《实理公法全书》的精髓所在，就在于它通过具体的剖析，论证了人的本质不仅存在于人与自然的统一、肉体与灵魂的统一之中，而更存在于人与人的统一之中。这部著作通过夫妇、父母子女、师生、君臣、长幼、朋友等各种人与人的关系，以及人与人发生关系所包括的礼仪、刑罚、教事、治事等各个方面的逐一分析，说明了人的本质是否符合实理与公法正具体地体现在所有这些实际的人与人的关系之中。什么样的人方才是真正合乎“实理”与“公法”的理想的人呢？康有为认为，根据“人各合天地原质以为人”与“人各具一魂”这两大“实理”，可知理想中的合乎“几何公理”的人，一要“人类平等”，二要“人有自主之权”。这种“平等”与“自主之权”怎样才算真正得到实现呢？康有为认为，在夫妇关系上，应当做到“凡男女如系两相爱悦者，则听其自便……倘有分毫不相爱悦，即无庸相聚”；在父母子女关系上，应当做到“父母与子女宜各有自主之权”，“父母不得责子女以孝，子女不得责父母以慈”；在师生关系上，应当做到“圣不秉权，权归于众，古今言论以理为衡，不以圣贤为主，但视其言论何如，不得计其为何人之言论”；在君臣、长幼、朋友等等关系上，也都同样应当“以平等行之”。在所有这些关系中，情况若是另一种样子，即如果没有真正实现“平等”与“自主”，康有为认为，那就只能说人的本质受到了摧残，违背了“几何公理”。比如，在夫妇关系上，“凡男女之约，不由自主，由父母定之”，“男为女纲，妇受制于其夫”，康有为便断言：“此更与几何公理不合，无益人道。”又比如，在师生关系上，“圣权无限，凡奉此圣之教者，所有言论，惟以此圣为主，不以理为衡”，康有为断言，这就“与几何公理全背”，“无益人道”；再比如，在君臣关系上，康有为认为，“君民共主，威权有限”已经“失几何公理之本源”，“君主威权无限”则“更大背几何公理”。尽管康有为在这里没有触及人与人的关系中最为本质的生产关系、阶级关系，但是，他毕竟实际地证明了，人的解放，人的本质的真正发现，人的平等与自主之权的真正实现，绝不是一句空话，所有这些，都是实实在在的社会问题，都有赖于社会各个方面切切实实的变革。家族宗法制是中国封建社会层累结构的基础，康有为便把打破封建家族伦理关系看做真正实现人的平等与自主的起点；皇权至上是中国封建政治制度的主要支柱，康有为便把“立一议院以行政，并民主亦不立”看做最高的境界，看做人的平等与自主的充分实现。所有这些又都表明，康有为所要求的变革，正是对中国传统的整个摧残与扼杀人的封建制度的根本否定，是对自由、平等、博爱的理性所代表的新的社会制度的勇敢追求。后来，巨大的政治和舆论压力，使康有为不敢将他的这些观点明白晓畅地宣布出来；他采用了“托古改制”的方法，极力借助于孔学中的旧概念，较为隐晦曲折地来表达他的这些思想；然而，他在理论上的基本立场并未改变。康有为之所以成为中国维新运动的领袖和杰出的代表，不能不说与他这一方面的深刻认识有着密切关联。
继康有为之后，谭嗣同、梁启超在他们所著的《仁学》、《新民说》等著作中，也把人的解放作为中心议题，阐述了与康有为相类似的观点。在理论形式上，他们师法康有为的“托古改制”，特别是谭嗣同，极力把他们离经叛道的观点裹在一身古色古香的儒服中。他们还糅杂了不少佛教与基督教的词语在自己的著作中，使得他们的理论更加色彩斑斓。这种理论形式固然比较容易为社会所接受，但它明显地反映了对旧秩序的宽容与屈服，反过来也就必然要损害理论内容本身。他们在理论上常常欲言又止，支吾搪塞，甚至自相矛盾，一个重要原因就在这里。
章太炎关于人性的学说，是康有为以来“人的解放”思想的继续与发展。然而，它又并非直接师承康有为，或仿效谭嗣同、梁启超；恰好相反，从内容到形式，它都正是在对这些先行者的理论批判或扬弃中逐步形成的。
1899年章太炎发表的《菌说》，直接针对谭嗣同的《仁学》，首次较为系统地阐述了他自己关于人性问题的观点。
