1776年2月15日，富兰克林接受了大陆会议的委派，前往加拿大争取法属加拿大人对北美殖民地的支援。
在革命战争的进程中，北美殖民地的各阶层人民的思想意识里，“独立”这两个字日渐变得鲜明，变得突出了。1月10日，托马斯·潘恩--当时是费城的一名记者--发表了他的《常识》，像一声嘹亮的号角，穿破人们思想中尚存的疑云惑雾，直贯云天，使独立的观念在整个“大陆”的大地上不胫而走，植入了革命人民的脑海。一个新的国家即将诞生。
英国很快做出反应，颁布了绝对封锁令，禁止任何国家同北美殖民地之间的贸易以及殖民地之间的贸易。消息传来，大陆会议针锋相对地宣布，北美殖民地的港口向除了英国以外所有国家开放。同时，始自北卡罗来纳（4月12日）的各殖民地纷纷向他们在大陆会议的代表发出指令，投票赞成独立。
虽然富兰克林和亚当斯、杰斐逊同为最早、也是最坚决地主张殖民地与英国决裂的会议代表，可是在独立的问题上，宾夕法尼亚却掉在后面了。
已经分裂的宾州代表们受到保守的州议会的约束，而州议会正在州政厅另外一个房间开会。作为大陆会议的会址，费城有可能成为独立后国家的首都。因此，大陆会议决定干预该州的内乱。5月，会议通过决议，敦促尚无称职政府的各州加紧组建这样的政府。宾夕法尼亚人民在州政厅院子里召开群众大会，要求废弃英王授予的旧宪章，制订新宪法，建立新的立法机构。6月14日，宾州议会开会。4天后，一个各县委员会代表会议解散了旧议会，呼吁在7月召开宪法会议。
令富兰克林担心的事情终于发生了，他的儿子威廉·富兰克林作为殖民地时期英王委派的新泽西州长，在这次暴风雨式的变革中受到了冲击。革命群众将他押往他在伯林顿的庄园，看管起来了。5月24日，大陆会议决定将他遣送到康涅狄格。尽管由于他父亲的缘故，威廉·富兰克林可能受到一些宽大，但他毕竟是效忠派分子。在康涅狄格，无论是在假释期间还是确实监禁在里奇菲尔德监狱，他度过了两年多的阶下囚生活。
6月10日，大陆会议委派一个委员会起草一份宣言。这份宣言可能向全世界公布。委员会包括杰斐逊、亚当斯、富兰克林、康涅狄格的罗杰·谢尔曼和纽约的罗伯特·R·李温斯顿。这五人碰头后，推选杰斐逊草拟初稿。
初稿完成后，杰斐逊将它拿给富兰克林和亚当斯过目。6月28日，该委员会将宣言草稿提交大陆会议。7月4日，经大陆会议修改过的宣言被通过了。8日中午，会议向群集在州政厅外的费城群众宣读了宣言。10日，宣言在《宾夕法尼亚杂志》上发表，人们称之为《独立宣言》。8月2日，会议代表签署了《独立宣言》。
富兰克林对宣言的初稿只作了少许改动。对杰斐逊指控英王批准议会法案“以剥夺我们的宪章，从根本上改变我们政府的形式”，富兰克林在两句之间插上了一句“废除我们大多数有价值的法律”，因为他记起了当年宾州议会通过的许多法案都遭到英国议会否决；对杰斐逊写到的北美洲殖民地的请愿书被“答以一次又一次的伤害”，富兰克林将其改为“仅仅答以一次又一次的伤害”以加重语气；对于杰斐逊指控英国政府派遣外国雇佣军来企图“将我们淹没在血泊中”，富兰克林将它改为不那么夸张的“消灭我们”。但最后这一处被大陆会议删去了，以避免伤及英国人民。亚当斯也只对初稿作了少许改动。
就在《独立宣言》问世的前一天，3月间从波士顿退到哈利法克斯的豪将军的军队在得到扩充休整后，在斯塔腾岛登陆。在《独立宣言》公布后的一个星期之内，海军上将豪勋爵率领一支舰队和运输舰，和他的兄弟汇集在一起，合而为一了。
