农业经济结构调整是从宏观上协调农业内部各层次各产业之间的比例关系，引导农业的发展方向。目前，西部地区的农业市场已经是接近完全竞争的农产品市场，市场需求决定了农业生产者的经济行为方式，而农业作为国民经济体系的基础，又兼有公益性产业的特点。政府对农业的调控，要审时度势，根据国内外经济运行态势，通过调整农业结构来引导农业的发展。政府对农业结构的调整具体应该体现在，根据国家农业产业政策和市场需求，定期向农民颁布农产品发展目录，公布农产品的市场需求，引导农民按照产品目录和市场需求调整农产品结构。
关于地方政府直接参与农业经济结构，作出结构决策的问题，我们认为，在目前西部地区存在的农民决策能力较差、市场机制不完善、市场体系不健全和市场信息不流畅的情况下，个体农民很难根据市场需求作出农产品结构调整的正确决策，因而，地方政府利用自己的优势，“越位”直接作出农业结构调整的决策，也是无可指责的。但是，也要适当承担结构调整决策风险，依据市场经济的原则，实行权力与责任的统一，不能让个体农民单独承担政府决策的风险。对于这一问题的解决方法，贵州省贵阳市的青岩镇政府的做法值得参考。
贵州省青岩镇的做法是，镇政府作出的农业结构调整决策失误，由镇政府给农民赔偿。青岩镇党委、镇政府2001年初出台的《调整农村经济结构失误赔偿办法》创新地提出了“政府失误赔偿制”的概念，承诺农业经济结构调整中，由于党委、政府在项目决策、信息导向上的失误，镇政府均承担连带赔偿责任。《办法》还本着“实惠你得，风险我担”的精神，提出了一整套项目、技术、风险及法律保障机制，确保技术跟踪服务全过程到位。
这种政府结构调整决策失误赔偿制尽管还有很多疑问，但它约束了基层政府瞎指挥和急功近利的短期行为，给政府决策形成一种压力，迫使政府提高决策的科学化和民主化水平，确保了结构调整后的技术服务到位，避免了农民损失无人管的“伤农”现象。
2．建立现代农业的规范化标准体系
在农业经济结构调整中，政府的重要职能之一是建立和完备农产品市场运作的法律体系，制定和完善农产品的技术、质量、规格和监督标准，规范农民和企业的生产行为和经营行为。政府部门还应定期会同社会监督部门对农产品的生产进行检查督导，完善检测手段，落实优质优价政策，促进农产品质量的提高。
西部地区农业结构调整的重要战略目标，就是发展绿色农业和维护生态环境。从这一角度出发，西部各级地方政府应该尽快制定本区域的特色农产品的技术标准、质量标准和规格标准的法律体系，提高农产品的品质和市场竞争力。
地方政府应该大力组织实施“无公害食品行动计划”，控制农产品生产基地的外部污染和农业自身污染，逐步解决畜产品中违禁添加剂和兽药残留超标以及激素类药物残留问题，缓解水质污染状况，逐步解决农药残留和有毒有害物质危害问题，大力推进无公害农产品生产，加快绿色食品、有机食品的发展步伐。
近年来，农产品质量安全问题日益突出，愈来愈受到人们的广泛关注。据对甘肃省主要农产品污染情况的调查显示，全省主要农产品不同程度地受到重金属、农药、化肥等的污染，其中，重点产区12种主要蔬菜样品中，污染超标样品占总样品的34．8％。由此可见，建立无公害农产品检测体系和市场准入制度，规定无公害农产品产地的选择原则，肥料、农药、饲料、兽药使用标准和产品包装材料卫生标准，对自产、销售的农产品进行全面检查监测等措施，在西部地区是非常必要的。
为了实现“从农田到餐桌”全程无公害标准化管理，甘肃省先行一步。2002年初，甘肃省颁布了《无公害农产品质量》、《无公害农产品产地环境质量》、《无公害农产品生产技术规范》三项地方标准，并于2002年7月1日起在全省正式实施。
新颁布的甘肃省《无公害农产品质量》等三项标准将对粮食、蔬菜、水果、茶叶、食用植物油、食用菌、淡水鱼类、畜禽肉类、鲜奶、鲜蛋、蜂蜜中重金属和其他有害物质限量及农药最大残留限量作出了明确规定；对农用灌溉水、渔业用水、畜禽饮用水、产地土壤环境和空气环境提出了质量指标；对无公害农产品生产基地的选择也提出了具体要求。
3．要建立完善的农业结构调整的保险机制
农业是高风险产业，而农业结构调整的风险更大，有很多不可预测性因素存在增大了调整的难度。据调查分析，目前，西部地区的农户对调整农产品结构存在“三怕”，一是怕政府瞎指挥造成损失；二是怕新技术风险大、难以掌握；三是怕服务不到位、增产不增收。尤其是前些年，许多地方政府在引导农民调整农业结构的过程中，实施了“万头牛羊工程”、“万亩高产粮食种植示范”等项目，都由于管理不善、条件不适、缺乏销售保障措施等遭到失败。结果，给农户造成重大经济损失，挫伤了他们的积极性。
由于农业结构调整风险具有不可控性和严重后果，决定了农业保险不同于商业性保险，主要属于政策性保险，农业保险的主体是各级政府。为了健全和完善农业保险机制，政府必须采取以下措施。