在要求实现“人的解放”方面，谭嗣同和他自己甘于为维新变法而流血献身的政治实践一样，但比康有为更加勇猛，更加坚定。他以睥睨一切的英雄气概，对于桎梏人的自由、平等与博爱等天赋权利的种种旧观念、旧秩序，做了前所未有的猛烈鞭笞。他将矛头直指中国家族宗法制度及其政治结构的三根支柱，即所谓“君为臣纲，父为子纲，夫为妇纲”“三纲”，揭露了关于“三纲”的种种说教和与此相应的“一切刑律制度”，都只是“独夫民贼”取以便己的工具。在说明究竟处在什么样的社会关系中人方才得以合乎“公理”地成长与发展时，他强调指出：“一曰平等，二曰自由，三曰节宣惟意。总括其义，曰不失自主之权而已矣。”他认为，中国传统的“五伦”之中，只有朋友之道符合这个条件。他写道：“世俗泥于体魄，妄生分别，为亲疏远近之名，而末视朋友。夫朋友岂直贵于余四伦而已，将为四伦之圭臬，而四伦咸以朋友之道贯之，是四伦可废也。”这就是说，无论君臣、父子、夫妇，还是弟兄，都应当成为朋友式的平等、自由而自主的关系。谭嗣同并以这一点为全部变法的起点，为此，他写道：“夫惟朋友之伦独尊，然后彼四伦不废自废。亦惟明四伦之当废，然后朋友之权力始大。今中外皆侈谈变法，而五伦不变，则举凡至理要道，悉无从起点，又况于三纲哉！”这实际上也就是将人的解放看做变革旧世界、建设新世界的基本前提，将人们得以从封建社会关系的桎梏中解脱出来而平等自由地发展看做这场社会大变革得以实现的先决条件。
谭嗣同在这里突出了人的社会属性，突出了人的解放与社会的解放不可分割的密切关系。然而，他在揭示人的社会属性时，主要是借助于直观感性，缺乏对于人的社会属性历史变迁过程的深入分析。特别是在说明人的自然属性与思维属性，以及这二者同人的社会属性的关系时，他求助于被他神秘化了的“以太”、“仁”、“心力”、“灵魂”等等，用它们构成宇宙本体来直接论证万物必然相通，人人必须自由和平等。这种非理性主义倾向，忽略了人的本质或人性发展变化的自然史过程，非但不能比较清楚地说明人的自然属性、思维属性、社会属性究竟是什么，它们之间究竟是一种什么样的关系，反而将这些问题搞得相当混乱，严重削弱了他的理论观点的威力。章太炎的《菌说》批评了谭嗣同，其中所论列的各个问题实际上都紧紧围绕着如何认识人的本质这样一个中心，对于这些问题的认识，他也确实比谭嗣同前进了一步。
《菌说》关于从海藻到鱼、从鱼到人的进化过程的叙述，关于人性离不开人的官骸即离不开人的肉体组织的观点，关于以太如果是人性或灵魂之原那它也绝不会是非物质的东西的论证，都说明了人完全是自然界发展的必然产物，人类活动是整个自然界运动的一个有机的组成部分，因此，考察人性，第一步就需要考察人的自然属性，即人的官骸组织以及他们与自然界的关系。这也就是明确地要求将对于人的本质的探究，首先放置在自然史即自然科学的基础上。
《菌说》关于人的社会属性的考察，主要的特点也在于尽量摒弃种种神秘主义及非理性主义的倾向。谭嗣同从“仁为天地万物之源”直接推导出人性本善，因而人生来自由、平等的结论。他不承认恶的存在；他认为，恶仅仅是因为人们囿于习俗，不了解善的本质，而给加上恶的名称，方才产生的。所以，他说：“天地间仁而已矣，无所谓恶也。恶者，即其不循善之条理而名之。”“恶既为名，名又生于习，可知断断乎无有恶矣。”章太炎认为，事实并非如此，他说：“夫言人性，则必有善有恶矣。”“虽然，以符验言，则性恶为长。”性恶，并不是表示善不存在，而只是表示人不可能生来纯善，“既非纯善，即谓之恶，犹之既舂之米，谓之精凿；未舂之米，谓之粗粝。粗粝云者，对精凿言之，而非谓其与稂莠比肩也” 。基于此，章太炎坚持人的社会属性只能是后天的，只能是人们的社会生活与社会关系的产物。他指出，所谓仁义、兼爱、尚同等等，正起源于人们的物质存在和物质生活，“官骸虽一时暂有，而兼爱既济之道，即由官骸而生”，“人之嗜欲，著于声、色、香、味、触、法，而仁义即由嗜欲而起”。兼爱、仁义等等，都正是人们用以“去其太甚”、“栝烝矫之”，使“人得合群相安”的产物。稍后，在《菌说》修改稿中，他依据洛克“人之精神，本如白纸”和培根“一切道德，皆始自利”的论点，进一步指出：“夫善恶生于自利，而自利非善恶；自社会言之，则有善恶矣。”人的心灵在接受外界环境与教育的影响之前是一块白板，全部道德都发端于人们吃、穿、住、行等最基本的生活需要，这两者足证人的善、恶等等差别，只能是社会环境与教育的产物，只能是人们社会联系的产物。也正是根据这一认识，1906年6月章太炎在《民报》上发表的《革命之道德》，依据现实生活中的社会分工，将全体社会成员分成农人、工人、裨贩、坐贾、学究、艺士等十六类，逐一用他们生产活动、社会地位、生活实践和社会交往状况的不同，说明他们相互之间道德水准的差别，论证了在那个社会中，为什么人们会“知识愈进，权位愈申，则离于道德也愈远”。
应当承认，在近代中国人性问题的研究中，《菌说》一文在确定人的本质应当从实际活动着的自然的人与社会的人去考察这一点上，取得了比康有为、谭嗣同更值得称道的成果。
