（一）肠道是菌群的乐园
我们在前文中说过，约有80%的微生物，包括所有对免疫系统有重要作用的微生物，都生活在肠道里。所以说，肠道是人体最大的微生态环境。在肠道这些微生物中，有超过99%的都是各式各样的细菌。肠道内的细菌有400多种，细菌结构简单、形态微小的一类单细胞生物，须用显微镜放大数百、数千倍才能看到，通常以微米作为测量其大小的单位（1毫米＝1 000微米），有球形、杆形和螺旋形3种基本形态，分别被称为球菌、杆菌和螺旋菌。
这些细菌多存在于小肠道下半部分以及大肠，尤其以大肠内最多。小肠的上半部分很大程度上是没有细菌的，因为强烈的胃酸杀死了大部分的细菌。肠道内的细菌分为3种，对身体有益的有益菌，危害健康的有害菌和介于两者之间的机会菌。有益菌以双歧杆菌最广为人知，它可抑制有害菌的增生，并促进维生素的合成。
1．有益菌群 健康人体内有益菌群的数量处于较高水平，占肠细菌总数的99%～99.9%，是绝对的优势菌群，它们通过与有害菌群竞争、协助免疫系统这2方面的作用，保护人体免遭疾病。有益菌群的数量庞大、种类繁多，其中乳酸杆菌和双歧杆菌是为人所熟知的。
2．有害菌群 这是人体正常菌群的“敌人”，不过它们只占有少数，只要正常菌群发挥作用，这些有害细菌的数量就会保持在允许范围之内，其危害微乎其微，但是一旦由于某种原因，有害细菌的数量增长失控，就会引起许多疾病，或者影响免疫系统的功能。如伤寒沙门菌、志贺菌等。
3．具有双重作用的菌群 大肠埃希菌，俗称大肠杆菌，婴儿出生后数小时即进入肠道，并伴随终生，可为人体提供一些具有营养作用的代谢产物，如B族维生素、维生素K，并对志贺菌等致病菌起抑制作用，当人体免疫力低下或该菌侵入肠外组织、器官时，就成为条件致病菌，引起肠外感染。
（1）克雷伯菌，数量较少时可合成对身体有益的代谢产物，数量过多或从肠道转移到其他部位时，就成为条件致病菌，常见的有呼吸道、泌尿道和皮肤创伤感染，是目前医院感染中常见的条件致病菌。例如，肺部受到克雷伯菌感染是引发细菌性肺炎的常见原因之一。
（2）变形杆菌，也属于肠道内的条件致病菌，是医院感染的常见病原菌之一。
4．肠道正常菌群与人体健康有着密不可分的关系
（1）免疫系统：双歧杆菌和乳酸菌等细菌可以紧紧黏附在肠黏膜表面，并产生细菌素、有机酸等物质来阻挡或抑制致病菌侵袭肠黏膜，或进一步侵袭淋巴结、血液循环。肠道菌群作为抗原刺激，可促进机体免疫系统的发育和功能的成熟。
（2）食物的消化和吸收：双歧杆菌等有益菌群能分泌各种酶，有利于蛋白质、脂肪和糖类的分解，还能产生酸，有利于铁、钙等物质的吸收，并产生维生素B1、维生素B2、维生素B12、烟酸、叶酸等，其中维生素K的产量是大肠埃希菌的2倍。
（3）胆固醇、胆汁酸：结肠菌群可减少对胆固醇的吸收，降低血液中内毒素的浓度；参与胆汁酸的循环，在初级胆汁酸代谢中起重要作用；双歧杆菌等可使胆固醇转化为人体不吸收的粪甾醇。
（4）肿瘤：双歧杆菌、乳酸菌能将具有强烈致癌作用的亚硝酸铵降解为亚硝酸盐和胺类，起到抑癌作用；而有些细菌能促使食物中的亚硝酸盐与胺结合成亚硝酸胺。所以肠道菌群是促癌还是抑癌，取决于哪种菌群占优势。在肠道菌群平衡的情况下，抑癌的菌群占优势。
（5）食物发酵：结肠菌群可以发酵膳食纤维以及内源性黏液，发酵后的产物有短链脂肪酸、乙醇、氨、胺类、酚及吲哚。短链脂肪酸可以促进钙、铁、镁在结肠内的吸收。
肠道内有益菌与有害菌群的斗争