在聚结同好探索文学新路的同时，叶圣陶、刘延陵、朱自清等人又和中国公学的舒新城一道，借鉴湖南一师等校的做法，进行新教育改革的大胆尝试，“对于学生抱定诚恳态度，事事予以切实之指导，以期其成为有用之才”，比如为学生健康计，便规定全校早操，师生一道于每天早晨6时50分上操场；为学生课外生活计，提倡课外活动，且尤其注重师生共同生活。在学制上，舒新城与八位“新青年”教员一道，也进行了前所未有的革新与改变：为谋学生毕业后能在升学与职业两方面均获便利计，将毕业期间由四年改为五年，且于三年作一段落，注重基本学科；并于第三年起设相当范围的选科以适应个性；后两年分为文、理、商、师四系，于必修科外兼设选科，使学生就其性能与经济能力分别选系；为整齐学生的学业计，打破年级制而用能力分组制，使学生依其各科之学习能力，按科进修；更采学分制，使学生可按其能力努力进修，在规定年限以内提早毕业（五年课程，如学生能力优，平时努力而又在每年暑假补习者可于四年或四年半毕业），能力不及者可延长毕业期限。
这一群年轻人，怀揣着新教育改革的梦想，每天聚集在中国公学里，谈文学，谈教育，谈改革，甚而有通宵达旦的畅述与论争，将在湖南一师、浙江一师等学校未尽的教育尝试，进一步付诸实践。
一切，似乎都那么顺利。不料，7月20日，中国公学董事熊希龄、王家襄过沪，由张东荪引导到校参观，李荫秾随行。在此过程中，张东荪与李荫秾言语之间大起冲突，不欢而散。李荫秾本是事实上的校长，执掌学校大权，现在被一个毫无教育经验的人抢了风头，自然十分不快。
张东荪倒不理会这些，自认是王敬芳再三礼聘的教务长，对于学校改革，自有决定之权，于是，果断决定将学校招生计划及改革计划刊登于《时事新报》之上。
未曾想，广告刊出翌日，李荫秾等人就登报否认：“《时事新报》登载本校第二次招生通告及《改造宣言》各节，查与本校事实不符，且非本校送稿嘱登。”张东荪与李荫秾之间的矛盾瞬间公开，双方笔枪墨战，争论不休。
舒新城出任中国公学中学部主任，本想有一番大作为，睹此情形，深感学校前途黯淡，又觉势单力薄，渐生隐退之心。但张东荪也是倔脾气，坚决不许舒新城打退堂鼓，并迅速派人赴京向梁启超、王敬芳报告详情，希望王敬芳尽快南下解决事端。
王敬芳当初聘请张东荪、舒新城到校，就是想依靠他们革故鼎新，重整风气，大刀阔斧进行新教育改革，因而对于此次风潮，态度鲜明。8月20日，王敬芳亲自赶到上海，动员李荫秾出国考察，并承诺赠送经费。同时，任命张东荪为代理校长，并在上海各报刊上以校长之名刊登声明，澄清误会，宣布学校办学秩序一如往昔。
8月25日，舒新城重新入校，筹备9月12日的开学典礼。早已在胸中簇动的理想之火，终于有了熊熊燃烧的机缘。
风潮再起力挽狂澜
新学期，新气象。
虽然此前的风波暂告平息，但舒新城总是有种不祥的预感：“纠纷也就如脓疱一般，既经破皮，非把脓流尽是不能收功。”果不其然，开学不到一个月，第二次风潮又起，且比第一次更加惊心动魄。
风潮的隐患，从张东荪、舒新城着手进行学校的改革整顿时就埋下了：他们聘来的叶圣陶、刘延陵、朱自清等八位“新青年”教员，都以提倡新文化、新教育为职志，这难免会引起公学里旧式教员的嫉恨与不满，进而滋生抵触的情绪。
旧国文教员中有位石蕴山老先生，湖南新邵人，早年也是位积极鼓吹革命的新人物，如今年届花甲，却每餐必饮，每饮必醉，到了课堂之上，就胡言乱语，甚至将井田制与共产、老子与杜威并为一谈，并极力诋毁胡适、陈独秀等新文化运动领头人。张东荪、舒新城得知情况后，不想再聘任他，可由于他手头有学校聘约，只得安排他去教授毕业班。石老先生不愿意，最终拿着半年薪俸走人了。
人虽走了，但其“高足”尤其是湖南同乡在情感上却难以接受，于是便不分青红皂白，大生事端，一些学生便将斗争的矛头指向新聘来的教员。据舒新城记述：
叶圣陶先生第一次在甲组授国文，教材为胡适之先生所译之《最后一课》短篇小说，高年级某生见之，误为叶先生所作，将其中京语如“怎么一回事”俱改为“这门样一件事”，并于其后批一长批，略谓无文言白话，文字不加检点，以之教人，贻误青年，末并谓以中国人而不通中国文至可笑也，亦可怜也，云云。8