主编《民报》以后，章太炎继续对人性问题加以探究。与他的革命实践紧密相连，在一系列重要观点上，他的锋芒更为明朗地显露了出来。
首先，在人与自然的关系上，他断言：“就人间社会言之，凡所谓是非者，以侵越人为规则为非，不以侵越自然规则为非。人为规则，固反抗自然规则者也。”自然界的规则，是生存竞争，弱肉强食。章太炎明确指出，人之所以为人，正是因为人超越并力图克服这一自然规则。“黠者之必能诈愚，勇者之必能陵弱，此自然规则也。循乎自然规则，则人道将穷；于是有人为规则以对治之，然后烝民有立。”这样，就说明人的自然属性的主要特征而言，他比《菌说》时便前进了一大步。
其次，在人与社会的关系上，或在人的个性与社会性的关系上，章太炎更为集中地做了阐述，而更为明确地将确保个性解放与个性自由看做达到他所追求的人的解放目标的必经之途。他写道：“盖人者，委蜕遗形，倏然****而出，要为生气所流，机械所制，非为世界而生，非为社会而生，非为国家而生，非互为他人而生。故人之对于世界、社会、国家与其对于他人，本无责任。责任者，后起之事。必有所负于彼者，而后有所偿于彼者；若其可以无负，即不必有偿矣。然则人伦相处，以无害为其限界。过此以往，则巨人长德所为，不得责人以必应如此。”他又写道：“即实而言，人本独生，非为他生。而造物无物，亦不得有其命令者。吾为他人尽力，利泽及彼而不求圭撮之报酬，此自本吾隐爱之念以成，非有他律为之规定。吾与他人戮力，利泽相当，使人皆有余而吾亦不忧乏匮，此自社会趋势迫胁以成，非先有自然法律为之规定。”在这里，章太炎强调了个人有成为自己命运的创造者的自由，强调了社会、国家不能在“利泽相当”这一界限之外强制人们片面地承担政治的、经济的、思想的、社会的责任与义务。他说：“宋世言天理，其极至于锢情灭性，烝民常业，几一切废弃之。”而如果借口“公理”要求，“以世界为本根，以陵藉个人之自主，其束缚人，亦与言天理者相若”。他将人与社会的关系规定为“既已借力于人，即不得不以力酬人”的关系，实际上，就是要将商品经济中通行的等价交换关系，看做确保个性独立、个性自由的先决条件。
在主编《民报》时期及以后，随着哲学上对一系列重大问题认识逐步深化，章太炎从前期立足于近代自然科学成就基础上的唯物主义转向熔法相哲学、庄子哲学和德国近代唯心主义哲学于一炉的思辨哲学，他的人性学说在理论形式上也相应地发生了重大的变化。这一变化，最清楚地表现在他这一时期人性学说的代表作《辨性》中。
《辨性》集中考察了人的另一个重要属性，即人的思维属性。使人区别于动物的思维活动究竟具有哪些特征？这些活动如何制约着人的自然属性和社会属性？这些活动将怎样被利用来促进人性的变化与发展，实现人的解放？章太炎对于这样一些先前所没有专门加以考察的问题，在这篇文章中逐一进行了探索。
《辨性》劈头就说：“万物无自性。”章太炎在“章氏丛书”本《国故论衡》中，特别加了一个注，说：“自性者，不可变坏之谓。情界之物，无不可坏；器界之物，无不可变；此谓万物无自性也。”情界、器界的任何物体，都不可能不生不灭，绝对不变。人、人性，当然也不例外。人、人性，是怎样通过人自身的精神活动而生灭变化的呢？人与自然界的关系，人与社会的关系，又是怎样通过人自身的精神活动而产生影响的呢？章太炎说：“人心者，如大海，两白蛟婴之，我见、我痴是也；两白蛟婴之，我爱、我慢是也。彼四德者，悉依隐意根。由我见，人有好真之性；由我爱，人有好适之性；由我慢，人有好胜之性。责善恶者于爱慢，责智愚者于见痴。”在这里，章太炎将人们的精神活动，归结为“我爱”与“我慢”、“我见”与“我痴”这样两对矛盾的精神状态既相对立又相依存的运动。他认为，人与自然界的关系，人与社会的关系，人自身的思维活动，都是通过这两对矛盾着的心理、欲求、精神彼此制约着的运动而使人性为之变迁发展的。《辨性》分作上、下两篇。上篇，主要讨论了“我爱”与“我慢”这一组矛盾着的心理与精神复杂的内在关系以及它们的作用；下篇，则主要讨论了“我见”与“我痴”这一组矛盾着的心理与精神复杂的内在关系以及它们的作用。
所谓“我爱”，按照《成唯识论》的说法，“谓我贪，于所执我，深生耽著，故名我爱”。所谓“我慢”，按照《成唯识论》的说法，“谓倨傲，恃所执我，令心高举，故名我慢”。在《成唯识论》中，我爱、我慢与我见、我痴合称“四根本烦恼”；而之所以被称作“根本烦恼”，则是因为“此四常起，扰浊内心，令外转识恒成杂染，有情由此生死轮回，不能出离”。