就在富兰克林离开英国后，北美殖民地的武装斗争开始了。这给人一种错觉，好像是富兰克林回到美洲，领导了这场战争，为他1775年1月在英国所受的诽谤和羞辱报仇雪恨。无论是富兰克林的朋友还是敌人，多半都抱有这样的看法。但富兰克林并不顾忌这些对他私人的成见，一回到美洲，他便全身心地投入到殖民地人民的革命斗争中去了。
回到美洲之后，他马上希望看到的就是儿子威廉和他在宾夕法尼亚的年轻战友加洛维也站在革命的一边。他还记得，当他在最艰苦的斗争中，他们是和他站在一起的，从私人感情而言，加洛维简直就是他的第二个儿子，他一直非常看重加洛维的才干。而且，他深深地知道，作为英王委派的殖民地州长，威廉一旦站到了反对英王的旗帜之下，对英国政府的打击和对殖民地革命人民的鼓舞，都是不容忽视的，两个人的加盟会大大有利于革命力量的壮大。然而，这两个人都让他失望了。
这时，富兰克林突然醒悟到，对于十多年没在一起生活的儿子威廉，自己的确是不甚了解了。他记起年初他在英国王室枢密院的一个委员会受到攻击谩骂后，想到儿子或许会因为自己而仕途无望，便于2月2日写信给威廉，希望他在自己的农场安身立命。他写道：“也许他们会期待你会因怨愤他们对我的侮辱而辞职，从而省去他们在应当提升你的时候却将你革职的羞愧。但是我不会劝你那样做。如果他们想解除你的职务，让他们那样干好了，尽管实际上我认为这个职务不值得你留任。”
威廉果然没有辞职，现在看来，他不辞职并非是听从了父亲的忠告，而是他本身十分看重这个为英王效劳的职位。这么多年来，富兰克林将儿子视为天然的知己，在通信中几乎是无话不谈，可偏偏没有觉察儿子思想上的变化。两代富兰克林中，年届七十的父亲成了革命者，正值壮年的儿子却留在了压迫者、镇压者的反动势力的营垒中。在8月的最后几天中，富兰克林到珀斯·阿姆波伊去了一趟，在儿子那里小住了几天。但是，父子商谈的结果，只在继续各行其是上达成了一致。威廉完全不能理解父亲的政治感情，更不能接受父亲的政治观点。
富兰克林在9月给儿子的信中指责他说，“你这个彻头彻尾的朝臣，是用英国政府的眼光看待一切的”，言辞间透着一位老父的伤心、失望和怨愤。
令富兰克林更加伤心的是，威廉·富兰克林一直忠实于他的公务。在被殖民地革命派囚禁了一段时期后，他当了纽约效忠派协会的会长。
加洛维在革命爆发后，在美洲待了三年，而后去了英国，当了伦敦的美洲效忠派流亡者的代言人。威廉·富兰克林后来也去了伦敦。和他们两人、尤其是和儿子在政治上的分道扬镳，恐怕是无论事业还是家庭都比较顺利的富兰克林一生中令他伤心遗憾的事之一。
这种不快很快被北美殖民地如火如荼的革命斗争拉回到现实。回到费城的第二天，他就被宾州议会选为代表参加第二次大陆会议，会议于四天后在费城召开。
1775年5月10日，大陆会议在宾夕法尼亚州政厅召开。在此之前，南卡罗来纳、北卡罗来纳、弗吉尼亚、马里兰和特拉华等州的代表都已经云集费城。第二天，会议代表们从伦敦的来信中得知英王和英国议会对第一次大陆会议的请愿书不予考虑。
会议主要是处理列克星敦的有关事务。
在这次会议代表中，富兰克林是年龄最大，同时也是发言最少的代表。很久以后，杰斐逊（《独立宣言》起草者之一）说：“革命前，我和华盛顿将军供职于弗吉尼亚议会，革命期间和富兰克林博士共事于大陆会议。我从未听到他们中哪一个一次发言十分钟，也没有听到他们谈到决定问题的主要点以外的任何话题。”在性格上，杰斐逊十分接近于富兰克林，尽管他比富兰克林年轻得多。
代表约翰·亚当斯曾对富兰克林“日复一日沉默地坐着，相当多的时间是在椅子上熟睡”却被指派参加所有最重要的委员会感到迷惑不解。他自己只参加了少数几个委员会。
实际上，富兰克林在会议上默然聆听或干脆打瞌睡，是因为会议讨论的许多问题早已在他头脑中有了结论，他是在看着这些年轻人在一步步学会他已经知道的东西。7月间，会议表决通过了向英王递交一份措辞更恭顺的请愿书。比起在座代表，富兰克林更了解英王和他的内阁，他相信递交请愿书只能是徒劳无益，达特茅斯不会将它转呈英王。
正如富兰克林所料，8月23日从英国传来消息，消息宣布美洲人是叛逆，警告所有的人不得帮助他们。富兰克林知道，殖民地必须武装起来，只能靠武力，才能迫使英国内阁寻求和平解决。
在那么多年寻求和平解决办法的过程中，成功不仅遥遥无期，而且还越闹越僵。富兰克林得到教训，必须依靠武力来解决。他一旦决定了走革命道路，就更加反对妥协，更加义无反顾。
他曾经坚决主张用不进口英货来回答英国当局的征税，而现在他同样坚决地主张用武力作坚决抵抗，并不顾自己的高龄，大力地关注殖民地的防务计划。他曾经千方百计地维护英帝国内北美殖民地和宗立国的统一和谐，而现在，公开决裂已在眼前，他却毫无惧色，反而使大陆会议中的许多保守分子相形见绌。