舒新城知道后，十分生气，但考虑到自己毕竟是教育者，便将滋事的学生召进私室，动之以情，晓之以理，只要求他阅读朱文叔编纂的《国语文类选》，而未做更严厉的惩处。没想到这一做法，反而助长了学生的气焰。他们自认为教员们惧怕学生，于是便开始密谋掀动更大的风浪。
新风潮的发起人是中国公学斋务主任吴成芳。此人虽是中公校友，却不能教授任何科目，文字运用亦不自如，故在舒新城等人治下只能拿较低的薪俸，无法与新聘的专任教员相提并论，就其“主任”之地位而言，未免有失体面。而自石老先生离去后，吴成芳一直自感地位不保，遂以校友的头衔为号召，鼓动学生闹事。
学生中也分新、旧两派。新学生是舒新城来后入校的，对于新学制的改革自然认同。据当时在中国公学中学部三年级就读的阮毅成回忆，“中学部中的新制初中学生，是舒新城先生接任中学部主任以后招收的，程度整齐，活泼天真。我这一级，是旧制中学的最后一班，都是舒先生接办以前的旧生，分子不甚单纯。换言之，所谓海派的气味较甚。我初从杭州到上海，对于海派十分看不顺眼，因此宁愿与较低年级的同学做朋友”9。
改革，总意味着阵痛。旧学生中很多人对新学制改革并不适应，比如实施能力分组制，对成绩优良且学习努力的学生来说是好事，但是对那些只想混个文凭的学生来说，则不见得是好事。而按照新学制的要求，有些学生甚至可能从高年级降到低年级，那这一改革对于他们来说自然更是噩梦了。
情绪的积蓄，终于在1921年“双十节”假期引爆。
平时新教员们都住在学校里，与学生共同生活、共同学习，反对者想宣泄怨气也没有太多合适的机会。此时恰逢全校放假，教员们都离校返沪，舒新城也因病返沪。反对者们认为这是千载难逢的好时机，于是以商科学生及斋务主任为首，分头召集会议，决定“举义”办法。目的很明确，就是推翻以张东荪为代理校长的教职员团队，而拥戴新来的商科教员余楠秋主持大局。
余楠秋，湖南长沙人，1921年9月受聘到中国公学商科，对于学校事务颇为积极，经常发表英文演讲。中学生因年事尚轻，易受鼓动，很快就聚集到一起，听这位新来教员的慷慨陈词。
余楠秋简单讲述国庆校史之余，大肆谈论学校方面如何排挤旧学生、如何暗中记过、如何准备扣发毕业文凭等，并提出“罢课驱舒”的方案，竟得赞成通过。
到了10月12日上课时，中学部除四年级外，各班教室门口均有纠察队把守，不许教员学生入内。罢课风潮，再起波澜。
舒新城本计划当天上午抱病返校，车到吴淞站时，看到刘建阳、陈兼善等人正在等候，乃知校中发生风潮，学生被人利用，有武力对付之说。舒新城不得已返回上海，找到张东荪，寻求解决方案。
此时，张东荪已接到学生代表的信函，并附有宣言一纸，胡乱歪曲舒新城的履历，肆意捏造出若干罪状，令人啼笑皆非。当天下午，张东荪遂到校约请学生代表个别谈话，劝其安心上课，不要无事生非，言语恳切，态度坚定。
学生代表们并不甘心，立即召集大会，要求张东荪到会解决。张东荪不愿理睬，任凭学生代表追到车站，径自乘车回沪。学生代表们气愤不已，不仅将其痛骂一番，还将中学办公室捣毁，将重要文件取去，并将之前确定的“罢课驱舒”方案升格为“张舒并驱”计划，连张东荪也要一块儿赶走了。
主张罢课的学生们以学生推举之名，选出商科及中学学生两人代行中学主任职务，并占据学校办公室办公。同时，又发布新闻，声称张东荪如何压制学生，致引起学生不满，不承认其代理校长职务，由学生推举代表，实行自治。
学生们的无理取闹，引起了新教员的严重不满。当时，叶圣陶的态度尤为坚决。他本来喜好饮酒，但为了整顿学风，带头戒酒，投身教育改革，没想到还是引起旧教员、旧学生的攻击，因而一向温文尔雅的他也动怒了。
据朱自清说，在中国公学期间，他只见叶圣陶发过一次火，针对的便是风潮的妥协论调。风潮刚起时，朱自清向刘延陵提出了一个强硬的办法，本来他以为叶圣陶不会赞同，没想到他“居然赞成了”。后来，这个办法没有成功，于是大家一起宣布罢教，离开吴淞，返回上海。
