自1766年2月印花税废止起，英国当局对于美洲殖民地的压迫变本加厉了。从1767年起，英国政府颁布条例。其中规定征收从英国输到殖民地的货物--纸张、玻璃、铅、颜料、茶的入口税，用来支付殖民地司法和行政的经费，并规定英国关税税吏有权闯入殖民地任何民房、货栈、店铺，搜查违禁品及走私货物；宣布解散纽约议会，因为纽约议会反抗1765年英国颁布的惩治叛变条例--该条例规定殖民地必须缴纳特别税，供养殖民地境内英国驻军的开支。纽约是英国驻军的集中地，所以纽约议会首先倡导反对缴纳这种特别税。英国政府的做法引起北美殖民地人民的普遍不满，英国与北美殖民地的关系日趋紧张。
这些极大地触动了富兰克林，他为此焦灼。他忧虑的是眼看着英国政府的殖民地政策使得殖民地日益远离了它。尽管他还在印花税废除以前就怀疑过在英国和北美殖民地之间究竟是否曾有过整体关系。
1767年4月11日，富兰克林在写给卡姆斯勋爵的信中说：“变得十分重要的是，在英国和美洲形成基于坚实原则的真正的政治关系和属于那种关系的相互义务…我和你一样，完全相信，有了国会中帝国内各地平等而公正的代表的牢固的联合，足以建立政治繁荣的坚实基础。”
为此，他还雄心勃勃地筹划将殖民地推向北美洲广袤的西部。他的想法受到英国统治层中一些人的欣赏。一个是内阁中的殖民地事务大臣舍尔伯恩伯爵，年轻而大度，他对北美殖民地的要求表示理解，对这位比自己年长一倍的科学家满怀敬意。
1767年的某个时候，他向富兰克林吐露了他在北美西部地区开拓新殖民地的计划，把关于计划中如何处理涉及印第安人的打算告诉了富兰克林，富兰克林对之作了一番评论。1763年，白人移民越过山地，向英国政府要求印第安人的土地。
1765年，有人提议成立一个公司，向仍在伊利诺斯的法国移民购买土地。1766年，费城商号贝恩顿、沃顿和摩根公司、印第安人地区贸易商人和约瑟夫·加洛维、威廉·富兰克林会晤，建议不向法国人购买土地，而向英国王室请求得到这块--以俄亥俄河、密西西比河、威斯康星河和瓦巴什河为界的120万英亩土地。
他们邀请了王室的印第安人事务总管威廉·约翰逊加入他们，而由在伦敦的富兰克林物色英国的投资者并将计划书呈交内阁。这与富兰克林18世纪50年代曾从事过的在边疆购买土地作为殖民地的边界的计划有相似之处。舍尔伯恩伯爵和富兰克林想法的一致之处是将帝国的版图向西推去，划定印第安人同白种人之间的疆界--不大注意印第安人的意向--并建立殖民地。
1767年8月的一天，富兰克林和舍尔伯恩伯爵以及国务大臣亨利·西摩·康韦将军（曾在国会动议废止印花税）一同进餐。席间，舍尔伯恩伯爵和康韦将军告诉富兰克林，他们考虑把处理印第安人事务的权力从王室手中转给各个殖民地。
9月，英国内阁出现人事变动。康韦离职而去，诺思勋爵接替上一任内阁大臣主持内阁事务。富兰克林的年轻朋友舍尔伯恩将美洲事务的管理权交给了希尔斯伯罗勋爵。希尔斯伯罗对西部殖民地没有什么兴趣。新内阁向北美殖民地尤其是波士顿派出收税的官员，去制止走私、收取关税。关税现在已成为强加在殖民地人民头上的一种赋税。
在这样的形势下，富兰克林重又担当起维护北美洲殖民地权益的职责。
富兰克林此时的地位是微妙的：一方面，他是美洲殖民地人民的半官方代理人即具有外交人员的身份，从这种身份出发，他致力于弥合英国政府和他自己人民的裂痕，认为联合有助于双方的强大；另一方面，他又是一位哲学家、思想家，因而他习惯于探索并坚持真理。
在富兰克林心中，英、美应是平等的关系，即均为英王的臣民，而不应出现一方政府高踞于另一方政府的现象，英国国会无权向殖民地征税。因此，富兰克林已逐渐放弃了内外税有别，英国国会有权征收殖民地外税的观点。后一种身份和观点只停留在他的内心深处，他没有用它来唤醒殖民地民众；而前一种姿态则表现在口头上、行动上和文章中。这样，又使得英国政府认为他亲美；美洲殖民地认为他太温和，有亲英之嫌。富兰克林却继续以弥合双方的分歧为己任。
北美殖民地把事情做到明处。1768年，马萨诸塞州议会联络弗吉尼亚议会，共同发出巡回信件，呼吁殖民地各州团结御侮。于是英国政府又颁布了一条例：解散马萨诸塞议会。1768-1769年冬，英国内阁还准备将殖民地领导反抗的强硬分子拘往英国，以亨利八世时的叛国罪判刑。殖民地人民愤怒了。波士顿的商人率先起来，领导了全国性的抵制英货运动。殖民地人民组织起来，用武力抵抗英国税吏的搜查和压迫。这次空前广泛的反英运动，不仅抵制英货，而且要求废止该条例。在斗争中，华盛顿把1769年的弗吉尼亚决议引进下院，决议由乔治·梅森起草，华盛顿和托马斯·杰斐逊都在决议上签了名。杰斐逊那年26岁。抵制英货的结果，是英国向殖民地输出的贸易总额剧减。英国政府万般无奈之下废除了此类条例。
但是双方的矛盾不会因这次条例废除而消除，事实上也无法消除。这是一种利害冲突：英国统治者为了发展本国的资本主义工商业，不惜用各种手段打击、摧残北美殖民地的工商业。这一次，英国的商人、厂主甚至工匠都站在他们的政府一边。而殖民地人民尚未准备好迎接不可避免的越来越艰巨的斗争：他们还没有统一，他们中的大多数人还愿意效忠于英王。就在这时，英国当局对反抗的殖民地人民进行了一次血腥的镇压，这就是“波士顿惨案”。
这时的富兰克林继1768年被佐治亚、1769年被新泽西委任为代理之后，于1769年12月被委托为马萨诸塞的代理人。1月17日，他为他的新使命谒见英国殖民地事务大臣希尔斯伯罗。
从维护北美殖民地利益出发，富兰克林义无反顾地站在殖民地一边，为北美洲殖民地的利益奋斗。在宾夕法尼亚，甚至当他领导着州议会的时候，他还时而站在议会和州长之间从紧急状况的需要出发作些调解。但是，他在波士顿的主要联系人托马斯·库辛和塞缪尔·库柏一向是反英的，富兰克林和他们站在一起。
自始至终富兰克林都把美英决裂看做是一场灾难。正因为此，他在英国期间，千方百计想尽一切办法，力图阻止双方走向这场“灾难”。对殖民地人民，他虽然认为有一切理由反抗，但希望反抗形式不要过于激烈；对英国当局，他把所有的镇压措施归咎于当权者的顽固和不明智，寄望由较好的大臣执政。他心目中的英、美应是一个强大帝国内两个可以共存共繁荣的个体，他要为这个美好的前景努力、努力、再努力。