时为了顾全大局，共同抗日，他们答应将皖南新四军调到江北。
1941年1月6日至14日，新四军军部与所属部队9000人走到皖南泾县茂林地区，遭到国民党7个师8万余人的重重包围攻击。新四军顽强抵抗七昼夜，终于因为寡不敌众，除了两千余人逃出包围圈外，大部分壮烈牺牲，一小部分被俘，军长叶挺被扣，政委兼副军长项英遇害。这就是震惊中外的皖南事变。
事后，蒋介石宣布新四军为叛军，取消番号，将叶挺“交军法审判”。中共中央与国民党针锋相对，严厉谴责国民党反动派的暴行，并任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，1939年3月，军部合影。重建军部。周恩来于1月18日在重庆出版的《新华日报》上写了“千古奇冤，江南一叶，同室操戈，相煎何急！”的悼词，冲破国民党的封锁，把皖南事变的真相公布出来。
国民党反动派置民族危亡于不顾，残杀新四军的行为，遭到国内各方面的反对。国民党左派人士、民主党派和民主人士纷纷发起对国民党当局的抗议活动。英国和美国担心日本独占中国，也不赞成国民党发动内战。形势如此，国民党的第二次反共高潮只能悄然收场。
§§§第十五节 日本战败投降
抗日战争到了1941年出现了转机。日本侵略者见一时之间难以征服中国，就开始将战场转移到别的地方。
1941年12月7日，日本出动飞机偷袭美国海军基地珍珠港，击沉击伤美国主力舰8艘、战斗机230架。太平洋战争爆发，英美对日宣战。日本节节胜利，在半年的时间里就先后攻占了香港、新加坡、菲律宾、印度尼西亚等地，控制了几乎整个东南亚。
日本投降（油画）1945年9月9日，中国陆军总司令何应钦接受日本侵华
军总参谋长小林浅三郎递交的投降书。1942年，美军开始了对日本的反击战，逐渐掌握了战争的主动权。1944年，日本四面受敌，陷入被动。但日本并不甘心失败，从1944年6月开始，日本发动了对中国的一系列猛攻，企图迫使蒋介石政府投降，以解燃眉之急。
就在这时，美军开始大规模进攻东南亚的日本占领区，并对日本本土进行轰炸；1945年4月，八路军、新四军等抗日武装从敌后对日军发动了攻击，争取到了战略上的主动权，7月，国民政府军事委员会宣布全面反攻。8月6日，美国空军在日本广岛投下了第一颗原子弹，造成了40万人伤亡。8月8日，苏联军队进入中国东北，击溃了日本关东军。8月9日，美国空军在日本长崎投下了第二颗原子弹，伤亡10万多人。8月10日，朱德连发七道命令，命八路军及所属部队向全国各地进发，迫使日军投降。
在这种情况下，日本政府被迫于10日下午通过瑞士正式向中国转达投降请求。消息传到中国后，举国振奋。人们四处燃放炮竹，狂欢庆祝。重庆的市民们骑着车敲锣打鼓，绕城相告。在上海，人们自发地上街游行，欢呼中华民族的解放和胜利。抗日根据地接到消息后，迅速组织宣传队奔赴农村，传播胜利的消息。晚上，人们用木头棍扎成火炬，游行欢庆。
8月14日，日本最高首脑会议在日本皇宫防空室里举行，讨论无条件投降的诏书问题。8月15日，日本天皇正式播发《停战诏书》，宣布无条件投降。9月2日，在美国密苏里号军舰上举行了日本投降签字仪式。中国代表在投降书上签字，接受投降。9月9日，中日双方在南京举行受降典礼。历时八年的抗日战争终于胜利结束了。