10月17日，张东荪得到王敬芳的来电支持，要求严办风潮领头者。于是，张东荪率领警察重返校园，并带去一份措辞严厉的布告：“诸生须知本校系私立，与其他教育机关不同，诸生倘愿受本校教育，本校自当尽扶掖之责，如有故意破坏，以学校为儿戏，各该组学生一律解散亦无所顾惜。”10布告张出后，即要求12名闹事学生两小时内离校，如仍有在校踌躇者，即令警察强行驱出。
由于张东荪在做出一系列处置时，并未明说此为校长王敬芳的主张，因而引发更大的反对浪潮。据舒新城记述，张东荪离校后，其“摧残教育”“压迫学生”的罪状不胫而走，许多商科学生以及旧教职员均表示“忍无可忍”，选择加入反对阵营。
当晚，反对张东荪、舒新城的学生举行集会，到会者290余人，推选商科学生王雨生为临时主席，讨论“驱舒逐张”方案。讨论中，学生意见不合，大起冲突，以致会场秩序大乱，无果而终。
10月18日早晨，商科学生及旧教职员再度召集联合会议，商讨办法，“商科方面之学生，已开全体联合会议，赞成去张者居大半，然一部分仍不以为然”，而“中学学生之赞成去张者，共一百二十余人，达全中学部学生总数之三分之二，合商科统计，达全校学生总数之三分之二”11，这一局面对于张东荪、舒新城明显不利，且进一步撩拨起反对者们的气势。很快，他们决定通电校长王敬芳，发表驱逐张、舒宣言，并推选商科教员余楠秋为临时代理校长，由新代理校长召集善后会议，负责维持一切。
于是，学生们兴冲冲地宣布“学校已入新时代而成为民选校长的共和政体”，要求旧代理校长交出学校印信。但张东荪“以印信受之校长”，拒绝与所谓的新任代理校长交接印信，并电请王敬芳出面解决。10月19日，舒新城奉命赴天津报告风潮经过，终于见到景仰多年的梁启超，以及正在天津办事的王敬芳。两人听完舒新城的讲述后，均冷静表示，“这是题中应有之义，不足为奇”，让舒新城只管安心在北京、天津、南京等地参观学校，参观完了，再回学校不迟。
而主张“驱舒逐张”的旧教职员及学生们也闻风而动，联名详函校长王敬芳及校董事会报告风潮经过，并罗织出舒新城“破坏学制，颠倒学科，托名自治，放弃责任”的十六字罪状。同时，派斋务主任吴成芳专程到京拜访校长、校董、校友等，请求声援。1921年10月24日，胡适在日记里就有这样的记录：
四时，到水榭，赴中国公学同学会。上海中国公学此次有风潮，赶去张东荪，内容甚复杂；而旧人把持学校，攻击新人，自是一个重要原因。这班旧人乃想抬出北京的旧同学，拉我出来做招牌，岂非大笑话！
他们攻击去的新教员，如叶圣陶，如朱自清，都是很好的人。这种学校，这种学生，不如解散了为妙！12
事已至此，王敬芳自然不会坐视旁观。11月10日，王敬芳率领张东荪及离校的新教员一同返校，召集全体教职员、学生在大礼堂开会。刚走上讲台，他就率领众人向礼堂上悬挂着的姚宏业烈士遗像行礼，向烈士告罪，泣不成声。
随后，王敬芳从创校艰难说起，说到停办时的苦痛，说到恢复时的喜悦，再将种种过错都归咎于自身之不能常驻学校，又将张东荪等人率警察到校的种种做法归结为他的责任，而张东荪不过是其代表而已。王敬芳不愧是处事高手，连打几张“感情牌”，立即奏效，台下一片寂静，鸦雀无声。
这时，王敬芳态度坚决地提出，一定要实行新办法以为学校增光，而恢复到创校的光荣史上。同时，他声明说，有违反此项主张及彼所委之代理校长与所聘之职教员者，即属违反他的意志，当切实予以制裁，不能宽容，即全体解散亦在所不惜。13
随后两周内，王敬芳每天陪同张东荪到校视事，处理各种事务，从容不迫、处变不惊。11月20日，中国公学重新整理，恢复上课，并于25日登报通告校友及学生家长。
一场风波，就此了结。
道尔顿制开辟“自由园地”
中国公学风潮发生之际，梁启超一直高度关注着事态的发展。
1921年11月19日，他致信蒋百里、张东荪、舒新城等人，鼓励他们冷静对待风潮，不要轻易放弃：“鄙意谓但使勉强可办得下去，则此校断不宜舍弃。抟沙无论如何总属我辈，有事可以商量，最多再闹风潮一两次，愈闹一次则阻力愈减一分，在吾辈持之以毅而已。”