富兰克林不是光说不练，他做得很多，如起草呈英王的请愿书，改革殖民地火药硝石的生产，起草华盛顿就任大陆军司令的宣言，安排印刷纸币，等等。
5月29日，富兰克林受大陆会议指派，主持一个委员会以建立一个邮政系统。7月25日，他提交了工作报告。第二天，他当选为邮政总长，而年薪1000美元全部被他用于救助伤兵了。富兰克林按照他的计划建立起来的邮政系统，成为后来美国统一完整的邮政系统的基础。
富兰克林7月3日当选宾州公安委员会主席，承担起宾夕法尼亚繁重的练兵备战工作。两个多月后，他已经领导人们在河水中设置了17处障碍，建造了13艘战船。
7月13日，富兰克林又受命为三名委员之一，负责处理居住在宾夕法尼亚和弗吉尼亚以西的中部印第安人事务；7月21日，会议决定考虑美洲国家的问题，富兰克林宣读了他的《联邦和永久联盟的文件》，这是他将当年的“奥尔巴尼联盟计划”作了修改以适应变化了的情况后形成的。然而，除了杰斐逊和其他一些人以外，大陆会议从整体来说，尚未作好接受这样的计划的准备。富兰克林也不强求。第二天，他奉派主持一个委员会考虑诺思的二月和解提案。31日，委员会提交的报告反对该项提案，会议表决否定了提案。
8月从月初到月底，富兰克林都忙于在宾州组建国民自卫队、为战船遴选军官、为部队获取药物，将火药从费城军火库送往纽约的公安委员会等等。
9月18日，他被派往一个秘密委员会工作，进行枪用火药的进口；22日，他又成为美洲贸易委员会委员；27日，他出席了美洲哲学学会的年会。
他担任该会会长已达7年，而这一天是他第一次坐在会长的座椅上；30日，大陆会议选派他和两位同事前往坎布里奇同华盛顿和新英格兰当局会谈关于支持军队作战的问题。
两个星期以后，富兰克林一行来到了华盛顿的军营。当时，英军将领已被威廉·豪爵士取代，但英军仍被封锁在波士顿，只要他们一露头，就会遭到宾夕法尼亚、马里兰和弗吉尼亚的国民自卫军和林中狙击手火力的致命打击。大陆军的新英格兰各联队，都是志愿军，即将解散回家。华盛顿要求招募一支2000人、服役期至少一年、有着更好军纪和更充足给养的新的军队。委员们和华盛顿及其幕僚开了4天会议，计划重建军队，修改关于战争的文件，制定交换战俘和处理武装帆船在海上夺取的战利品的规则。那些武装帆船中有一艘的船名是“富兰克林号”，它们是美国海军作战的开始。那时，它们的任务是骚扰、袭击英国的军需船只。这一次的共商军务保证了独立战争的继续进行。
11月15日，富兰克林回到费城时，议会正在开会。在此之前他已当选了宾州议会议员。在大陆会议方面，11月16日，他受命安排两艘快船运送邮件；第二天，他被选入委员会处理殖民地俘获的敌船和货物；23日，被派入一委员会处置那些拒绝接受大陆币的人；29日，他受命加入了一个秘密的五人委员会，任务是“和我们在大不列颠、爱尔兰和世界其他各地的朋友们进行通信联系”，即处理外务。此即美国国务部门的前身。
一年多以来，为数不少的北美殖民地人士谈到和欧洲国家交好以利于削弱英国力量。到11月底，大陆会议才着手进行这项工作。当时，战争的形势十分严峻：英军在6月焚毁了查尔斯顿，10月，又焚毁了法尔茅斯。
还有消息说，英国当局已雇佣了不伦瑞克和黑森的德意志军队来镇压“叛乱”。于是，大陆会议也开始寻求外援。最有希望的外援是欧洲大陆的强国--法国。
其实，这边的局势也早引起法国方面的高度关注。几天以后，一名法国密使阿夏德·德·邦弗洛尔来到费城。他先设法认识了富兰克林，然后通过富兰克林和其他委员结识了。他们在夜里碰头，每一个人都单独地、秘密地到达会面地点。尽管邦弗洛尔只受到口头指示，却是奉法国外交大臣弗尔仁尼之命来的。他受权向殖民地领导人传递这样的希望，即殖民地可以独立，将贸易权交给法国。
委员会也在通过邦弗洛尔向法国高层传达大陆会议正在下决心独立。邦弗洛尔于28日也就这样报告给弗尔仁尼了。实际上，这时的大陆会议处于左右为难的境地：在不能确信可以得到外援的情况下，殖民地不能宣布独立；可只有在宣布独立后，才能保证得到法国的援助。
这时的秘密通信委员会，既不能贸然从事，更不能无所作为。于是，他们谨慎而策略地走了一步：12月12日，他们联名给在伦敦的阿瑟·李写了一封信，指示他了解一下各大国对北美殖民地的态度如何，并交给他200镑作为活动经费。早期外交通信的大部分工作落在富兰克林一人身上，因为他在欧洲有朋友，在这以前的一些场合，已经相互通过信。
富兰克林被推向了也是他十分愿意投身的北美殖民地的外交事业。