除了英国部队和水手，他们还有9000黑森军队，加起来的总数和华盛顿在曼哈顿的兵力大约是2比1的比例，在训练和装备上，美军更是望尘莫及。豪家两兄弟以特使的名义声称，对要求宽恕的叛乱者，他们愿意给以完全的赦免，把战争停止下来。
富兰克林在受命为合众国设计印鉴的期间（7月4日到8月20日），又于7月18日奉命和约翰·亚当斯一同起草一份和外国缔结同盟条约的盟约草案，供日后谈判时提出。9月17日，他们的报告被通过了，其中包括一套商务条约、友好条约的文本。这些文本加上9月24日和10月16日给使者的指示，组成了“1776年计划”。后来和法国及其他国家签订的条约均以此计划为基础。
富兰克林忙得不可开交，他同时还要兼顾宾夕法尼亚的政务，因为7月8日，他又一次当选了宾州制宪会议的代表，名列代表名单之首。15日，制宪会议开会，他任会议主席。20日，他再次当选大陆会议的代表。在他忙于大陆会议方面的工作时，在州制宪会议上他多半时间只相当于一位缺席顾问。但在9月份通过的州宪法中却包括了他提出的两项内容，一是复式的行政参事会，另一项是一院制的立法机构。
恰逢此时，他收到了豪勋爵的来信，措辞谦恭有礼，内容是表明他作为英国使者，愿意宽恕北美殖民地的叛乱者，但只针对个人。对这封信，富兰克林受大陆会议委派，于7月30日以个人名义做了回复，但信中的措辞语气却完全是公文化的：“直接的宽恕将给予各殖民地，给予这些受伤害的人们，这的确表达了认为我们愚蠢、卑微、迟钝的看法，而这是你那无知又傲慢的国家长久以来引以自娱的。但这除了增加我们的怨愤之外，别无效果。要让我们向一个以肆无忌惮的野蛮和残酷在隆冬时节焚烧我们不曾设防的城镇，挑动野蛮人屠杀我们的和平居民，唆使我们的奴隶杀害他们的主人，甚至带来外国雇佣军将我们的居民点浸没在血泊之中的政府屈服，那是不可能的。
“我不具备那份虚荣，阁下，去预言这场战争的结果。因为我知道在英国有了一切我此前曾预言的命令，直到事实将证实它时才去相信它。长久以来我怀着真挚、不倦的热忱努力阻止英帝国这只精美、高贵的瓷花瓶的破碎，因为我知道，它一旦破碎，各个碎块就不可能保有它在作为整体时存在的力量和价值，也不可能指望它重新粘合起来，完好如初。阁下可能会记得，在您的好姐妹伦敦的家中，当您曾给了我和解不久将会达成的希望时，喜悦的泪水濡湿了我的面颊。我不幸发现那些希望落了空，并被当做我奋力防止的那些罪恶的原因来看待。”
这封义正词平的回信断绝了豪勋爵和平解决问题的梦想。
1776年7月底，在讨论新联邦国家的方案时，富兰克林提出各州应按其人数的比例和贡献大小来确定会议代表的人数。8月1日，他提议在会议上的席位按人口的比例而定。
就在大陆会议上的争论还在进行时，战场上的形势已急转直下。8月27日，华盛顿在长岛战败，虽然撤回了曼哈顿，却没有希望长时间守住它。这时，豪氏兄弟没有进攻，而是提出另一和解建议，要求大陆会议派出代表以私人身份前去和他会谈，寻求一种解决问题的办法。
富兰克林、约翰·亚当斯和南卡罗来纳的爱德华·拉特列吉临危受命，于9月6日去完成这项使命。
会谈的一天到了，一艘平底船将富兰克林一行接上了斯塔腾岛。登岸时，豪已在岸上等候，两列黑森士兵从海滩一直排到会谈的屋宅。豪问候了富兰克林，然后由富兰克林介绍他的同伴。在从海滩到屋门前的一路上，双方作了一般性的、非实质性的交谈。