第一，为了保证农业结构调整的顺利推进，建立专项农业结构调整风险保障基金是非常必要的。农业结构调整风险保障基金可以由各级政府和农村集体经济组织共同出资组成，基金规模可根据各地结构调整的力度来定。基金建立起来以后，应该有专门的组织机构如成立基金管理委员会和专门的人员进行管理和运作。
第二，实行“以农补农”的方针，免征农业保险的税赋，即将农业保险的业务范围规定为乡和乡以下的农林保险业务，包括种植业、养殖业、农村家财、农机具和乡镇企业财产等保险的业务，免征这些保险业务的营业税、所得税和其他各种税金，以弥补种植业和养殖业保险的一部分亏损。
第三，政府根据农业发展的需要投入专项资金用于农业保险事业的发展，对关系国计民生的某些种植业和养殖业（如水稻、小麦、棉花、生猪等）保险的业务实行适度补贴。
建立农业结构调整的保险机制，将为农业结构调整解除后顾之忧，农民就可以大胆地调，放心地调，以此推动西部农业结构调整的进程。
4．对农业的基础设施和市场设施建设要大量投资
市场经济条件下政府的基本职能是提供公共产品。在农业产业结构调整中，最重要的公共产品是农业基础设施。政府承担提供基础设施的职能对减轻农民负担有着特殊的重要性。政府承担起建设基础设施的职能，首先要在各级政府和村级组织之间，特别是县、乡、村之间明确划分事权，应该由省、县级政府承担的事项和支出不应推给乡镇，应该由乡镇承担的事项和支出也不应转嫁给村级组织，如果到了乡村，其费用最终还是要由农民负担。从西部地区看，农村基础设施十分落后，这极大地影响了农村经济发展和农村进步。加快农村基础设施建设是各级政府义不容辞的责任，不但对农业产业结构调整意义深远，而且有多方面的现实意义。因此，各级政府对农业的基础设施和市场设施建设要大量投资，全面推动农村基础设施建设事业。
一要抓好以水利为重点的农业基础设施建设。大力开展水利骨干工程和农田水利工程建设，要以提高防汛抗旱能力为中心，在加快江河湖泊治理重大型灌区改造及配套工程建设的同时，重点在山区继续大搞“五小水利工程”。
二要加强农村公共设施建设和提高农业装备水平。要以农村的道路、电网、饮水、通讯、广播、电视等为重点，大力加强农村公共设施建设，改善农村生产条件和农民生活居住环境。
三要加强农产品市场设施建设。健全的农业市场体系是农业结构顺利调整及优化的保障。政府的职责就是首先健全产地批发市场建设，使农民能够就地大批量销售农产品，使他们切身感受到市场的变化，及时调整生产结构，最终推动农业生产的区域化、专业化。
5．加强农业高新技术的示范作用
科技进步是推动农村产业结构调整的有生力量。生物基因技术、高产优质高效技术、农产品精深加工和综合利用技术、节本增效技术、生态环境建设技术，都能有效推进产业结构的调整。这些技术的大面积推广与实施，需要政府出面进行科技示范。政府在科技示范中主要是增加科技示范的经费，组织创办农业科技示范基地，提供技术服务。
针对西部地区的农业科技意识淡薄，掌握农业高技术能力较差的弱点，政府要组织农业科技人员对农民进行技术培训和技术指导，让农民全面、准确地掌握新项目、新品种的技术要领和技术要求，以减少、避免和防范结构调整中的技术风险。
6．要搞好对农业生产结构调整的服务
随着西部地区市场经济体制的完善，今后政府在农业结构调整中的主要职责是为农民提供周到的、满意的服务。只有政府服务到位，就能保证农业结构调整的效果，减少农民损失，降低调整风险。政府在农业结构调整中应提供的服务包括以下几方面。
一是信息服务。农业结构调整主要是依据市场信息而进行的，信息在农业结构调整中起着非常重要的导向和决定作用。但是，由于西部农村地域广阔，农民居住分散、偏僻，交通、通讯等基础设施建设滞后，信息媒体不丰富，加之农村信息机构及信息收集、传递与发布机制不健全、不完善，因而导致信息不畅，信息不畅又会引发信息失效、失真，加大结构调整的风险。为了农民在农业结构调整中有可靠的依据，各级政府应加强对农民的信息服务，及时收集国内国际市场农产品的供求信息、价格信息，然后对获取的信息进行分类、处理，再不断地把有价值、实用的信息传递、发布给农民，对农业结构调整进行有效地引导和指导。
二是资金与物资服务。在农业结构调整中，新项目的建设和新品种的引进都需要大量的资金投入，政府应通过财政拨款和银行信贷等途径给予资金扶持，保证农业结构调整对资金的需求。同时为了保证农业结构调整落到实处，还要求政府有关部门向农民提供优质廉价的种子、种苗、农药、化肥、农机具等农资产品，以避免假冒伪劣农资品给农业结构调整带来损失。
三是法律服务。农民是法律关系中的弱势群体，在一些经济纠纷中，合法利益容易受到侵害。因此，政府应组织法律部门和律师，为农民在结构调整中出现的合同纠纷提供法律援助，维护农民的合理合法利益。
四是气象预报服务。政府要督促气象预报部门运用先进的技术与手段，对农业气象和农业灾害进行及时地、科学地、准确地预报，以便农民在结构调整中根据相关的预报信息合理安排生产和防治各种自然灾害，以减少农业结构调整中自然灾害给农民造成的重大损失。